R语言聚类

R语言【taxlist】——clean()：移除孤立的记录

Packagetaxlistversion0.2.4Description对于taxlist类对象的操作可能会产生独立的条目。clean()方法就是用来删除这样的条目，并恢复taxlist对象的一致性。Usageclean(object,...)##S4methodforsignature'taxlist'clean(object,times=2,...)Arguments参数【object】：一
ALittleHigh·2024-01-26 09:33

统计学-R语言-7.3

文章目录前言总体方差的检验一个总体方差的检验两个总体方差比的检验非参数检验总体分布的检验正态性检验的图示法Shapiro-Wilk和K-S正态性检验总体位置参数的检验练习前言本篇文章继续对总体方差的检验进行介绍。总体方差的检验一个总体方差的检验在生产和生活的许多领域，方差的大小是否适度是需要考虑的一个重要因素。一个方差大的产品意味着其质量或性能不稳定。相同均值的产品，方差小的自然要好些。与总体方差
柔雾·2024-01-26 09:02

聚类(Clustering)

图上的数据看起来可以分成两个分开的点集（称为簇），一个能够找到我圈出的这些点集的算法，就被称为聚类算法。问题：聚类算法一般用来做什么呢？比如市
清☆茶·2024-01-26 06:10

第二章 多变量线性回归

在机器学习中，多维特征通常用于训练模型进行分类、回归或聚类等任务。在处理多维特征时，需要注意一些问题。首先，有些特征之间可能存在相关性，这会导致模型过拟合。
清☆茶·2024-01-26 06:09

第四篇【传奇开心果短博文系列】Python的OpenCV库技术点案例示例：机器学习

传奇开心短博文系列系列短博文目录Python的OpenCV库技术点案例示例系列短博文短博文目录一、项目目标二、OpenCV机器学习介绍三、OpenCV支持向量机示例代码四、OpenCV支持向量机示例代码扩展五、OpenCVK均值聚类示例代码六
传奇开心果编程·2024-01-26 06:02

R语言【taxlist】——dissect_name()：将科学名的各个组分解析出来

Packagetaxlistversion0.2.4Description根据命名法的解析程度和特定角色，包含分类单元用法名称（学名）的字符串由不同部分组成。因此，带有名称的字符串可以分解成这些部分，同时部分的数量可能表明了分类等级。该方法是strsplit()的包装器，如果在参数【repaste】中指明的话，还可以重新粘贴名称组分。Usagedissect_name(x,split="",fix
ALittleHigh·2024-01-26 04:10

R语言【taxlist】——get_children()，get_parents()：检索分类概念的子类群或父类群

Packagetaxlistversion0.2.4Description检索所查询分类单元概念的所有子概念或父概念。Usageget_children(taxlist,...)##S3methodforclass'taxlist'get_children(taxlist,ConceptID,...)get_parents(taxlist,...)##S3methodforclass'taxlis
ALittleHigh·2024-01-26 04:10

R语言【taxlist】——taxlist 包中已经废弃的方法

Packagetaxlistversion0.2.4下面已经废弃的方法中的大多数已经被更新后的方法所取代。add_parent()add_trait()add_level()replace_view()taxlist2taxmap()taxmap2taxlist()taxmap2taxlist()tnrs()
ALittleHigh·2024-01-26 04:10

R语言应用-1：数据整理

基础篇----R环境安装及基本语句：(65条消息)windows下载R和Rstudio，以及R语言基本使用_up_xin的博客-CSDN博客https://blog.csdn.net/weixin_41427508
up_xin·2024-01-26 04:40

r语言进行go富集分析_GO富集分析可视化：R语言GOplot包——准备自己的数据

GO注释和富集分析GO注释和富集分析使用TBtools完成，具体步骤可以参考TBtools作者在腾讯课堂开设的一系列视频课程本文使用的数据是甜樱桃叶绿体蛋白编码基因做GO注释，然后挑部分基因做富集分析，挑选的基因是rpoC1rpoBrpoArpoC2atpIatpFatpEatpHatpBatpAaccDrbcLrpl22rpl23rpl20rps8rps7rps16rps15rps14rps18
weixin_39868663·2024-01-26 04:39

