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RNA测序
scRNA-data中的R值
愿武艺晴小朋友一定得每天都开心当我们
测序
拿得到各个样本中基因的表达值,就可以用基因表达值来表征样本间的相关性代码如下:#样本间相似性:R值相关性捕获到的基因在两个样本间表达趋势一致性exp_
RNA
1000
武艺晴小朋友你好
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2024-09-07 17:17
r语言
数据可视化
单细胞DNA
测序
方法比较及应用
Lorenz曲线:越接近对角线,
测序
覆盖越均一Bulk大量细胞
测序
MDA直接使用DNA聚合酶Phi29扩增均一度:Bulk>MALBAC>MDA3种方法测肿瘤细胞CNV:横轴-染色体序列;纵轴-
测序
的覆盖深度
6102
·
2024-09-07 06:26
salmon分析
RNA
-seq实战
Salmon应用查看帮助文档#查看可用的命令###Salmonv0.9.1salmon-h#查看帮助文档之Salmon'squasi-mapping-basedmodesalmon--no-version-checkquant--help-reads#查看帮助文档之Salmon'salignment-basedmodesalmon--no-version-checkquant--help-alig
超级无敌大蜗牛
·
2024-09-07 02:46
Trimmomatic 数据过滤
支持SE和PE
测序
数据。主要用来去除Illumina平台的fastq序列中的接头,并根据碱基质量值对fastq进行修剪。
生信编程日常
·
2024-09-06 06:52
Signac::EnhanceCoveragePlot 参考实现流程
它显示了特定基因组区域内
测序
读取的覆盖度,即每个位置上读取的频率。覆盖度图形对于理解基因组的开放区域、调控元件活性以及染色质状态等方面具有重要作用。通过将多个样本的Coverag
倪桦
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2024-09-04 12:23
r语言
Signac
coverageplot
2022-01-14
Tree_microbiome的博客_CSDN博客-微生物组
测序
数据可视化,微生物组
测序
分析领域博主(一)不同分类水平注释结果相对丰富度转化在微生物组
测序
中我们会从taxa_bar.qvz文件中下载到不同水平
Tree_microbiome
·
2024-09-03 21:24
lncRNA数据分析专题
lncRNA是一种长度在200bp以上的非编码
RNA
,虽然没有编码蛋白的功能,但是却具有很重要的调控作用,可以在表观遗传水平,转录水平,转录后水平等多个层次调控基因的表达,广泛参与各种生物学过程,本文整理了
生信修炼手册
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2024-09-03 09:30
解惑深度学习中的困惑度Perplexity
语言模型(languagemodel)可以预
测序
列(比如一个句子)中每个时间步词元(比如一个句子中的逐个单词)的概率分布,继而计算一个序列的概率。
Axlsss
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2024-09-01 20:11
深度学习
统计知识
深度学习
人工智能
数学建模
使用clusterProfiler进行GO、KEGG富集分析(有参情况)
寻找差异表达的基因并识别它们的功能,是我们进行
RNA
测序
的最主要目的。
纪伟讲测序
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2024-08-31 14:42
遗传算法:启发自真实现象
DanielShiffman译者:周晗彬ISBN:978-7-115-36947-5第9章目录9.1遗传算法:启发自真实现象1、目标我们的目标不是深入研究遗传和进化的科学原理,我们不会研究旁氏表、核苷酸、蛋白质合成、
RNA
大龙10
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2024-08-30 18:20
论文阅读瞎记(四) Cascade R-CNN: Delving into High Quality Object Detection 2017
网络由一个检
测序
列组成,这些序列训练时会伴随IOU增长从而对FP样本更加有选择性地判别。检测器一个
码大哥
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2024-08-30 15:58
深度学习
人工智能
肿瘤免疫微环境/免疫浸润分析
2.计算免疫微环境的常用方法:“实测法”,高精度的单细胞
测序
,SinglecellRNA-seq等手段。即一
