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RNA甲基化
200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引
注:后面可能还会构建鼠源的x参考:
RNA
-seq(5):序列比对:Hisat2人类基因组hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2
dicklim
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2024-02-03 15:13
scifi-
RNA
-seq 2021
题目:Ultra-high-throughputsingle-cellRNAsequencingandperturbationscreeningwithcombinatorialfluidicindexing期刊:NatureMethods通讯作者:ChristophBock奥地利科学院分子医学研究中心,维也纳,奥地利人工智能研究所,医学统计、信息学和智能系统中心,维也纳医科大学,奥地利维也纳我们
韧_7e6f
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2024-02-03 12:07
血液提取
RNA
②
RNA
血液保存液12000rpm离心5min,弃上清后加1毫升RNase-freeddH2O。③200
杏子柠檬茶
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2024-02-03 07:54
RNA
18. SCI 文章中基因集变异分析 GSVA
GSVA也是SCI文章中常见的分析方法,在我们获得多个pathway的时候,可以比较pathway在样本分组中的差异,这样可以更好的确定每个通络的活性。关注公众号,桓峰基因前言GSVA全名Genesetvariationanalysis(基因集变异分析),是一种非参数,无监督的算法。与GSEA不同,GSVA不需要预先对样本进行分组,可以计算每个样本中特定基因集的富集分数。换而言之,GSVA转化了基
90066456ace6
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2024-02-03 00:05
一、二、三、四代测序技术原理详解
简单来说,测序技术就是将DNA/
RNA
分子中碱基ATGC的排列顺序显示出来。1953年,Watson和Crick提出DNA双
生信空间
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2024-02-02 22:24
ATAC-seq发篇测序文章就结束了吗?看如何利用ATAC-seq数据为后续关键基因的转录调控研究提供重要依据
转座酶可及染色质测序分析(ATAC-seq)是常见的研究染色质可及性的方法,ATAC-seq联合
RNA
-seq是一种新的研究思路,为阐述基因组和特定生物过程中的基因差异表达提供见解。
爱基百客
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2024-02-02 15:16
学习
ATAC
转录调控
国自然热点:如何从表观遗传学方向入手进行炎症机制研究
表观遗传学则是研究基因组中不涉及DNA序列改变的遗传变化,包括DNA
甲基化
、组蛋白修饰以及非编码
RNA
等。近年来,越来越多的研究表明炎症与表观遗传之间存在密切的关联。
爱基百客
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2024-02-02 15:16
国自然热点
学习
国自然
表观遗传学
炎症
Cy2 amine,Cy2伯胺,用于荧光标记DNA、
RNA
和蛋白质等生物分子
您好,欢迎来到新研之家文章关键词:Cyanine2amine,Cyanine2NH2,Cy2amine,Cy2NH2,Cy2伯胺,Cyanine2伯胺一、基本信息产品简介:Cyanine2amineisadyewithexcellentfluorescenceperformance,widelyusedinfluorescencelabelingtechnology.Duetoitsexcelle
XYBMWCR
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2024-02-02 11:51
化学试剂
外泌体多组学12-cell与exosome lncRNA数据分析大比拼
不同的细胞编码和长链非编码
rna
亚群,富集在EV中,可以在细胞之间进行功能转移,支持细胞-细胞通信的调节形式。
信你个鬼
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2024-02-02 07:54
使用MAKER进行基因注释(高级篇之GeneMark-ET模型训练)
真核生物基因组预测主要会用到GeneMark-ES/ET,其中GeneMark-ES可用于无监督自训练,也就是只要提供一个基因组序列即可,而GeneMark-ET则是在GeneMark-ES的基础上整合了高通量的
RNA
-Seq
xuzhougeng
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2024-02-01 17:40
《生物信息学:导论与方法》--新一代测序NGS:转录组分析
RNA
-Seq--听课笔记(十四)
第八章新一代测序NGS:转录组分析
RNA
-Seq8.1转录组介绍Atranscriptomeisacollectionofallthetranscriptspresentinagivencell.所谓转录组
盲人骑瞎马5555
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2024-02-01 12:52
生物信息学
RNA-Seq
Cufflinks
TopHat
BWT比对算法
简介BWT算法在多款序列比对软件(BWA,bowtie)中都有涉及,那么对于
RNA
-seq的2代数据,一般建库长度是单端300bp,双端各150bp左右。
