RNA甲基化第6页

拭子（痰液）核酸提取中如何高效地分离核酸

3.样本处理：a)拭子：向无RNA酶

清风拂面vv·2023-12-20 19:29

生物学上描述DNA/RNA的长度常用的kb\nt\bp是指什么？

kb=千碱基对kilobase(pair).是kbp的简写nt=核苷酸nucleotidebp=碱基对basepair1Mb=1000kb=1000000bp

大大的世界和小小的人儿·2023-12-20 15:08

基因表达差异分析R工具包DESeq2的详细使用方法和使用案例

DESeq2是一种常用的差异表达基因分析工具，可用于RNA-seq数据的差异表达分析。下面是DESeq2的详细使用步骤和全部脚本示例。

小果运维·2023-12-20 14:23

生信分析代谢通路可视化分析R工具包ggkegg的使用案例

assign_deseq2log2FoldChangecolumnnumeric_combinemean在这里，我们使用RNA-Seq数据

小果运维·2023-12-20 14:22

2021-01-26基因ID+TMP

TumorProteinP53的简写，RNF180是RingFingerProtein180的简写ID号1.最常见的就是EntrezGene2.在gene数据库里面对于转录本和蛋白的编号是以NM和NP开头的3.非编码的RNA

小森的生统笔记·2023-12-20 00:15

本周最新文献速递20210704

20210704一、精细解读文献一文献题目：Geneticdriversofm6Amethylationinhumanbrain,lung,heartandmuscle不想看英文题目：人脑、肺、心脏和肌肉中m6A甲基化的遗传驱动因素研究杂志和影响因子

橙子牛奶糖·2023-12-19 23:28

新版TCGA表达矩阵整理简单版

很多人因为网络原因不能使用TCGAbiolinks这个神包下载TCGA的RNA-seq数据，只能通过浏览器访问GDCTCGA的官网进行下载，而下载后得到的是一个个文件夹，对于如何整理成一个表达矩阵也是很麻烦的

医学和生信笔记·2023-12-19 20:16

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1

前言最近在阅读欧剑虹老师《生物信息学生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用，这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节：1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq

小潤澤·2023-12-19 19:08

细胞RNA提取的操作步骤

操作步骤（请自行准备无水乙醇、异丙醇、灭菌1.5mL离心管）：1.取出洗涤液，按以下操作：a)洗涤液A：按终浓度30%比例加入无水乙醇，如7mL加入3mL无水乙醇；21mL加入9mL无水乙醇，充分混匀。b)洗涤液B：按终浓度70%比例加入无水乙醇，如3mL加入7mL无水乙醇；9mL加入21mL无水乙醇，充分混匀。c)配制好的洗涤液如出现沉淀，可在37℃溶解，摇匀后使用。2.取1.5mL离心管，加入

清风拂面vv·2023-12-19 18:26

RNA剪接机制

根据中心法则，DNA编码的遗传信息被转录成RNA，然后翻译成蛋白质。在将初级mRNA翻译成蛋白质之前，必须先对其进行修饰和编辑。

阿尔法约塔·2023-12-19 16:54

RNA-seq数据如何做PCA

PCAworksbestwhentheinputdataisapproximatelynormallydistributedoneachdimension.Itwouldbeagoodideatodosomeinitialdataqualitycheckstoverifythatthisisthecase(andtransformthedataappropriatelyifnot),oratlea

OmicsAcademy·2023-12-19 08:49

体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa

众所周知，CRISPR/Cas9系统可以用来操纵基因组：规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA（gRNA）的指引下，靶向基因组中的特定区域并切割DNA，产生DNA双链断裂