R语言学习——数据框

x=c(42,7,64,9)y=1:4z.df=data.frame(INDEX=y,VALUE=x)z.dfdim(z.df)#查看几行几列colnames(z.df)#查看列名rownames(z.df)#查看行名z.df[,1]z.df[1,]z.df[c(1,2),c(1,2)]df1=data.frame(C1=c(1,5,14,1,54),C2=c(9,15,85,9,42),C3=c
帅锅不识字·2024-01-26 04:09

r语言集合补集_R语言数据整理利器——dplyr

dplyr对于处理以行列关系表示的数据框(每一行是一个观测值，每一列是一个维度)十分有效。首先dplyr与SQL语句十分类似，其中select、filter、mutate、summarise等几个关键的函数，可以帮助我们非常方便的筛选、修改、汇总数据。此外dplyr还可以使我们非常便捷的对数据集进行交并合补。最后dplyr中还引入了管道处理的概念(如x%>%f(y)等同于f(x,y))，使我们可以
深渊号角mkq0.~·2024-01-26 04:09

R语言【taxlist】——df2taxlist()：将数据帧和字符串转换为 taxlist 对象

Packagetaxlistversion0.2.4Descriptioin将数据框转换为taxlist对象。此外，包含分类名称的字符向量将被转换，但不会返回任何关于分类等级和亲本分类群的信息。Usagedf2taxlist(x,...)##S3methodforclass'data.frame'df2taxlist(x,taxonTraits,taxonViews,levels,clean_st
ALittleHigh·2024-01-26 04:39

R语言数据高效处理指南——基本数据处理

1数据集基本探索str、summary、head这三个函数，是对数据框进行探索性分析的“三板斧”。>str(iris)'data.frame':150obs.of5variables:$Sepal.Length:num5.14.94.74.655.44.654.44.9...$Sepal.Width:num3.533.23.13.63.93.43.42.93.1...$Petal.Length:n
m0_61027476·2024-01-26 04:39

跟着Microbiome学作图：R语言ggplot2画堆积柱形图展示微生物门水平的相对丰度

论文Reduceddiversityandalteredcompositionofthegutmicrobiomeinindividualswithmyalgicencephalomyelitis/chronicfatiguesyndrome本地文件Giloteaux2016_Article_ReducedDiversityAndAlteredComp.pdfimage.png今天的推文我们来重复
小明的数据分析笔记本·2024-01-26 04:46

Day 4 生信小组学习笔记 御风而行

今日任务：R语言基础1R语言基础环境配置无需云服务器，直接在windows操作系统进行注意避免中文安装路径，否则无法识别（已提前安装成功）Rstudio调节镜像源Rstudio内可直接调节默认设置安装Rpackagesinstallpackages
sario0416·2024-01-25 22:11

无监督学习 - 聚类的潜在语义分析（Latent Semantic Analysis，LSA）

什么是机器学习潜在语义分析（LatentSemanticAnalysis，LSA）是一种无监督学习方法，用于在文本数据中发现潜在的语义结构。LSA的主要应用之一是进行文本文档的主题建模和信息检索。以下是一个使用Python中的scikit-learn库来实现潜在语义分析（LSA）的简单教程。步骤1:导入库importnumpyasnpfromsklearn.feature_extraction.t
草明·2024-01-25 21:23

NTP时间同步协议

在广域网上提供几十毫秒精度冗余服务器和多种网络路径保证了可靠性工程算法用于减少抖动，缓解多个源和避免不正确操作的服务器HowNTPworks多个服务器/对等体提供冗余和多样性时钟滤波器从八个时钟偏移样本的窗口中选择最佳交叉和聚类算法选择同伴的最佳子集并丢弃异常值组合算法计算偏移
乐十九·2024-01-25 19:44

2022-12-30

明代小说家吴承恩优美词汇:艳艳千条、丑头怪脑、展背舒身、铺胸纳地跌跌滚滚、锦绒褊衫、膘肥体壮、腰驼背屈虚度一生、坐井观天、四壁绫罗、必生其计彩气盈庭、眼目昏花、喜喜欢欢、遂而各散号陶痛哭、长久之计、满心欢喜、掩人耳目物以聚类
云汐若·2024-01-25 16:36