期待未来
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2024-08-30 15:02
病毒的自述
我,一个
RNA
病毒。我的中文名字叫做新冠病毒。英文名字叫做COVID-19(CoronaVirusDisease2019)。
浅_2d78
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2024-08-29 23:01
python调用statsmodels模块实现整合移动平均自回归模型(ARIMA)——以预测股票收盘价为例.md
数据集下载代码分析程序简介调用statsmodels模块对上证指数的收盘价进行ARIMA模型动态建模,ARIMA适合短期预测,因此输入为15个数据,输出为1个数据程序输入:原序列,需要往后预测的个数程序输出:预
测序
列
爆米LiuChen
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2024-08-28 14:28
python
回归
开发语言
【好书分享第十期】大模型应用解决方案_基于ChatGPT和GPT-4等Transformer架构的自然语言处理(文末送书)
BERT、T5和GPT等模型现在已成为计算机视觉、语音识别、翻译、蛋白质
测序
、编码等各个领域中新应用的基础构件。
屿小夏
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2024-08-28 14:56
书籍推荐
chatgpt
transformer
架构
大模型
AI
上海交大RFect siRNA转染试剂成功转染胆囊癌细胞系(NOZ、GBC-SD)
上海交通大学研究团队在探讨
RNA
甲基转移酶NSUN2在胆囊癌中的功能作用相关研究中,使用RFectsiRNA转染试剂将NSUN2及其他相关基因的siRNA转染到胆囊癌细胞系NOZ和GBC-SD细胞中。
清风拂面vv
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2024-08-28 09:41
用Python实现生信分析——基序(Motif)识别详解
在生物信息学中,基序(Motif)是指在生物序列(如DNA、
RNA
或蛋白质序列)中具有特定功能或结构的短序列片段。基序通常在生物进化中得到保留,因为它们在生物学功能中起着重要作用。
写代码的M教授
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2024-08-28 08:19
生信分析
python
开发语言
医学组学1+1>2:代谢组+转录组/微生物组关联分析策略及案例解读
转录组学则是一门描绘细胞内全基因转录产物(
RNA
)图谱的科学,其核心在于揭示基因表达的动态变化及其调控机制,从分子层面解码生命的语言。
Magigene
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2024-08-27 10:28
经验分享
科研盘点丨空间转录组技术在肝脏研究中的应用
哺乳动物的肝脏是维持代谢稳态及解毒的重要器官,单细胞
RNA
测序
技术可以鉴定到大多数肝细胞类型,但如何获取细胞类型在组织上的定位及其基因表达情况,并研究细胞间相互作用及通讯对于增强我们对肝脏发育及疾病发生
晶典教你玩转科研
·
2024-08-26 23:34
《当人工智能牵手新兴技术:安全挑战与应对之策》
一、人工智能与生物技术结合的安全挑战1.生物数据安全风险人工智能在生物技术领域的应用,如基因
测序
和分析,产生了大量的生物数据。这些数据包含着个人的遗传信息,一旦泄露,可能被用于非法目的,如遗传歧视
程序猿阿伟
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2024-08-25 22:03
人工智能
安全
PEI转染试剂配制方法
PEI转染试剂是一种常用于细胞实验中的试剂,主要用于将DNA、
RNA
等核酸分子转移到细胞内,促使基因表达或基因沉默。PEI是聚乙烯亚胺的缩写,是一种阳离子高分子化合物。
chenlili2017new
·
2024-08-22 10:28
经验分享
笔记
RNA
-seq数据分析_未完成
目录基础分析1.质控(reads)2.比对3.质控(alignment)4.定量5.样本合并差异表达1.质控(cohort)2.差异分析3.可视化(差异)富集分析肿瘤免疫1.免疫组库2.免疫浸润3.免疫响应4.新抗原预测微生物组参考本文主要覆盖了肿瘤样本bulkRNA-seq数据常见的分析步骤,并从实践角度出发,较为具体地介绍了每一步骤依赖的工具和数据集。另外,尽管本文适用于肿瘤样本,但其中的一些
子诚之
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2024-03-28 11:43
组学数据分析
数据分析
如何处理NGS数据中的污染?
