RNA测序

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

通过IlluminaNextSeq500测序的2700个单细胞。示例数据下载:https://cf.10xgeno
木舟笔记·2024-02-09 01:56

mRNA新冠疫苗会制造“转基因人”？没那么容易被“转”

加上最近美国《科学》杂志发表的一篇文章称，有证据证明，如果注射mRNA新冠疫苗，新冠病毒的部分RNA（核糖核酸）可能会整合到人的遗传物质DNA中，虽然不解其意，但许多人也忧心忡忡。
BBCearth·2024-02-08 14:56

看了老大比较基因组学视频后扩展的小内容

老大视频比较基因组在IGV看了http://www.bio-info-trainee.com/2218.htmlwes：探针捕获rna-seq：不会出现外显子两边下降chip-seq：不会出现整齐，得到的文件是
小梦游仙境·2024-02-08 12:56

生信绘图：在线绘制 序列 Logo 图

网站链接：WebLogo3-About(threeplusone.com)1序列Logo图序列Logo是一种常用于可视化DNA、RNA或氨基酸序列中保守性和模式的图形化方法。
Ningbo_JiaYT·2024-02-08 07:09

嗜酸乳杆菌NCFM

20世纪70年代，北卡罗来纳州立大学从人体粪便中最先分离出LactobacillusacidophilusNCFM，它是唯一一株进行了基因测序和注释的嗜酸乳杆菌。
营养科普·2024-02-07 21:10

STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner

SchlesingerF,etal.STAR:ultrafastuniversalRNA-seqaligner[J].Bioinformatics,2012,29(1).ABSTRACTMotivation:高通量RNA-seq
sunlight_yy·2024-02-07 14:29

文献笔记八十六：植物小RNA百科全书

论文PmiREN:acomprehensiveencyclopediaofplantmiRNAshttps://academic.oup.com/nar/article/48/D1/D1114/5585553本地文件名gkz894
小明的数据分析笔记本·2024-02-07 11:43

Q30与Phred值

转录组测序数据中，经常会出现Q30或Phred值，它们究竟是什么含义？Q30表示一个碱基的质量值，也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值为30，错误率为0.1%，正确率为99.99%。
新欣enjoy·2024-02-07 10:57

2022-09-07

-0710:15发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=47.99推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：文章开发第一个通用平台US-align，用于统一对齐不同大分子的单体和复合结构--蛋白质、RNA
图灵基因·2024-02-07 10:48

学习：StatQuest-RNA-seq技术重复

概念首先我们先辨析一下生物学重复和技术重复，我们的RNA-seq的data产生差异是正常的，关于差异来自于几个方面：生物学多样性，个体间差异，即便是同一物种（基因组相同），其转录本也未必都相同image.png
小潤澤·2024-02-07 09:11

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（三）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。
coffeeii·2024-02-07 03:31

bioinfo100-第9题-FastQC报告中的duplicate

第9题读懂FastQC报告中的duplicate问题本周我们预计会把前10个问题提出来，结束我们的测序原理与FastQC部分。今天我们来详细聊聊duplicate问题。
RachaelRiggs·2024-02-07 00:53

谷歌终究还是没忍住，把特朗普扯得淡给辟谣了。

拒绝使用世卫组织的测序试剂盒，坚持自主创新；迟迟不下放检测权利，所有检测都需要FDA批准通过。
d724eb5603f7·2024-02-06 22:04

2022-11-29 RNA-seq差异表达分析

最近看到一篇文章提到当样本量很大的时候差异表达分析使用秩和检验效果较好。文章题目：ExaggeratedfalsepositivesbypopulardifferentialexpressionmethodswhenanalyzinghumanpopulationsamplesGenomeBiol.2022Mar15;23(1):79.doi:10.1186/s13059-022-02648-4.
Zheng_xy·2024-02-06 21:20

2021-11-02

CancerCell|单细胞测序检测揭示CAR-T脱靶效应（2）原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：研究利用单细胞分析报告了CAR
图灵基因·2024-02-06 20:51

RNA-seq-Li

李老师RNA-seqPRC1.6-Gene和PRC1.6-Repeat数据分析读取要处理的文件library(ggplot2)library(VennDiagram)file.listlog2FoldChange_cutoff
bred·2024-02-06 17:31

几种RNA和蛋白互作检测的实验技术

今天给大家分享几种RNA和蛋白互作检测的实验技术，实验方法在这里没有详细描述，只是让大家对这几种实验技术原理有个初步的认识了解。感兴趣的可以专门阅读文献去深入学习，下面我们来看下这几种实验技术。
去学习一下啊·2024-02-06 17:45

给我们点赞

恭喜上海基因检测中心成立，主要针对人体基因测序，染色体遗传筛查，生命密码解析，我们的理念是揭开神秘生命密码，通过科学健康的方式让你健康活到140岁，需要了解定制的朋友可以详细了解我们！图片发自App
茗莘·2024-02-06 13:12