R语言可视化分面图、假设检验、单变量分组多水平t检验并指定参考水平、可视化单变量分组多水平分面箱图（faceting boxplot）并添加显著性水平、指定显著性参考水平

R语言可视化分面图、假设检验、单变量分组多水平t检验并指定参考水平、可视化单变量分组多水平分面箱图（facetingboxplot）并添加显著性水平、指定显著性参考水平目录
statistics.insight·2024-01-25 15:45

R语言数据排序

#数据排序#在R中，可以使用Order()函数对一个数据框进行排序。默认的排序顺序是升序。#在排序变量的前面加一个减号即可得到降序的排序结果#例子#order()函数返回的是被排序的列从小到大的依次的位置order(leadership$age)newdata<-leadership[order(leadership$age),]newdata#降序newdata<-leadership[orde
小白15138·2024-01-25 12:12

R语言ggplot画双坐标-柱状图、折线图

ggplot一般不用来画双坐标，有些图双坐标结合起来看比较好，比方说条形图和柱状图。1.画双坐标要用到函数scale_y_continuous，这个函数规定次坐标与主坐标的换算关系，用sec_axis(~./57.69231）来设置，其中57.69231这个换算系数可以根据实际情况调整；2.画了双坐标，需要指定谁在次坐标上显示，那么在次坐标要缩小的倍数，在需要显示在次坐标的数据就需要提升多少倍，这
daydayup8888·2024-01-25 12:37

R语言-检验正态性

1.为什么要检验正态性首先需要明确正态性与正态分布是有区别的，正态分布（标准分布）是统计数据的分布方式，是个钟形曲线，已平均值为对称轴，数据在对称轴两侧对称分布。正态性是检验实际数据与标准正态分布的相似程度，相似程度高，说明具有正态性。很多的统计方法是基于正态分布使用的，如T检验、方差检验等，因此需要检验数据的正态性。2.检验正态性的方法检验正态性常用的方法包括：1.看分布正态分布是个钟形分布，因
daydayup8888·2024-01-25 12:34

R语言VRPM包绘制多种模型的彩色列线图

列线图，又称诺莫图（Nomogram），它是建立在回归分析的基础上，使用多个临床指标或者生物属性，然后采用带有分数高低的线段，从而达到设置的目的：基于多个变量的值预测一定的临床结局或者某类事件发生的概率。列线图(Nomogram)可以用于多指标联合诊断或预测疾病发病或进展。近些年来在高质量SCI临床论文中用的越来越多。列线图将回归模型转换成了可以直观的视图，让结果更容易判断，具有可读性，例如：咱们
天桥下的卖艺者·2024-01-25 12:34

R语言【taxlist】——对多样性记录的物种列表使用 taxlist 的指南

1.起步（安装与加载）taxlist包通过一个对象类和功能（方法）处理分类数据。同名对象类taxlist可以进一步与生物多样性记录联系起来(例如，用于植被样地的观测)。taxlist包是在repositoryGitHub(https://github.com/kamapu/taxlist)上开发的，可以使用devtools包安装在R-session中：library(devtools)instal
ALittleHigh·2024-01-25 12:04

nlp文本主题提取算法总结

BERTopic:简介：基于预训练的语言模型BERT（BidirectionalEncoderRepresentationsfromTransformers）的主题模型，通过将文档嵌入到BERT空间中并进行聚类
mqdlff_python·2024-01-25 12:50

宏基因组CAG、MGS、MLG、MAG傻傻分不清？

在之前的Binning文章中（文章链接：《如何打破瓶颈，提升宏基因组研究level》、《宏基因组高分文章里的小技巧》），主要针对Contig进行聚类，旨在得到潜在的单菌基因组信息。
斗战胜佛oh·2024-01-25 11:54

R语言read.csv函数读取数据时的一个报错

读取数据用到的命令是df<-read.csv("example.csv",header=T,row.names=1)报错信息是Errorinmake.names(col.names,unique=TRUE):invalidmultibytestring1解决办法：重新将这个csv文件另存为一个新的csv文件，注意选择下面的CSV(逗号分隔)（.csv），而不是CSVUTF-8（逗号分隔）（.csv
小明的数据分析笔记本·2024-01-25 10:39

