RNA剪接第16页

单细胞 Drop-seq数据分析教程

Drop-seq是一种单细胞RNA测序技术，通过在微滴中捕获单个细胞并进行RNA扩增，从而获得单个细胞的转录组数据。该技术通过微滴分离单个细胞并将细胞裂解，随后在微滴中添

11的雾·2023-06-19 15:18

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。

·2023-06-19 10:43

2021-11-01

Wyss研究所发布世界最小纳米标尺创建多肽分子指纹原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术从微量样本中解码生物分子的身份是生物技术领域的一个长期目标，尽管下一代测序技术已使识别单个DNA和RNA

图灵基因·2023-06-18 22:25

甲基化知识点

斗战胜佛oh·2023-06-18 16:13

edger多组差异性分析_简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析 – 生信笔记

DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。

weixin_39640090·2023-06-18 08:54

8+SCI，最新单基因泛癌+实验验证，有实验条件可轻易模仿

SNRPA1是一种剪接体成分，负责将prem

生信小课堂·2023-06-17 15:44

VirSorter2识别病毒序列

VirSorter2:amulti-classifier,expert-guidedapproachtodetectdiverseDNAandRNAviruses中文：一种含多分类器且有专家指导的DNA/RNA

小白菜学生信·2023-06-16 17:51

[R][DiffBind]用Diffbind做RNA-seq差异分析问题记录（持续更新）

官方sample1.Loadingsamplesheet...BT4741BT474ERResistantFull-Media1bedErrorinif(file.info(peaks)$size>0){:missingvaluewhereTRUE/FALSEneeded文件缺失，检查工作目录下peaks/reads文件夹是否存在（我也不知道为什么它会自己删掉）实操1.ResponsiveMock

Scabbards_·2023-06-16 07:28

2021-09-01

Science|张峰提出基因治疗输送理念：适应人类细胞的RNA递送系统原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术麻省理工学院的研究人员表示，基因疗法和其他分子疗法可能很快就会得到更有效的包装和实施

图灵基因·2023-06-15 17:04

Motif分析百宝箱（一）

在蛋白质、DNA、RNA序列中都存在，同源序列中不同位点的保守程度不同，一般对于功能影响较大的序列，通常比较保守。通俗来讲Motif就是反复出现的模式，并且假设其具有生物学功能。

生信阿拉丁·2023-06-15 15:56

宏病毒组研究大放异彩！| 凌恩生物1-5月高分宏病毒组文章大盘点！

病毒宏基因组学能够检测病毒群落的DNA或RNA序列，了解病毒种类

SHANGHAILINGEN·2023-06-15 13:23

单细胞108篇文献解读之6---Decouplinggenetics, lineages, and microenvironment in IDH-mutant gliomas by singl...

6、天雄星豹子头林冲单细胞RNA-Seq结合大数据分析揭示肿瘤亚型的差异image肿瘤的存在威胁人类的生命健康，研究肿瘤的起源和发生发展的过程有助于为肿瘤的防治提供重要的依据。

Seurat_Satija·2023-06-15 13:25

多任务学习用于多模态生物数据分析

目前的生物技术可以同时测量来自同一细胞的多种模态数据（例如RNA、DNA可及性和蛋白质）。这需要结合不同的分析任务（如多模态整合和跨模态分析）来全面理解这些数据，推断基因调控如何驱动生物多样性。

tzc_fly·2023-06-14 18:56

R语言- ComplexHeatmap 绘制复杂热图示例

它经常用在分子生物学文章里（尤其是microarray,RNA-seq相关论文）直观地呈现多样本多个基因的全局表达量变化，和呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。

倪桦·2023-06-14 14:17

2022-09-18 ROSALIND_2: Transcribing DNA into RNA

#----ROSALIND_2:----#TranscribingDNAintoRNA"""DNA_base="ATCG"RNA_base="AUCG""""#GATGGAACTTGACTACGTAAATT

