RNA甲基化

2022-11-29 RNA-seq差异表达分析

最近看到一篇文章提到当样本量很大的时候差异表达分析使用秩和检验效果较好。文章题目：ExaggeratedfalsepositivesbypopulardifferentialexpressionmethodswhenanalyzinghumanpopulationsamplesGenomeBiol.2022Mar15;23(1):79.doi:10.1186/s13059-022-02648-4.
Zheng_xy·2024-02-06 21:20

RNA-seq-Li

李老师RNA-seqPRC1.6-Gene和PRC1.6-Repeat数据分析读取要处理的文件library(ggplot2)library(VennDiagram)file.listlog2FoldChange_cutoff
bred·2024-02-06 17:31

几种RNA和蛋白互作检测的实验技术

今天给大家分享几种RNA和蛋白互作检测的实验技术，实验方法在这里没有详细描述，只是让大家对这几种实验技术原理有个初步的认识了解。感兴趣的可以专门阅读文献去深入学习，下面我们来看下这几种实验技术。
去学习一下啊·2024-02-06 17:45

2022-08-14

上一次写随笔还是两周前八月第一周在玩异度之刃3.....第二周把EGO数据库挖掘的内容结束了，另外学了chip-seq全流程，这一次感觉比rna-seq那一趟顺利多了，当然，数据量也是大多了，分析结束后还要把
佳奥·2024-02-06 09:00

学习：StatQuest-Heatmap

Heatmapimage.png在RNA-seq中热图往往用于衡量不同样本不同基因的表达情况（主要看上下表达），这个图就是个热图，横坐标表示不同样本，纵坐标表示基因。
小潤澤·2024-02-06 05:17

文献分享-Cas9系统中引导RNA的研究进展

本文是一篇中文综述，于2018年12月发表于《生物技术通报》，文章对CRISPR/Cas9系统中的引导RNA研究进展进行了综述，围绕引导RNA的序列组成、结构特征以及转录产生方式这3方面内容，展望引导RNA
去学习一下啊·2024-02-05 23:40

RNA-seq转录组数据分析

B站：RNA-seq转录组数据分析入门实战1linux常用命令touchtext.txt#新建文件rm-rf/var/log/httpd/access#将会删除/var/log/httpd/access
医学小白学生信·2024-02-05 15:35

生命初期1000天

早在胚胎期就开始发生作用了，它可以改变胎儿甲基化代谢，影响DNA甲基化模式的形成，从而调节胎儿基因的表达，进而调控器官的形成，最终通过调节
crystalbal_0d12·2024-02-05 14:15

一文读懂环状RNA

环状RNA的定义是什么？circRNAs（CircularRNAs，环形RNA分子）是一类不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。
Seurat_Satija·2024-02-05 09:01

比对软件索引构建与效率比较

最近接触下组学的rawdata分析，慢慢学咯~下载参考基因组【直播】我的基因组（五）:测试数据及参考基因组的准备比对原创10000+生信教程大神给你的RNA实战视频演练比对效率5款流行比对工具大比拼
王诗翔·2024-02-05 08:18

“诺如病毒”爆发导致的腹泻，如何避免宝宝中招？

诺如病毒是属于杯状病毒科的单链正股RNA病毒，是引起全世界病毒性急性胃肠炎散发和暴发的主要病原体之一，也是儿童急性肠胃炎常见诱因之一
小风车儿科·2024-02-05 06:53

2021-10-14

单细胞表观遗传组学研究肿瘤细胞异质性和可塑性原创楠烟不可言图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：楠烟不可言IF=38.33推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文分析了近期两项表征了神经胶质瘤的单细胞DNA甲基化组的研究
图灵基因·2024-02-05 01:12

每日paper - 20211111 - 哺乳动物基因表达调控的全局定量分析

基因表达是一个多步骤的过程，包括转录、翻译和信使RNA与蛋白质的周转（turnover，应该是类似于代谢、降解的意思？）。
阿芃·2024-02-04 21:49

2022年全球市场RNA靶向小分子药物总体规模、主要企业、主要地区、产品和应用细分研究报告

本文研究全球市场、主要地区和主要国家RNA靶向小分子药物的销量、销售收入等，同时也重点分析全球范围内主要厂商（品牌）竞争态势，RNA靶向小分子药物销量、价格、收入和市场份额等。
GIR-环洋咨询·2024-02-03 22:43

Inflammasome Activation Triggers Caspase-1- Mediated Cleavage of cGAS to Regulate Responses to DNA...