辛晓红·2023-12-19 04:19

人和狗的年龄换算公式

科学家们已经可以通过DNA的甲基化水平，跟

超甜吖·2023-12-18 16:04

每周文献 2021-08-02

大家好，最近因为有需要了解甲基化作用，看到这篇文献，拿出来给大家分享一下，这是一篇关于揭示蛋白BANP与基因组的CGCG基序结合，从而激活必需基因表达的文章。

杨博士聊生信·2023-12-18 10:54

生信数据挖掘单细胞测序

其收稿要求涵盖了癌基因的结构和功能的各个方面，尤其是:细胞癌基因及其激活机制，其编码蛋白的结构和功能，DNA和RNA的癌基因，肿瘤病毒，人类肿瘤的分子肿瘤学，肿瘤抑制基因，生长调控基因，细胞周期控制生长

概普生信·2023-12-18 10:06

2022-03-18

NatComm|非编码RNA参与DNA修复调控机制原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制瑞典Karolinska研究所的研究人员发表了一篇论文，展示了某些RNA分子如何控制癌细胞中受损DNA

图灵基因·2023-12-17 21:52

血液微生物RNA提取注意事项

操作步骤（请自行准备无水乙醇、异丙醇和1.5mL灭菌RNase-free离心管）1.取出洗涤液，按以下操作：a)洗涤液A：按终浓度30%比例加入无水乙醇，如7mL加入3mL无水乙醇；21mL加入9mL无水乙醇，充分混匀。b)洗涤液B：按终浓度70%比例加入无水乙醇，如3mL加入7mL无水乙醇；9mL加入21mL无水乙醇，充分混匀。2.取1.5mLRNase-free灭菌离心管，加入200μL血液样

清风拂面vv·2023-12-17 19:58

Nat. Mach. Intell. | 通过深度神经网络联合建模多个切片来构建一个三维全生物体空间图谱

通过联合建模多个切片并将其与单细胞RNA测序数据整合，S

DrugAI·2023-12-17 19:06

石蜡包埋组织RNA提取步骤有哪些？

操作步骤：1.请自行准备：无水乙醇、异丙醇、灭菌双蒸水、二甲苯及1.5mL离心管。2.取出洗涤液，按以下操作：a)洗涤液A：按终浓度30%的比例加入无水乙醇，如7mL加入3mL无水乙醇，14mL加入6mL无水乙醇，充分混匀。b)洗涤液B：按终浓度70%的比例加入无水乙醇，如3mL加入7mL无水乙醇；6mL加入14mL无水乙醇，充分混匀。c)配制好的洗涤液如出现沉淀，可在37℃溶解，摇匀后使用。3.

清风拂面vv·2023-12-17 18:00

逆转录酶性质 – 六个关键注意事项

DNA聚合酶活性RNaseH活性热稳定性持续合成能力保真度末端核苷酸转移酶（TdT）活性逆转录酶是从RNA模板合成互补DNA（cDNA）链过程中的必需试剂。

evolisgreat·2023-12-17 00:17

派森诺转录+代谢组联合分析，4.599分的项目文章

文章题目：MetabolomeandTranscriptomeAnalysisofLiverandOocytesofSchizothoraxo’connoriRaisedinCaptivity技术手段：RNA-seq

felix108·2023-12-16 23:08

2021-11-17

CanRes|抑制前列腺肿瘤的RNA分子原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制尽管许多前列腺癌患者接受了阻断促进肿瘤生长的激素的治疗，但大多数患者对这些治疗产生了耐药性。

图灵基因·2023-12-16 16:34

7+m6A+分型+实验，甲基化方向的生信思路，没有思路的同学可参考

今天给同学们分享一篇生信文章“Landscapeanalysisofm6Amodificationregulatorsrelatedbiologicalfunctionsandimmunecharacteristicsinmyastheniagravis”，这篇文章发表在JTranslMed期刊上，影响因子为7.4。结果解读：MG相关m6A修饰调控因子的鉴定在这项研究中，作者比较了MG样本和健康样

生信风暴·2023-12-16 14:36

CeRNA才是人生赢家，一篇著名的赤果果的文(tao)献(lu)

