RNA测序

算力网络技术创新驱动生态协同发展

突破传统芯片制程限制；在调度层面，依托分布式计算与流批处理技术，实现跨边缘节点、工业互联网平台与超算中心的资源动态编排；在生态层面，围绕能效管理、安全标准与算法优化构建全链条能力，支撑金融风险评估、基因测序等高复杂度场

智能计算研究中心·2025-03-14 22:14

生物信息学工作流（Bioinformatics Workflow）：概念、历史、现状与展望？

随着高通量测序技术的普及和生物数据的爆炸式增长，生物信息学工作流在基因组学、转录组学、蛋白质组学等领域中扮演着至关重要的角色。它不仅提高了数据分析的效率，还为生命科学研究提供了新的视角和方法。

lisw05·2025-03-08 06:22

Linux环境下进行本地Blast比对——操作流程

首先，需要准备RNA数据和蛋白质数据，本次利用蛋白质数据建立索引库，然后将RNA比对到蛋白质序列。RNA数据创建一个目录，导入mRNA序列数据，通常是一个fasta后缀文件。

生信分析笔记·2025-03-03 11:34

R语言关联TCGA数据库下载的RNA-SEQ数据和临床信息

刚开始学习TCGA数据处理和分析，记下来方便以后查看setwd("E:/MyData/luadRNA-SEQ-20201028")#把工作目录定位到manifest文件所在的位置manifest="gdc_manifest.2020-10-28.txt"x=read.table(manifest,header=T)#header为TRUE表示读取第一行作为变量名表格已经建好了，可以view(x)，

胖胖的胖球·2025-02-23 04:20

RNA-seq 差异分析的细节详解 (8)

引言本系列将开展全新的转录组分析专栏，主要针对使用DESeq2时可能出现的问题和方法进行展开描述。想要学习更多内容可以添加文末的学习交流群或客服QQ:941844452。Wald检验的各个步骤DESeq函数依次运行以下函数：dds<-estimateSizeFactors(dds)dds<-estimateDispersions(dds)dds<-nbinomWaldTest(dds)用于估计尺寸

·2025-02-19 15:37

单细胞分析（11）——scRNA-seq数据整合

单细胞RNA-seq数据整合：SeuratIntegrationandHarmony1.研究背景在单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究中，批次效应（batcheffect）是不可忽视的问题。

生信小鹏·2025-02-16 01:15

R中单细胞RNA-seq分析教程 (6)

引言本系列开启R中单细胞RNA-seq数据分析教程，持续更新，欢迎关注，转发！简介现在，很少有人只进行一次单细胞RNA测序实验并仅产生一份数据。

·2025-02-13 20:18

基于Python的人工智能驱动基因组变异算法：设计与应用（下）

在基因组数据中，噪声数据可能来源于测序误差、实验操作不当等因素，这些噪声会干扰分析结果的准确性。使用Python的相关库和工具可以对数据进行过滤，去

Allen_LVyingbo·2025-02-12 19:08

调控元件，顺式作用元件和反式作用因子

常见类型：启动子（Promoters）：位于基因转录起始点上游，是RNA聚合酶结合的位点。增强子（E

梦云澜·2025-02-09 05:36

前向概率和后向概率

1.前向概率和后向概率的定义前向概率αt(i)\alpha_t(i)αt(i)：表示从初始状态q0q_0q0出发，经过ttt步达到状态qiq_iqi，并且生成观测序列O1,O2,…,OtO_1,O_2,

苏西月·2025-02-07 03:30

弹性文件服务（SFS）的使用场景

以下是九河云总结的SFS的典型使用场景：1.高性能计算（HPC）在高性能计算场景中，如仿真实验、基因测序、图像处理、气象预报等，SFS能够为大规模计算任务提供高带宽、低延迟的存储支持。

九河云·2025-02-06 14:02

小麦雌蕊相关基因和网络的共表达网络分析

11个小麦组织的RNA-seq数据来自美国国家生物技术信息中心（NCBI），包括CSTP的雄蕊和HTS-1的雌蕊和雌蕊。鲑鱼程序用于量化11种

请你喝好果汁641·2025-02-06 06:07

deseq2进行差异分析时的分组问题

这段代码是使用DESeq2包进行RNA-Seq数据差异表达分析的示例。它展示了如何在不同实验设计下进行差异表达分析，包括两组比较、两条件两基因型的交互作用，以及两条件三基因型的分析。