2022-08-14

上一次写随笔还是两周前八月第一周在玩异度之刃3.....第二周把EGO数据库挖掘的内容结束了，另外学了chip-seq全流程，这一次感觉比rna-seq那一趟顺利多了，当然，数据量也是大多了，分析结束后还要把
佳奥·2024-02-06 09:00

学习：StatQuest-Heatmap

Heatmapimage.png在RNA-seq中热图往往用于衡量不同样本不同基因的表达情况（主要看上下表达），这个图就是个热图，横坐标表示不同样本，纵坐标表示基因。
小潤澤·2024-02-06 05:17

六个样本+转录组标准分析=IF5.81——最新项目文章：氟苯尼考抑制P19干细胞增殖和分化的分子机制

近些年，转录组测序凭借其周期短，价格低，普适性高等优势，备受科研人员的青睐。
ee00dc6faab7·2024-02-06 02:30

文献分享-Cas9系统中引导RNA的研究进展

本文是一篇中文综述，于2018年12月发表于《生物技术通报》，文章对CRISPR/Cas9系统中的引导RNA研究进展进行了综述，围绕引导RNA的序列组成、结构特征以及转录产生方式这3方面内容，展望引导RNA
去学习一下啊·2024-02-05 23:40

RNA-seq转录组数据分析

B站：RNA-seq转录组数据分析入门实战1linux常用命令touchtext.txt#新建文件rm-rf/var/log/httpd/access#将会删除/var/log/httpd/access
医学小白学生信·2024-02-05 15:35

一文读懂环状RNA

环状RNA的定义是什么？circRNAs（CircularRNAs，环形RNA分子）是一类不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。
Seurat_Satija·2024-02-05 09:01

比对软件索引构建与效率比较

最近接触下组学的rawdata分析，慢慢学咯~下载参考基因组【直播】我的基因组（五）:测试数据及参考基因组的准备比对原创10000+生信教程大神给你的RNA实战视频演练比对效率5款流行比对工具大比拼
王诗翔·2024-02-05 08:18

14岁的男孩说想学生信，应该给予哪些指导？

前言随着高通量测序技术的发展，越来越多的文章重视湿实验和数据分析结合。
生信宝典·2024-02-05 06:57

“诺如病毒”爆发导致的腹泻，如何避免宝宝中招？

诺如病毒是属于杯状病毒科的单链正股RNA病毒，是引起全世界病毒性急性胃肠炎散发和暴发的主要病原体之一，也是儿童急性肠胃炎常见诱因之一
小风车儿科·2024-02-05 06:53

2023-04-07

重测序分析-使用GATK进行SNP和INDEL检测GATK是Broad开发的用于二代测序数据变异检测的软件，后续推广到动植物研究中，是目前最广泛使用的变异检测软件。
小谷头·2024-02-05 00:49

2022-08-25

NatMethods|细胞级表达图谱匹配测序和病理图像，发现更多结构细节原创骄阳似我图灵基因2022-08-2513:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：骄阳似我IF：47.99推荐度：⭐
图灵基因·2024-02-04 23:21

每日paper - 20211111 - 哺乳动物基因表达调控的全局定量分析

基因表达是一个多步骤的过程，包括转录、翻译和信使RNA与蛋白质的周转（turnover，应该是类似于代谢、降解的意思？）。
阿芃·2024-02-04 21:49

小麦基因组测序研究进展

3/15本期作者：大胖丫最近几年，麦类作物基因组学发展迅速，物理图谱的相继完成将大大加速麦类作物遗传学、比较基因组学以及进化等方面的研究，同时也将大大加速重要农艺性状基因的分离和鉴定。今天跟大家分享的这篇文章来自于TheCropJournal杂志，题目是“Currentadvancesingenomesequencingofcommonwheatanditsancestralspecies(10.
Neal_Bio·2024-02-04 20:11

Jellyfish进行Kmer评估基因组大小

我们对一个新物种进行基因组denovo测序时，一般需要先对该物种进行基因组survey，估计基因组大小、杂合率、重复序列比例、GC含量和倍性等信息，这些结果会直接影响我们后续测序的数据量及估计组装难度。
吕强强学生信·2024-02-04 18:45

GWAS:网页版的基因型填充（genotype imputation）

当然，如果你拿到的是全测序的数据，请忽略这一步。下面直奔主题，怎么在网页版进行基因型填充。
橙子牛奶糖·2024-02-04 10:33

一个中国并发癌症家系的全外显子组测序研究

PMID:31452746PMCID:PMC6676670DOI:10.3892/ol.2019.10573摘要癌症是中国的主要死亡原因之一，并且由于其发病率和死亡率不断上升，对公众健康构成威胁。并发癌症定义为同一个体的一个或多个器官同时或连续发生≥2个原发性恶性肿瘤；然而，并发病例很少见，而且研究很少。本研究招募了一个呈现多例并发癌症病例的中国家庭，并对一个未受影响的个体和两个受影响的个体进行了
亦是旅人呐·2024-02-04 03:25

高通量测序介绍

高通量测序技术（High-throughputsequencing）又称“下一代”测序技术（“Next-generation”sequencing），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志
基因组分析·2024-02-03 23:19

2022年全球市场RNA靶向小分子药物总体规模、主要企业、主要地区、产品和应用细分研究报告

本文研究全球市场、主要地区和主要国家RNA靶向小分子药物的销量、销售收入等，同时也重点分析全球范围内主要厂商（品牌）竞争态势，RNA靶向小分子药物销量、价格、收入和市场份额等。
GIR-环洋咨询·2024-02-03 22:43

Inflammasome Activation Triggers Caspase-1- Mediated Cleavage of cGAS to Regulate Responses to DNA...

