HMM

对日期格式的处理

str{NSDateFormatter*dateFormatter=[[NSDateFormatteralloc]init];[dateFormattersetDateFormat:@"yyyyMMddHHmmss
zxb_张大帅·2022-02-13 19:15

基因家族分析 | 基因家族成员鉴定(hmm模型＆同源blast)

方法一：基于hmm模型的鉴定方法1.准备数据①下载拟南芥基因组fasta文件、注释文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release
pomela·2022-02-13 13:16

pip install hmmlearn

以为直接可以pipinstallhmmlearn结果安装过程中报错：Collectingscikit-learn>=0.16(fromhmmlearn)Retrying(Retry(total=4,connect
Cabcab·2022-02-13 05:52

MySQL常用日期处理函数和文本处理函数

常见日期处理函数NOW([fsp])返回当前的日期和时间，格式为：'YYYY-MM-DDHH:MM:SS'或'YYYYMMDDHHMMSS'。
lulu_6c14·2022-02-13 04:26

8.14 元认知反思与计划

13度晴热坚持第281/360天AnythingthatMindcanconceiveandbelieve,itcanachieve.Mergewithmmysuperconscioustobeapowerfulcreatorinlife.Developprosperityconsciousnesstobemynormalstateeveryday.Takenewactionstocreatene
我在走向财富自由之路·2022-02-11 00:42

自学水彩人物 ‖ 春天要到了，画一个粉粉的姑凉吧

步骤——图片发自App线稿忘记拍hhhhhhmmmmm..图片发自App粉粉的衣服想着会有些单调，于是就加了点青色晕染。看着还蛮清爽的。好了，今天画这么一幅。爱画画的湘玉。
湘玉手绘水彩篇·2022-02-10 12:57

matlab贝叶斯隐马尔可夫hmm模型实现

原文链接：http://tecdat.cn/?p=7973原文出处：拓端数据部落公众号贝叶斯隐马尔可夫模型是一种用于分割连续多变量数据的概率模型。该模型将数据解释为一系列隐藏状态生成。每个状态都是重尾分布的有限混合，具有特定于状态的混合比例和共享的位置/分散参数。该模型中的所有参数都配备有共轭先验分布，并通过变化的贝叶斯（vB）推理算法学习，其本质上与期望最大化相似。该算法对异常值具有鲁棒性，并且
·2022-02-08 17:44

[我的项目经理之HMM][027/100]

我的项目经理之HMM周六小周加班，项目经理HMM的一件事情触动了我，所以我决定今天把项目经理系列中关于他的这一篇写出来。为了阅读方便，下面简称他为H。
Luffy_Zhu·2022-02-07 19:33

lnRNA | pfam预测

在线使用不太方便，刚准备搭建pfam本地安装，嘻嘻~原文已经很详细，但是第一次使用，我一些疑问，记录了自己的安装过程，所以有了下面的内容Pfam是一个大型蛋白结构域家族的数据库，每个蛋白家族都由多个序列比对和HMMs
溪溪溪溪溪川·2022-02-05 15:40

基因家族鉴定流程（二） 用blast、mmseqs、diamond、hmmer搜索同源蛋白

本文章将介绍①类blast软件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比较②blast、mmseqs、diamond、hmmer的使用③用四种软件的实践操作，python/R绘制韦恩图，取交集序列
精神秃头生信小伙儿·2022-02-03 14:36

传统语音识别（GMM+HMM）

讯飞一个麦克风阵列简介语音信号的采集：语音信号计算机中是采用PCM编码按时间序列保存的一连串数据。计算机中最原始语音文件是wav，可以通过各种录音软件录制，录制是包括三个参数fs：采样率8000Hz115200Hz等等，代表每1秒保存的语音数据点数bits:每个采样点用几个二进制保存通道：很多音频都有左右2个通道，在语音识别中通常有一个通道的数据就够了。语音信号预处理：分帧：首先说说我们做信号处理
灿烂的GL·2022-02-03 14:18

概率图模型

隐马尔可夫模型隐马尔可夫模型（简称HMM）是结构最简单的动态贝叶斯网，这是一种著名的有向图模型，主要应用于时序数据建模，在语音识别、自然语言处理等领域有广泛的应用。
逍遥_yjz·2022-02-03 02:10

