RNA剪接第15页

复现原文（一）：Single-cell RNA sequencing of human kidney（step by step）

imagehttps://www.nature.com/articles/s41597-019-0351-8imageNGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这

生信宝典·2023-07-25 15:57

2021-10-28

表观转录组学：再探RNA为了找到新的思路，科学家们有时会查阅几十年前发表的研究报告。这就是WendyGilbert最近在RNA修饰研究中所做的。

844ed84ba80d·2023-07-25 08:06

探索miRNA与IncRNA的生物信息工具及数据库

miRNA的生物信息学资源：miRNA数据库1miRNA数据库2miRNA数据库3IncRNA的生物信息学资源：IncRNA数据库1IncRNA数据库2miRNA与IncRNA虽然都是非编码RNA,但是它们对于调控细胞的发育与探索疾病作用机制有着非常重要的作用

米妮爱分享·2023-07-25 08:22

数据库

https://academic.oup.com/nar/issuesanger英broadinstitue美UCSC美1.核酸数据库DNA数据库基因组数据库基因变异数据库基因表达数据库RNA数据库病毒数据库

洛洛洛洛洛啊·2023-07-25 02:20

RNAvelocity系列教程3：使用Seurat和velocyto估算RNA速率

此教程演示分析存储在Seurat对象中的RNA速率定量。参数基于RNA速率教程。

Seurat_Satija·2023-07-25 02:13

circFNDC3B编码蛋白通过调控snail抑制结肠癌肿瘤进展和EMT

文前扫盲一波：什么是非编码RAN，什么EMT.非编码RNA主要的来讲分为三类：miRNA,lncRNA,circRNA，真是不是一家人不进一家门，miRNA活了很多年了，现在基本快到末期了，长度比较短约

一个没有感情的文献阅读机·2023-07-24 13:43

2021-11-23

单细胞测序跟踪肺癌细胞谱系进展原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：风不止步IF=14.919推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：对收集自LUAD四个组织学阶段的25名患者的268,471个细胞进行单细胞RNA

图灵基因·2023-07-23 21:43

阿ll·2023-07-23 16:05

RNA-seq学习：No.12 EnhancedVolcano绘制美观火山图

EnhancedVolcano包可根据差异分析结果，基于ggplot2绘图结构，方便地绘制美观的火山图，下面根据自己的理解小结下基本用法。官方全面的教程：https://github.com/kevinblighe/EnhancedVolcano示例差异基因数据library(airway)library(magrittr)data('airway')airway$dex%<>%relevel('

小贝学生信·2023-07-23 03:33

错过黄金股市，错过炒房产，还要错过电影吗？

形成期（1895年—1927年），从爱迪生、卢米埃尔兄弟在美国和法国发明电影之日起，经历了从短片到长片，从单镜头到多镜头的剪接，形成视觉语言的二十多年的历史。

养乐多呀·2023-07-23 00:45

抗病毒药物

病毒简介病毒是病原微生物中最小的一种，在细胞内繁殖，其核心是核糖核酸（RNA）或脱氧核糖核酸（DNA），外壳是蛋白质，不具有细胞结构。病毒寄生于宿主细胞内，依赖宿主细胞代谢系统进行增殖复制。

三省吾身_9862·2023-07-22 15:32

宏基因组分析步骤Linux,为什么宏基因组数据分析比较难？

生物数据分析包括很多种类，比如人基因组，植物，动物，微生物，还有RNA，单细胞RNA等等，其中宏基因组数据分析是比较难的部分，为什么呢？这里总结了以下10点原因。

南哥塔罗占卜师·2023-07-22 12:30

宏转录组方法_土壤宏转录组RNA的提取方法评价

微生物被认为是地球最大的分解者。据估算，每克土壤中微生物的数量最高可达上百亿，物种可达数十万种[。这些数量巨大、种类繁多、功能多样的微生物推动了土壤的发生和发育，决定了地球演化的方向和进程，形成了人类赖以生存的土壤历史自然体。然而，栖息于土壤中难以计数的海量微生物中，绝大多数被认为难以培养、生理功能未知，最高可达99%之多，学术界甚至将其类比为物理学中的暗物质，提出了生物暗物质的理念[。因此，如何

咖啡猫的眼泪·2023-07-22 12:30

宏病毒组分析常见的分析软件

研究者将病毒视为调节人类生态系统的重要成员，人体内主要包括真核病毒和噬菌体，包括双链DNA(double-strandedDNA,dsDNA)，单链DNA(single-strandedDNA,ssDNA)和RNA

易基因科技·2023-07-22 12:59

从生物进化的过程来看软件工程的实现

生命的最开始起源于遗传物质，在早期的地球环境下，也就是被人称为原始汤的自然环境下，经过闪电和高温，部分无机物相互组合形成了DNA（RNA），最开始的DNA都是一个个的小片段（基因），通过吞噬和合并，在自然选择的情况下

