RNA剪接第13页

RNA-seq 详细教程：样本质控（6）

学习目标了解计数数据变换方法的重要性了解PCA(principalcomponentanalysis)了解如何使用PCA和层次聚类评估样本质量1.质控DESeq2工作流程的下一步是QC，其中包括样本和基因程度上，以对计数数据执行QC检查，以帮助我们确保样本或重复看起来良好。QC2.样本QCRNA-seq分析中一个有用的初始步骤通常是评估样本之间的整体相似性：哪些样本彼此相似，哪些不同？这是否符合实

冷冻工厂·2023-09-01 11:23

相聚

蓝天，白云，日暮柔柔的夜色把我们载入温馨轻风，明月把我们窜成一个同心圆任熟悉扑面而来任心跳加速任记忆剪接任歌声嘹亮任演说接龙哦——岁月未蹉跎年华未虚度依旧是镜子里欢喜模样书一笔宁静致远蘸一缕茶香袅婷画一幅永恒的碧水情长盈一怀深情厚谊袭一枕梦里家园请悄悄隔在心灵最底层酵藏夜深人静或年华老去时让我们回忆曾经的淡淡的甜蜜和馨香

春光明媚_f373·2023-08-31 22:35

一个关于机器人的梦

做了个梦，是关于机器人的，感觉很奇怪，起因是下面的这个比喻：“DNA=程序源代码，RNA=源程序编译器，蛋白质=最终用户的应用软件，mRNA=附带一段源程序的编译器。”

白肥大叔兔·2023-08-31 17:49

Ensembl 简介及其参考基因组

BioMart是强大的RNA在线ID转换工具；BLAST是

花色匆匆·2023-08-31 14:06

分子知识

寡核苷酸(Oligonucleotide)是一类只有20个以下碱基的短链核苷酸的总称（包括脱氧核糖核酸DNA或核糖核酸RNA内的核苷酸），寡核苷酸可以很容易地和它们的互补对链接，所以常用来作为探针确定DNA

mini炒年糕·2023-08-31 04:14

miRNA的下一个研究浪潮？A-to-I edited miRNA走起！

提到非编码RNA，大家最熟悉的就是miRNA,miRNA靶基因研究，miRNA-lncRNA研究等等。小编最近发现了一个miRNA的新研究：A-to-IeditedmiRNA。

唯问生物·2023-08-30 19:18

2022-03-31聊聊抗原检测

看了张医生的介绍视频，就是以往的核酸检测检验的是病毒的基因RNA，需要扩增，什么意思？就是病毒基因太少了，看不出来，需要通过技术去复制。一般德国的标准是复制30轮，我们可以理解为2的30次方。

如月公子·2023-08-30 16:17

瑞禧解析制备步骤--荧光标记外泌体（含荧光标记方向科普）

外泌体(Exosome)是指包含了复杂RNA和蛋白质的膜性膜泡(30-150nm)，其直径在30-150nm左右。

星戈瑞-荧光居·2023-08-30 07:39

肿瘤科医师狂喜,15分RNA修饰数据挖掘文章

Biomamba荐语与这个系列的前面一些论文类似，这次给大家推荐的是一篇纯生物信息学数据挖掘的文章，换句话说，这又是一篇不需要支出科研经费（白嫖）的论文(当然，生信分析用的服务器还是得掏点费用的)。一般来说，纯数据挖掘、没有实验验证的文章影响因子普遍比有实验验证的文章低一些。尤其是肿瘤领域的TCGA数据挖掘，铺天盖地的1分、2分、3分的文章；大量的灌水导致了目前纯生信文章的影响因子贬值。更离谱的是

Biomamba生信基地·2023-08-30 07:04

48个实用的生信在线工具

基因结构绘制1.Exon-IntronGraphicMaker工具链接：http://www.wormweb.org/exonintronRNA二级结构2.Mfold工具链接：http://unafold.rna.albany.edu

天明豆豆·2023-08-30 04:44

RNAseq教程(4.5)

