RNA剪接第12页

16S rRNA&rDNA测序分析

16SrRNA&rDNA测序分析第一节-OTU概述-qiime安装1.116s测序16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。16SrRNA基因

宁生信·2023-09-16 22:23

16S rdna 菌种鉴定

一、为什么选择16Srdna进行菌种鉴定：细菌的rRNA是细胞内含量最多的RNA，约占RNA总量的80%以上，由高度保守区和可变区组成。

avareart·2023-09-16 22:53

微生物测序应该用16S 还是宏基因组？

基本简介一、16SrRNA16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。

科研小行星·2023-09-16 22:53

CTAB法提取DNA的原理、步骤及注意事项

提RNA的原理又是什么？之间的联系和区别又在哪里？说实话，让我一板一眼的说DNA提

今日之森·2023-09-16 17:55

RNA-seq流程学习笔记（8）-使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引

参考文章：RNA-seq(5):序列比对RNA-seq练习第二部分转录组入门（5）：序列比对1.进行格式转换的原因BAMandSAMformatsaredesignedtocontainthesameinformation.TheSAMformatismorehumanreadable

垚垚爸爱学习·2023-09-16 11:14

RNA-seq实验设计：批次效应对RNA-seq结果的影响

RNA测序作为一种很灵敏的RNA表达量定量技术，很多因素会对实验精度产生影响。批次效应一种常见的误差来源。我们先用一个案例来解释批次效应可能对结果产生的影响。

Z_bioinfo·2023-09-15 08:05

预测多基因扰动的转录结果

作者提出了图增强的基因激活和抑制模拟器（GEARS，graph-enhancedgeneactivationandrepressionsimulator），这是一种将深度学习与基因-基因关系知识图相结合的方法，利用单细胞RNA

tzc_fly·2023-09-14 16:57

基于 Cell ID 的单细胞基因指纹特征提取和细胞身份识别的新方法

image-20210615135757667我们知道单细胞RNA测

黄树嘉·2023-09-13 10:46

【文献解读】结合基于微阵列的空间转录组和单细胞RNA-seq揭示胰腺导管腺癌的组织结构

单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够系统地识别组织中的细胞群，但表征它们的空间组织仍然具有挑战性。

六博说·2023-09-13 08:00

genome threader手册

它使用额外的cDNA/EST或蛋白质序列通过剪接比对预测基因结构。内含子切除技术：内含子切除技术对核心动态规划算法进行扩展，克服了处理长内含子基因组算法的空间和时间限制。

扇子和杯子·2023-09-12 23:25

RNAseq教程（1.6）

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA

周小钊·2023-09-12 10:12

2022-11-17

NatBiotech|可编程真核蛋白合成,利用ADAR的RNA传感器原创图灵基因图灵基因2022-11-1710:11发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术511个麻省理工学院-哈佛大学Broad研究所和麻省理工学院

图灵基因·2023-09-11 20:46

paper.2

paper.2同journal同期同国人发表的一起拿过来学习啦，这个题目还短一些哎，意在研究这个RNA调控对子怎么做，好，这个直接把ceRNA机制拿出来啦Genome-WideAnalysisofPrognosticlncRNAs

Mabel娜·2023-09-11 16:42

已知矩阵，制作RNA_motif的logo

这是一个很简单的诉求，可以用的方法有很多，今天谈一下MotifStack.介绍链接：MotifStack先弄清楚，motif的矩阵格式。DNAmotif矩阵数据大家应该看明白了，motif的矩阵格式为：横轴为对应碱基位置，纵轴为ACGT的概率。故所有其他格式的矩阵，都要换为这个格式。我用的代码如下:##将原文件行列互换另存为ipt.txtrm(list=ls())if(!requireNamesp

Ray钱·2023-09-11 13:59

RNA甲基化修饰m6A检测热门技术—MeRIP-seq

m6A甲基化是转录后调控中重要的表观遗传修饰方式，它普遍存在于病毒和真核生物中。MeRIP-seq（高通量测序法）作为m6A修饰的检测方法，其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在；能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较等优势。接下来就让小编带大家详细了解m6A和MeRIP-seq。1.在介绍m6A之前，首先认识一下什么是转录后调控？转录后调控(post-transcriptionalco

felix108·2023-09-11 06:20

[生信]单细胞测序数据分析的各类软件汇总

Github上有人收录了各类单细胞RNA测序的数据分析软件，包括RNA-seq和ATAC-seq等。https://github.com/seandavi/awesome-single-cell

