Modeller

Modeller多模板同源建模教程

Modeller多模板同源建模教程1.Modeller简介Modeller用于蛋白质三维结构的同源或比对建模。用户可根据氨基酸序列自动计算出一个包含所有非氢原子排列的三维结构模型。
MurphyStar·2023-09-22 19:13

500 lines or less学习笔记（十一）——3D建模工具（modeller）

本文介绍了一个使用OpenGL来渲染图形的3D建模工具。其中涉及到一些图形学的知识，比如各个空间的转换，让身为小白的我看的头疼。作者ErickDransch，Erick是一名软件开发人员以及2D和3D计算机图形爱好者。他从事过电子游戏、3D特效软件和计算机辅助设计工具相关工作。他还了解很多模拟现实相关知识。他的网站是ericktransch.com。简介人类天生就有创造力。我们不断地设计和制造新颖
简单一点点·2023-09-07 05:50

显性水溶液中蛋白质的分子动力学模拟

（逐渐被抛弃，准确度不高）pdb数据库下载对应文件；pymol去除溶剂；查看分子结构有无损坏；可用modeller；ds；rosetta；chimera；loop修复gmxmdrun参考教程http:/
我没表情·2023-08-31 00:28

GPCR膜蛋白分子动力学模拟

1.前期蛋白的准备a.分别以模板1和模板2及其双模板的晶体结构为模板进行同源模建（使用Modeller-9.25，给100个蛋白构象）；b.对以上产生的100个构象进行DOPE、GA341、MOLPDF
Timeless_papa·2023-08-27 11:39

基于Gromacs的蛋白分子动力学模拟（RMSD、RMSF及蛋白的回旋半径）

一、实验要求实验对象：目标体系为modeller或其他方法建模的结果中评价最好的模型。软件：Gromacs-5.1.2二、实验步骤加立场gmxpdb2gmx–h打开帮助菜单。
CAE320·2022-11-03 08:36

modeller建模（单模板建模、多模板建模）

题目要求1、采用modeller对给定序列进行建模，单模板和多模板方法各建3个模型，每种方法选择一个最优的模型，最后进行比较，选出最优的模型(怎样比较两个模型的好坏，可以从哪些角度去看)。
今天也是个妖精头子呀·2022-03-12 13:42

Chimera补全蛋白缺失结构

其实Chimera补全蛋白缺失结构主要是是利用的modeller，可以补全尾部结构或者中间的缺失结构，所以个人觉得对于之前介绍的GalaxyFill更加强大。
生信杂谈·2020-08-25 07:26

SPSS Modeller破解版安装

谢谢大家的莅临！！首先要下载IBMSPSSModeler14.1文件及注册文件（破解补丁lservrc），已上传至我的百度网盘，有需要可以下载。http://pan.baidu.com/s/1zS3yI1.下载完IBMSPSSModeler14.1后，双击“IBMSPSSModeler14.1”开始安装。2.安装中3.点击“下一步”。4.选择“单用户许可证”，然后“下一步”。5.接受全部条款并且下
Bentley-2012·2020-08-19 18:14

利用Modeller构建未知序列三维结构(利用cryo-EM map)的详细流程

本教程通过翻译网站中的实际例子来完成前提条件：1>未知蛋白结构的氨基酸序列2>蛋白的cryo-EMmap步骤一：找到一个合适的模板，首先将未知序列保存成modeller能够识别的序列文件格式。
rogerzhanglijie·2020-08-16 08:13

采用Modeller进行同源建模_单模板建模

Modeller是一款比较优秀的同源建模软件，包括单模板和多模板建模，DiscoveryStudio软件中就是采用的Modeller建模模块。
Molecular_Model·2020-07-30 08:09

蛋白质结构预测(swiss-model,modeller )

一、题目要求MDEMATTQISKDELDELKEAFAKVDLNSNGFICDYELHELFKEANMPLPGYKVREIIQKLMLDGDRNKDGKISFDEFVYIFQEVKSSDIAKTFRKAINRKEGICALGGTSELSSEGTQHSYSEEEKYAFVNWINKALENDPDCRHVIPMNPNTDDLFKAVGDGIVLCKMINLSVPDTIDERAINKKKLTPFIIQ
wangyunpeng_bio·2020-06-25 04:51

#分子模拟#同源建模从入门到精通（七）

同源建模写了这么多，发现modeller的安装方法都没有说，其实modeller的安装特别简单，比如windows下只需要下载exe文件，点击安装，输入序列号即可，今天给大家分享modeller使用anconda
生信杂谈·2020-04-09 11:47

