RNA甲基化

Nat.Biotechnol|能靶向冠状病毒RNA的新型CRISPR工具问世

图片下载：右键此处另存为可保存此图片Cas13酶沿着RNA行走的景象。
PaperRSS·2024-01-25 01:09

17β-Estradiol high sensitivity ELISA kit

雌激素能促使细胞合成DNA、RNA和相应组织内各种不同的蛋白质。β-雌二醇(17β-Es
Neobioscience·2024-01-24 12:18

全反式维甲酸（ATAR）诱导白血细胞的染色质构象改变而影响分化进程

AlterationsofspecificchromatinconformationaffectATRA-inducedleukemiacelldifferentiation期刊：CellDeath&Disease影响因子：6.044主要技术：Hi-C、ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq
d5c9c866171f·2024-01-24 11:45

2021-11-26

丨非小细胞肺癌单细胞分析细化了肿瘤分类和患者分层原创珍奇图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：珍奇IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究通过多尺度单细胞分析对更大的患者队列进行分析，从而定义在肿瘤微环境中诱导的分子免疫状态；通过测序将免疫细胞的单细胞RNA
图灵基因·2024-01-23 22:41

翻译（4）siRNA

siRNAs在植物中，约90％的小RNA是来源于双链前体的siRNA。它们的长度可以进一步分为21-nt，22-nt和24-nt类。
Yancey_Yan·2024-01-23 19:50

TPM、RPKM与FPKM相互转换

RNA数据下机后，如果处理成readcountsmatrix的话，是一定要进行基于基因长度的标准化的（TMP，RPKM，TPKM等）。
Seurat_Satija·2024-01-23 18:39

石蜡包埋组织RNA提取步骤

产品特点◎裂解液、消化液经专门优化，无需过夜温育即可从福尔马林固定的、石蜡包埋组织中高效纯化基因组RNA；◎提取的RNA纯度高，A260/A280为1.8-2.0；◎产率高，同样的样本量提取的RNA更多
清风拂面vv·2024-01-23 17:03

StringTie在注释基因组时的注意事项

在利用RNA-seq注释基因组时，有一个问题就是，我将不同组织来源的转录组数据和参考基因组比对之后，那下一步是1）先将这三个比对结果进行合并，然后用StringTie进行预测，还是2）用StringTie
xuzhougeng·2024-01-23 14:16

高温季节，植物病毒病如何防治？？？

植物病毒在寄主细胞中进行核酸（RNA或DNA）和蛋白质外壳的复制，组成新的病毒粒体。植物病毒粒体或病
农事巴巴·2024-01-23 09:23

生物信息学导论-北大-新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq 1

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应（complementaryhybridizationreaction），PCR技术的发展促进了本技术的发展，缺点是：1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤：Real-TimeQuantita
陆沙·2024-01-23 00:50

关于文章发表中McrBC实验需配备的图

McrBC是一种检测基因组小部分区段的DNA甲基化情况的核酸内切酶。只能降解甲基化的区域，对未甲基化区域不起作用。
热衷组培的二货潜·2024-01-22 20:40

Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读

研究者通常会涉及到以下三个数据类型，每个都有其独特的角色和应用：Reads（读数）:定义：Reads是从原始测序数据（例如Illumina测序的FASTQ文件）中获得的短序列片段，通常包含原始样本中的DNA或RNA
WDPLA·2024-01-22 15:18

转录组测序1-测序原始数据说明

样品制备到产出测序数据过程，是RNA提取建库和测序的试验环节。在使用Illumina
纪伟讲测序·2024-01-22 08:45

零代码进行转录组数据分析实战（一）：质量控制

RNA提取、片段化、逆转录以及上机测序。生信：生物信息分析阶段。数据质控、比对、定量，以及差异表达基因分析等。从本文开始，着眼于生信阶段，开始带领大家进行转录组实战。首先就是测序数据质控。
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:49