小孟在充电·2023-06-14 08:52

mRNA 蛋白 DNA

很久很久以前，有个mRNA，觉得自己很孤单，就翻译了一个蛋白为自己作伴，「你好，我是你的模板」「你好，我是RNA水解酶」mRNA沉默了一下，「我本来也活不了多久，你就陪陪我吧」「好」mRNA和蛋白手拉手

炭酸水素钠·2023-06-14 04:50

U17 snoRNA调节细胞胆固醇的转运

已知H/ACAsnoRNA靶向rRNA，tRNA和小核RNA（snRNA）以通过其远端环结合靶序列进行假尿苷化。

Ray钱·2023-06-12 22:59

RNAseq教程（1.5）

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA

周小钊·2023-06-11 10:57

RNA-seq小考核前学习笔记（题目答案不一回事勿参考）

题目链接：http://www.bio-info-trainee.com/3920.html#此仅作为学习笔记，记录自己运行使用的代码和过程，并不与题目完全相符#我是菜鸡，还在理解学习记录的代码#正在复习学过的代码，这着学过的代码，能回忆起来就不错了，看着之前的代码想怎么回答问题中#勿复制勿参考，免得被带偏，谢谢Q1:参考基因组及注释文件下载地址列出人，小鼠，拟南芥的基因组序列，转录组cDNA序列

xyn_271100·2023-06-11 09:58

【scRW】[3]Single-cell RNA-seq data - raw data to count matrix

根据所用文库的制备方法，RNA序列（(alsoreferredtoasreadsortags）将从转录本（10XGenomics,CEL-seq2,Drop-seq,inDrops）或全长转录本（Smart-seq

RachaelRiggs·2023-06-11 08:45

外显子、内含子、mRNA,CDS区别

将四种游离的dNTP按照碱基互补配对原则合成新链DNA,DNA复制：模板为双链DNA，合成的新链与模板链一模一样，原料为四种dNTP，为半保留复制，需要引物转录.2.转录：以DNA为模版，在DNA指导的RNA

米妮爱分享·2023-06-11 07:22

【4】肿瘤转录组测序分析流程及相关软件

基于二代测序的RNA癌症研究方法基于DNA层面的癌症研究：一本字典基于RNA的癌症研究：从字典种挑取写一篇日记RNA特点：时空特异性：需要控制变量对照组协同作用，形式多样：表达量高低/可变剪接/单碱基突变

米源MY·2023-06-11 00:16

每日文献：2018-01-25

而目前RNA-seq数据又是特别的多，所以

xuzhougeng·2023-06-09 19:35

易基因：全基因组ChIP-seq分析揭示细菌转录因子PhoB的基因内结合位点｜mBio

细菌编码许多转录因子（transcriptionfactor，TF），这些转录因子通过与启动子周围的DNA结合并调控RNA聚合酶（RNAP）全酶以结合启动子DNA或异构化为主动转录构象的能力来调节转录起始

易基因科技·2023-06-09 18:11

易基因：全基因组DNA甲基化和小RNA分析揭示甘蓝型油菜种子的基因组不对称性 | 植物发育

尽管转录组学中基因组优势的趋势开始显现，但多倍体在生殖发育过程中的表观遗传学和小RNA（sm

易基因科技·2023-06-09 18:08

manacher——马拉车算法（图文详解）

生物中的基因排列可能会用到，DNA/RNA遗传信息。算法详解本质：利用已有经验不断迭代。首先我们在求一个字

Shun_Hua.·2023-06-09 17:22

RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics RNA-Seq:转录学的革命性工具

RNA-Seq:arevolutionarytoolfortranscriptomicsRNA-Seq:转录学的革命性工具转录组研究：从芯片到RNA-Seq摘要：新一代测序技术在爆炸式发展的同时，也衍生出许多其他技术创新

wangchuang2017·2023-06-09 15:13

2021-09-30

Cell|雌激素受体作为RNA结合蛋白维持肿瘤细胞存活原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：风不止步IF=47.728推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：众所周知，雌激素受体α(ERα)是一种激素受体