MC学公卫·2023-09-11 02:54

RNA 36. SCI 文基于转录组数据识别CNV并可视化 (CaSpER)

转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事--基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之DESeq2RNA4.SCI文章中基于

桓峰基因·2023-09-10 19:41

基因类型

通常用基因芯片、RNA-seq

YX_Andrew·2023-09-10 02:28

身份证省市区SQL代码

；②第3、4位数字表示：所在城市的代码;③第5、6位数字表示：所在区县的代码;SQL源码：链接：https://pan.baidu.com/s/1NOMomMsnRDm7yjobmM7kEg提取码：3rna

fyhju1·2023-09-09 20:27

小王的RNA-seq傻瓜学习教程

1、NCBI-原始SRA数据的下载只会下到电脑上通过WinSCPC传到服务器，其他方法还没试过！后续要学一下滴原始数据下载GEO其实提供了不同格式的数据呢2、SRA数据转fastq格式首先明确是单端测序还是双端测序！！fastq-dump.sra文件然后压缩一下（因为节省空间）gripSRR.fastq3、质控及去接头trim_galore自动检测adapter的质控软件，具体参数--length

pudding815·2023-09-09 02:57

详细介绍最新版可变剪接软件rMATS

作者：椰子糖审稿：童蒙编辑：amethyst可变剪切能够产生多种类型的mRNA，因此一个基因就可以产生多种不同的蛋白。这个过程极大的增加了mRNA和蛋白质的多样性。可变剪切（alternativesplicing）是一种后转录生物学过程，对细胞活动和疾病过程具有重要的且广泛的影响。研究表明人的基因组中有超过90-95%的多外显子基因存在可变剪切。到目前为止，也有很多软件可对其进行检测，今天我们就来

生信阿拉丁·2023-09-08 05:27

人体肺部组织发育过程中R-spondin2阳性间质细胞形成Bud tip 祖细胞生态位（一）

本文作者通过人体肺组织单细胞RNA测序数据发现发育过程中间质细胞群高度富集WNT信号通路分子Rspo2，同时budtip邻近部位高表达Rspo2受体Lgr5分子。

玫姝儿·2023-09-08 02:14

mac端fcpx视频剪辑 Final Cut Pro for Mac10.6.7

FinalCutPro是一款功能强大、操作简单的专业视频编辑软件，深受广大影视工作者和爱好者的喜爱影片剪接师可以快捷轻松地制作抢眼的动态图像，图像会随着影片中的面孔或物件移动。

xuyic_jghng·2023-09-07 15:40

单细胞RNA-seq+调控网络，深度剖析TNBCSingle-cell RNA-seq dissects the intratumoral heterogeneity of triple-neg...

Single-cellRNA-seqdissectstheintratumoralheterogeneityoftriple-negativebreastcancerbasedongeneregulatorynetworks基于基因调控网络的单细胞RNA-seq

生信学霸·2023-09-07 14:08

TCGA数据分析（4）

TCGA数据分析(1):如何从TCGA下载数据TCGA数据分析(2)：如何从TCGA检索数据TCGA数据分析(3)：RNA-seq表达数据预处理这次讲解如何从metadata.json中获得分组信息，如果你有

dming1024·2023-09-06 08:16

生化中的感人故事

蛋白说："你好，我是RNA水解酶。"mRNA沉默了一下，说："没关系，反正我本来也活不了多久，你就陪陪我吧。"蛋白说："好"。于是两个人就手拉手默默地站在一起。

莫屿花开·2023-09-06 07:56

阿里云国外服务器处理转录组数据RNA-seq

#美国弗吉尼亚8核64G，高主频型4.5rmb/h新建用户adduserwuxiaobinpasswdwuxiaobin赋予root权限：usermod-grootwuxiaobin修改/etc/sudoers文件重启准备工作#安装RSEMwget-chttps://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.1.tar.gztar-xzvf..#安装相应配件sud

