RNA测序第6页

【生信知识】---Nanopore测序分析软件nanopolish

前言：nanopolish是开源的综合性分析软件，集成了非常多的三代测序数据分析小工具。

卡布达b1·2024-01-20 02:44

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

通过IlluminaNextSeq500测序的2700个单细胞。示例数据下载:https://cf.10xgenomics.com/s

木舟笔记·2024-01-20 01:01

scRNA-seq Course 学习

对scRNA-seq的介绍scRNA-seq是对单个细胞进行测序分析，便于研究单个细胞水平的问题，例如：鉴定细胞类型，鉴定细胞基因表达差异，细胞反应的差异，单个细胞内部的基因表达调控。

劳工小朋友·2024-01-20 01:29

细胞基因完整矩阵转10xGenomics稀疏矩阵文件

经常分析单细胞数据的同学都知道，10xGenomics的细胞基因矩阵通常存储在三个关键文件中，这些文件共同描述了单细胞测序数据。

我是胡锦州·2024-01-20 01:27

通过VCF文件制作定制化的参考基因组

其实就是把某个测序样本call出来的SNP&&indel替换掉参考基因组对应位置的碱基。自己可以编写脚本修改，使用Perl中的substr来进行单个位点修改，把坐标按照从后往前的顺序，而不是从前到后。

dulunar·2024-01-20 01:58

【学习笔记】mark一篇推荐系统的文章

在做一道RNA中Dropout事件填充的建模题，里面要用到低秩矩阵的填充，基于矩阵分解的填充方法参考了推荐系统的相关算法。mark一篇推荐系统的文章基于矩阵分解的推荐算法

Jweeeeee·2024-01-19 23:53

学习小组Day7笔记--Monomania

2020年4月20日Day7：测序知识今天学习的主题是测序的相关知识，主要是测序技术的历史、高通量测序的分类以及一些相关的测序基础知识。学习资料有点多，感觉一时半会儿也不能全部理解，得多看看总结总结。

Just_Monomania·2024-01-19 18:46

ceRNA：一种全新的基因表达调控模式

竞争性内源RNA（ceRNA）是近几年来备受学术界关注的对象，它代表了一种全新的基因表达调控模式，相比miRNA调控网络，ceRNA调控网络更为精细和复杂，涉及更多的RNA分子，包括mRNA、编码基因的假基因

Seurat_Satija·2024-01-19 08:51

《基因的名义》读书笔记

这本书比较适合我这类入行不久的人来看，里面介绍了很多基因组学方面的应用和相关原理，内容涉及基因组学的发展历程、基因学和测序技术的应用（寻祖，亲人鉴定，性状预测，癌症检测和用药，出生缺陷预防，消费级基因检测等等

TOP生物信息·2024-01-19 07:26

不做WB或免疫组化，也能轻松完成蛋白验证 | 蛋白组数据库推荐

其利用转录组学和蛋白质组学技术，从RNA和蛋白水平研究人类不同组织和器官中的蛋白表达

尐尐呅·2024-01-19 00:30

新型冠状病毒

1.遗传物质：RNA2.作用特点：传染性强、致死率低3.必须寄生生活，无法独立生存。4.防护建议：病毒会从口、眼睛、鼻子等体内与外界相通的地方进入体内，建议出门戴口罩，不用手触碰眼睛。

希望珍贵·2024-01-19 00:03

听书《基因革命》

听书《基因革命》，可以基因测序，进一步了解自己。

梦幻剑晖·2024-01-18 23:40

时间序列数据的季节性检测

时间序列分析是统计学和数据科学的一个基本研究领域，它为理解和预测序列数据中的模式提供了一个强大的框架。特别是时间序列数据，它捕获连续时间间隔内的信息，使分析师能够揭示趋势，季节性模式和其他时间依赖性。

python收藏家·2024-01-18 20:22

结构变异SV分析(WGS/WES)和融合基因检测（RNA）

69种工具检测SV对比https://www.jianshu.com/p/85ff211b4b4ehttps://zhuanlan.zhihu.com/p/87408242?utm_campaign=rss&utm_medium=rss&utm_source=rss&utm_content=title最终决定使用wham和Manta组合，其实最优组合应该是wham，inGAP-SV组合或者inGA

wo_monic·2024-01-18 16:31

唾液 RNA 提取试剂提取后的 RNA 可用于核酸检测使用？

产品特点◎提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；◎产率高，同样的样本量提取的RNA更多；◎可用于唾液样本中RNA的提取，提取后的RNA可用于核酸检测使用；◎不含苯酚和氯仿等有毒溶剂