累⊙﹏⊙

不过我可以做好我自己～《平凡的世界》里晓霞死了，虽然挽回了一个年幼的生命，但还是很令人揪心；《破冰行动》里马雯中弹了，不开心(;_;)说句不好听的，为什么不是陈珂…希望明天提RNA一切顺利！
阿喵同鞋·2024-01-21 23:47

周报第二十八周

science文章《SinglecellDNAmethylationand3Dgenomearchitectureinthehumanbrain》，改文章主要用了integration的数据集利用dna甲基化的信息来进行计算
Twenrr·2024-01-20 22:48

两条命令就跑完RNA差异分析

它就是simpleRNA，居然只要两条命令就能跑完复杂的RNA差异分析，并生成结果矩阵和结果图！
基因组学研究生·2024-01-20 18:01

【卡梅德生物】如何制备纳米抗体?

纳米抗体的制备通常涉及到从动物源（如骆驼、羊驼）提取RNA或cDNA，然后通过分子生物学技术将其克隆并表达。
卡梅德生物·2024-01-20 12:37

【生信知识】---Nanopore测序分析软件nanopolish

github.com/jts/nanopolish.gitcdnanopolishmake或者，通过conda安装：condainstallnanopolish2.主要功能：call-methylation：识别甲基化
卡布达b1·2024-01-20 02:44

【学习笔记】mark一篇推荐系统的文章

在做一道RNA中Dropout事件填充的建模题，里面要用到低秩矩阵的填充，基于矩阵分解的填充方法参考了推荐系统的相关算法。mark一篇推荐系统的文章基于矩阵分解的推荐算法
Jweeeeee·2024-01-19 23:53

ceRNA：一种全新的基因表达调控模式

竞争性内源RNA（ceRNA）是近几年来备受学术界关注的对象，它代表了一种全新的基因表达调控模式，相比miRNA调控网络，ceRNA调控网络更为精细和复杂，涉及更多的RNA分子，包括mRNA、编码基因的假基因
Seurat_Satija·2024-01-19 08:51

ALKBH5通过m6A-dependent表观遗传沉默pre-miR-181b-1/YAP信号轴抑制骨肉瘤的进展

N6-methyladenosine(m6A)是真核生物mRNA中最丰富的可逆甲基化修饰。近年来，许多研究集中在m6a修饰的mRNA的生物学功能上。m6A修饰被
博士苑·2024-01-19 03:27

不做WB或免疫组化，也能轻松完成蛋白验证 | 蛋白组数据库推荐

其利用转录组学和蛋白质组学技术，从RNA和蛋白水平研究人类不同组织和器官中的蛋白表达
尐尐呅·2024-01-19 00:30

新型冠状病毒

1.遗传物质：RNA2.作用特点：传染性强、致死率低3.必须寄生生活，无法独立生存。4.防护建议：病毒会从口、眼睛、鼻子等体内与外界相通的地方进入体内，建议出门戴口罩，不用手触碰眼睛。
希望珍贵·2024-01-19 00:03

结构变异SV分析(WGS/WES)和融合基因检测（RNA）

69种工具检测SV对比https://www.jianshu.com/p/85ff211b4b4ehttps://zhuanlan.zhihu.com/p/87408242?utm_campaign=rss&utm_medium=rss&utm_source=rss&utm_content=title最终决定使用wham和Manta组合，其实最优组合应该是wham，inGAP-SV组合或者inGA
wo_monic·2024-01-18 16:31

唾液 RNA 提取试剂提取后的 RNA 可用于核酸检测使用？

产品特点◎提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；◎产率高，同样的样本量提取的RNA更多；◎可用于唾液样本中RNA的提取，提取后的RNA可用于核酸检测使用；◎不含苯酚和氯仿等有毒溶剂
清风拂面vv·2024-01-18 15:19

05-IF4+从DNA修复基因的角度构建胶质瘤的预后模型

一.研究背景表观遗传时钟，或DNA甲基化年龄，已被证明与年龄高度相关。同时有研究在结直肠癌中观察到表观遗传年龄加速，即DNA甲基化年龄与个体年龄差异。
AAA肿瘤信息学王协·2024-01-18 15:42