HMM数学推导—开篇

本章涉及到的知识点清单：1、HMM定义2、变量定义3、两个假设4、三个基本问题5、极大似然优化失效一、HMM定义隐马尔可夫模型（HiddenMarkovModel，HMM）：由一个隐藏的马尔科夫链随机生成一个不可观测的状态序列
PrivateEye_zzy·2022-01-21 16:04

R语言马尔可夫区制转移模型Markov regime switching

p=12280原文出处：拓端数据部落公众号总览本文简要介绍了一种简单的状态转移模型，该模型构成了隐马尔可夫模型（HMM）的特例。这些模型拟合时间序列数据中的非平稳性。
·2022-01-11 17:32

Java的MD5工具类和客户端测试类

MessageDigestAlgorithmMD5（中文名为消息摘要算法第五版）为计算机安全领域广泛使用的一种散列函数，用以提供消息的完整性保护。
·2021-12-19 13:37

TMHMM 2.0--蛋白质的跨膜结构域预测

蛋白结构决定蛋白功能，利用生物学在线软件工具TMHMMServer,v.2.0版本是蛋白质跨膜螺旋的在线分析工具。TMHMM是由丹麦理工大学生物序列分析中心CBS负责维护。
Han_zh·2021-12-14 01:28

Python机器学习NLP自然语言处理基本操作之命名实例提取

目录概述命名实例HMM随机场马尔科夫随机场CRF命名实例实战数据集crf预处理主程序概述从今天开始我们将开启一段自然语言处理(NLP)的旅程.自然语言处理可以让来处理,理解,以及运用人类的语言,实现机器语言和人类语言之间的沟通桥梁
·2021-11-25 12:52

jieba分词使用

最近需要用到的结巴分词一些常用的函数，记录下1.分词功能jieba.cut(text,cut_all,HMM)，接受三个输入参数:text需要分词的文本；cut_all=True采用全模式，cut_all
宇宙超级无敌霹雳西瓜君·2021-11-16 17:03

Augustus 基因从头预测

目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构，在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测
斩毛毛·2021-11-16 12:50

GMM-HMM

需要训练的参数1.对应于混淆矩阵B的高斯混合模型参数B2.状态转移矩阵A3.A中只有对应于自环和后继的状态转移概率需要被训练，其他项全都设置为零，并且不再改变训练过程Step1：构建整个句子的HMM结构
ccaicaic·2021-11-10 13:50

机器学习 - 隐马尔可夫模型

1隐马尔可夫模型-定义隐马尔可夫模型（hiddenmarkovmodel,HMM）是可用于标注问题[自动分词、词性标注、命名实体识别等]的统计学习模型，描述由隐藏的马尔可夫链随机生成观测序列的过程，属于生成模型
nlpming·2021-11-06 01:57

C++ Graph Algorithms

ImplementationofGraphAlgorithms1TaskDescriptionYouareaskedtouseC++tosolvethefollowingpuzzle.Hint:Allittakesisanalgorithmmentionedinthiscourse
·2021-11-05 12:07

结巴分词原理

文章目录结巴分词简介分词基于前缀词典实现高效的词图扫描，生成句子中汉字所有可能成词情况所构成的有向无环图构造前缀词典构造有向无环图动态规划查找最大概率路径,找出基于词频的最大切分组合HMM识别未登陆词关键词提取
一只小菜狗:D·2021-10-27 19:04

概率图模型

文章目录EM（Expectation-maximization）算法EM算法的推导马尔科夫链，MCMC与Gibbssampling隐马尔科夫模型（HiddenMarkovModel，HMM）评估观察序列的概率前向后向算法求解模型参数维特比算法解码隐藏状态序列
一只小菜狗:D·2021-10-26 21:00

机器学习进阶HMM

HMM隐马尔可夫模型，可用于标注问题，在语音识别、NLP生物信息、模式识别等领域使用HMM是关于时序的概率模型，描述有一个隐藏的马尔科夫链生成不可观测的状态随机序列，再由各个状态生成观测随机序列的过程隐马尔可夫模型随机生成的状态随机序列
yzy_1117·2021-10-24 17:25

深度学习与人类语言处理学习笔记（一）—— 语音识别（理论篇）

2.1Listen，Attend，andSpell（LAS）2.2CTC2.3RNN-T2.4NeuralTransducer2.5MoChA3.语音识别传统模型3.1隐马尔可夫模型3.2Tandem3.3DNN-HMMHybrid4
`AllureLove·2021-10-14 16:44

