RNA测序

WGVD：小麦基因组变异与选择信号数据库 | CNGBdb收录数据库推荐

随着完整的小麦参考基因组的发布以及下一代测序技术的发展，来自面包小麦及其祖先的大量基因组数据已经产生，并为小麦遗传学研究提供了基因组资源。
尐尐呅·2024-01-25 21:50

文献阅读-2022-11-23-RNA结构-5'UTR的review

题目：2018_Functional5′UTRmRNAstructuresineukaryotictranslationregulationandhowtofindthem摘要:RNA分子能折叠成复杂的形状
不学无术吗·2024-01-25 13:53

单细胞测序笔记1：数据读取

（一）准备工作我们先向R中安装如下包以确保准备工作的完成install.packages("BiocManager")BiocManager::install("mulltest")#似乎只有Bioc里面才能安装mulltestif(!require(Seurat))install.packages("Seurat")if(!require(dplyr))install.packages("dpl
陈天白·2024-01-25 11:37

高分文章热门测序结果验证方法，解决你的选择困扰

随着测序技术的发展和应用的普及，研究者们在拿到大量的测序结果后，面临的困扰是怎样选择合适的结果验证策略。在这里，我们一起来了解一下高分文章中有哪些热门的验证方法吧，总有一种适合你。
ee00dc6faab7·2024-01-25 09:26

240124学习记录：查看/提取bam文件的reads

BAM文件（BinaryAlignment/Mapfile）是一种常用于存储测序数据的二进制格式。它主要用于存储DNA测序数据的比对（alignment）信息。
丁优雅ya·2024-01-25 05:22

2022-11-22

题目：DeterminationofinvivoRNAstructureinlow-abundancetranscripts摘要：RNA二级结构在多种生物过程中扮演重要的角色，但是，目前，大部分体内的RNA
不学无术吗·2024-01-25 04:06

Nat.Biotechnol|能靶向冠状病毒RNA的新型CRISPR工具问世

图片下载：右键此处另存为可保存此图片Cas13酶沿着RNA行走的景象。
PaperRSS·2024-01-25 01:09

基因组与转录组，深入挖掘基因表达信息--02

本研究对在中国广泛种植的杂合猕猴桃“Hongyang”（A.chinensis）的基因组进行测序分析。该基因组序列的可用性不仅为了解猕猴桃及其野生近缘种的特定农学重要性状的潜在分子基础提供了见解
百迈客生物·2024-01-24 23:12

深度学习-循环神经网络-RNN实现股价预测-LSTM自动生成文本

序列模型（SequenceModel）基于文本内容及其前后信息进行预测基于目标不同时刻状态进行预测基于数据历史信息进行预测序列模型：输入或者输出中包含有序列数据的模型突出数据的前后序列关系两大特点：输入
小旺不正经·2024-01-24 16:55

17β-Estradiol high sensitivity ELISA kit

雌激素能促使细胞合成DNA、RNA和相应组织内各种不同的蛋白质。β-雌二醇(17β-Es
Neobioscience·2024-01-24 12:18

全反式维甲酸（ATAR）诱导白血细胞的染色质构象改变而影响分化进程

AlterationsofspecificchromatinconformationaffectATRA-inducedleukemiacelldifferentiation期刊：CellDeath&Disease影响因子：6.044主要技术：Hi-C、ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq
d5c9c866171f·2024-01-24 11:45

基因组评估软件gaep

基因组组装评估指标基因组评估软件geap，overviewoftheGAEPpipelinemainworkflowoftheGAEPmisassemblydetectionmoduleGAEP是一款能够基于二代、三代测序以及转录组测序数据
花生学生信·2024-01-24 08:17

Day17

今天有一件高兴的事:拿去测序的样本全部质检合格，明天交完上机检测表就可以测序了，两周左右就能拿到结果。加油！不负韶
Lucky_笑·2024-01-24 06:11

学习小组Day7笔记--WX

测序知识特别鸣谢：@公众号：生信星球豆豆&花花老习惯，先来张思维导图~Day7-测序知识再补充些Illumina二代测序技术中涉及到的名词~flowcell：测序反应的载体/容器，1个flowcell有
xiaoxiaomiya·2024-01-24 04:29

2021-11-26

丨非小细胞肺癌单细胞分析细化了肿瘤分类和患者分层原创珍奇图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：珍奇IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究通过多尺度单细胞分析对更大的患者队列进行分析，从而定义在肿瘤微环境中诱导的分子免疫状态；通过测序将免疫细胞的单细胞
图灵基因·2024-01-23 22:41