清风拂面vv·2024-01-18 15:19

纯生信分析套路甲基转移酶相关因子的预后分析

本文主要是基于TCGA数据和中国胶质瘤基因组图谱RNA测序数据集，通过一

音十千寻·2024-01-18 13:04

文献阅读：单细胞 RNA 测序揭示分子定义的肌间神经元类别的多样化

文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund（KarolinskaInstitutet）「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10

Tiger Z·2024-01-18 12:30

工智能基础知识总结--隐马尔可夫模型

隐马尔可夫模型的定义隐马尔可夫模型是关于时序的概率模型，描述由一个隐藏的马尔科夫链随机生成不可检测的状态随机序列（状态序列），再由各个状态生成一个观测而产生观测随机序列（观测序列）。

北航程序员小C·2024-01-18 12:54

一文带你读懂单细胞测序

本文首发于“生信大碗”公众号，转载请注明出处单细胞测序技术自2009年汤富酬老师发表单细胞文献后被广泛了解，2013年被NatureMethods评为年度技术，至此越来越多地被应用在科研领域。

生信大碗·2024-01-18 00:53

2022-07-01

NatureCellBiology|活细胞动态RNA成像技术原创苏安图灵基因2022-07-0109:13发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：苏安IF：28.824推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文的作者带我们回顾了

图灵基因·2024-01-18 00:28

vcf文件提取SNP位点

测序得到VCF文件后，有时需要提取部分SNP位点，这里介绍的工具是VCFtools，安装以及基础功能见下贴：vcftools安装及基础用法-(jianshu.com)1.准备SNP位点list首先将需要提取的

Wei_Sun·2024-01-17 18:45

小白使用GSEA的注意事项

经过不断的试错，我终于找到了目前看过最好的GSEA教程，在细节之处非常贴心，小心心送给你～传送门：ChevyXu的高通量测序数据处理学习记录（三）：Path

墨墨如·2024-01-17 15:26

Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具

我导再也不用担心我不认识marker啦我们在进行单细胞测序的时候，通常情况下是通过高变genes来辨别细胞类型（于是一大堆不认识的），除了免疫细胞可能容易分析出来，其他的细胞我是两眼一抹黑。

生信宝典·2024-01-17 09:34

互联网方法论之十三——依靠广度感知细微变化

于是再往内在走，通过穿刺获得样本，分析那些核心部位的DNA和RNA分子，蛋白质分子。越往内在走，要求的

891e64c433d2·2024-01-16 20:18

易基因｜全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示衰老对肝再生的表观基因组调控机制

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。众所周知，衰老会对肝脏再生产生影响。随着时间的推移，肝脏再生能力显著下降。肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数，以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降，其中涉及许多分子机制，包括DNA甲基化依赖性基因组重塑。那么DNA甲基化变化如何介导衰老对肝再生的不利影响呢？2023年02月13日，美国德克萨斯农工健康科学中心Ro

易基因科技·2024-01-16 13:52

Cell｜易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴，登上《细胞》封面！

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。北京时间2023年11月9日，《Cell》期刊以封面文章的形式在线发表了由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心，中国科学院广州生物医药与健康研究院等单位牵头，题为《Livebirthofchimericmonkeywithhighcontributionfromembryonicstemce