请你喝好果汁641·2025-02-06 06:07

三甲医院大型生信服务器多配置方案剖析与应用（2024版）

随着高通量测序技术、医学影像技术等的飞速发展，生物医学数据呈爆发式增长，这些数据涵盖了基因组、蛋白质组、代谢组等多个层面的信息，为医学研究和临床诊断提供了前所未有的机遇与挑战。

Allen_LVyingbo·2025-02-02 09:41

隐马尔可夫模型（Hidden Markov Model, HMM）和最大熵马尔可夫模型（Maximum Entropy Markov Model, MEMM）

GenerativeModel）HMM通过建模整个联合概率分布P(X,Y)P(X,Y)P(X,Y)来进行序列标注，其中：X=(x1,x2,...,xn)X=(x_1,x_2,...,x_n)X=(x1,x2,...,xn)是观测序列

苏西月·2025-02-02 07:24

bulk-seq数据和单细胞数据的联合分析

作者，EvilGenius随着现在研究的不断深入，越来越多的情况需要我们对多种数据的联合分析，其中在单细胞没有出来之前，普通转录组（bulk-seq）的测序结果是非常多的，也解决了我们很多的生物学问题，

追风少年ii·2025-01-31 09:50

GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用...

GeneSetTestingforRNA-seq-fgsea教程RNA-seq是利器，大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据，所以RNA-seq的分析需求应该是很大的（大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧

weixin_30294709·2025-01-28 18:30

【阅读总结】AlphaFold3 unedited version 通读 + 服务器使用总结

省流：AlphaFold3能做什么：预测蛋白质、DNA、RNA与允许的配体/离子/共价修饰的复合物结构为什么要用AlphaFold3：有强大的泛化性和准确率，除了RNA结构略差于AIchemy_RNA2

Lasgalena·2025-01-25 16:56

大数据新视界 --大数据大厂之大数据于基因测序分析的核心应用 - 洞悉生命信息的密钥

亲爱的朋友们，热烈欢迎你们来到青云交的博客！能与你们在此邂逅，我满心欢喜，深感无比荣幸。在这个瞬息万变的时代，我们每个人都在苦苦追寻一处能让心灵安然栖息的港湾。而我的博客，正是这样一个温暖美好的所在。在这里，你们不仅能够收获既富有趣味又极为实用的内容知识，还可以毫无拘束地畅所欲言，尽情分享自己独特的见解。我真诚地期待着你们的到来，愿我们能在这片小小的天地里共同成长，共同进步。本博客的精华专栏：大数

青云交·2025-01-16 16:21

Cell Insight | 单细胞测序技术又一新发现，可用于HIV-1和Mtb共感染个体诊断

国家感染性疾病临床医学研究中心/深圳市第三人民医院张国良团队携手深圳华大生命科学研究院吴靓团队，共同研究得出单细胞测序

尐尐呅·2024-09-16 10:28

9.单细胞 RNA-seq：聚类分析

学习目标：利用多种方法来评估聚类选择的PC基于重要的PC执行单细胞聚类单细胞RNA-seq聚类分析现在我们已经整合了高质量的细胞，我们想知道我们的细胞群中存在的不同细胞类型。

denghb001·2024-09-15 02:52

全球核酸样品制备市场展望：2030年预计达到6387.4百万美元

核酸样品制备主要用于提取和纯化DNA和RNA样本，以供后续的分子生

恒州诚思CC·2024-09-14 17:19

高通量测序的数据处理与分析指北(二)--宏基因组篇

博客原文宏基因组篇前言之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。

lantary·2024-09-14 12:52

用DESeq2包来对RNA-seq数据进行差异分析

差异分析的套路都是差不多的，大部分设计思想都是继承limma这个包，DESeq2也不例外。DESeq2是DESeq包的更新版本，看样子应该不会有DESeq3了，哈哈，它的设计思想就是针对count类型的数据。可以是任意features的count数据，比如对各个基因的count，或者外显子，或者CHIP-seq的一些feature，都可以用来做差异分析。使用这个包也是需要三个数据：表达矩阵分组矩阵