作者研究了利用DNA病毒感染ASC-/-与Casp-/巨噬细胞，发现这两个分子的缺陷会导致IFN的产生增加，但RNA病毒的感染却未有此表型。
backup备份·2024-02-03 21:17

借助NMF的力量对单细胞RNA和单细胞ATAC进行联合分析

hello，大家好，礼拜天了，明天又要上班了，但是很想写一点东西，留下点足迹，但是又不想太动脑子，所以分享一篇代码文，分享给大家，单细胞转录组和ATAC的联合分析。Jointdefinitionofcelltypesfromsingle-cellgeneexpressionandchromatinaccessibilitydata说起liger，大家应该不陌生，大家可以参考我的文章10X单细胞（空
单细胞空间交响乐·2024-02-03 20:19

200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引

注：后面可能还会构建鼠源的x参考：RNA-seq(5):序列比对：Hisat2人类基因组hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2
dicklim·2024-02-03 15:13

scifi-RNA-seq 2021

题目：Ultra-high-throughputsingle-cellRNAsequencingandperturbationscreeningwithcombinatorialfluidicindexing期刊：NatureMethods通讯作者：ChristophBock奥地利科学院分子医学研究中心，维也纳，奥地利人工智能研究所，医学统计、信息学和智能系统中心，维也纳医科大学，奥地利维也纳我们
韧_7e6f·2024-02-03 12:07

血液提取RNA

②RNA血液保存液12000rpm离心5min，弃上清后加1毫升RNase-freeddH2O。③200
杏子柠檬茶·2024-02-03 07:54

RNA 18. SCI 文章中基因集变异分析 GSVA

GSVA也是SCI文章中常见的分析方法，在我们获得多个pathway的时候，可以比较pathway在样本分组中的差异，这样可以更好的确定每个通络的活性。关注公众号，桓峰基因前言GSVA全名Genesetvariationanalysis（基因集变异分析），是一种非参数，无监督的算法。与GSEA不同，GSVA不需要预先对样本进行分组，可以计算每个样本中特定基因集的富集分数。换而言之，GSVA转化了基
90066456ace6·2024-02-03 00:05

一、二、三、四代测序技术原理详解

简单来说，测序技术就是将DNA/RNA分子中碱基ATGC的排列顺序显示出来。1953年，Watson和Crick提出DNA双
生信空间·2024-02-02 22:24

ATAC-seq发篇测序文章就结束了吗？看如何利用ATAC-seq数据为后续关键基因的转录调控研究提供重要依据

转座酶可及染色质测序分析（ATAC-seq）是常见的研究染色质可及性的方法，ATAC-seq联合RNA-seq是一种新的研究思路，为阐述基因组和特定生物过程中的基因差异表达提供见解。
爱基百客·2024-02-02 15:16

国自然热点：如何从表观遗传学方向入手进行炎症机制研究

表观遗传学则是研究基因组中不涉及DNA序列改变的遗传变化，包括DNA甲基化、组蛋白修饰以及非编码RNA等。近年来，越来越多的研究表明炎症与表观遗传之间存在密切的关联。
爱基百客·2024-02-02 15:16

Cy2 amine，Cy2伯胺，用于荧光标记DNA、RNA和蛋白质等生物分子

您好，欢迎来到新研之家文章关键词：Cyanine2amine，Cyanine2NH2，Cy2amine，Cy2NH2，Cy2伯胺，Cyanine2伯胺一、基本信息产品简介：Cyanine2amineisadyewithexcellentfluorescenceperformance,widelyusedinfluorescencelabelingtechnology.Duetoitsexcelle
XYBMWCR·2024-02-02 11:51