易基因科技·2024-01-16 13:52

易基因： RNA m7G甲基化修饰的生物学功能及其在癌症中的作用｜综述

m7G修饰是RNA转录后修饰之一，存在于许多不同类型的RNA中。通过对RNA中m7G修饰的准确鉴定，揭示了m7G在基因表达调控和不同生理功能中的作用。

易基因科技·2024-01-16 13:51

易基因2023年度DNA甲基化研究项目文章精选

01、易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴，登上《细胞》封面（cell/IF64.5）02、oxBS揭示复发性膀胱癌的DNA甲基化和羟甲基化变化并鉴定预测PD-L1表达标记物

易基因科技·2024-01-16 13:51

易基因：DNA甲基化和转录组分析揭示番茄黄化曲叶病毒感染过程中的转录和表观遗传学变化

测序技术进步允许大规模同时分析病毒感染的多个方面，为植物-病毒互作的分子机制产生新的见解。然而尚未对双生病毒感染期间宿主转录组、sRNA谱

易基因科技·2024-01-16 13:21

易基因： WGBS+RNA-seq揭示黄瓜作物的“源-库”关系受DNA甲基化调控｜项目文章

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。作物产量取决于库（sink，获得同化物）的潜力和源（source，供给同化物）的能力，“源—库”关系的优化对作物产量调控具有重要意义。黄瓜（CucumissativusL.）是世界范围内广泛种植的蔬菜，是我国具有巨大经济价值的七大蔬菜之一，叶片和速生果实属于黄瓜的“源”和“库”器官。黄瓜是典型的棉子糖家族系列寡糖(Raffinosefa

易基因科技·2024-01-16 13:46

锐意进取，蓬勃发展｜爱基百客2023全景图

爱基百客作为一家专注于测序服务的公司，我们在这一年里经历了许多挑战，也取得了令人鼓舞的成绩。前面我们盘点了表观产品和单细胞产品，今天再邀您回顾我们的2023全景图！

爱基百客·2024-01-16 12:40

#植物单细胞核转录组利用单细胞核转录组挑战非模式生物-荔枝花芽发育分化过程

近期，发表于《JournalofExperimentalBotany》的植物单细胞核转录组文献，以荔枝成花过程中关键发育时期的三种不同状态的芽为研究对象，首次建立荔枝芽样本的单细胞核测序体系，完成了首例荔枝单细胞图谱构建

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 09:40

群体结构分析

对群体结构和亲缘关系进行评估以确定使用的统计模型和获得相应的矩阵评估内容（遗传上差异过大应剔除，相似性高的保留其一）Structure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR……当然，对于重测序应用的最多的还是

滴滴_54f1·2024-01-16 07:10

高性能计算环境大规模DNA测序数据集柱状工具HipMer的介绍，安装和使用方法

HipMer介绍HipMer是一个基因组组装软件，它特别为高性能计算环境设计，旨在处理大规模的DNA测序数据集。

小果运维·2024-01-16 06:54

生物信息学之序列比对

AIzealot无·2024-01-16 02:02

生信步骤|kmc+genomescope进行基因组调查

在组装未知基因组时，往往需要利用重测序数据提前进行基因组调查，以获取其基因组规模，杂合率，重复序列比例，GC含量等信息。从而更好地拟定后继测序策略。基因组调查可以采用kmers方法。

学术程稻属·2024-01-15 20:04

生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie

转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。在这里小编整理了一下此套组合的执行流程，以供日后查阅；同时分享在平台，希望能帮助到更多初学者，如有谬误也请各路大佬批评指正。先从整体上看一下软件们所执行的功能：hisat2：建立参考基因组索引，reads的比对samtools：sa

学术程稻属·2024-01-15 20:34

外泌体多组学15-尿液外泌体sRNA建库优化-增加切胶回收扩增-比对率20%提升至33%

外泌体，40-130nm的膜衍生囊泡，已被鉴定为细胞间遗传物质交换和通信的新载体，包含各种核酸物种，包括mrna、小的非编码rna(sncRNAs)，特别是miRNAs。

_十三·2024-01-15 19:08

基础分子结构(1): exon, intron, CDS, ORF, 3',5'-UTR

换句话说，它主要聚焦于对DNA、RNA和蛋白质及它们之间的相互作用。分子生物学的基础知识对正确运用生物信息学工具有着举足轻重的作用。因此我想对其中重要的概念进行学习。