本次文章和大家讨论一个大家可能胡遇到很常见的一个问题,在
测序
中我们很难避免引入一些微生物污染或者人类的污染,例如,我想
测序
拟南芥,其中由于实验员的操作不够干净,很容易引入一些人类的DNA,又或者该拟南芥的叶子上也混杂着细菌真菌等其他的
lakeseafly
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2024-03-18 15:46
隐马尔可夫模型(HMM) |前向算法 |一个简单的例子说清计算过程 |一般步骤总结
如是我闻:本文通过一个简单的例子来详细说明隐马尔可夫模型(HMM)的前向算法我们求解的问题类型是:给定模型及观
测序
列计算其出现的概率。
漂亮_大男孩
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2024-03-16 03:03
算法
隐马尔可夫模型
10X单细胞转录组个性化分析-拟时序分析
单细胞
RNA
-Seq可以使您在不需要纯化细胞的情况
Seurat_Satija
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2024-03-09 16:31
高通量
测序
的数据处理与分析(二)-宏基因组2
博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库:1.NCBI的SRA数据库,2.ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库:NGDC你可以直接通过网页下载数据,或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到sra-exporter这个网站上输入项目号获得样本的下载链接。用wget或者其他下载工具进行下载,示例的命令如下:wget-cftp://
lantary
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2024-03-08 09:58
扩增子质控流程多,专属名词来揭晓
在高通量
测序
王国中,Rawreads(或rawdata)已不陌生,但在扩增子
测序
的质控数据中还有Rawtags、Cleantags、Effectivetags等一串的专属名词,这些名词代表什么,分析要关注哪些数据
ee00dc6faab7
·
2024-02-26 16:53
生信工具 |
测序
数据质控与过滤 - fqtrim
fqtrimtrimming&filteringofnext-genreadsfqtrim是一个多功能的独立实用程序,可用于去除高通量
测序
仪产出的
测序
数据接头,poly-A尾,末端未知碱基(Ns)和低质量
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2024-02-23 02:36
程序员
转录组结果和qRT-PCR结果又不一致?!
转录组
测序
(
RNA
-seq)将细胞内某一类型(或全部)的
RNA
逆转录成DNA,通过高通量
测序
的方法测定其序列并统计其表达水平的一项技术。是检测基因表达变化的通用方法。
Seurat_
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2024-02-20 20:22
11.8
RNA
-seq表达rpkm数据操作实践(二)
接下来,我们需要对rpkm数据进行annotation再画图。一篇文章说:RPKMvalueswerelog2transformedbeforegeneratingheatmaps.TheheatmapwasgeneratedbyBARHeatmapperPlus(http://bar.utoronto.ca/ntools/cgi-bin/ntools_heatmapper_plus.cgi)on
KK_f2d5
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2024-02-20 19:56
二代
测序
原理(Illumina)
虽然三代
测序
现在已经商用,但是目前的主流还是二代
测序
,尤其是Illumina公司的
测序
方式更是大行其道。那么,下面我们从四个方面来说说illumina家的二代
测序
是怎么得到的生物数据。
白墨石
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2024-02-20 13:10
2021-05-29 m6A reader——IGF2BPs
m6Areader鉴定的经典套路——m6A修饰
RNA
探针的RNApulldown结合质谱。今天分享的这项研究就是使用这种方法鉴定到新的m6Ainteractor——IGF2BP1-3。
NAome
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2024-02-20 10:25
【动植物研究动态】20220501文献解读
揭示现代油菜遗传改良的基因组学基础Genomicselectionandgeneticarchitectureofagronomictraitsduringmodernrapeseedbreeding基于418份现代油菜种质高深度重
测序
数据
生物信息与育种
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2024-02-20 09:53
一文带你了解单细胞数据基因集打分的所有算法
上一周Immugent写了一篇一文解决单细胞亚群注释的所有问题,引出了单细胞
测序
技术的面临的几大未解决的技术难题,其中最主要的一个问题就是由于
测序
深度不足产生的"dropout"现象。
生信宝库
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2024-02-20 00:23
机器学习---HMM前向、后向和维特比算法的计算
HMMimportnumpyasnp#In[15]:classHiddenMarkov:defforward(self,Q,V,A,B,O,PI):#使用前向算法N=len(Q)#状态序列的大小M=len(O)#观
测序
列的大小
三月七꧁ ꧂
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2024-02-19 23:23
机器学习
机器学习
算法
python
两则脐带血相关文献