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA

周小钊·2023-08-29 14:50

易基因：m5C RNA甲基转移酶及其在癌症中的潜在作用机制｜深度综述

近年来，5-甲基胞嘧啶（m5C）RNA修饰已成为通过编码和非编码RNA调控RNA代谢和功能的关键参与者。

易基因科技·2023-08-29 13:40

8月14日武汉见 | 易基因与您相约2023年度表观遗传与染色质生物学大会

易基因科技将携RNA修饰研究、DNA甲基化和羟甲基化研究、染色质结构构象与DNA互作研究、单细胞组学研究等表观特色产品亮相本次大会。欢迎各位老师前来易基因13号展位

易基因科技·2023-08-29 13:40

易基因：RNA-BS揭示叶酸调控神经干细胞m5C修饰和mRNA翻译机制｜科研速递

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。叶酸作为一种必需B族维生素，是一种具有重要生物学功能（包括DNA甲基化调控）的甲基供体。正常的神经发育和生理对细胞叶酸水平很敏感，而叶酸缺乏或过量都可能导致神经系统疾病。最近已有研究表明叶酸与哺乳动物线粒体中tRNAm5C修饰和翻译有关。然而，叶酸摄入对神经元mRNAm5C修饰和翻译的影响在很大程度上仍然未知。2022年11月23日，美

易基因科技·2023-08-29 13:39

易基因：m6A-seq等揭示RBM33参与调控m6A去甲基化酶ALKBH5活性及其底物选择性｜科研进展

RNA结合蛋白（RNA-bindingprotein，RBP）是一类结构和功能多样化的蛋白质，参与多种生物过程。

易基因科技·2023-08-29 13:09

用镜头讲故事，剪辑师要学会的镜头语言——剪接点

今天聊的剪接点，是影视剪辑专业的名词术语，含义就是把不同内容的镜头画面相连接，构成一个完整的动作或者概念，这就是剪接点。简单点说，就是俩个镜头画面相连接的点，就是剪接点。

影小白养成记·2023-08-29 13:51

DART: a fast and accurate RNA-seq mapper with a partitioning strategy DART：使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器

DART:afastandaccurateRNA-seqmapperwithapartitioningstrategyDART：使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器AbstractMotivation

wangchuang2017·2023-08-29 02:16

m6A相关lncRNAs与肿瘤的关系

目前已知的RNA修饰有100多种，其中RNA甲基化修饰占60%以上，而m6A(N6-甲基腺嘌呤)作为高等生物RNA上最为普遍的修饰，近几年的热度只增不减。

概普生信·2023-08-28 22:30

说到想到

脂肪中含有遗传物质吗，能提出RNA吗？脂肪（白色脂肪和棕色脂肪）中含有细胞核，能够提出RNA。

Cady_duan·2023-08-28 19:43

【优化算法】Python实现面向对象的遗传算法

在具体介绍遗传算法之前，我们先来了解一些知识DNA：携带有合成RNA和蛋白质所必需的遗传信息的生物大分子，是生物体发育和正常运作必不可少的生物大分子。一般情况下，是以双螺旋结构存在。

Torture_L·2023-08-28 07:15

外泌体多组学24-细胞外RNA通信联盟(ERCC)介绍

我们现在知道，当RNA被包裹在囊泡中或通过与脂蛋白或RNA结合蛋白结合时，它可以在生物液体的恶劣环境中生存下来。

_十三·2023-08-27 23:15

RNA-seq 转录组定量

Data：fromGEOTools:RSEM和STAR建立索引：下载gencode参考数据集，v24的gtf文件以及fasta文件/home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference—gtf~/gene_annotation/gencode.vM24.annotation.gtf--star~/gene_annotation/GRCm38.primary_

好风凭借力·2023-08-27 22:26

Seurat24式太极拳之8右揽雀尾---在Seurat中使用sctransform

八、右揽雀尾后坐扣脚收脚抱球转体上步弓步掤臂摆臂后捋转体搭手弓步前挤转腕分手后坐引手弓步前按单细胞RNA-seq数据中的生物异质性通常与包括测序深度在内的技术因素混淆。