纯生信分析套路 甲基转移酶相关因子的预后分析

今天跟大家分享的是2020年4月底发表在FrontiersinOncology（IF:4.85）上的一篇文章，有套路（分型-筛marker-预后模型构建,简单吧），只是关注的点变成甲基化转移酶相关因子。
音十千寻·2024-01-18 13:04

文献阅读：单细胞 RNA 测序揭示分子定义的肌间神经元类别的多样化

文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund（KarolinskaInstitutet）「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10
Tiger Z·2024-01-18 12:30

一文带你读懂单细胞测序

单细胞转录技术（scRNA-seq）非常适合研究样本中各个细胞基因表达的异质性，其经典流程：分离单细胞（核），将RNA转换为cDN
生信大碗·2024-01-18 00:53

2022-07-01

NatureCellBiology|活细胞动态RNA成像技术原创苏安图灵基因2022-07-0109:13发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：苏安IF：28.824推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文的作者带我们回顾了
图灵基因·2024-01-18 00:28

互联网方法论 之十三——依靠广度感知细微变化

于是再往内在走，通过穿刺获得样本，分析那些核心部位的DNA和RNA分子，蛋白质分子。越往内在走，要求的
891e64c433d2·2024-01-16 20:18

易基因：精子表观基因组异常与男性不育（DNA甲基化+组蛋白修饰+ncRNA）｜新研究方向

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。尽管目前发现精子参数异常时即可诊断为男性不育，但精子参数对自然受孕和医学辅助生殖结果的预测能力较差，因此需要改进男性不育的诊断技术。越来越多的证据表明了精子表观基因组在胚胎发育早期调控中所起的作用，以至于研究人员将重点放在研究精子表观基因组的表观遗传机制上，以寻找男性不育的新分子标记。事实上，精子表观基因组异常可以解释一些精子参数正常但
易基因科技·2024-01-16 13:52

易基因｜全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示衰老对肝再生的表观基因组调控机制

肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数，以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降，其中涉及许多分子机制，包括DNA甲基化依赖性基因组重塑。
易基因科技·2024-01-16 13:52

Cell｜易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴，登上《细胞》封面！

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。北京时间2023年11月9日，《Cell》期刊以封面文章的形式在线发表了由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心，中国科学院广州生物医药与健康研究院等单位牵头，题为《Livebirthofchimericmonkeywithhighcontributionfromembryonicstemce
易基因科技·2024-01-16 13:52

易基因： RNA m7G甲基化修饰的生物学功能及其在癌症中的作用｜综述

m7G修饰是RNA转录后修饰之一，存在于许多不同类型的RNA中。通过对RNA中m7G修饰的准确鉴定，揭示了m7G在基因表达调控和不同生理功能中的作用。
易基因科技·2024-01-16 13:51

易基因2023年度DNA甲基化研究项目文章精选

2023年，易基因参与的DNA甲基化研究成果层出不穷，小编选取其中5篇不同方向的论文与您一起来回顾。
易基因科技·2024-01-16 13:51

易基因：DNA甲基化和转录组分析揭示番茄黄化曲叶病毒感染过程中的转录和表观遗传学变化

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。双生病毒（Geminiviruses）是一种DNA植物病毒，可引起影响全球作物的高度破坏性疾病。在感染过程中，双生病毒调控细胞过程，抑制植物防御，并导致感染细胞的大量重编程，导致整个植物稳态重大变化。测序技术进步允许大规模同时分析病毒感染的多个方面，为植物-病毒互作的分子机制产生新的见解。然而尚未对双生病毒感染期间宿主转录组、sRNA谱
易基因科技·2024-01-16 13:21