逐鸿·2024-01-15 17:57

单细胞转录组测序揭示了动脉粥样硬化免疫细胞的异质性

单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术的进展使我们对免疫细胞亚群的认识更加完善。

晶典教你玩转科研·2024-01-15 16:01

如何鉴定数据的建库方式（链特异性或非链特异性）

所以在数据处理前明确其建库方式尤为重要什么是链特异性建库在RNA-Seq建库的时候，第一步都是进行RNA到cDNA的反转录，在反转录以后，普通的RNA-Seq就直接使用randomprimer进行第2条链合成

生信助手·2024-01-15 07:29

哺乳动物器官中基因表达水平的进化

在这里，为了了解哺乳动物转录组进化的动态，我们报道了来自10种主要哺乳动物谱系(胎盘类、有袋类和单孔类)和鸟类(进化外群)的6个器官的多聚腺苷化RNA的测序。我们发现，由于选择压力的

亦是旅人呐·2024-01-15 04:33

这篇12分只有2张图的文章思路值得借鉴

作者对致命性前列腺癌的未治疗初级样本以及去势抵抗后的样本进行了基因组测序，分析了前列腺癌原发肿瘤活检中的基因改变，评估相同

科研菌·2024-01-15 00:02

细菌16S rRNA基因测序平台比较

1.细菌16SrRNA基因测序平台介绍1.1Roche454测序平台罗氏454测序系统是454生命科学公司推出的454测序技术，是基于焦磷酸测序法的高通量测序系统，开创了第二代测序技术的先河。

JarySun·2024-01-14 21:48

2016《Cell Research》全基因组重测序研究狗的驯化起源

动物经过了漫长的驯化和文明交流过程，它们的样子跟其祖先相比，发生了太多的变化，早已无从分辨。然而，我们依然可以从它们的基因组DNA中找到其驯化迁徙的痕迹，探究物种群体的命运和奋斗历程。在生物体的世代交替过程中，基因组DNA一代一代地传递下来，它保存了调控生物体生长发育的几乎所有信息。然而，基因组DNA又不是一成不变地传递，每一代甚至每一个个体都会发生突变。因而，随着时间的推移，后代的个体中DNA会

iBioinformatics·2024-01-14 21:26

circNet:人类环状RNA数据库

circNet是一个环状RNA的数据库，不仅收录了cirRNA的基本信息，还提供了环状RNA在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络，网址如下http://syslab5

生信修炼手册·2024-01-14 19:38

RNA转染（entranster-R）与mir-155调节胶质瘤细胞增殖和侵袭研究

现分享一篇RNA转染（Entranster）与mir-155通过靶向FXO3

实验小助手·2024-01-14 16:30

RNA binding protein PCBP1 is an intracellular immune checkpoint for shaping T cell responses i...

在这里，我们发现RNA结合蛋白，聚(C)结合蛋白1(PCBP1)是一个细胞内免疫检查点，通过限制Teff细胞固有的Treg承诺程序的表达，在激活的T细胞中上调，以防止效应T(Teff)细胞转变为调节性T

一个没有感情的文献阅读机·2024-01-14 11:11

RNA-seq分析流程二：DEseq2做不同组间差异表达分析

使用DEseq2循环做多组间差异表达分析当有多组RNA-seq数据时，有时需要对多个组合进行差异表达分析，例如当我有CIM0/CIM7/CIM14/CIM28四组时，我需要得到每个组合间的差异表达情况，

纵纵纵小鸮·2024-01-14 06:51

使用深度学习开发癌症复发风险分层模型，可改善早期发现和推进早期干预（IF5+)

DeepLearning-BasedMulti-OmicsIntegrationRobustlyPredictsRelapseinProstateCancer基于深度学习的多组学整合有力地预测了前列腺癌的复发情况发表期刊：FrontOncol发表日期：2022Jun23DOI:10.3389/fonc.2022.893424期刊相关信息一、背景随着芯片和测序等先进技术在生物医学领域的发展和应用

生信学霸·2024-01-13 17:13

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