首先肯定要先搞清楚ceRNA是个啥，英文名competingendogenousRNAs，咱给翻译成——竞争性内源RNA。

医科研·2023-12-15 19:06

实验1：总RNA的提取——Trizol

实验一：细胞中总RNA的提取及鉴定一、目的：掌握Trizol提取总RNA的原理和步骤，学习电泳鉴定总RNA的方法。二、原理：RNA是核酸，具有较好的水溶性。

猪莎爱学习·2023-12-15 14:47

JupyterHub 如何切换 conda 小环境

然后安装conda，方法请见Q4，在conda中创建小环境（这里示例rna），并且安装ipykernel# conda 创建小环境conda creat

生信小博士·2023-12-15 04:40

尿液RNA提取产率高吗？

产品特点◎提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；◎产率高，同样的样本量提取的RNA更多；◎提取纯化的RNA应用范围广，可应用于Northern杂交、RT-PCR、RealTimeRT-PCR

清风拂面vv·2023-12-15 03:55

BS-seq分析时候ViewBS可视化时候一定要加基因的方向

是一个很便捷的BS-seq数据可视化软件,在根据bw文件和指定的bed文件可视化时候，以前年少无知，老是bed文件只放三列，即image.png然后我在使用ViewBS进行可视化时候，命令如下,得到CHH甲基化的分布一直不对劲

热衷组培的二货潜·2023-12-15 02:37

【生信分析】基因组学导论

祝我成功目标：通过一周的学习能对对不同高通量测序数据集（RNA-seq、ChIP-seq、BS-seq和多组学集成）进行分析。配置环境if(!

大桃子技术·2023-12-06 21:11

不会做QTL分析，也能轻松找sQTL、eQTL、meQTL | 癌症研究数据库推荐

尐尐呅·2023-12-06 14:28

RT-PCR、QPCR、Real-time PCR、real-time RT-PCR你真的区分的开吗？

在RT-PCR中，一条RNA链被逆转录成为互补DNA，再以此为模板通过PCR进行

喵喵456·2023-12-06 12:27

2022-09-08

淋巴结靶向递送mRNA癌症疫苗引发强烈的CD8+T细胞反应原创图灵基因图灵基因2022-09-0810:48发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制mRNA技术，特别是癌症疫苗的体内应用面临的挑战仍然是将信使RNA

图灵基因·2023-12-06 12:08

Nature子刊综述帮你总结知识点：癌症中的RNA，每个都是研究热点

RNA对基因表达至关重要，无论是以蛋白编码RNA（mRNAs）的形式，还是以参与和调节转录的非编码RNA形式（lncRNAs或snRNA）、剪接（snRNAs）和翻译（核糖体RNAs、tRNAs和microRNAs

尐尐呅·2023-12-06 07:10

【单细胞】scRNA-seq VS snRNA-seq

https://isbscience.org/about/what-is-systems-biology/单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的飞速发展使人们对组织中细胞种类、细胞的特殊状态有了深入认识

jjjscuedu·2023-12-04 19:44

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(六)

这一节，我们介绍一下单细胞生物学分析的内容PCA#加载包library(pcaMethods)library(pcaReduce)library(SC3)library(scater)library(SingleCellExperiment)library(pheatmap)library(mclust)#读取数据deng<-readRDS("deng/deng-reads.rds")接下来，我们