数模---灰色预测模型python代码模板

data,num_prediction):"""GM(1,1)灰色预测模型:paramdata:原始数据序列(一维NumPy数组):paramnum_prediction:需要预测的步数:return:预测序列
Faelan.·2024-01-23 21:31

难过的2021年尾

这几天感觉心情就像过山车一样，突然一下西安的疫情紧张起来了，通过官方报道是巴基斯坦境外输入，东莞的确诊和西安确诊者基因链测序一样。
转角遇到你·2024-01-23 19:40

翻译（4）siRNA

siRNAs在植物中，约90％的小RNA是来源于双链前体的siRNA。它们的长度可以进一步分为21-nt，22-nt和24-nt类。
Yancey_Yan·2024-01-23 19:50

TPM、RPKM与FPKM相互转换

RNA数据下机后，如果处理成readcountsmatrix的话，是一定要进行基于基因长度的标准化的（TMP，RPKM，TPKM等）。
Seurat_Satija·2024-01-23 18:39

石蜡包埋组织RNA提取步骤

产品特点◎裂解液、消化液经专门优化，无需过夜温育即可从福尔马林固定的、石蜡包埋组织中高效纯化基因组RNA；◎提取的RNA纯度高，A260/A280为1.8-2.0；◎产率高，同样的样本量提取的RNA更多
清风拂面vv·2024-01-23 17:03

南京疫情之感

南京市疾控中心副主任丁洁27日通报，本轮南京发生的疫情中，一直在对病例进行基因测序，从完成的病例看，结果显示为德尔塔毒株。
ddc9033275cf·2024-01-23 16:40

Linux系统下TASSEL5.0的安装及使用

之前做SSR标记和简化测序都是用的桌面化的TASSEL进行运算，对于做关联分析的初学者非常简单，十分好入门。
种地的pele·2024-01-23 16:57

TensorFlow框架(6)之RNN循环神经网络详解

RNN的主要用途是处理和预测序列数据。全连接的前馈神经网络和卷积神经网络模型中，网络结构都是从输入层到隐藏层再到输出层，层与层之间是全连接或部分连接的，但每层之间的节点是无连接的。
AI小白龙*·2024-01-23 15:06

如何使用R的sweep函数对表达矩阵进行标准化

我们知道一般做表达谱数据分析之前，第一步就是对我们的表达矩阵进行标准化（归一化），去除由于测序深度，或者荧光强度不均一等原因造成的表达差异。
生信交流平台·2024-01-23 15:26

StringTie在注释基因组时的注意事项

在利用RNA-seq注释基因组时，有一个问题就是，我将不同组织来源的转录组数据和参考基因组比对之后，那下一步是1）先将这三个比对结果进行合并，然后用StringTie进行预测，还是2）用StringTie
xuzhougeng·2024-01-23 14:16

高温季节，植物病毒病如何防治？？？

植物病毒在寄主细胞中进行核酸（RNA或DNA）和蛋白质外壳的复制，组成新的病毒粒体。植物病毒粒体或病
农事巴巴·2024-01-23 09:23

一文解决单细胞亚群注释的所有问题

单细胞测序技术是近十年最火爆的生物学技术之一，它赋予
生信宝库·2024-01-23 09:42

3‘aTWAS—3‘adapter-based transcriptome-wide association study

该技术利用高通量测序技术，对大量样本进行转录组测序，并通过对测序数据进行分析，识别与特定表型或疾病状态相关的基因和转录本。3'aT
m1chiru·2024-01-23 09:23

标准化方法

转录组测序采取的打断基因序列获得基因测序的片段，再将reads比对到参考基因组上，并对读序定量，因而最初的表达矩阵是读序数。那么，当需要对样本进行差异分析时，就必须考虑影响读序数的几个因素。
新欣enjoy·2024-01-23 02:43

生物信息学导论-北大-新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq 1

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应（complementaryhybridizationreaction），PCR技术的发展促进了本技术的发展，缺点是：1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤：Real-TimeQuantita
陆沙·2024-01-23 00:50

【科研集市】一文带你读懂Hi-C（附高分文献汇总）

High-throughchromosomeconformationcapture)技术源于染色体构象捕获（Chromosomeconformationcapture,3C）技术，以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术
d5c9c866171f·2024-01-22 22:29

7-1 堆栈操作合法性 (10分)

输入格式:输入第一行给出两个正整数N和M，其中N是待测序列的个数，M（≤50）是堆栈的最大容量。随后N行，每行中给出一个仅由S和X构成的序列
超好的小白·2024-01-22 21:01