小潤澤
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2024-02-01 10:11
一文搞懂
RNA
-seq的链特异性测序和非链特异性测序
RNA
-seq实验构建文库时,可以构建非链特异性文库和链特异性文库:非链特异性文库:无法区分打碎的片段转录自正义链还是反义链。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-02-01 09:27
iMETHYL : 整合了DNA
甲基化
, SNP和
RNA
_seq的多组学联合数据库
在NGS飞速发展的时代,有大量研究通过GSWA的方法,阐述了SNP于疾病之间的关联;也有学者利用WGBS,RRBS,
甲基化
芯片等方式研究DNA
甲基化
与疾病之间的关系。
生信修炼手册
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2024-02-01 07:13
RPKM,FPKM和TPM明确解释|
RNA
-Seq博客
RPKM,FPKM和TPM明确解释|
RNA
-Seq博客来自StatQuest过去,当您进行
RNA
测序时,您以RPKM(ReadsPerKilobaseMillion每千碱基百万个读数)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion
Seurat_Satija
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2024-02-01 03:24
【细胞通讯】CellTalk
单细胞
RNA
测序(scRNA-seq)技术的发展可有效帮助研究人员认识细胞表型的异质性和复杂组织的细胞类型组成,促进了单细胞分辨率下对细胞间通讯的系统研究。
jjjscuedu
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2024-01-31 10:13
Dynamics and function of DNA methylation in plants(二)
MolecularfunctionsofDNAmethylationDNA
甲基化
与组蛋白修饰及非组蛋白共同决定了染色质结构和开放程度。
黄粱一梦贰十年
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2024-01-31 10:07
双CpG位点DNA
甲基化
特征为LGG患者提供准确的生存风险分层(IF5+)
Genome-widemethylomicanalysesidentifyprognosticepigeneticsignatureinlowergradeglioma全基因组甲基组学分析确定低级别胶质瘤的预后表观遗传特征发表期刊:JCellMolMed发表日期:2022JanDOI:10.1111/jcmm.17101期刊相关信息一、背景胶质瘤是临床上最常见的原发性脑肿瘤之一,约占所有恶性脑肿瘤
生信学霸
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2024-01-31 01:39
纯生信分析套路 CCR|自测数据+公开数据库结合
文章主要讲的是,通过分析急性髓系白血病(AML)不同预后情况患者之间的
RNA
-seq数据
音十千寻
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2024-01-30 23:28
20201108-
RNA
剪接过程
id=427549图片.png转录和翻译构成了基因表达的整个过程,而
RNA
剪接则是这一过程中至关重要的一步,该过程将pre-mRNA中的内含子剪切除去,并将外显子有序链接,最终加工成成熟的mRNA。
野山羊骑士
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2024-01-30 23:48
超过1000种工具揭示了单细胞
RNA
数据分析的趋势
文章:Over1000toolsrevealtrendsinthesingle-cellRNA-seqanalysislandscape杂志:GenomeBiology年份:2021从2016年开始,scRNA-tools数据库(https://www.scrna-tools.org/)不断收集单细胞转录组数据分析软件。截止2021年,已经收集了超过1000个工具,从这些工具中,能够感受到单细胞转
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-30 10:16
数据分析
数据挖掘
跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分
DefaultAssay(immune)<-"
RNA
"cd_fe
KS科研分享与服务
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2024-01-30 09:57
Seurat4.0:空间转录组与scRNA-seq参考整合
与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释,我们利用了由Saunders*,Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞
RNA
-seq海马数据集。
Seurat_
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2024-01-29 14:33
RNA
3. SCI 文章中基于T CGA 差异表达基因之 DESeq2
在比较高通量测序分析中,一项基本任务是分析计数数据,如
RNA
-seq中每个基因的Readcount,以获得跨实验条件的系统性变化的证据。离
90066456ace6
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2024-01-29 12:48
RNA
-seq阅读2016年【HISAT, StringTie and Ballgown】笔记