小潤澤·2023-12-04 18:04

利用Biopython来进行序列比对

序列比对一般针对的是两条或者多条序列，可以是DNA、RNA或者蛋白序列，来推测序列间的区域的相似度。

生信阿拉丁·2023-12-04 13:09

生信流程1 - Nanopore 三代测序生信分析流程简介

Nanopore三代测序技术可以用于研究与DNA、RNA和蛋白质相关的各种科学问题。

生信与遗传解读·2023-12-04 06:18

巜吃的营养科学观》第8天

三、叶酸是身体细胞繁殖和产生遗传物质RNA和DNA所必需的。没有叶酸，身体也就无法生长，甚至是头发、精子或指甲也无法生长，身体出现疾病后也无法康复。

贝美康读书会吴老师·2023-12-03 23:59

疯狂咖啡因 | 细数你身边那些随处可见的一勺致命物

如果你也对这些问题好奇请接着划滑猾磆螖……咖啡因的真面目咖啡因是一种植物生物碱，化学上称之为甲基化黄嘌呤(Xanthine)。

YulohEdu·2023-12-03 10:54

RNAvelocity系列教程1：RNA速率简介及scVelo安装

(Nature,2018)引入了RNA速率的概念，利用新转录的未剪接的前体mRNA和成熟的剪接mRNA可以在常见的单细胞RNA-seq流程中区分的事实，可以恢复定向动态信息，前者可通过内含子的存在检测。

Seurat_Satija·2023-12-02 17:11

分子生物学习笔记（1）

基本概念学习及复习：DpnI酶:是一种限制性核酸酶，特异性切除甲基化的DNA链。被常常用于PCR后切除模板DNA。定点突变后，要区分原始DNA和突变DNA。

打工小博·2023-12-02 05:26

处理ENCORI预测的miRNA-circRNA结果

前面给大家详细的介绍过ENCORI这个数据库，相信很多小伙伴也已经使用过这个工具了☞RNA相互作用神器——ENCORI☞starbase（ENCORI）数据库介绍（一）☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系

生信交流平台·2023-12-01 21:21

一文读懂LncRNA

RNA缩略词详解lncRNA：长链非编码RNA（longnon-codingRNA）miRNA：微小RNA（microRNA）circRNA：环状RNA（circularRNA）ncRNA：非编码RNA

Seurat_Satija·2023-12-01 19:31

你知道鱼的记忆有多久么？……论记录这件小事

你是鱼的记忆么”“怎么讲”“鱼只有7秒的记忆”他说刚刚问我的事情，咋就忘了……我关注的是鱼有这么短的记忆么今天特别百度了一下，有些金鱼不但有1个月的记忆，甚至有一种鱼，叫斑马鱼，可以通过传递DNA甲基化来把记忆传递给后代

媛儿妙不可言·2023-12-01 15:13

PCR知识点小结

1.引物是DNA还是RNA?

雪切丝·2023-12-01 15:32

学习小组Day3笔记--小黑

链接清华源下载链接bash安装激活conda添加源查看软件image.pngimage.png能打开help即安装成功condaremove软件-ycondainfo--envs查看conda环境创建虚拟环境rna-seq

Great_6450·2023-12-01 11:48

浅谈RT-PCR、qRT-PCR原理

1、RT-PCR原理RT-PCR即逆转录PCR，是将RNA的反转录(ReverseTranscription,RT)和cDNA的聚合酶链式扩增(PCR)相结合的技术。可用于检测细胞中基因表达水平。

Lee小余·2023-11-30 22:44

R语言：利用rhdf5包分别创建单组学，多组学.h5文件

最近在跑的方法需要.h5作为输入文件，就学习了一下怎么创建.h5文件，原有数据结构如下：生成单组学.h5文件的代码如下：library(rhdf5)library(dplyr)library(patchwork)rna.data

hyena_7·2023-11-30 08:04

甲基化-全基因组甲基化测序WGBS & RRBS

回顾表观基因组中5mC(DNA甲基化)概述：在甲基转移酶的作用下，DNA序列中的胞嘧啶(C)5`碳位结合一个甲基基团形成5`-甲基胞嘧啶的现象。

b2ad98a9e7bd·2023-11-30 08:43

基因组学（课程笔记）第十章-表观基因组学

内容提纲内容提纲表观基因组学（Epigenomics）定义：在核苷酸序列不发生改变的情况下，研究基因组上的化学修饰和空间结构变化如何影响基因功能和表达调控的一门学科研究内容：1）化学修饰：DNA、RNA

懒猪曼达·2023-11-30 05:48

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