Seurat_Satija·2024-09-13 23:49

2022-04-17

NatBiotech|组织中单细胞转录组的空间图谱原创图灵基因图灵基因2022-04-1707:03收录于话题#前沿生物大数据分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）已经彻底改变了单细胞水平上的基因表达研究

图灵基因·2024-09-12 15:12

生信人应该这样来装软件(未完待续)

P1优先选择二进制可执行软件来安装不同组学任务模块比对重要全基因组测序/外显子测序找差异和变异转录组相关计数软件安装规律：二进制，下载解压，全路径调用#C语言查看在还是不在whichmakewhichcmakewhichjavawhichperlwhichpython

dandanwu90·2024-09-12 15:50

2020-01-28

01-2814:05西医除了追溯疾病症状与体征之外，更多借助于各种化验、检测手段和影像学，尤其是血常规和胸部高清CT影像加以诊断，还必须做咽拭子或下呼吸道分泌物寻找出病原体，例如有针对病毒核酸检测或培养测序和抗体滴度测试等

ab96a7f92f71·2024-09-12 08:56

7+纯生信，单细胞识别细胞marker+100种机器学习组合建模，机器学习组合建模取代单独lasso回归势在必行！

本研究从GEO数据库下载单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，根据原始研究中定义的细胞标记重新注释各种免疫细胞，以确定其特异性标志。

生信小课堂·2024-09-11 14:08

scRNA-data中的R值

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心当我们测序拿得到各个样本中基因的表达值，就可以用基因表达值来表征样本间的相关性代码如下：#样本间相似性：R值相关性捕获到的基因在两个样本间表达趋势一致性exp_RNA1000

武艺晴小朋友你好·2024-09-07 17:17

单细胞DNA测序方法比较及应用

Lorenz曲线：越接近对角线，测序覆盖越均一Bulk大量细胞测序MDA直接使用DNA聚合酶Phi29扩增均一度：Bulk>MALBAC>MDA3种方法测肿瘤细胞CNV：横轴-染色体序列；纵轴-测序的覆盖深度

6102·2024-09-07 06:26

salmon分析RNA-seq实战

Salmon应用查看帮助文档#查看可用的命令###Salmonv0.9.1salmon-h#查看帮助文档之Salmon'squasi-mapping-basedmodesalmon--no-version-checkquant--help-reads#查看帮助文档之Salmon'salignment-basedmodesalmon--no-version-checkquant--help-alig

超级无敌大蜗牛·2024-09-07 02:46

Trimmomatic 数据过滤

支持SE和PE测序数据。主要用来去除Illumina平台的fastq序列中的接头，并根据碱基质量值对fastq进行修剪。

生信编程日常·2024-09-06 06:52

Signac::EnhanceCoveragePlot 参考实现流程

它显示了特定基因组区域内测序读取的覆盖度，即每个位置上读取的频率。覆盖度图形对于理解基因组的开放区域、调控元件活性以及染色质状态等方面具有重要作用。通过将多个样本的Coverag

倪桦·2024-09-04 12:23

2022-01-14

Tree_microbiome的博客_CSDN博客-微生物组测序数据可视化,微生物组测序分析领域博主（一）不同分类水平注释结果相对丰富度转化在微生物组测序中我们会从taxa_bar.qvz文件中下载到不同水平

Tree_microbiome·2024-09-03 21:24

lncRNA数据分析专题

lncRNA是一种长度在200bp以上的非编码RNA,虽然没有编码蛋白的功能，但是却具有很重要的调控作用，可以在表观遗传水平，转录水平，转录后水平等多个层次调控基因的表达，广泛参与各种生物学过程，本文整理了

生信修炼手册·2024-09-03 09:30

解惑深度学习中的困惑度Perplexity

语言模型(languagemodel)可以预测序列(比如一个句子)中每个时间步词元(比如一个句子中的逐个单词)的概率分布，继而计算一个序列的概率。

Axlsss·2024-09-01 20:11

使用clusterProfiler进行GO、KEGG富集分析（有参情况）

寻找差异表达的基因并识别它们的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。

纪伟讲测序·2024-08-31 14:42

遗传算法：启发自真实现象

DanielShiffman译者：周晗彬ISBN：978-7-115-36947-5第9章目录9.1遗传算法：启发自真实现象1、目标我们的目标不是深入研究遗传和进化的科学原理，我们不会研究旁氏表、核苷酸、蛋白质合成、RNA