Seurat_·2023-08-27 21:49

查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点

：启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。转录起始点（TSS）：转录时，mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，通常为一个嘌呤。

weixinsuoxian·2023-08-27 10:49

为什么宏基因组数据分析比较难？

生物数据分析包括很多种类，比如人基因组，植物，动物，微生物，还有RNA，单细胞RNA等等，其中宏基因组数据分析是比较难的部分，为什么呢？这里总结了以下10点原因。

基因学苑·2023-08-27 08:44

10X空间转录组重点分析合集2

我们这一篇进行分析合集包括三个部分（均是我之前所写）10X空间转录组数据分析重点梳理时空CNV分析导论10X空间转录组之免疫组库分析第一部分：10X空间转录组数据分析重点梳理空间转录组学(ST)技术正迅速成为单细胞RNA

单细胞空间交响乐·2023-08-27 00:51

短视频的探索之路十六版权这个坑尽量躲远点

2、视频剪接这个比上一个要好点，就是把一部电影剪辑一些片段出来，然后配上自己的声音进行解说

杜强66·2023-08-26 20:30

基因的分子结构

基因结构人类结构基因4个区域：①编码区，包括外显子与内含子；②前导区，位于编码区上游，相当于RNA5’末端非编码区（非翻译区）；③尾部区，位于RNA3’编码区下游，相当于末端非编码区（非翻译区）；④调控区

LeoinUSA·2023-08-26 18:12

NCBI数据上传（二）：转录组测序（RNA-Seq）数据

继“16S扩增子原始数据上传”教程发布之后，为满足大家对转录组数据上传的需求，小编马不停蹄地把转录组原始数据上传流程进行了整理，有需求地赶紧收藏吧!1.注册及登录账号1）注册账号：进入NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）网页，选择对应的账号进行注册，按照提示填写。2）登录账号：输入账号及密码（注册时使用哪种账号注册，登录时选择对应的登录通道登录），点击Login，

bioyigene·2023-08-26 12:57

DESeq2:基于Counts分析

data:2019年10月14日来源文章：RNA-Seqworkflow:gene-levelexploratoryanalysisanddifferentialexpression（一)、数据准备1数据制备

小杜的生信筆記·2023-08-24 22:17

融合遗传算法与XGBoost的玉米百粒重相关基因挖掘

相较于基因芯片等方法，基于转录组测序（RNA-sequencing,RNA-Seq)的方法不依赖基因的先验知识，能够覆盖更大的转录组范围，具有更高的分辨率并且测序成本更低[2]。

罗伯特之技术屋·2023-08-24 09:46

短视频的探索之路十八剪映这个好帮手你值得有用

对于我这种拍手来说，用电脑剪接视频实在是有点吃力了，第一是电脑的问题，太贵了入手压力大。第二就是正版软件太贵，盗版软件怕被黑。所以我折腾了一阵基本就放弃了电脑剪辑视频。

杜强66·2023-08-24 07:53

TCGA数据分析系列（二）：LinkedOmics

数据库的主页面数据库的数据来源第一步：选择肿瘤第一步我们选择肝癌第二步：选择数据类型第二步我们选择RNA-seq第二

生信小课堂·2023-08-23 09:19

文献阅读【RNA-seq数据归一化】

最近一直在做lncRNA的分析，其中的lncRNA的差异表达分析中，需要对readscount进行归一化，之前没有考虑很多，就用的通常的流程：hisat2→stringtie→prepDE.py/featureCount→DESeq2其中的DESeq2的归一化部分，也是我们通常称的标准化，是我们关注的重点，DESeq2主要原理：通过计算一个归一化因子，并进行变换，进而提高中等表达基因的地位。归一化

生信森林·2023-08-22 19:05

使用limma、Glimma和edgeR对RNA-seq数据分析笔记

1摘要简单且高效地分析RNA测序数据的能力正是Bioconductor的核心优势之一。

玄都维维子·2023-08-22 15:12

RNA-seq的样本为什么是负二项分布？

参考下面这篇，深入浅出，条理很清晰RNA-seq中的那些统计学问题（一）为什么是负二项分布？https://www.jianshu.com/p/ad24bb90b972