非模式生物重复序列注释 RepeatModeler2+RepeatMasker4

1、下载最新Dfam库和Repbase库并配置这里使用的是3.4版本的Dfam库（https://www.dfam.org/home），.h5,.hmm,.embl三个文件都要下载。
杨康chin·2021-10-07 11:15

批量文件读取合并

sample')%>%select(contains('AURKA')|contains('CCNB1')|contains('CDC25C')|contains('CENPE')|contains('HMMR
一路向前_莫问前程_前程似锦·2021-09-23 11:30

2021年ACL会议关于命名实体识别的论文汇总

尽管传统的机器学习方法(HMM，CRF等)，到现在的深度学习方法(LSTM，BERT等)已研究很成熟，但每年的顶会仍是有很多新的方法提出。
烛之文·2021-09-14 14:47

比对及变异检测工具的选择，基因组变异

根据不同应用，序列比对大致可以分为三类：1）全局比对，常用软件有ClustalOmega、MUSCLE、HMMER等，主要用于多序列比对、种系分
ytbao·2021-09-06 20:59

【SLP·Python】基于 DTW GMM HMM 三种方法实现的语音分类识别系统

前言Github项目地址：https://github.com/Sherry-XLL/Digital-Recognition-DTW_HMM_GMM在孤立词语音识别(IsolatedWordSpeechRecognition
Sherry-XLL·2021-08-28 17:16

微信小程序 添加百度监测

创建一个监测应用创建监测应用按照创建结果的逐步完成接入下载微信小程序SDK将百度分配的appKey填写至mtj-wx-sdk.config.js在小程序的app.js内，全局引入上面js文件在微信公众平台小程序的白名单里，添加https://hmma.baidu.com
squidbrother·2021-08-23 20:53

5年java经验,阿里一面被问这些spring问题后,让我直接回去等通知

我是小程，工作时长五年半，喜欢唱、跳、rap，打篮球，目前负责在公司打杂，啊不，负责维护公司的两个项目…面试官：hmmm，看你简历上写着“精通spring”，你们项目中Spring用的多么？
编程界打工仔·2021-07-15 14:45

HMM理论及代码实现

Ref：https://web.stanford.edu/~jurafsky/slp3/A.pdfhttps://en.wikipedia.org/wiki/Hidden_Markov_model文中的例子和符号基本来自Ref[1]基本概念：Markovchain：随机变量组成的序列，下一个序列状态仅和当前状态有关，而和过去的状态无关。好比预测明天的天气，仅考虑今天的气候，而不用管昨天或以前的天气
第一个读书笔记·2021-07-05 16:08

机器学习之隐马尔科夫模型（HMM）

机器学习之隐马尔科夫模型（HMM）1、隐马尔科夫模型介绍2、隐马尔科夫数学原理3、Python代码实现隐马尔科夫模型4、总结隐马尔可夫模型介绍马尔科夫模型（hiddenMarkovmodel，HMM）是关于时序的概率模型
简范式AI·2021-06-30 14:23

基因家族鉴定 hmmer+blast (含hmmer安装)

策略hmmsearch+blast单独使用或者组合使用hmmsearch可以做两次，第一次使用pfam中的多序列比对结果构建模型进行搜索，筛选过结构域后，使用本物种的该基因家族的多序列比对结果再次构建模型
山竹山竹px·2021-06-27 05:23

中文分词系统实验报告：jieba和IK Analyzer

1.配置安装jiebapipinstalljieba2.jieba三种分词模式尝试jieba的分词一般用cut函数完成，函数定义如下：defcut(sentence,cut_all=False,HMM=
哇噗嘟嘟嘟·2021-06-26 19:17

HMM

image.png结巴分词:TreeDAGroute概率hmm收到一篇文章，我要对其切词，大概思路step1:去杂质（火星文什么的）step2:匹配本地词表，就能分好一部门词，没分好的以单个字input-HMMstep3
___Hello·2021-06-25 02:29

andriod 源生编译指令

envsetup.shlunchmake-j82>&1|teebuild.logmake-j42>&1|teebuild.log2、单编模块指令sourcebuild/envsetup.shlunchmmmpackages
超__越·2021-06-23 23:56