外泌体多组学12-cell与exosome lncRNA数据分析大比拼

不同的细胞编码和长链非编码rna亚群，富集在EV中，可以在细胞之间进行功能转移，支持细胞-细胞通信的调节形式。
信你个鬼·2024-02-02 07:54

使用MAKER进行基因注释(高级篇之GeneMark-ET模型训练）

真核生物基因组预测主要会用到GeneMark-ES/ET,其中GeneMark-ES可用于无监督自训练，也就是只要提供一个基因组序列即可，而GeneMark-ET则是在GeneMark-ES的基础上整合了高通量的RNA-Seq
xuzhougeng·2024-02-01 17:40

《生物信息学：导论与方法》--新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq--听课笔记（十四）

第八章新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq8.1转录组介绍Atranscriptomeisacollectionofallthetranscriptspresentinagivencell.所谓转录组
盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:52

BWT比对算法

简介BWT算法在多款序列比对软件（BWA，bowtie）中都有涉及，那么对于RNA-seq的2代数据，一般建库长度是单端300bp，双端各150bp左右。
小潤澤·2024-02-01 10:11

一文搞懂RNA-seq的链特异性测序和非链特异性测序

RNA-seq实验构建文库时，可以构建非链特异性文库和链特异性文库：非链特异性文库：无法区分打碎的片段转录自正义链还是反义链。
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-02-01 09:27

iMETHYL : 整合了DNA甲基化, SNP和RNA_seq的多组学联合数据库

在NGS飞速发展的时代，有大量研究通过GSWA的方法，阐述了SNP于疾病之间的关联;也有学者利用WGBS，RRBS,甲基化芯片等方式研究DNA甲基化与疾病之间的关系。
生信修炼手册·2024-02-01 07:13

RPKM，FPKM和TPM明确解释| RNA-Seq博客

RPKM，FPKM和TPM明确解释|RNA-Seq博客来自StatQuest过去，当您进行RNA测序时，您以RPKM（ReadsPerKilobaseMillion每千碱基百万个读数）或FPKM（FragmentsPerKilobaseMillion
Seurat_Satija·2024-02-01 03:24

【细胞通讯】CellTalk

单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的发展可有效帮助研究人员认识细胞表型的异质性和复杂组织的细胞类型组成，促进了单细胞分辨率下对细胞间通讯的系统研究。
jjjscuedu·2024-01-31 10:13

Dynamics and function of DNA methylation in plants（二）

MolecularfunctionsofDNAmethylationDNA甲基化与组蛋白修饰及非组蛋白共同决定了染色质结构和开放程度。
黄粱一梦贰十年·2024-01-31 10:07

双CpG位点DNA甲基化特征为LGG患者提供准确的生存风险分层(IF5+)

Genome-widemethylomicanalysesidentifyprognosticepigeneticsignatureinlowergradeglioma全基因组甲基组学分析确定低级别胶质瘤的预后表观遗传特征发表期刊：JCellMolMed发表日期：2022JanDOI:10.1111/jcmm.17101期刊相关信息一、背景胶质瘤是临床上最常见的原发性脑肿瘤之一，约占所有恶性脑肿瘤
生信学霸·2024-01-31 01:39

纯生信分析套路 CCR|自测数据+公开数据库结合

文章主要讲的是，通过分析急性髓系白血病（AML）不同预后情况患者之间的RNA-seq数据
音十千寻·2024-01-30 23:28

20201108-RNA剪接过程

id=427549图片.png转录和翻译构成了基因表达的整个过程，而RNA剪接则是这一过程中至关重要的一步，该过程将pre-mRNA中的内含子剪切除去，并将外显子有序链接，最终加工成成熟的mRNA。
野山羊骑士·2024-01-30 23:48