RachaelRiggs·2023-08-22 07:34

RNA m5C甲基化位点预测工具

前面小编给大家介绍了一个新的研究热点，RNAm5C甲基化。☞【科研热点】RNAm5C甲基化☞RNAm5C甲基化相关基因列表今天小编就给大家介绍几个预测RNAm5c甲基化的工具。上面这张表格里面了列出了目前主流的一些预测RNAm5C甲基化的工具。从方法分类上看，主要可以分成两类。第一列是基于SVM（supportvectormachine，支持向量机）的方法，第二种是基于RF(randomfores

生信交流平台·2023-08-22 03:53

【文献简报】通过共享单细胞RNA和染色质开放区域来鉴定染色质潜力

这篇文章开发了一种同时捕获RNA和染色质开放信号的方法，在该方法中，染色质中的开放区域先被Tn5标记，RNA再反转录成具有biotin的cDNA。

六博说·2023-08-20 04:07

易基因 | DNA甲基化经CTCF和黏连蛋白复合体调节RNA可变剪切 — 技术解读

DNA甲基化，mRNA可变剪切和多聚腺苷化（polyadenylation,APA）的失调与癌症密切相关。之前研究大多通过孤立分析其与不同生物进程之间的关系。本研究作者通过比较DNA甲基化转移酶正常细胞（HCT116）和双缺陷型细胞（DKO）全基因组甲基化和聚腺苷化位点使用情况，发现了DNA甲基化调控APA的机制。结果表明，去除DNA甲基化可以使CTCF（CCCTC-bindingfactor）与

E_GENE·2023-08-19 17:36

Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出

seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析

生信宝典·2023-08-19 01:51

MIT 6.047 | 基因组学机器学习(2020·完整版)2022-11-28-1-intro

AnalyzedRNAseqdataforthePseudomonasdiversityincysticfibrosissputumvs.lungsamples分析了囊性纤维化痰vs肺样本中假单胞菌多样性的RNA

八段锦1134·2023-08-18 14:25

2022-07-11

现在，研究人员已经使用单细胞RNA-seq来表征未分化多形性肉瘤小鼠模型的免疫组成。他们发现软组织肉瘤会产生一种

图灵基因·2023-08-18 12:43

对于生物信息的几款软件的深究

NCBI-BLASTSRA-ToolkitHISAT2用来rna-seqbwa用来DNA环境变量：envexport显示变量值：echo$变量名变量名之前一定要有$echo才能讲变量名替换成实际变量值vim

c4d82bfede08·2023-08-18 04:52

遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性

转录组分析的正确姿势（第三版）前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-08-18 03:30

RNA速率模型分岔图分析举例

RNA速率模型严格方程为：其中：u代表unsplicedreads数s代表splicedreads数α代表转录速率β代表剪切速率γ代表RNA降解率假设β=1；α，γ为常数，我们可以得到简化版的方程：我们单独讨论

小潤澤·2023-08-17 15:52

10X空间转录组的一个案例：小鼠大脑

INTRODUCTION为了展示空间转录组学技术的潜力，下面介绍一些由空间解析RNA测序数据的基本分析。为了产生这个数据集，我们在小鼠大脑的冠状切面上进行了空间转录组分析。

周运来就是我·2023-08-17 14:32

rna-seq批量pipeline

###拿到cleandata之后先trimmomatic此列选用特异的adapter序列##foriin*1.clean.fq.gz;doi=${i%1.clean.fq.gz*};trimmomaticPE-threads30${i}1.clean.fq.gz${i}2.clean.fq.gz${i}1.paired.fastq${i}1.unpaired.fastq${i}2.paired.f

njmujjc·2023-08-17 12:10

CNS图表复现11—RNA-seq数据可不只是表达量矩阵结果

本文是参考学习CNS图表复现11—RNA-seq数据可不只是表达量矩阵结果的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

Seurat_·2023-08-16 23:26

生信学习--生物数据库大全

★EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA序列库。http://ww

weixin_30321709·2023-08-16 04:22

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