2020-01-28 岁月？

突然想在工作的时候听听舒缓的BGM，Hmm...选了几个都不太满意，最后选了个女流的歌单吧。老歌单？当时16年的时候，在国外第一次看到她直播的时候，好像还是星露谷物语，然后听着那个周日啥啥的。。
NNNNN4·2021-06-23 19:32

英语流利说 Level 4 Unit3 Part2 Dialogue Election & Voting

Hmm,Idon'tknow,probablynot.Itseemslikeawasteoftime.Really?Whydoyouthinkit'sawasteoftime?Haveyouli
rivendell1984·2021-06-23 08:34

随机森林、EM、HMM、LDA

随机森林（RandomForest）是一种分类和回归算法，它包含了多个决策树，形成一个森林，随机森林的类别是所有决策树分类回归结果的众数决定。由于它优点很多，适应比较广泛.1、能够处理高维数据，不用做特征选择，自动选出那些特征重要。2、训练速度快，分类精度高。3、能检测到特征之间的相互影响。4、不会产生过拟合。EM期望最大化（Expectation-Maximization），也叫最大似然估计。它
xxyytt·2021-06-22 09:49

概率图模型之（HMM）隐马模型（隐马尔可夫）

在讲隐马模型之前，首先要了解下，啥是马尔可夫模型。马尔可夫模型几个条件当前状态只与前一个状态相关一个状态到所有状态的转移概率和为1概率大于等于0小于等于1状态起始概率和为1举个例子：在文本中，假设有三个状态，名词n，动词v，形容词adj，三者之间的转移概率为(瞎编)：初始化概率为p(adj)=0.5，p(n)=0.3,p(v)=0.2.那么，一个文本词性为形容词，名词，动词，名词的概率为：相当于n
一心一意弄算法·2021-06-20 14:28

基因家族鉴定与分析

1.1此页面下载hmm文件image.png1.2blastp比对鉴定putativegene1.2.1在拟南芥数据库下载蛋白序列,并获得ubox的蛋白id，使用seqkit或seqtk提取序列，不能根据序列
EZ·2021-06-20 12:28

故事124：理性人vs社会人-参照点理论

hmmm，这时要看你说的是古典经济学还是行为经济学.行为经济学不同于主流经济学，它用“社会人”假设取代了“理性人”假设，认为人是一种社会动物，不仅在乎经济利益，而且在乎公平、正义、尊严等社会情感。
CC先生之简书·2021-06-20 10:50

机器学习专业术语 ML Terminology

SupervisedLearning监督学习UnsupervisedLearning非监督学习Semi-supervisedLearning半监督学习ReinforcementLearning增强学习HMM
Lucien_Liu·2021-06-14 20:12

利用隐马尔可夫(HMM) 进行词性标注

引言文章根据udacity自然语言处理进行整理，提供给初学者进行参考。主要围绕隐马尔可夫的基本实现原理和维特比算法进行介绍。相关参考学习视频：udacity--自然语言处理（PS：国外导师视频课程，中文字幕。课程简洁易懂、生动形象。具有项目实战、导师项目审核特色。比较推荐入门。点击此处可获得课程优惠券）1.概述在自然语言中，一个句子通常是由多个词组成、包含形容词、名词、动词等等。如下面的这个句子：
Spinggang·2021-06-13 01:05

全文检索的背后

python3.6需要资料的可以点击【资料领取】分词统计关于结巴分词不同API的详细介绍（来自jieba官网）jieba.cut方法接受四个输入参数:需要分词的字符串；cut_all参数用来控制是否采用全模式；HMM
不加班的程序员丶·2021-06-12 21:23

发布新闻的图文内容保存和封面图片的保存问题。

首先分析一下封面图片的保存问题：我是这么想的图片存储到服务器的D:/loadFile/newsPic路径下，然后给上传的图片文件做一个重命名，按照yyyyMMddHHmmss+6位随机字符串.png的格式
yunqing_71·2021-06-12 19:04

插件 | 地表最强 Hmmer Search 界面工具

写在前面从某个物种中鉴定某个家族的全部成员，一般有两种操作：基于Domain，用hmmsearch等软件基于序列相似性，用BLAST等软件事实上，我个人是推荐第二种，尤其是目前绝大多数物种的基因结构注释存在问题
生信札记·2021-06-12 06:39
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