津恩一家亲，携手抗疫情

当晚，天津疾控对其中两名确诊病例新冠病毒全基因组测序确认为奥密克戎变异株。这也是中国本土新冠疫情（香港、台湾地区除外）中，首次与新冠奥密克戎变异株正面交锋。这20个阳
精进的医生·2024-01-22 21:41

Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读

当进行元基因组学研究时，研究者通常会涉及到以下三个数据类型，每个都有其独特的角色和应用：Reads（读数）:定义：Reads是从原始测序数据（例如Illumina测序的FASTQ文件）中获得的短序列片段
WDPLA·2024-01-22 15:18

linux系统下，将.fastq文件统一改为.fq文件

#高通量测序获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中，常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中，你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。
WDPLA·2024-01-22 15:47

CUTANA™ CUT&RUN Assays ——实现超敏基因组定位

但是由于ChIP存在高细胞需求量、技术难度大、成本高、深度测序、数据质量差以及变量
Neobioscience·2024-01-22 11:14

单细胞测序3 丨丨构建文库

上期分享了单细胞测序2丨丨细胞捕获&cDNA扩增，主要介绍了单细胞测序第二环节--基因表达实验流程：GEMs形成、mRNA逆转录、二链cDNA合成与扩增。接下来进入单细胞测序的第三环节--文库构建。
知之为知之不知否·2024-01-22 10:02

转录组测序1-测序原始数据说明

转录组测序是最常用的组学实验，对全谱基因定量，找到差异表达基因。
纪伟讲测序·2024-01-22 08:45

零代码进行转录组数据分析实战（一）：质量控制

一个完整的转录组测序项目大概分为以下三个阶段：体内：mRNA生成阶段。转录生成mRNA前体，再经过转录后加工形成成熟的mRNA。体外：建库测序阶段。RNA提取、片段化、逆转录以及上机测序。
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:49

生物信息基础：pysam读写基因组文件

Pysam[1]是一个Python模块，它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API，可用于读写基因组相关文件，如Fasta/Fastq，SAM/BAM/CRAM，VCF等。
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:37

累⊙﹏⊙

不过我可以做好我自己～《平凡的世界》里晓霞死了，虽然挽回了一个年幼的生命，但还是很令人揪心；《破冰行动》里马雯中弹了，不开心(;_;)说句不好听的，为什么不是陈珂…希望明天提RNA一切顺利！
阿喵同鞋·2024-01-21 23:47

北大公开课-2 生物信息学历史

在分子水平研究演化L.pauling1965sangerDNAsequencing19771988人类基因组计划2001年人类基因组计划2005二代测序1991年Linux系统系统特点由目的单一的小程序组成
番番番茄小姐·2024-01-21 18:24

高通量测序数据质控神器Trimmomatic

简介高通量测序下机的原始数据中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等，为消除其对后续分析准确性产生的影响，在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。
kongxx·2024-01-21 15:56

04高通量测序-R实现主成分分析

R实现主成分分析如何使用prcomp()函数来做PCA如何使用基础图形和ggplot2绘制PCA图如何确定每个主成分占多少变动如何检查载荷得分（LoadingScores），以确定哪些变量对图表有最大的影响。构建数据集首先，让我们生成一个可以在演示中使用的假数据集。#我们将用10个样本制作一个数据矩阵，在每个样本中测量100个基因data.matrixstr(pca)Listof5$sdev:nu
不到7不改名·2024-01-21 12:35

在线作图|如何绘制一个好看的堆叠柱状图

比如，在微生物组成谱和宏基因组测序中，堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。Question2：如何不
维凡生物·2024-01-21 10:05

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--02

本研究测序组装了香蕉B基
百迈客生物·2024-01-21 08:08

两条命令就跑完RNA差异分析

它就是simpleRNA，居然只要两条命令就能跑完复杂的RNA差异分析，并生成结果矩阵和结果图！
基因组学研究生·2024-01-20 18:01

WisecondorX 拷贝数变异检测 NGS NIPT

背景低深度全基因组测序（sWGS），主要通过覆盖深度的方法（DOC）检测CNV。
茄子_0937·2024-01-20 16:45

【卡梅德生物】如何制备纳米抗体?

纳米抗体的制备通常涉及到从动物源（如骆驼、羊驼）提取RNA或cDNA，然后通过分子生物学技术将其克隆并表达。
卡梅德生物·2024-01-20 12:37

全球单细胞测序平台介绍

2009年，单细胞测序技术问世。2013年被NatureMethods评为年度技术。2015年以来，10XGenomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现。
生物医学小站·2024-01-20 07:54
上一页 1 2 3 4 5 6 7 8 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他