易基因： WGBS+RNA-seq揭示黄瓜作物的“源-库”关系受DNA甲基化调控｜项目文章

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。作物产量取决于库（sink，获得同化物）的潜力和源（source，供给同化物）的能力，“源—库”关系的优化对作物产量调控具有重要意义。黄瓜（CucumissativusL.）是世界范围内广泛种植的蔬菜，是我国具有巨大经济价值的七大蔬菜之一，叶片和速生果实属于黄瓜的“源”和“库”器官。黄瓜是典型的棉子糖家族系列寡糖(Raffinosefa
易基因科技·2024-01-16 13:46

项目文章解读 | DNA低甲基化介导的桂花衰老

已有研究表明，DNA甲基化参与调控果实
爱基百客·2024-01-16 12:11

24分+的医药顶刊带你学习表观组学解析超级热点“肿瘤耐药”的机制

这些癌症中出现组蛋白去甲基化酶的持续表达，给转录适应和耐药性提供可能。因此，靶向表观遗传调控因子是逆转肿瘤耐药的有效策略。在黑素瘤小鼠模型中对于
爱基百客·2024-01-16 12:11

外泌体多组学15-尿液外泌体sRNA建库优化-增加切胶回收扩增-比对率20%提升至33%

外泌体，40-130nm的膜衍生囊泡，已被鉴定为细胞间遗传物质交换和通信的新载体，包含各种核酸物种，包括mrna、小的非编码rna(sncRNAs)，特别是miRNAs。
_十三·2024-01-15 19:08

基础分子结构(1): exon, intron, CDS, ORF, 3',5'-UTR

换句话说，它主要聚焦于对DNA、RNA和蛋白质及它们之间的相互作用。分子生物学的基础知识对正确运用生物信息学工具有着举足轻重的作用。因此我想对其中重要的概念进行学习。
逐鸿·2024-01-15 17:57

如何鉴定数据的建库方式（链特异性或非链特异性）

所以在数据处理前明确其建库方式尤为重要什么是链特异性建库在RNA-Seq建库的时候，第一步都是进行RNA到cDNA的反转录，在反转录以后，普通的RNA-Seq就直接使用randomprimer进行第2条链合成
生信助手·2024-01-15 07:29

哺乳动物器官中基因表达水平的进化

在这里，为了了解哺乳动物转录组进化的动态，我们报道了来自10种主要哺乳动物谱系(胎盘类、有袋类和单孔类)和鸟类(进化外群)的6个器官的多聚腺苷化RNA的测序。我们发现，由于选择压力的
亦是旅人呐·2024-01-15 04:33

circNet:人类环状RNA数据库

circNet是一个环状RNA的数据库，不仅收录了cirRNA的基本信息，还提供了环状RNA在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络，网址如下http://syslab5
生信修炼手册·2024-01-14 19:38

RNA转染（entranster-R）与mir-155调节胶质瘤细胞增殖和侵袭研究

现分享一篇RNA转染（Entranster）与mir-155通过靶向FXO3
实验小助手·2024-01-14 16:30

RNA binding protein PCBP1 is an intracellular immune checkpoint for shaping T cell responses i...

在这里，我们发现RNA结合蛋白，聚(C)结合蛋白1(PCBP1)是一个细胞内免疫检查点，通过限制Teff细胞固有的Treg承诺程序的表达，在激活的T细胞中上调，以防止效应T(Teff)细胞转变为调节性T
一个没有感情的文献阅读机·2024-01-14 11:11

RNA-seq分析流程二：DEseq2做不同组间差异表达分析

使用DEseq2循环做多组间差异表达分析当有多组RNA-seq数据时，有时需要对多个组合进行差异表达分析，例如当我有CIM0/CIM7/CIM14/CIM28四组时，我需要得到每个组合间的差异表达情况，
纵纵纵小鸮·2024-01-14 06:51

TCGA数据库与数据下载

TCGA数据库：主要储存关于各类肿瘤的一个基本信息，包括RNAseq，miRNAseq，DNA甲基化，CNV，SNP等信息，是目前为止可以获得的公开数据库里面数据相对全面的一个，33种癌症类型，在各个领域得到了广泛的应用
吴小玥·2024-01-13 10:00
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