大龙10·2024-08-30 18:20

论文阅读瞎记(四) Cascade R-CNN: Delving into High Quality Object Detection 2017

网络由一个检测序列组成，这些序列训练时会伴随IOU增长从而对FP样本更加有选择性地判别。检测器一个

码大哥·2024-08-30 15:58

肿瘤免疫微环境/免疫浸润分析

2.计算免疫微环境的常用方法：“实测法”，高精度的单细胞测序，SinglecellRNA-seq等手段。即一

期待未来·2024-08-30 15:02

病毒的自述

我，一个RNA病毒。我的中文名字叫做新冠病毒。英文名字叫做COVID-19（CoronaVirusDisease2019）。

浅_2d78·2024-08-29 23:01

python调用statsmodels模块实现整合移动平均自回归模型(ARIMA)——以预测股票收盘价为例.md

数据集下载代码分析程序简介调用statsmodels模块对上证指数的收盘价进行ARIMA模型动态建模，ARIMA适合短期预测，因此输入为15个数据，输出为1个数据程序输入：原序列，需要往后预测的个数程序输出：预测序列

爆米LiuChen·2024-08-28 14:28

【好书分享第十期】大模型应用解决方案_基于ChatGPT和GPT-4等Transformer架构的自然语言处理（文末送书）

BERT、T5和GPT等模型现在已成为计算机视觉、语音识别、翻译、蛋白质测序、编码等各个领域中新应用的基础构件。

屿小夏·2024-08-28 14:56

上海交大RFect siRNA转染试剂成功转染胆囊癌细胞系（NOZ、GBC-SD）

上海交通大学研究团队在探讨RNA甲基转移酶NSUN2在胆囊癌中的功能作用相关研究中，使用RFectsiRNA转染试剂将NSUN2及其他相关基因的siRNA转染到胆囊癌细胞系NOZ和GBC-SD细胞中。

清风拂面vv·2024-08-28 09:41

用Python实现生信分析——基序（Motif）识别详解

在生物信息学中，基序（Motif）是指在生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）中具有特定功能或结构的短序列片段。基序通常在生物进化中得到保留，因为它们在生物学功能中起着重要作用。

写代码的M教授·2024-08-28 08:19

医学组学1+1＞2：代谢组+转录组/微生物组关联分析策略及案例解读

转录组学则是一门描绘细胞内全基因转录产物（RNA）图谱的科学，其核心在于揭示基因表达的动态变化及其调控机制，从分子层面解码生命的语言。

Magigene·2024-08-27 10:28

科研盘点丨空间转录组技术在肝脏研究中的应用

哺乳动物的肝脏是维持代谢稳态及解毒的重要器官，单细胞RNA测序技术可以鉴定到大多数肝细胞类型，但如何获取细胞类型在组织上的定位及其基因表达情况，并研究细胞间相互作用及通讯对于增强我们对肝脏发育及疾病发生

晶典教你玩转科研·2024-08-26 23:34

《当人工智能牵手新兴技术：安全挑战与应对之策》

一、人工智能与生物技术结合的安全挑战1.生物数据安全风险人工智能在生物技术领域的应用，如基因测序和分析，产生了大量的生物数据。这些数据包含着个人的遗传信息，一旦泄露，可能被用于非法目的，如遗传歧视

程序猿阿伟·2024-08-25 22:03

PEI转染试剂配制方法

PEI转染试剂是一种常用于细胞实验中的试剂，主要用于将DNA、RNA等核酸分子转移到细胞内，促使基因表达或基因沉默。PEI是聚乙烯亚胺的缩写，是一种阳离子高分子化合物。

chenlili2017new·2024-08-22 10:28

RNA-seq数据分析_未完成

目录基础分析1.质控（reads）2.比对3.质控（alignment）4.定量5.样本合并差异表达1.质控（cohort）2.差异分析3.可视化（差异）富集分析肿瘤免疫1.免疫组库2.免疫浸润3.免疫响应4.新抗原预测微生物组参考本文主要覆盖了肿瘤样本bulkRNA-seq数据常见的分析步骤，并从实践角度出发，较为具体地介绍了每一步骤依赖的工具和数据集。另外，尽管本文适用于肿瘤样本，但其中的一些

子诚之·2024-03-28 11:43

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