Yard·2023-07-22 03:06

换个角度

这张图并不是原图，坐在车里，停在路上，把照片进行了一番剪接、编辑，发现这波整理之后，夕阳透出的那份散漫暗合了此时的心情，同时，也却提振了一点精神——挺好！在喧嚣尘上的都

迟到的冬天·2023-07-21 21:44

2022-01-21 百分位数进行细胞过滤

徐添添·2023-07-21 11:11

【环境软件】安装和配置生信测序分析环境

第二部分主要讲用conda安装软件，以ChIP-seq分析（以及cut&run数据分析）所需软件为例，做RNA-seq，ATAC-seq等也是适用的。末尾推荐几篇很实用的好文。”

木语呆呆·2023-07-21 08:50

喉咙都要，核酸检测为什么要捅喉咙？

病毒包括DNA病毒和RNA病毒，新型冠状病毒是一种RNA病毒，借助于核酸检测能够帮助医生准确识别感染患者。核酸检测的流程是什么?1.采集分泌物：需要采集患者的鼻拭子或者咽拭

随身易·2023-07-21 01:52

谁说学霸不能谈恋爱（四）

“阿雯，你知道DNA和RNA有什么区别吗

句小芒·2023-07-20 08:40

2018-12-30

而通过人工设计这两种RNA，可以改造形成具有引导作用的sgRNA（singleguideRNA），足以引导Cas9对DN

Mingyan_C·2023-07-20 00:51

反卷积法推断bulk RNA数据中的细胞组成

在这篇文章中，作者使用肿瘤单细胞RNA测序数据的适应症特异性和细胞类型特异性参考基因表达谱（RGEP），深入分析如何通过数学反卷积从bulk数据中得出实体瘤的细胞组成数据。

麒麟991·2023-07-19 22:15

跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分

DefaultAssay(immune)<-"RNA"cd_fe

TS的美梦·2023-07-19 16:48

CRISPR-Cas9入门知识学习笔记

该RNA引导的DNA靶向编辑工具已被科学家用在基因组编辑、转录干扰、表观遗传调控等多个领域

唯问生物·2023-07-19 07:02

外显子、内含子、mRNA、CDS、ORF的区别与联系

转录：以DNA为模版，在DNA指导的RNA聚合酶的作用下，将四种游离的NTP按照碱基互补配对的原则合成RNA。翻译：以mRNA为模板，在核糖体内合成蛋白质的过程。

高斯纯牛奶·2023-07-19 07:24

将qualimap结果统计成表格

qualimap用于将RNA比对数据进行QC，运行命令：ls*bam|xargs-n1-P2-I{}qualimaprnaseq-bam{}-gtfAt.gtf-occount.matrix-outdirrnaseq_result

wangsb_2020·2023-07-19 07:19

RNA 9. SCI 文章中基因表达之 GO 注释

全网最全GO注释结果绘图，直击SCI绘图标注，关注我，您最好的选择！前言1.GO原理基因组测序已经表明，大部分指定核心生物学功能的基因是所有真核生物共有的。这种共享蛋白质在一个有机体中的生物作用的知识，往往可以转移到其他有机体。基因本体论联盟的目标是产生一个动态的、可控的词汇表，可以应用于所有真核生物，即使基因和蛋白质在细胞中作用的知识正在积累和变化。为此，可以在全世界的Web上访问三种独立的本体

桓峰基因·2023-07-18 23:04

ceRNA介绍及分析研究策略

ceRNA介绍及分析研究策略原文地址来源：查看手机网址浏览：7686发布日期：2017-03-0615:12:27【大中小】前言现在生物学研究中对RNA的研究与日俱增，siRNA，piRNA，miRNA

ZZM2020·2023-07-18 22:40

2022-08-10

CellReports|KRAS突变影响RNA“暗物质”可用于癌症早筛图灵基因2022-08-1008:33发表于浙江收录于合集#前沿分子生物学机制Kras是一种鼠类肉瘤病毒癌基因，ras基因家族与人类肿瘤相关的基因有三种

图灵基因·2023-07-18 18:38

【零基础练习一个RNA-seq分析】CH1：用Linux安装RNA-seq需要的软件

这一部分主要是关于安装包管理软件miniconda已经miniconda的使用，在徐洲更哥哥的b站教程里有非常非常详细的讲解，跟着做几乎不会踩坑，我这里从安装miniconda开始写，权当做个笔记方便参考了，当然对于从这个教程开始接触生信的同学来说，前面的部分也非常重要。b站链接：https://www.bilibili.com/video/BV1JJ411p7fX顺便也贴一个教程https://

josia_luo·2023-07-17 10:19

10x Genomics RNA-seq 原理详解

近期的一系列际遇都再次论证了我真的是一个靠运气闯荡江湖的人，鬼使神差的混入了一个超棒的实验室，并且受到了同伴和室友在工作和生活上的无私的照顾。日子像梦一样美好，我只想时间走的再慢一点，让我能把这里的四季再多看一眼，再看清楚一些。记得之前果子老师说过，靠输出倒逼输入，我想尝试着把我的学习过程记录下来，理清思路，同时也许还能认识更多的再学习路上的小伙伴。（我真的考大学都没有这么努力过，倒着时差学习，哈

