RNA测序第8页

2022-07-17

2022-07-1608:36发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=68.164推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者开发了VASA-seq程序，这是一种能够对单细胞的全长转录组进行测序的新技术

图灵基因·2024-01-07 07:25

外泌体多组学07-骨髓肥大细胞来源外泌体lncRNA与miRNA的有效数据量

目前市面上有很多公司外泌体RNA测序推荐的数据量很少，为了合理评价一个合适的有说服力的有效数据量，我们对公开发表的相关外泌体文章和数据进行检索和信息收集，此次文章如下：文章信息文献标题：Characterizationofprotein

_十三·2024-01-07 05:24

真核原核生物常用的启动子分类

常见的真核和原核表达系统的启动子真核启动子编号启动子主要用途RNA转录本描述表达备注1CMV常规表达用m

巩翔宇Ibrahimovic·2024-01-07 00:18

粪便RNA该如何提取？

操作步骤：1.请自行准备：无水乙醇、异丙醇、PBS、1.5mLRNase-free灭菌离心管。2.取出洗涤液，按以下操作：a)洗涤液A：21mL加入9mL无水乙醇；42mL加入18mL无水乙醇，混匀。b)洗涤液B：18mL加入42mL无水乙醇；36mL加入84mL无水乙醇，混匀。c)配制好的洗涤液如出现沉淀，可在37℃溶解，摇匀后使用。3.取200mg的粪便于1.5mLRNase-free灭菌离心

清风拂面vv·2024-01-06 19:52

WES学习2：外显子测序分析——小男孩的硬骨化病基因突变

首先感谢生信技能树！书接上回，看完了jimmyB站的WES视频及教程《给学徒的WES数据分析流程》。因为不知道他的原始数据在哪，找了一个乳腺癌WEScohort队列把整个流程跑完了。然后还想找一些WES/WGS的现成教程跟着学习的。结果找到这个教程：Exomesequencingdataanalysisfordiagnosingageneticdisease。是一个在线数据处理平台：galaxy。

颗粒神经园·2024-01-06 16:36

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录

不完整报错报错信息原因解决方案2、化学版本选择错误报错信息原因解决方案1、由于fastq不完整报错报错信息[error]Pipestancefailed.Errorlogat:YS2310077_T_C_5/SC_RNA_COUNTER_CS

微光**·2024-01-06 14:11

chip-seq测序分析流程

步骤1：质量控制fastqc质控，假如有两个样本，实验组为sample1，对照组为control1#双端测序fastqcsample1_1.fq.gzsample1_2.fq.gzfastqccontrol1

微光**·2024-01-06 14:11

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）

使用Seurat对空间数据集进行分析，可视化和集成1、介绍本教程演示了如何使用Seurat（>=3.2）分析空间分布的RNA-seq数据。

微光**·2024-01-06 14:41

Bulk-RNA-seq流程——从测序数据到count文件(AGSdata)

2022-2-11软件安装conda的安装和配置wget-chttps://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shchmod777Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#给执行权限bashMiniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#运行当命令行前面出现(base)

璐璐璐璐璐952·2024-01-06 14:40

RNA-seq + 下游分析：一条龙代码

这段时间太多事，生信学习耽误了很长一段时间，这几天终于撸完了生信技能树B站的RNA-seq视频。本人黑眼圈纯粹是熬夜学生信写代码所致，无任何不良嗜好，请大家放心交友。

颗粒神经园·2024-01-06 14:08

bulk-RNA seq测序数据分析流程

假如有bulk-RNA测序的数据：TH1，TH2，TH3三个重复（实验组），TW1，TW2，TW3三个重复（对照组）准备工作需要安装的软件（如FastQC、Trimmomatic、HISAT2、StringTie

微光**·2024-01-06 14:38

从零开始的“RNA-seq“分析（STAR进行mapping)

前言在用trim_galore进行trimming后，要进行RNA-seq分析的核心部分：mapping实验室一直购买着CLCGenomicsWorkbench的版权，用户友好，使用简便，但一年大概要花费

YY生物日记·2024-01-06 14:38

目标跟踪算法中的卡尔曼滤波学习

背景知识在理解卡尔曼滤波前，有几个概念值得考虑下：时序序列模型，滤波，线性动态系统1.时间序列模型时间序列模型都可以用如下示意图表示：这个模型包含两个序列，一个是黄色部分的状态序列，用X表示，一个是绿色部分的观测序列

AAI机器之心·2024-01-06 13:33

体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa

众所周知，CRISPR/Cas9系统可以用来操纵基因组：规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA（gRNA）的指引下，靶向基因组中的特定区域并切割DNA，产生DNA双链断裂

Seurat_Satija·2024-01-06 13:35

NGS基础概念

来源自：华大科技知识库组学研究细胞、组织或是整个生物体内某种分子（DNA、RNA、蛋白质、代谢物或其他分子）的所有组成内容，称之为“组学”（-omics），”-omics”术语代表了对怎样思考生物学和生物体系工作方式的重新定位