图灵基因·2023-06-09 10:30

实用干货 | 单细胞转录组测序分析—10x参考基因组组装

与常规的RNA-Seq一样，10x单细胞RNA-Seq也需要测序数据比对到参考基因组进行基因的定量。那么参考基因组的质量就对单细胞的分析结果有着重大的影响。

百奥益康·2023-06-09 04:10

【生信】R语言在RNA-seq中的应用

R语言在RNA-seq中的应用文章目录R语言在RNA-seq中的应用生成工作流环境读取和处理数据由targets文件提供实验定义对实验数据进行质量过滤和修剪生成FASTQ质量报告比对建立HISAT2索引并比对读长量化读段计数样本间的相关性分析差异表达分析运行

Dream of Grass·2023-06-08 22:23

分子生物学中的DNA“链”

分子生物学中的DNA“链”在进行生信分析的过程中，经常会被基础的分子生物学概念所困扰，如在学习RNA-seq的链特异性建库（rf(fr-firststrand)；fr(fr-secondstrand))

想做合格的python小工蚁·2023-06-08 22:42

SC2disease：人类疾病的单细胞转录组的人工收集数据库

单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术能够以单个细胞分辨率研究复杂生物的转录组，为科学家提供了一种新

zty2009·2023-06-08 19:07

2022-01-15

NatBiotech|光遗传控制RNA定位、剪接、翻译和稳定性原创风不止步图灵基因2022-01-1507:03收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：风不止步IF=54.908推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：一种可光转换的

图灵基因·2023-06-08 09:25

生命的起源——第一个DNA/RNA？？

发现DNA双螺旋结构的其中一位科学家弗朗西斯·克里克（FrancisCrick）提到有关生命起源的种种理论说“涉及太多臆测，只基于少量事实”。事实表明，分子本身并不能自动结合成复杂的生物，相反，在物理定律下，复杂如机器、房子甚至细胞这些东西，会随着时间过去而损坏。这种现象就是科学家所说的热力学第二定律所产生的结果。简单来说，在这个定律下，物质的自然倾向是从有秩序变为无秩序。《进化入门》一书说，进化

qiaoli·2023-06-08 05:45

瞬息万变不过RNA——转录组测序常见问题集锦

【Q&A】瞬息万变不过RNA——转录组测序常见问题集锦来源：发表日期：2018-08-03浏览量：90什么是转录组测序转录组测序（即RNA-seq）是RNA研究很重要的手段，研究对象为特定样本在某一功能状态下所能转录出来的

wangchuang2017·2023-06-07 14:49

高分文献速递｜单细胞及空间转录组测序文献汇总导读（202108下期）

空间转录组是从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，

SBC生物芯片·2023-06-07 02:28

2023-05-16 RNA测序上流分析流程

建了个专门存放软件的文件夹，/home/zenglab/biosoft/查看软件安装位置：whereishisat2一、FastQC1.下载安装需要java环境，先用java-version查看一下是否有java没有则在官网下载一个64位Linux系统的tar文件在/usr下建立一个java文件夹，sudomkdirjava将下载的tar文件拷贝到该目录下，tar-ZXVf解压；安装完毕为他建立一

生物小杨·2023-05-18 20:41

TEtranscripts--计算转座子(TEs)在RNA-seq中的定量和差异表达

写在前面，最近为了解决这个问题，看了很多软件，要么是单细胞技术，要么是物种限制，总之花了挺多时间。本来打算使用SQuIRE，但是卡在了BUILD_refGene.txt(基因注释和TE文件的格式上)，只得作罢，改用这个TEtranscripts.下载wgethttps://github.com/mhammell-laboratory/TEtranscripts/archive/refs/tags/

寒山梦绮·2023-05-05 22:20

NGS分析手把手教学：零基础RNA-seq转录组分析实践，两套方案(2023年最新）

这次是RNA-seq转录组分析。本文主要是指导操作流程，不会浪费篇幅在解释RNA-seq原理上。本章会使用人类基因组，比较组间的差异基因。其他物种的数据同样适用。