致知_5974·2023-07-17 00:04

2021-03-26 一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点

：启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。做生信分析时，一般选择上游1kb，下游500nt，也有选上下游各1kb的。

Koalaemu·2023-07-16 11:40

纯生信分析系列 6+|RNA结合蛋白在前列腺癌中应用价值评估

小伙伴们大家好呀，今天要为大家介绍的是于2020年8月31日发表于Genomics（IF=6.205）的文章，题目为Developmentandvalidationofasix-RNAbindingproteinsprognosticsignatureandcandidatedrugsforprostatecancer，作者单位是河北医科大学第二医院。本研究的重点是研究正常样品和前列腺癌（PCa）

概普生信·2023-07-16 10:53

库里肖夫效应

苏联电影导演列夫．库里肖夫通过镜头剪接所作的一项实验，该实验实际上是由普多夫金具体操作的。

月锅锅·2023-07-16 10:37

2022-06-06

NatMethods|RNA分子结构研究新方法原创图灵基因图灵基因2022-06-0610:14发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术为了了解单个RNA分子的作用，需要在原子和分子水平上破译其3D结构

图灵基因·2023-07-16 04:53

01 甲基化基础知识——学习于生信技能树公众号

whykm·2023-07-15 21:08

circRNA对基因调控起到怎么样的作用？基因敲除细胞株来揭秘！

环状RNA(circularRNAs,circRNAs)是一类由mRNA前体(pre-mRNA)经反向剪接形成的共价闭合环状非编码RNA。

源井生物b·2023-07-15 17:59

2022-04-29

CancerCell|胃肠癌中新抗原反应性T细胞的转录组学特征原创榴莲不酥图灵基因2022-04-2907:03收录于合集#前沿分子生物学机制撰文：榴莲不酥IF=31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：使用单细胞RNA-seq

图灵基因·2023-07-15 12:21

8.单细胞 RNA-seq 聚类分析：整合

学习目标：使用变异最大的基因进行不同条件的细胞整合，从而识别出最相似的细胞单细胞RNA-seq聚类分析：整合image目标：在不同的条件下，比对同一类型的细胞。

denghb001·2023-07-15 10:52

2022-05-10

现在，两个研究小组对免疫细胞进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq），并将数据与自身免疫疾病相关基因变异的

图灵基因·2023-07-15 04:39

Communications Biology发布首个猪脑组织精细RNA编辑图谱

该研究在国际上报道了首个猪脑组织精细RNA编辑图谱，是对哺乳动物中枢神经系统RNA编辑谱的重要补充，为以猪为模型进行神

尐尐呅·2023-07-14 21:31

RSeQC使用

官网：http://rseqc.sourceforge.net/ref1：RSeQC使用笔记–生信笔记ref2：RSeQC对RNA-seq数据质控|生信菜鸟团1.geneBody_coverage.pygeneBody_coverage.py-rhg19

苏牧传媒·2023-07-13 21:43

编写一个有32个32位寄存器的寄存器堆

使用verilogHDL进行编写moduleregfile(rna,rnb,d,wn,we,clk,clrn,qa,qb);input[4:0]rna,rnb,wn;input[31:0]d;inputwe

TZ燊·2023-07-13 19:02

转录因子研究思路

在转录起始过程中，可调控RNA聚合酶与DNA模板的结合。转录因子除了能与基因上游的启动子区域结合外，也可以转录因子复合物的形式和其它转录因子结合来调控基因的转录。

Han_zh·2023-07-11 08:44

复现原文（二）：Single-cell RNA sequencing of human

imageimageNGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：

生信宝典·2023-06-24 11:04

易基因｜m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析

甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做？从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。

易基因科技·2023-06-22 16:18

RNAseq教程(4.3)

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA

周小钊·2023-06-22 02:18

软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走不谢~~

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2023-06-21 12:39

单细胞RNA-seq预处理工具比较分析（bioRxiv）

2020年2月2日，苏黎世大学MarkRobinson团队在预印本bioRxiv上发表题为pipeComp,ageneralframeworkfortheevaluationofcomputationalpipelines,revealsperformantsingle-cellRNA-seqpreprocessingtools的研究内容，并建立了一个评估框架pipeComp，评估包括过滤、dou

生信宝典·2023-06-20 21:36

玩转ChatGPT：R代码Debug一例

二、踩坑过程（1）先看原始的咒语咒语：我已经使用synapser包计算得到了每个基因的干性权重标准值（第一列是基因名，第二列是权重值），现在需要计算TCGA中HCC的RNA-seq测序数据（第一行是样本名

Jet4505·2023-06-20 09:08

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