R语言作业之两个文件中相同列匹配加文件合并

冬至快到了，祝大家快乐，今天要和大家分享的是：在R语言中，如何将两个文件中样本名称相同的列匹配并且将相同的样本名称的其余信息一起匹配合并。
wx科研风雨路·2024-01-25 09:59

【深度学习】逻辑回归模型

逻辑回归模型机器学习的分类机器学习的两个种类：有监督学习：数据集带标签（题目有正确答案）无监督学习：数据集不带有标签，比如聚类算法有监督学习两大任务：回归任务：预测结果是无限个值，是连续值（体重值、分数值
wmh1024·2024-01-25 07:34

数字图像处理（实践篇）二十八 使用OpenCV Python中的K-means对图像进行颜色量化处理

选择使用cv2.kmeans()函数对颜色量化应用k-means聚类。1颜色量化使用K-means聚类在图像中实现颜色量化的步骤如下：①导入依赖库
Jackilina_Stone·2024-01-25 06:49

GEO数据挖掘学习笔记二

学习教程来源于《手把手教你GEO数据库差异基因分析》本次学习笔记内容为通过GEO2R在线工具进行差异基因分析通过了解，个人觉得这个方法相比R语言的优势是更普适性，以及更加“傻瓜”，方便学不明白R语言的同学
slim_zhang·2024-01-25 06:30

R语言rvest爬虫如何设置ip代理？

在R语言中使用rvest进行网络爬虫时，可以使用代理服务器来隐藏真实IP地址。有一些R包可以帮助爬虫中设置代理，其中一个常用的包是httr。
一连代理·2024-01-25 06:07

240124作图：R做横向barplot

参考的以下内容进行堆积条形图的制作：R语言可视化:堆积柱状图和百分比堆积柱状图-知乎(zhihu.com)但是做完了的图一长条，不太好看，想改成横向的：在ggplot作图代码后加上一个coord_flip
丁优雅ya·2024-01-25 05:23

R语言实战--第7章

7.1描述性统计分析1.描述性统计量命令--自带如：summary(mtcars[vars])#var代表mtcars中的某一个变量注：summary()函数提供了最小值、最大值、四分位数和数值型变量的均值，以及因子向量和逻辑型向量的频数统计。--自带函数fivenum()可返回图基五数总括（Tukey’sfive-numbersummary，即最小值、下四分位数、中位数、上四分位数和最大值）。-
明明就_faf8·2024-01-24 23:24

基于python豆瓣电影评论的情感分析和聚类分析，聚类分析有手肘法进行检验，情感分析用snownlp

基于Python的豆瓣电影评论的情感分析和聚类分析是一种用于探索电影评论数据的方法。情感分析情感分析旨在从文本中提取情感信息，并对其进行分类，如正面、负面或中性。
叫我：松哥·2024-01-24 21:17

R语言对数据进行标准化处理

有时候，在分析数据时，需要对数据进行直线转换，也就是将数据做标准化处理，标准化处理的结果称为标准分数，标准化处理的转换公式如下：举例说明：首先，导入数据其次，转换成标准分数，并以向量形式输出最后，保留小数点位数data<-read.table("clipboard",header=T)#导入数据A<-as.matrix(data[,2:4])#将数据框转换为矩阵colnames(A)<-NULL#
小记专家·2024-01-24 21:14

R语言：将数据框转化为矩阵并进行相关矩阵运算

一般情况下，R语言直接导入的数据都是有标题的数据框，那么在进行计算矩阵相关的运算时，要首先将数据框的数据转化为矩阵形式。
小记专家·2024-01-24 21:13

R语言【taxa】——is_*()：检查对象是否为某个类

is_classification(x)检查对象是否为classification类。is_internode(x)检查每个分类单元是否为节间。节间是指一个分类单元恰好有一个上级分类单元和一个下级分类单元。这些分类群可以在不丢失它们之间的关系信息的情况下被移除。xxis_taxon(x)[1]TRUE>is_taxon(1:2)[1]FALSEis_taxonomy(x)检查对象是否为taxono
ALittleHigh·2024-01-24 21:27