作者研究了利用DNA病毒感染ASC-/-与Casp-/巨噬细胞，发现这两个分子的缺陷会导致IFN的产生增加，但RNA病毒的感染却未有此表型。
backup备份·2024-02-03 21:17

借助NMF的力量对单细胞RNA和单细胞ATAC进行联合分析

hello，大家好，礼拜天了，明天又要上班了，但是很想写一点东西，留下点足迹，但是又不想太动脑子，所以分享一篇代码文，分享给大家，单细胞转录组和ATAC的联合分析。Jointdefinitionofcelltypesfromsingle-cellgeneexpressionandchromatinaccessibilitydata说起liger，大家应该不陌生，大家可以参考我的文章10X单细胞（空
单细胞空间交响乐·2024-02-03 20:19

scRNA-seq | Windows下的R、RStudio下载和安装

2020/5/25，下定决心用R语言了，Python虽然顺手但是生物信息学尤其是单细胞测序领域主要还是R的天下。（发现一篇Naturecommunication居然用R调用了Tensorflow！
切瓜少年·2024-02-03 20:37

2014突破性科学技术：超隐私智能手机

杂志每年5月份必出的精品专栏，每年杂志的编辑和作者都会为全球的读者提供当年最火热、最具突破和创新精神的科学技术，比如智能手表、记忆植入体、层叠制造工艺（3D打印）、超级电网、临时社交媒体、胎儿产前基因测序
雅然风懿·2024-02-03 16:52

200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引

注：后面可能还会构建鼠源的x参考：RNA-seq(5):序列比对：Hisat2人类基因组hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2
dicklim·2024-02-03 15:13

scifi-RNA-seq 2021

题目：Ultra-high-throughputsingle-cellRNAsequencingandperturbationscreeningwithcombinatorialfluidicindexing期刊：NatureMethods通讯作者：ChristophBock奥地利科学院分子医学研究中心，维也纳，奥地利人工智能研究所，医学统计、信息学和智能系统中心，维也纳医科大学，奥地利维也纳我们
韧_7e6f·2024-02-03 12:07

NLP_统计语言模型的发展历程

其中，词向量表示的学习为语言模型提供了更高质量的输入信息（词向量表示）1948年，著名的N-Gram模型诞生，思路是基于前N-1个项目来预测序列中的第N个项目，所谓的“项目”，就是词或者短语。
you_are_my_sunshine*·2024-02-03 10:58

血液提取RNA

②RNA血液保存液12000rpm离心5min，弃上清后加1毫升RNase-freeddH2O。③200
杏子柠檬茶·2024-02-03 07:54

第31周-乳腺癌病人的转移瘤多点采样测序看异质性

乳腺癌病人的转移瘤多点采样测序看异质性于2017年发表在NatureCommunications杂志，标题是：Phylogeneticanalysisofmetastaticprogressioninbreastcancerusingsomaticmutationsandcopynumberaberrations
小梦游仙境·2024-02-03 06:29

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记scRNA-seq技术scRNA-seq分析流程数据预处理聚类标准化数据筛选有用的数据数据降维聚类Clustering注释细胞类型scRNA数据分析结尾该笔记来源于
是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:38

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记单细胞ATAC测序前言scATAC-seq数据怎么得出的？
是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:36

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法

Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”（10x基因组学，v.1.2.0）将原始测序数据转换为
科研菜鸟·2024-02-03 05:20

学习小组Day7——宣Xuanan

因为课题就是做转录组测序的，所以基础知识有一些了解，接下来从数据处理部分开始进行笔记。数据初步分析：使用fastqc进行质量分析，这是一款Java软件，支持多线程。
宣Xuanan·2024-02-03 05:04

RNA 18. SCI 文章中基因集变异分析 GSVA

GSVA也是SCI文章中常见的分析方法，在我们获得多个pathway的时候，可以比较pathway在样本分组中的差异，这样可以更好的确定每个通络的活性。关注公众号，桓峰基因前言GSVA全名Genesetvariationanalysis（基因集变异分析），是一种非参数，无监督的算法。与GSEA不同，GSVA不需要预先对样本进行分组，可以计算每个样本中特定基因集的富集分数。换而言之，GSVA转化了基
90066456ace6·2024-02-03 00:05
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