好风凭借力·2023-09-06 07:31

2021-08-14 头颈部鳞状细胞癌中PD-L1 和 m 6 A RNA 甲基化调节因子的免疫浸润的综合分析

1628943565(1).pngAbstract由于大多数研究都集中在肿瘤的内在致癌途径，因此N6-甲基腺苷(m6A)甲基化在肿瘤免疫微环境(TIME)中的潜在作用仍然难以捉摸。在此，我们系统地探讨了769例头颈部鳞状细胞癌（HNSCC；癌症基因组图谱[TCGA]队列，n=499；GSE65858队列，n=270）中突出的m6A调节因子与PD-L1和免疫浸润的相关性）。PD-L1表达明显与m6A

卅衣·2023-09-06 04:09

seurat单细胞转录组整合分析教程-02

ifnb.list#$CTRL#AnobjectofclassSeurat#14053featuresacross6548sampleswithin1assay#Activeassay:RNA(140

whitebird·2023-09-06 02:00

【星戈瑞】CY7-COOH在分子生物学研究中的应用

核酸标记：CY7-COOH可以用于标记DNA、RNA等核酸分子，用于分析基因表达、核酸杂交实验等。细胞内示

星戈瑞-荧光居·2023-09-05 03:08

【文献速递】-science齐发-人类胚胎发育单细胞基因表达及染色质开放图谱

研究人员利用sci-RNA-seq3的技术，在15种类型的胎儿组织中分析了基因表达。这项技术用三个DNA“条形码”的独特组合标记每个细胞，从而使研究人员无需物理分离即可跟踪细胞。

六博说·2023-09-04 15:28

Nature commun |晚期胰腺导管腺癌中自发进化的祖细胞niches逃避Yap癌基因成瘾

那么，在晚期胰腺导管腺癌(PDAC)中结合RNA-seq和Cut&Tag技术对肿瘤自发复发研究有什么样的影响呢？看看今天我们带来的文章。

爱基百客·2023-09-04 06:04

RNA结合蛋白研究技术：RIP-seq实验分析流程及案例分享

RNA免疫共沉淀—RIP-seq（RNAImmunoprecipititation）是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，RIP利用目标蛋白的抗体将相应的RNA-蛋白复合物（RBP）沉淀下来，分离纯化捕获的

爱基百客·2023-09-04 06:03

零基础练习一个RNA-seq分析】CH0：准备一个云服务器

写在最前面大概也是受到了【时代灰尘】的重压，原来的实验计划全盘打乱，本来计划利用疫情期间要写完的综述看起来也要虎头蛇尾了。在经历了一个惨淡的保研申请季后，决定重新把精力放到自己的课题上来，一方面听从老板的建议，充实一下自己保研答辩的PPT，另一方面也是冲淡一下夏令营带来的挫败感。作为一个计算机小白，从搭建一个云服务器开始，学习Linux，跟着@Y大宽姐姐和@徐洲更hoptop哥哥的慢慢摸索。到今天

josia_luo·2023-09-04 04:59

生物基础知识---CDS，基因，Matlab生物信息工具箱

编码区是指能够转录信使RNA的部分

素材积累·2023-09-03 09:39

单细胞转录组数据 + 动力学：常见软件包&一般研究内容

目录RNA剪接动力学：eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断monoclescveloPAGA总结基因调控网络RNA剪接动力学：eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断

素材积累·2023-09-03 09:09

生物大分子 vs 生物小分子

生物大分子包括蛋白质、核酸（包括DNA和RNA）、多糖和脂质。它们是生物体内的重要分子，具有关键的生物功能和结构特征。

素材积累·2023-09-03 09:09

求臻医学：肿瘤免疫微环境+RNA：破解免疫治疗单一biomarker困境

臻话RNA|第7期近年来，肿瘤精准医疗飞速发展，尤其是ALK、ROS1、RET、NTRK、FGFR等以结构变异为主的靶向药物陆续上市，越来越多患者从中获益。

求小臻·2023-09-03 00:35

m6A甲基化

前沿表观遗传学，包括组蛋白共价修饰(covalenthistonemodification)、DNA甲基化修饰(DNAmethylation)、RNA甲基化修饰(RNAmethylation)、基因组印记