同源建模从入门到精通开发篇（一）

应该不算是入门到精通系列的吧，索引名称就写同源建模从入门到精通开发篇系列吧，我准备开发一系列modellerGUI，当然任重而道远，不知道会不会弃坑，慢慢来吧~首先实现简单的DOPE评分功能，我们采用的是modeller
生信杂谈·2020-03-17 15:45

A 3D Modeller

1.介绍人类天生具有创造力。我们不断设计和构建新颖，实用和有趣的东西。在现代，我们编写软件来协助设计和创作过程。计算机辅助设计（CAD）软件允许创建者在构建设计的物理版本之前设计建筑物，桥梁，视频游戏艺术，电影怪物，3D可打印对象以及许多其他东西。CAD工具的核心是将三维设计抽象为可在二维屏幕上查看和编辑的内容的方法。为了实现该定义，CAD工具必须提供三个基本功能。首先，他们必须有一个数据结构来表
博士伦2014·2019-12-29 11:19

#分子模拟# 同源建模从入门到精通（五）

modeller的Tutorial一共五个例子，之前我们已经分享了二个，今天分享第三个，最后两个例子个人认为不常用，所以并没有仔细研究，若后期用到会补上，当然小伙伴们同样可以自行查看。
生信杂谈·2019-11-05 08:14

#分子模拟#同源建模从入门到精通（六）

其实同源建模教程到上一篇教程就应该结束了，但是如果作为一个计算机辅助药物设计或者说是一个分子模拟人，同源建模关系到后面的结果准确与否，当然需要精益求精，所以想和大家一起学习modeller中的一些关键参数
生信杂谈·2017-05-12 20:24

#分子模拟#同源建模从入门到精通 (二)

进行同源建模，虽然建模自动化非常方便，但是自己可以调节的地方较少，对待序列相似度较高的还不错，但是对待序列相似度低的话可能建模的质量就不怎么好了，所以今天给大家介绍同源建模界的鼻祖同时也是同源建模的大哥大，Modeller
生信杂谈·2017-05-12 19:40

用MODELLER构建好模型后对loop区域进行自动的优化过程

一：对生成的模型的所有的loop区域进行优化 # Homology modeling by the automodel class from modeller import * from modeller.automodel
·2015-11-13 16:44

linux通过建模工具Umbrello

https://umbrello.kde.org/ Umbrello UML Modeller is a Unified Modelling Language (UML) diagram
·2015-07-26 11:00

SPSS Modeller破解版安装

谢谢大家的莅临！！首先要下载IBMSPSSModeler14.1文件及注册文件（破解补丁lservrc），已上传至我的百度网盘，有需要可以下载。http://pan.baidu.com/s/1zS3yI 1.下载完IBMSPSSModeler14.1后，双击“IBMSPSSModeler14.1”开始安装。2. 安装中3. 点击“下一步”。4. 选择“单用户许可证”，然后“下一步”。5. 接受全部
joseph_lee2012·2014-03-18 17:00

利用Modeller构建未知序列三维结构(利用cryo-EM map)的详细流程

本教程通过翻译网站中的实际例子来完成前提条件：1>未知蛋白结构的氨基酸序列2>蛋白的cryo-EMmap 步骤一：找到一个合适的模板，首先将未知序列保存成modeller能够识别的序列文件格式。
rogerzhanglijie·2014-01-17 15:00

用MODELLER构建好模型后对loop区域进行自动的优化过程

一：对生成的模型的所有的loop区域进行优化#Homologymodelingbytheautomodelclass frommodellerimport* frommodeller.automodelimport*#Loadtheautomodelclass log.verbose() env=environ() #directoriesforinputatomfiles env.io.at
rogerzhanglijie·2013-07-04 15:00

利用MODLLER同源建模的基本步骤

前期的准备工作（这里介绍并没有结构的蛋白序列的从头建立结构的过程）首先：把你需要建立结构的蛋白序列写成modeller能够识别的文件格式>P1;TvLDHsequence:::::::::MSEAAHVLITGAAGQIGYILSHWIASGELYG
rogerzhanglijie·2013-07-03 10:00

homology modelling of GPCR with modeller

RecentworkonGPCRhomologymodellingfoundthatthemodellingofGPCRisdifferentfromthesecytoplasmproteinowingtothelowsequenceidentitywithitshomologypatenters.ModelbuildingbyModellerusuallyleadtosatisfiedmodel
rogerzhanglijie·2013-01-06 10:00

UML建模工具汇总

Features UMLGraph MetaUML Web Sequence Diagrams Chronos Web Modeller
qiaolevip·2012-11-07 16:00
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