NLM

Aspera 上传基因组数据到NCBI

完成基因组后，需上传数据，比如到NCBI，这一步可以选择Aspera进行操作上传基因组或者原始数据一般流程如下1、注册NCBI账号https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account
斩毛毛·2023-09-27 18:48

获取登录号Accession Number之完整解决方案|组学数据上传NCBI

1、开始创建SRA登录NCBI主上传界面：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/submit/，选择SRA数据库。
江南神韵·2023-09-26 10:18

2021-08-03有用的网站

(1)NCBI上下载物种的参考基因组https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genomes/
bcl_hx·2023-09-26 03:51

高性能计算环境下的深度学习异构集群建设与优化实践

深度学习算法；强化学习；神经网络；卷积神经网络；人工神经网络；VIBE算法；控制系统仿真；机器学习；高性能计算；数据挖掘；超算；ACL；算力；计算机视觉；PSU；Transformer；PLM；SLM；NLM
·2023-09-24 23:56

揭秘英伟达A100、A800、H100、H800 GPU如何实现高性能大模型的百倍训练加速

关键词：Transformer；PLM；SLM；NLM；LLM；Galactica；OPT；OPT-IML；BLOOM；BLOOMZ；GLM；Reddit；H100；H800；A100；A800；MI200
·2023-09-19 17:01

揭秘英伟达A100、A800、H100、H800 GPU如何实现高性能大模型的百倍训练加速

关键词：Transformer；PLM；SLM；NLM；LLM；Galactica；OPT；OPT-IML；BLOOM；BLOOMZ；GLM；Reddit；H100；H800；A100；A800；MI200
高性能服务器·2023-09-18 12:32

Chilling stress 文献储藏室（1）

titlePreferentialgeneretentionincreasestherobustnessofcoldregulationinBrassicaceaeandotherplantsafterpolyploidization文献链接https://www.ncbi.nlm.nih.gov
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-09-15 19:45

揭秘英伟达A100、A800、H100、H800 GPU如何实现高性能大模型的百倍训练加速

关键词：Transformer；PLM；SLM；NLM；LLM；Galactica；OPT；OPT-IML；BLOOM；BLOOMZ；GLM；Reddit；H100；H800；A100；A800；MI200
·2023-09-10 01:44

NCBI的SRA数据下载

-Installing-SRA-Toolkithttps://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
dashan1928·2023-09-07 22:40

影像组学文章复现：ITHscore：通过多尺度放射学特征全面定量NSCLC肿瘤内异质性 ----小细胞肺癌肿瘤异质性评分

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36001124/—文献链接#安装包pip
MRI_lab·2023-09-04 15:20

Co-trained convolutional neural networks for automated detection of prostate cancer in multi-para...

q=https%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fpubmed%2F28850876&sa=D&sntz=1&usg=AFQjCNHnIvM--FuHOd8KhQ1XzD8ho3lzvw
autisticBoy·2023-09-02 00:13

使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据教程

一.下载安装1.可以在NCBI上下载,网址为:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
惊鸿影·2023-08-31 12:07

WGCNA相关文献记录【自找】

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?
医只蜗牛·2023-08-30 02:18

科研相关~

一、论文期刊搜索Pubmed：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/Connectedpapers：https://www.connectedpapers.com/Sci-hub
qq_1248742467·2023-08-28 20:04

2020-07-07 单细胞数据.h5文件转换成seurat对象

第一步：从GEO数据库下载.h5文件https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?
Merlin_cd6c·2023-08-27 17:35

NCBI数据上传（二）：转录组测序（RNA-Seq）数据

1.注册及登录账号1）注册账号：进入NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）网页，选择对应的账号进行注册，按照提示填写。
bioyigene·2023-08-26 12:57

linux比对nt数据库,linux BLAST序列比对 （nt/nr库）

blast软件安装从NCBI下载安装包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blas
城北增暮寒·2023-08-25 07:56

Lecture 11-20

本地blast使用下载及安装：curl-Oftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64
杨亮_SAAS·2023-08-25 06:18

自己创建CDF包 hursta2a520709cdf

正确的处理方法如下第一步，安装R包makecdfenv并加载BiocManager::install('makecdfenv')library(makecdfenv)第二步,在https://www.ncbi.nlm.nih.gov
xuzhougeng·2023-08-19 13:51

胶原酶溶组织梭菌-用于治疗女性脂肪团：两项 3 期随机、安慰剂对照试验的结果

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8078112/皮肤外科杂志。2021年5月；47（5）：649-656。2021年4月7日在线发表。
冰果儿·2023-08-19 01:45

常用生物信息学在线分析工具汇总(记录中...)