2016StevenLSalzbergNatureProtocolRNAseq总体分析流程分为四步:1)alignmentofthereadstothegenome2)assemblyofthealignmentsintofull-lengthtranscripts3)quantificationoftheexpressionlevelsofeachgeneandtranscript4)calcu
小红楼上的树影
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2024-01-28 13:08
【现学现卖】实时荧光定量PCR——qPCR
应用很广泛,凡是涉及一条
RNA
链逆转录为cDNA,再以此为模板通过PCR进行DNA扩增都可以叫做RT-PCR,可能应用于定性PCR或者定量PC
乔伊nikkie
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2024-01-27 15:38
使用OSCA进行eQTL分析
OSCA发表文献OSCA主要可以做以下几个事情:计算表观标记(或者基因表达)数据个体之间的表观组(转录组)的亲缘关系基于混合线性模型的方法检测DNA
甲基化
(或者基因表达)标记与复杂性状之间的关联(使用MOA
只看不写_nathan
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2024-01-27 14:03
circRNA研究知多少
circRNAs(CircularRNAs,环状
RNA
分子)是一类不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共价键形成闭合环形结构的非编码
RNA
分子,在真核生物中广泛存在。
ee00dc6faab7
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2024-01-27 04:41
R包VennDiagram的韦恩图绘制及交集元素的提取
例如做
RNA
-seq的最直接目的,大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到多分组情况时,常需要展示多组间共享的差异基因数量,这个时候就要使用到韦恩Venn图。
纪伟讲测序
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2024-01-26 15:28
一文掌握R包DESeq2的差异基因分析过程
例如,肿瘤患者与正常人群相比哪些编码蛋白或非编码
RNA
分子发生了失调,这些失调分子是否是引发或加速肿瘤进程的潜在因素?
纪伟讲测序
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2024-01-26 12:20
RNA
-Seq:差异表达分析案例
白利合子酵母菌在乙酸或铜胁迫下早期反应的转录谱分析摘要:醋酸在食品工业和生物技术中是非常重要的微生物抑制化合物,而非传统酵母种白利合子酵母菌对醋酸有显著的耐受性。Zbhaa1是酿酒酵母haa1基因的功能同源物,是一种能调节白利合子酵母菌对醋酸和铜胁迫的适应性反应的双功能转录因子。在2018年5月发表的一篇文章TranscriptionalprofilingofZygosaccharomycesba
DumplingLucky
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2024-01-25 22:35
2022-06-23
单细胞
RNA
测序的研究表明,总mRNA含量与肿瘤表型息息相关。然而,目前为止,还未出现能够对总mRNA进行大规模泛癌检查的技术。近期,美国安德森癌症中心
图灵基因
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2024-01-25 21:45
文献阅读-2022-11-23-
RNA
结构-5'UTR的review
题目:2018_Functional5′UTRmRNAstructuresineukaryotictranslationregulationandhowtofindthem摘要:
RNA
分子能折叠成复杂的形状
不学无术吗
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2024-01-25 13:53
2022-11-22
题目:DeterminationofinvivoRNAstructureinlow-abundancetranscripts摘要:
RNA
二级结构在多种生物过程中扮演重要的角色,但是,目前,大部分体内的
RNA
不学无术吗
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2024-01-25 04:06
Nat.Biotechnol|能靶向冠状病毒
RNA
的新型CRISPR工具问世
图片下载:右键此处另存为可保存此图片Cas13酶沿着
RNA
行走的景象。
PaperRSS
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2024-01-25 01:09
17β-Estradiol high sensitivity ELISA kit
雌激素能促使细胞合成DNA、
RNA
和相应组织内各种不同的蛋白质。β-雌二醇(17β-Es
Neobioscience
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2024-01-24 12:18
17β-Estradiol
17β-雌二醇
检测试剂盒
全反式维甲酸(ATAR)诱导白血细胞的染色质构象改变而影响分化进程
AlterationsofspecificchromatinconformationaffectATRA-inducedleukemiacelldifferentiation期刊:CellDeath&Disease影响因子:6.044主要技术:Hi-C、ATAC-seq、ChIP-seq、
RNA
-seq
d5c9c866171f