问菊22·2024-01-05 22:30

【单细胞组学】scCITE-seq（单细胞转录组+细胞表面蛋白表达）

单细胞水平的测序技术发展的越来越快，目前应用最多的是集中于mRNA表达的scRNA-seq和结合了空间信息的空间转录组。

SciNote·2024-01-05 13:43

疫情.怡情(之六百三十九)

今天，那不勒斯OspedaleCotugno医院实验室发出测序报告称，意大利Omicron变体零号感染者的妻子和两个孩子均被感染Omicron变体。当前全意共确诊4例Omicron变体病例。

飞扬的雪ing·2024-01-05 07:31

病毒的威胁

答：病毒分为DNA病毒（以下简称D病毒）和RNA病毒（以下简称R病毒）。

听月_·2024-01-05 04:33

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--03

然而，全基因组测序工作还未

百迈客生物·2024-01-04 20:37

在线作图|微生物多样性分析——稀释曲线

稀释曲线稀释曲线(RarefactionCurve，也称稀疏曲线)：一般在微生物组研究中用于评估测序量或样本量的饱和情况。

维凡生物·2024-01-04 19:29

关于Omisc Core WES 计算TMB的一点见解

上周FDA授予Nanthealth公司OmiscCoreWES基因检测许可，这是FDA批准的首个使用全外显子测序方法来检测实体瘤的体外诊断产品。

ciciv123·2024-01-04 16:34

植物空间||拟南芥单细胞空间转录组图谱文献解析

一、文章简介文章题目：单细胞空间转录组测序揭示拟南芥叶片中特定区域的细胞亚型和转录组图谱期刊：DevelopmentalC

畅背书·2024-01-04 07:58

ExpHunterSuite

它可以用于从高通量测序数据中提取差异表达基因，并对其进行注释和功能富集分析。

m1chiru·2024-01-03 23:09

NCBI的primer picker设计qRT-PCR染色法引物

mRNAandprotein此处有NRxxxxx数字，为NCBI给出的标准mRNA序列，选择一个点进去tips，选择的时候可以去页面上方，看看实际图，对应的mRNA的在基因上的对应位置再向下有NRxxxxx数字，这是非编码RNA

盘山路·2024-01-03 22:34

了解长短期记忆 (LSTM) 网络：穿越时间和记忆的旅程

LSTM旨在解决传统循环神经网络(RNN)的局限性，尤其是在学习长期依赖性方面的局限性，彻底改变了我们在各个领域建模和预测序列的能力。

无水先生·2024-01-03 20:23

【单细胞测序】数据格式转换loomR

今天读文献，遇到比较感兴趣的样本，数据下载下来是loom文件，查了下loom文件转换为seurat对象的方法。做个笔记。背景seurat分析无法应付指数级增长的单细胞数据集计算需求。Linnarson实验室开发的基于hdf5的数据结构loom，可以方便地存储单细胞基因组数据集和元数据。HDF5数据格式不将数据存储在内存中，而是提供高效的磁盘存储，甚至可以扩展到大型数据集(甚至是>1M细胞)。注意：

森尼啊·2024-01-03 20:18

分子生物学知识整理

表观遗传变异定义：是指碱基序列不变，通过DNA甲基化、组蛋白乙酰化、RNA编辑、基因沉默在、休眠转座子激活等方式影响了基因的活性，导致基因控制的性状发生改变，这种变化是可逆的，可能遗传。

雪切丝·2024-01-03 19:20

国自然中标小能手「m6A修饰」的新功能研究

近日，来自美国芝加哥大学、中国科学院、同济大学等多家机构的研究人员合作在《Science》发表了其最新研究成果，揭示了RNA的m6A甲基化修饰调控染色质状态和转录活性的重要机制。m6A是什么？

尐尐呅·2024-01-03 15:25

易基因｜组学研究：人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和RNA m5C动态重编程

易基因｜组学研究：人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和RNAm5C动态重编程大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年5月26日，中国科学院研究团队合作以“DynamicDNA5-hydroxylmethylcytosineandRNA5-methycytosinereprogrammingduringearlyhumandevelopment”为题在权威学

易基因科技·2024-01-03 15:32

享知行·思维：自我催化，让你的生活像游戏一样上瘾

在生物学中，核酶具有酶的催化活性可在预选位点剪切RNA的反义RNA又称酶RNA。RNA具有催化能力的发现，改变了酶都是蛋白质的传统概念。按底物，核酶

java程序员思维·2024-01-03 13:07

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”一、理解⼀种疾病的某种现象仅使用⼀种数据类型是远远不够的，随着高通量测序和多组学的快速发展，生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法，传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求

20220705·2024-01-03 12:07

48个实用的生信在线工具

.Exon-IntronGraphicMaker工具链接：ttp://www.wormweb.org/exonintronimageRNA二级结构2.Mfold工具链接：http://unafold.rna.albany.edu