R语言【taxa】——leaves()和n_leaves()：每个分类群的冠群和冠群数量

Packagetaxaversion0.4.2leaves(x,value=NULL,...)获取每个分类单元的冠群索引或其他每个分类单元的值。leaves是没有下级分类群的分类群。参数【x】：获取leaves的对象，比如taxonomy。参数【value】：要返回的东西，而不是索引。长度必须与分类群数相同。参数【...】：其余参数。>x1:Carnivora├─2:Felidae│└─3:Pan
ALittleHigh·2024-01-24 21:57

跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2散点图及多图共享图例

论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.p
小明的数据分析笔记本·2024-01-24 20:34

UnityShader实例09:Stencil Buffer&Stencil Test

好在unity的shaderlab和D3D，OpenGL等shader语言是一致的，还可以从它们的相关解释来了
lupeng0330·2024-01-24 19:39

Python机器学习入门必学必会：机器学习与Python基础

“非监督式学习”即算法在训练模型时期不对结果进行标记，而是直接在数据点之间找有意义的关系，或者说输入数据中仅有X变量而没有y变量，特色在于针对X变量进行降维或者聚类，以挖掘特征变
数据科学作家·2024-01-24 19:05

R语言【taxa】——as_data_frame()：将 taxa 的对象 转换为 data.frame

Packagetaxaversion0.4.2Description将taxa对象包含的信息转换为data.frame，信息保存在列中。如果使用as_tribble则转换为表格。Usageas_data_frame(x,row.names=NULL,optional=FALSE,...,stringsAsFactors=FALSE)Arguments参数【x】：由taxa定义的一个对象。比如tax
ALittleHigh·2024-01-24 19:30

R语言rayrender包，csg_torus圆环体

R语言rayrender包，csg_torus圆环体image.png#ThuJun1722:33:202021-#字符编码：UTF-8#R版本：Rx644.1forwindow10#cgh163email
youmigo·2024-01-24 18:44

R语言【taxlist】——as()：将 taxlist 对象强制转换为 list 对象

Packagetaxlistversion0.2.4Description可以应用S4对象到list对象的强制转换来探索它们的内容，避免由它们的验证引起的错误。UsageS4_to_list(x)Argument参数【x】：一个taxlist类对象或任意S4类。Details将taxlist对象强制转换为list对象。Value一个list类对象。Examples将taxlist对象转换为list
ALittleHigh·2024-01-24 18:23

R语言【taxlist】——add_concept()，update_concept()：将新的分类概念添加到 taxlist 类对象中

Packagetaxlistversion0.2.4Descriptioin将新的分类概念添加到现有的taxlist对象中的可替换方法。Usageadd_concept(taxlist,TaxonName,...)##S4methodforsignature'taxlist,data.frame'add_concept(taxlist,TaxonName,...)##S4methodforsign
ALittleHigh·2024-01-24 18:52

R语言【taxlist】——backup_object()，load_last()：创建和加载 R 对象备份

Packagetaxlistversion0.2.4Description当处理数据变得有风险时，最佳实践是生成备份文件。backup_object()方法是save()方法的包装器，向结果文件（扩展名为*.rda的R映射文件）的名称添加时间戳和后缀。load_last()方法识别这种格式，并将最新备份版本加载到会话中。Usagebackup_object(...,objects=characte
ALittleHigh·2024-01-24 18:52

R语言【taxa】——internodes()：获得中间节点

Packagetaxaversion0.4.2Description获取每个分类单元或其他每个分类单元值的节点间索引。节间是一个恰好有一个上级分类群和一个下级分类群的分类群。这些分类群可以在不丢失剩余分类群之间关系信息的情况下被移除。Usageinternodes(x)Argument参数【x】：用来获取中间节点的对象，比如一个taxonomy对象。Examplex1:Carnivora├─2:F
ALittleHigh·2024-01-24 18:49

K-means聚类分析（Python）

推广到K就是：K均值聚类算法是先随机选取K个对象作为初始的聚类中心。然后计算每个对象与各个种子聚类中心之间的距离，
Sanchez·J·2024-01-24 18:43
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