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2024-01-24 11:45
2021-11-26
丨非小细胞肺癌单细胞分析细化了肿瘤分类和患者分层原创珍奇图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文:珍奇IF:31.743推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本研究通过多尺度单细胞分析对更大的患者队列进行分析,从而定义在肿瘤微环境中诱导的分子免疫状态;通过测序将免疫细胞的单细胞
RNA
图灵基因
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2024-01-23 22:41
翻译(4)siRNA
siRNAs在植物中,约90%的小
RNA
是来源于双链前体的siRNA。它们的长度可以进一步分为21-nt,22-nt和24-nt类。
Yancey_Yan
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2024-01-23 19:50
TPM、RPKM与FPKM相互转换
RNA
数据下机后,如果处理成readcountsmatrix的话,是一定要进行基于基因长度的标准化的(TMP,RPKM,TPKM等)。
Seurat_Satija
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2024-01-23 18:39
石蜡包埋组织
RNA
提取步骤
产品特点◎裂解液、消化液经专门优化,无需过夜温育即可从福尔马林固定的、石蜡包埋组织中高效纯化基因组
RNA
;◎提取的
RNA
纯度高,A260/A280为1.8-2.0;◎产率高,同样的样本量提取的
RNA
更多
清风拂面vv
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2024-01-23 17:03
StringTie在注释基因组时的注意事项
在利用
RNA
-seq注释基因组时,有一个问题就是,我将不同组织来源的转录组数据和参考基因组比对之后,那下一步是1)先将这三个比对结果进行合并,然后用StringTie进行预测,还是2)用StringTie
xuzhougeng
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2024-01-23 14:16
高温季节,植物病毒病如何防治???
植物病毒在寄主细胞中进行核酸(
RNA
或DNA)和蛋白质外壳的复制,组成新的病毒粒体。植物病毒粒体或病
农事巴巴
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2024-01-23 09:23
生物信息学导论-北大-新一代测序NGS:转录组分析
RNA
-Seq 1
ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应(complementaryhybridizationreaction),PCR技术的发展促进了本技术的发展,缺点是:1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤:Real-TimeQuantita
陆沙
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2024-01-23 00:50
生物信息学
生物
生物信息
关于文章发表中McrBC实验需配备的图
McrBC是一种检测基因组小部分区段的DNA
甲基化
情况的核酸内切酶。只能降解
甲基化
的区域,对未
甲基化
区域不起作用。
热衷组培的二货潜
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2024-01-22 20:40
Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读
研究者通常会涉及到以下三个数据类型,每个都有其独特的角色和应用:Reads(读数):定义:Reads是从原始测序数据(例如Illumina测序的FASTQ文件)中获得的短序列片段,通常包含原始样本中的DNA或
RNA
WDPLA
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2024-01-22 15:18
生物信息学
组装
linux
转录组测序1-测序原始数据说明
样品制备到产出测序数据过程,是
RNA
提取建库和测序的试验环节。在使用Illumina
纪伟讲测序
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2024-01-22 08:45
零代码进行转录组数据分析实战(一):质量控制
RNA
提取、片段化、逆转录以及上机测序。生信:生物信息分析阶段。数据质控、比对、定量,以及差异表达基因分析等。从本文开始,着眼于生信阶段,开始带领大家进行转录组实战。首先就是测序数据质控。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-22 08:49
数据分析
数据挖掘
累⊙﹏⊙
不过我可以做好我自己~《平凡的世界》里晓霞死了,虽然挽回了一个年幼的生命,但还是很令人揪心;《破冰行动》里马雯中弹了,不开心(;_;)说句不好听的,为什么不是陈珂…希望明天提
RNA
一切顺利!
阿喵同鞋
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2024-01-21 23:47
周报第二十八周
science文章《SinglecellDNAmethylationand3Dgenomearchitectureinthehumanbrain》,改文章主要用了integration的数据集利用dna
甲基化
的信息来进行计算
Twenrr
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2024-01-20 22:48
深度学习
人工智能
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