Seurat_Satija·2023-09-02 19:14

老化的骨骼干细胞产生炎性退行性微环境

单细胞RNA测序研究显示功能丧失与衰老小鼠SSC转录组多样性减少直接相关，这导致了骨髓微环境的转化。年轻造血干细胞的

felix108·2023-09-02 00:36

RNA-seq 详细教程：样本质控（6）

学习目标了解计数数据变换方法的重要性了解PCA(principalcomponentanalysis)了解如何使用PCA和层次聚类评估样本质量1.质控DESeq2工作流程的下一步是QC，其中包括样本和基因程度上，以对计数数据执行QC检查，以帮助我们确保样本或重复看起来良好。QC2.样本QCRNA-seq分析中一个有用的初始步骤通常是评估样本之间的整体相似性：哪些样本彼此相似，哪些不同？这是否符合实

冷冻工厂·2023-09-01 11:23

相聚

蓝天，白云，日暮柔柔的夜色把我们载入温馨轻风，明月把我们窜成一个同心圆任熟悉扑面而来任心跳加速任记忆剪接任歌声嘹亮任演说接龙哦——岁月未蹉跎年华未虚度依旧是镜子里欢喜模样书一笔宁静致远蘸一缕茶香袅婷画一幅永恒的碧水情长盈一怀深情厚谊袭一枕梦里家园请悄悄隔在心灵最底层酵藏夜深人静或年华老去时让我们回忆曾经的淡淡的甜蜜和馨香

春光明媚_f373·2023-08-31 22:35

一个关于机器人的梦

做了个梦，是关于机器人的，感觉很奇怪，起因是下面的这个比喻：“DNA=程序源代码，RNA=源程序编译器，蛋白质=最终用户的应用软件，mRNA=附带一段源程序的编译器。”

白肥大叔兔·2023-08-31 17:49

Ensembl 简介及其参考基因组

BioMart是强大的RNA在线ID转换工具；BLAST是

花色匆匆·2023-08-31 14:06

分子知识

寡核苷酸(Oligonucleotide)是一类只有20个以下碱基的短链核苷酸的总称（包括脱氧核糖核酸DNA或核糖核酸RNA内的核苷酸），寡核苷酸可以很容易地和它们的互补对链接，所以常用来作为探针确定DNA

mini炒年糕·2023-08-31 04:14

miRNA的下一个研究浪潮？A-to-I edited miRNA走起！

提到非编码RNA，大家最熟悉的就是miRNA,miRNA靶基因研究，miRNA-lncRNA研究等等。小编最近发现了一个miRNA的新研究：A-to-IeditedmiRNA。

唯问生物·2023-08-30 19:18

2022-03-31聊聊抗原检测

看了张医生的介绍视频，就是以往的核酸检测检验的是病毒的基因RNA，需要扩增，什么意思？就是病毒基因太少了，看不出来，需要通过技术去复制。一般德国的标准是复制30轮，我们可以理解为2的30次方。

如月公子·2023-08-30 16:17

瑞禧解析制备步骤--荧光标记外泌体（含荧光标记方向科普）

外泌体(Exosome)是指包含了复杂RNA和蛋白质的膜性膜泡(30-150nm)，其直径在30-150nm左右。

星戈瑞-荧光居·2023-08-30 07:39

肿瘤科医师狂喜,15分RNA修饰数据挖掘文章

Biomamba荐语与这个系列的前面一些论文类似，这次给大家推荐的是一篇纯生物信息学数据挖掘的文章，换句话说，这又是一篇不需要支出科研经费（白嫖）的论文(当然，生信分析用的服务器还是得掏点费用的)。一般来说，纯数据挖掘、没有实验验证的文章影响因子普遍比有实验验证的文章低一些。尤其是肿瘤领域的TCGA数据挖掘，铺天盖地的1分、2分、3分的文章；大量的灌水导致了目前纯生信文章的影响因子贬值。更离谱的是

Biomamba生信基地·2023-08-30 07:04

48个实用的生信在线工具

基因结构绘制1.Exon-IntronGraphicMaker工具链接：http://www.wormweb.org/exonintronRNA二级结构2.Mfold工具链接：http://unafold.rna.albany.edu

天明豆豆·2023-08-30 04:44

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