数据库NCBI主站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/拟南芥：https://www.arabidopsis.org/AmiGO2STRINGPham序列比对、寻找同源蛋白、基因
胜言_·2023-08-19 00:34

NCBI上下载SRA数据

官网上（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra）给出的解释：SequenceReadArchive(SRA)data,availablethroughmultiplecloudprovidersand
xiaoxianyu·2023-08-17 16:38

使用 NCBI PubMed 按影响因子搜索文献

2.注册NCBI账号，并登陆https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed2编辑NCBIfilter配置https://www.ncbi.nlm.nih.
正踪大米饭儿·2023-08-17 15:52

初学单细胞转录组差异分析

1、下载示例数据GSE81861https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE81861如下图，选取其中两组样本进行比较。
小贝学生信·2023-08-16 07:47

期刊和会议缩写查询网站

1.https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?
代码小白的成长·2023-08-14 04:13

Seurat包合并多个单细胞样本

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1393241我们选取其中十个，利用Seurat包下载合并，创建Seurat对象。
小贝学生信·2023-08-12 17:02

NCBI|转录组原始数据上传

今天小编来为大家演示的是转录组原始数据上传NCBI哦~01.申请Biosample编号1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，进行注册或登录，操作如下
维凡生物·2023-08-10 06:14

生物信息学三大数据库NCBI-ENSEMBL-UCSC

NCBINCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation，美国国立生物技术信息中心）于1988年11月4日建立，是NIH（美国国立卫生研究院）的NLM（国立医学图书馆
hyena_7·2023-08-07 15:17

GEO数据库

1.GEO，全称GeneExpressionOmnibus,中文名叫基因表达综合数据库，网址(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/),是由美国国立生物技术信息中心于2000
数据控的迷妹·2023-08-06 11:57

GEO数据上传的详细步骤演示

1登录GEO1.1GEO地址进入GEO数据库，两种方法：在NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）主页，点击“Submit”>“GEO”，即可进入GEO数据库界面。
纪伟讲测序·2023-08-01 23:22

Kranken2: rsync_from_ncbi.pl: unexpected FTP path (new server?)

forhttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/762/265/GCF_000762265.
scdzzdw·2023-07-31 08:07

细菌基因组下载

最近需要尽可能的下载细菌基因组，ncbiftp站点（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes）里面"all"这个目录可以下载，不过"all"目录还有古细菌之类的哈。
涤生生·2023-07-28 00:53

sra安装后使用报错问题vdb-config --interactive

Thissratoolkitinstallationhasnotbeenconfigured.Beforecontinuing,pleaserun:vdb-config--interactiveFormoreinformation,seehttps://www.ncbi.nlm.nih.gov
SnorkelingFan凡潜·2023-07-23 22:03

NCBI|宏基因组原始数据上传

希望对大家有所帮助~第一步申请Biosample编号1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，进行注册或登录，操作如下：如果你有NCBI账号可以直接登录如果你没有
维凡生物·2023-07-20 09:50

Linux安装blast+及使用

下载解压网址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/选择预编译的linux版本ncbi-blast-2.10.1+-x64
山竹山竹px·2023-07-20 07:56

如何下载SRA存放在AWS的原始数据

但在https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/ind
徐洲更hoptop·2023-07-17 15:40

2022-07-29 endothelial cells（EC）内皮细胞-2

所看文章来自这里https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK26848/在脊椎动物的几乎每个组织中，几乎每个细胞都位于毛细血管的50-100微米范围内。
森尼啊·2023-07-16 12:59

基因检测报告都用了哪些数据库？

以下详细列出在基因检测诊断中常用的数据库：人群数据库某变异在大规模人群中发生频率dbSNP数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp
毅硕科技·2023-07-14 13:23

智力研究资料

https://www.unz.com/author/james-thompson/研究智力的专家博客https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4270739
小格格巫呀·2023-06-26 09:22

生信笔记 | 探索PubMed数据库文献

第一个问题：研究最热门的基因是什么在NCBI的ftp里面关于人的一些基因信息，在：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov//gene下载即可！
【云森】·2023-06-16 18:27

sratoolkit下载sra数据库的微生物数据及转为Fastq格式

Linux安装sratoolkitNCBI查看安装帮助NCBISRAToolkit下载、解压安装wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/
星空_2739·2023-06-14 09:07

关于GSEA富集分析_2019-05-28

内容引用于以下文章：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/83745105https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
胡杨奋进·2023-06-12 10:11

SCI期刊名缩写查询的三种方法

1.方法一进入justscience查询，https://sci.justscience.cn/2.方法二https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/方法三letpubhttps:/
qq_18937049·2023-06-12 07:09

Java使用Jsoup获取网页指定元素

，但是那个感觉有点复杂了，这里直接使用Jsoup来抓取：1、导入依赖：org.jsoupjsoup1.14.12、创建连接，解析页面元素首先定义url：Stringurl="https://ncbi.nlm.nih.gov
家家小迷弟·2023-06-07 12:42

1.5构建支原体index并比对

blast确定转录组污染为MycoplasmayeatsiiGM274B1.寻找基因组https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?
cakarote·2023-04-21 18:05

生信星球小练习—批量读取10X数据

刘小泽写于2020.8.13主要分为两个部分：前面用linux处理，后面用R处理下载数据选用的10X测试数据是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi
刘小泽·2023-04-21 09:28

ceRNA相关文献【自找】

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?
医只蜗牛·2023-04-19 07:58

Hi-C文献解读

15年3月发表的一篇高引文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4542312/Citedby:371PublishYear:2015Author:
程凉皮儿·2023-04-19 00:30

linux下载blast软件

/hwwork/software$wgethttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-bl
μμ豆奶·2023-04-17 07:27

FPKM_cutoff

FPKM>1.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3233386/Weusedastringent1.0FPKMcutoffthatgeneratedalistofgeneswithsi
superqun·2023-04-16 09:28
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