超过1000种工具揭示了单细胞RNA数据分析的趋势

文章：Over1000toolsrevealtrendsinthesingle-cellRNA-seqanalysislandscape杂志：GenomeBiology年份：2021从2016年开始，scRNA-tools数据库（https://www.scrna-tools.org/）不断收集单细胞转录组数据分析软件。截止2021年，已经收集了超过1000个工具，从这些工具中，能够感受到单细胞转
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-30 10:16

跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分

DefaultAssay(immune)<-"RNA"cd_fe
KS科研分享与服务·2024-01-30 09:57

Seurat4.0：空间转录组与scRNA-seq参考整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。
Seurat_·2024-01-29 14:33

RNA 3. SCI 文章中基于T CGA 差异表达基因之 DESeq2

在比较高通量测序分析中，一项基本任务是分析计数数据，如RNA-seq中每个基因的Readcount，以获得跨实验条件的系统性变化的证据。离
90066456ace6·2024-01-29 12:48

RNA-seq阅读2016年【HISAT, StringTie and Ballgown】笔记

2016StevenLSalzbergNatureProtocolRNAseq总体分析流程分为四步：1）alignmentofthereadstothegenome2)assemblyofthealignmentsintofull-lengthtranscripts3)quantificationoftheexpressionlevelsofeachgeneandtranscript4)calcu
小红楼上的树影·2024-01-28 13:08

【现学现卖】实时荧光定量PCR——qPCR

应用很广泛，凡是涉及一条RNA链逆转录为cDNA，再以此为模板通过PCR进行DNA扩增都可以叫做RT-PCR，可能应用于定性PCR或者定量PC
乔伊nikkie·2024-01-27 15:38

使用OSCA进行eQTL分析

OSCA发表文献OSCA主要可以做以下几个事情：计算表观标记(或者基因表达)数据个体之间的表观组（转录组）的亲缘关系基于混合线性模型的方法检测DNA甲基化（或者基因表达）标记与复杂性状之间的关联(使用MOA
只看不写_nathan·2024-01-27 14:03

circRNA研究知多少

circRNAs（CircularRNAs，环状RNA分子）是一类不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共价键形成闭合环形结构的非编码RNA分子，在真核生物中广泛存在。
ee00dc6faab7·2024-01-27 04:41

R包VennDiagram的韦恩图绘制及交集元素的提取

例如做RNA-seq的最直接目的，大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到多分组情况时，常需要展示多组间共享的差异基因数量，这个时候就要使用到韦恩Venn图。
纪伟讲测序·2024-01-26 15:28

一文掌握R包DESeq2的差异基因分析过程

例如，肿瘤患者与正常人群相比哪些编码蛋白或非编码RNA分子发生了失调，这些失调分子是否是引发或加速肿瘤进程的潜在因素？
纪伟讲测序·2024-01-26 12:20

RNA-Seq：差异表达分析案例

白利合子酵母菌在乙酸或铜胁迫下早期反应的转录谱分析摘要：醋酸在食品工业和生物技术中是非常重要的微生物抑制化合物，而非传统酵母种白利合子酵母菌对醋酸有显著的耐受性。Zbhaa1是酿酒酵母haa1基因的功能同源物，是一种能调节白利合子酵母菌对醋酸和铜胁迫的适应性反应的双功能转录因子。在2018年5月发表的一篇文章TranscriptionalprofilingofZygosaccharomycesba
DumplingLucky·2024-01-25 22:35

2022-06-23

单细胞RNA测序的研究表明，总mRNA含量与肿瘤表型息息相关。然而，目前为止，还未出现能够对总mRNA进行大规模泛癌检查的技术。近期，美国安德森癌症中心
图灵基因·2024-01-25 21:45

文献阅读-2022-11-23-RNA结构-5'UTR的review

题目：2018_Functional5′UTRmRNAstructuresineukaryotictranslationregulationandhowtofindthem摘要:RNA分子能折叠成复杂的形状
不学无术吗·2024-01-25 13:53

2022-11-22

题目：DeterminationofinvivoRNAstructureinlow-abundancetranscripts摘要：RNA二级结构在多种生物过程中扮演重要的角色，但是，目前，大部分体内的RNA
不学无术吗·2024-01-25 04:06
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