[精读]一篇单细胞转录组
测序
分析的文章:Single-cellTranscriptomicLandscapeofNucleatedCellsinUmbilicalCordBlood[泛读]一篇生统分析脐带血的血常规数据的文章
MC学公卫
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2024-02-19 18:22
生信学习小组Day7笔记--苏剑请
今日收获大致了解了第一到三代的
测序
历史、原理和特点深入了解了二代
测序
的过程,虽然还没能完全看懂以上知识点总结归纳于下面两图(以下知识点均为生信星球公众号提供):生信Day7笔记1.png生信Day7笔记
苏剑清
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2024-02-19 17:29
科研汪的日常 21 科研中的套路与反套路
中等水平的杂志期刊中收录的文章相较水刊的质量会高很多,如XinZong等人在2021年的研究中首先通过对肠上皮细胞样品进行核糖体印迹
测序
和m6A-seq分析,找到靶分子YTHDF1和Traf6,由后续
007木子
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2024-02-19 16:40
LSTM参数详解
LSTM(长短期记忆网络)是一种特殊类型的循环神经网络(RNN),主要用于处理和预
测序
列数据的重要模型。
实名吃香菜
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2024-02-19 14:38
深度学习
lstm
人工智能
rnn
肠道微生物研究的“法宝”
随着分子
测序
工具和技术的迅速发展,肠道微生物组在人类微生物组的研究过程中取得了长足的进步。这些发现揭示了在重组和改革疾病病理与药物方面有着非凡未来的可能性。
茗创科技
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2024-02-19 13:33
数据分析
宝藏R包:TCGA的转录组数据挖掘一站搞定
require(GDCRNATools))BiocManager::install("GDCRNATools")library(GDCRNATools)这里使用的是作者给的示例数据,
RNA
-seq是1000
小洁忘了怎么分身
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2024-02-15 09:09
转录调控研究数据库推荐 | 你要找的ChIP-seq数据都在这里啦!
染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量
测序
,使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。
尐尐呅
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2024-02-15 04:49
生信地基系列--常规分析流程
领域特异性分析包括质量评估、ChIP-seq、差异表达、
RNA
-seq和其他方法。
可能性之兽
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2024-02-14 18:17
机器学习---概率图模型(概率计算问题)
1.直接计算法给定模型和观
测序
列,计算观
测序
列O出现的概率。
三月七꧁ ꧂
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2024-02-14 17:06
机器学习
机器学习
人工智能
2022-12-01
Nature|空间基因组学描绘癌症克隆的结构、性质和进化(2)原创图灵基因图灵基因2022-12-0109:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术一种新的空间技术,碱基特异性原位
测序
(BaSISS
图灵基因
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2024-02-14 08:35
遗传学经典选择题
(c)A先天性疾病B家族性疾病C遗传物质改变引起的疾病D不可医治的疾病2.DOWN综合征是(b)A单基因遗传病B多基因遗传病C染色体遗传病D线粒体遗传病3基因表达时,遗传信息的基本流动方向是(d)A.
RNA
JQYP
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2024-02-14 06:59
Python版WGCNA分析和蛋白质相互作用PPI分析教程
在前面的教程中,我们介绍了使用omicverse完成基本的
RNA
-seq的分析流程,在本节教程中,我们将介绍如何使用omicverse完成加权基因共表达网络分析WGCNA以及蛋白质相互作用PPI分析。
Starlitnightly
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2024-02-14 06:18
python
开发语言
单细胞
测序
最好的教程(一):质量控制
目前,国内对于单细胞
测序
分析的教程五花八门,百花齐放,一个合适且准确的pipeline对于分析是很有价值的。
Starlitnightly
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2024-02-14 06:18
python
单细胞
测序
最好的教程(二):归一化
由于单细胞
测序
技术的限制,我们在样本中获得
RNA
的时候,经过了分子捕获,逆转录还有
测序
。
Starlitnightly
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2024-02-14 06:18
python
单细胞
测序
最好的教程(三):特征基因选择
前言提到,在过去两天的教程中,我们讲解了使用omicverse进行单细胞
测序
数据的质控以及归一化的一些思想。
Starlitnightly
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2024-02-14 06:18
单细胞测序最好的教程
数据库
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