Jason数据分析生信教室·2023-04-24 10:38

用GDSC数据库的结肠癌细胞系数据来计算基因与IC50的相关性

另外5-FU还可以转化成5-氟尿嘧啶核苷整合进RNA或者DNA，阻碍蛋白质的合成或者RNA发挥作用。

吴涛_631b·2023-04-21 08:29

CIDP---为sgRNA/guide RNA设计引物

基本过程是设计完sgRNA后需要将sgRNA插入到载体序列中，这个时候就涉及到了插入哪个位点的问题。因为同学们手中可能有各种各样的载体，所以在这里确实没有办法给同学们设置自动化的程序，所以做一个半自动化吧。如导图所示，选择酶切位点后，在这个切割位点两端会有序列（即红色与蓝色部分所示），将这些序列分别放入到下方的④和⑤的位置（不需要反向互补，程序会自动替你做）。然后，是输入sgRNA序列，依然有两种

许东·2023-04-21 02:03

【scRW】[2]Introduction to Single Cell RNA Sequencing

这个专题叫ScheduleforSingle-cellRNA-seqworkshop，那就把这个专题叫做【scRW】吧第二课IntroductiontoSingleCellRNASequencing####目录##1CommonapplicationsofsinglecellRNAsequencing.##2OverviewofsinglecellRNAsequencingplatforms.##

RachaelRiggs·2023-04-21 01:12

bioinfo100-第1题-（1）fasta&fastq

image.png2.测序原理（待填坑）3.分析流程image.png第1题，与FASTQ与FASTA格式有关1.0掌握fasta格式概述一下，fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式，可以储存核酸序列（DNA/RNA

RachaelRiggs·2023-04-21 00:53

外泌体-游离RNA提取方法及特点

BIOG产品特点◎操作简便快速，可在半小时内获得理想的RNA；◎提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；◎产量更高，较国内同类产品高出20%；◎可用于小量（200μL）血清、血浆

清风拂面vv·2023-04-20 18:16

10X单细胞（10X空间转录组）多样本基因表达动态分析之Lamian

看看简介基于单细胞RNA-seq(scRNA-seq)数据的伪时间分析已被广泛用于研究沿连续生物过程的动态基因调控程

Evil_Genius·2023-04-20 18:32

RNA-seq中的常见问题汇总

参考链接：http://www.huangshujia.me/2018/05/26/2018-05-26-How-Does-Sequencing-Duplicates-happen.html1.RNA-Seq

一只烟酒僧·2023-04-20 13:17

今天来聊聊单细胞测序：单细胞RNA-seq质量控制

单细胞RNA-seq(scRNA-seq)是一种有前途的技术，以表征和解剖细胞间的变化。然而，技术噪音和生物内在可变性的混合使得分离技术制品和真正的生物变异细胞特别具有挑战性。

伍鸿荣·2023-04-20 10:48

喏，这就是你缺的那个lncRNA-靶基因调控分析工具 | lncRNA数据库推荐

近年来，长非编码RNA（lncRNAs）在人类疾病中的作用越来越受重视。

尐尐呅·2023-04-20 10:41

易基因｜组学研究：人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和RNA m5C动态重编程

2022年5月26日，中国科学院研究团队合作以“DynamicDNA5-hydroxylmethylcytosineandRNA5-methycytosinereprogrammingduringearlyhumandevelopment”为题在权威学术期刊《GenomicsProteomics&Bioinformatics》（IF7.691）发表研究论文，该研究通过微量DNA羟甲基化测序技术5h

易基因科技·2023-04-20 04:50

2021-06-29 转录数据的差异分析(DESeq2包)

本研究使用RNA-seq分析了四种不同的经地塞米松(一种合成糖皮质激素分子)处理的ASM细胞系的基因表达变化。他们发现了一些差异表达基因，并将地塞米松处理的ASM细胞与对照细胞进行了比较，但主

学习生信的小兔子·2023-04-20 04:05

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