东风008·2024-01-03 05:49

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2024-01-02 16:05

扩增子测序中OTU表进行抽平的两种方式

Arandomrarefactionofsamplereadsaccordingtoaspecificreadslength(usuallythesmallestvalue)shouldbeperformedfirstlyfordownstreamanalysis.扩增子测序拿到

凯凯何_Boy·2024-01-02 16:08

单细胞RNA速率（RNA velocity）

RNA丰度是单个细胞状态的有力指标。单细胞RNA测序可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示RNA丰度。然而，这种方法仅捕获某个时间点的静态快照，这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。

生信小鹏·2024-01-02 14:33

OSCA单细胞数据分析笔记-14、Empty/Doublet droplet

对应原版教程第15、16章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html现行主流的Droplet-based单细胞测序技术主要思路是一个磁珠捕获一个细胞置于油包水的腔室里完成添加标签

小贝学生信·2024-01-02 14:31

全基因组测序揭示家族性乳腺癌病因的临床相关见解

PMID:31090900PMCID:PMC6637375DOI:10.1093/annonc/mdz132ANNALSOFONCOLOGYIF:32.976（2021年6月30日公布）摘要背景：全基因组测序

亦是旅人呐·2024-01-02 00:47

（日常记录）smRNA本地注释分类

准备：1、rfam数据库2、rfamclain文件3、软件infernal4、待测序列（fasta文件）一、数据库下载进入rfam官网，点击FTP，选择最新版本，下载这两个文件并解压。

重新开始_xy·2024-01-01 23:19

基因测序的昨天、今天、明天

会议题目：NGS的未来蓝海与现实突破主办方：CHC医疗咨询与IVD联盟会议嘉宾：朱师达-华大基因副总裁、肿瘤事业部总经理张江立-鹍远生物联合创始人、兼首席执行官王海蛟-高特佳投资执行合伙人于洋-诺禾致源副总裁段云-山蓝资本执行董事会议议题：1、中国NGS市场现状如何，在哪些领域有较好的临床应用？2、在这些领域，产业链国产化程度如何？3、如何改变肿瘤NGS基因检测的内卷现状？有哪些新的产业蓝海？4、

基因江湖·2024-01-01 22:08

跟着NC学cfDNA全基因组片段化丰度谱分析

继续我们的跟着NC学系列，前面分享的是关于16S扩增子测序和宏基因组数据分析的。

zd200572·2024-01-01 19:54

纳米孔(Oxford Nanopore)测序仪的学习笔记

zd200572·2024-01-01 19:54

基因组survey——K-mer频谱

Kmer是从测序数据中滑窗提取出的长度为k的寡聚核苷酸序列，可以评估基因组大小、杂合度、重复序列比例等。

徐诗芬·2024-01-01 16:52

StatQuest学习笔记25——差异表达分析

主要内容讲的是高通测序数据的差异基因分析，其中，第59节的内容是edgeR进行的文库均一化；第60节是DESeq2的文库均一化；第61节则是讲的是edgeR和DESeq2均一化的一些阈值选择。

backup备份·2024-01-01 13:02

序列比对简介1

序列比对是生物信息学中非常重要的一部分，它可以帮助我们识别DNA、RNA和蛋白质序列中的相似性和差异性，从而推测它们在生物体内的功能。比对两个序列最简单的方法是将它们放在一起，并逐个字符进行比较。

Bioinfotec·2024-01-01 10:37

哪款试剂盒适合提取FFPE样本核酸？

提取试剂盒的选择一共14个试剂盒，包含了16种提取DNA和RNA的方法，其中RecAll和AllPrep既可以提取RNA又可以提取DNA。

evolisgreat·2024-01-01 08:39

16 RNA-seq原理及应用

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whykm·2024-01-01 07:38

外泌体多组学14-血浆外泌体不同建库试剂盒和比对方法和稳定性测试

最近在血液中发现的细胞外rna，包括细胞外囊泡(EVs)中的rna，再加上低起始量rna测序的进展，使科学家能够研究它们在人类疾病中的作用。

_十三·2023-12-31 20:13

2019-03-01

图片发自App缺锌将妨碍身体细胞内RNA和DNA的形成，一般人的身体组织中都含有锌，且锌主要集中在眼睛和精液里。他对于体内蛋白质的合成和多种酶发挥功效非常关键。

知识改变生活·2023-12-31 19:00

测序深度和测序覆盖度，怎么估算？

在我们开始测序之前，经常会被问道，你需要的测序深度和测序覆盖度的概念，比如在测序线粒体的DNA时候，测序小哥就问说1个G的数据量够了吗？

朱渠成·2023-12-31 17:09

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(七)

今天我们来讨论下Seurat这个包的用法QC首先我们先介绍下UMI这个概念，UMI其实就是区分每个测序分子片段的barcode，这么做可以区分每个分子是哪一个cell表达的我们还是采用deng这个数据做例子首先我们构造

小潤澤·2023-12-31 13:27

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