它就是simpleRNA，居然只要两条命令就能跑完复杂的RNA差异分析，并生成结果矩阵和结果图！

纳米抗体的制备通常涉及到从动物源（如骆驼、羊驼）提取RNA或cDNA，然后通过分子生物学技术将其克隆并表达。

github.com/jts/nanopolish.gitcdnanopolishmake或者，通过conda安装：condainstallnanopolish2.主要功能：call-methylation：识别甲基化

在做一道RNA中Dropout事件填充的建模题，里面要用到低秩矩阵的填充，基于矩阵分解的填充方法参考了推荐系统的相关算法。mark一篇推荐系统的文章基于矩阵分解的推荐算法

竞争性内源RNA（ceRNA）是近几年来备受学术界关注的对象，它代表了一种全新的基因表达调控模式，相比miRNA调控网络，ceRNA调控网络更为精细和复杂，涉及更多的RNA分子，包括mRNA、编码基因的假基因

N6-methyladenosine(m6A)是真核生物mRNA中最丰富的可逆甲基化修饰。近年来，许多研究集中在m6a修饰的mRNA的生物学功能上。m6A修饰被

其利用转录组学和蛋白质组学技术，从RNA和蛋白水平研究人类不同组织和器官中的蛋白表达

1.遗传物质：RNA2.作用特点：传染性强、致死率低3.必须寄生生活，无法独立生存。4.防护建议：病毒会从口、眼睛、鼻子等体内与外界相通的地方进入体内，建议出门戴口罩，不用手触碰眼睛。

69种工具检测SV对比https://www.jianshu.com/p/85ff211b4b4ehttps://zhuanlan.zhihu.com/p/87408242?utm_campaign=rss&utm_medium=rss&utm_source=rss&utm_content=title最终决定使用wham和Manta组合，其实最优组合应该是wham，inGAP-SV组合或者inGA

产品特点◎提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；◎产率高，同样的样本量提取的RNA更多；◎可用于唾液样本中RNA的提取，提取后的RNA可用于核酸检测使用；◎不含苯酚和氯仿等有毒溶剂

一.研究背景表观遗传时钟，或DNA甲基化年龄，已被证明与年龄高度相关。同时有研究在结直肠癌中观察到表观遗传年龄加速，即DNA甲基化年龄与个体年龄差异。

今天跟大家分享的是2020年4月底发表在FrontiersinOncology（IF:4.85）上的一篇文章，有套路（分型-筛marker-预后模型构建,简单吧），只是关注的点变成甲基化转移酶相关因子。

文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund（KarolinskaInstitutet）「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10

单细胞转录技术（scRNA-seq）非常适合研究样本中各个细胞基因表达的异质性，其经典流程：分离单细胞（核），将RNA转换为cDN

NatureCellBiology|活细胞动态RNA成像技术原创苏安图灵基因2022-07-0109:13发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：苏安IF：28.824推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文的作者带我们回顾了

于是再往内在走，通过穿刺获得样本，分析那些核心部位的DNA和RNA分子，蛋白质分子。越往内在走，要求的

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。尽管目前发现精子参数异常时即可诊断为男性不育，但精子参数对自然受孕和医学辅助生殖结果的预测能力较差，因此需要改进男性不育的诊断技术。越来越多的证据表明了精子表观基因组在胚胎发育早期调控中所起的作用，以至于研究人员将重点放在研究精子表观基因组的表观遗传机制上，以寻找男性不育的新分子标记。事实上，精子表观基因组异常可以解释一些精子参数正常但

肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数，以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降，其中涉及许多分子机制，包括DNA甲基化依赖性基因组重塑。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。北京时间2023年11月9日，《Cell》期刊以封面文章的形式在线发表了由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心，中国科学院广州生物医药与健康研究院等单位牵头，题为《Livebirthofchimericmonkeywithhighcontributionfromembryonicstemce

m7G修饰是RNA转录后修饰之一，存在于许多不同类型的RNA中。通过对RNA中m7G修饰的准确鉴定，揭示了m7G在基因表达调控和不同生理功能中的作用。

2023年，易基因参与的DNA甲基化研究成果层出不穷，小编选取其中5篇不同方向的论文与您一起来回顾。

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。双生病毒（Geminiviruses）是一种DNA植物病毒，可引起影响全球作物的高度破坏性疾病。在感染过程中，双生病毒调控细胞过程，抑制植物防御，并导致感染细胞的大量重编程，导致整个植物稳态重大变化。测序技术进步允许大规模同时分析病毒感染的多个方面，为植物-病毒互作的分子机制产生新的见解。然而尚未对双生病毒感染期间宿主转录组、sRNA谱

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。作物产量取决于库（sink，获得同化物）的潜力和源（source，供给同化物）的能力，“源—库”关系的优化对作物产量调控具有重要意义。黄瓜（CucumissativusL.）是世界范围内广泛种植的蔬菜，是我国具有巨大经济价值的七大蔬菜之一，叶片和速生果实属于黄瓜的“源”和“库”器官。黄瓜是典型的棉子糖家族系列寡糖(Raffinosefa

已有研究表明，DNA甲基化参与调控果实

这些癌症中出现组蛋白去甲基化酶的持续表达，给转录适应和耐药性提供可能。因此，靶向表观遗传调控因子是逆转肿瘤耐药的有效策略。在黑素瘤小鼠模型中对于

外泌体，40-130nm的膜衍生囊泡，已被鉴定为细胞间遗传物质交换和通信的新载体，包含各种核酸物种，包括mrna、小的非编码rna(sncRNAs)，特别是miRNAs。

换句话说，它主要聚焦于对DNA、RNA和蛋白质及它们之间的相互作用。分子生物学的基础知识对正确运用生物信息学工具有着举足轻重的作用。因此我想对其中重要的概念进行学习。

所以在数据处理前明确其建库方式尤为重要什么是链特异性建库在RNA-Seq建库的时候，第一步都是进行RNA到cDNA的反转录，在反转录以后，普通的RNA-Seq就直接使用randomprimer进行第2条链合成

在这里，为了了解哺乳动物转录组进化的动态，我们报道了来自10种主要哺乳动物谱系(胎盘类、有袋类和单孔类)和鸟类(进化外群)的6个器官的多聚腺苷化RNA的测序。我们发现，由于选择压力的

circNet是一个环状RNA的数据库，不仅收录了cirRNA的基本信息，还提供了环状RNA在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络，网址如下http://syslab5

现分享一篇RNA转染（Entranster）与mir-155通过靶向FXO3

在这里，我们发现RNA结合蛋白，聚(C)结合蛋白1(PCBP1)是一个细胞内免疫检查点，通过限制Teff细胞固有的Treg承诺程序的表达，在激活的T细胞中上调，以防止效应T(Teff)细胞转变为调节性T

使用DEseq2循环做多组间差异表达分析当有多组RNA-seq数据时，有时需要对多个组合进行差异表达分析，例如当我有CIM0/CIM7/CIM14/CIM28四组时，我需要得到每个组合间的差异表达情况，

TCGA数据库：主要储存关于各类肿瘤的一个基本信息，包括RNAseq，miRNAseq，DNA甲基化，CNV，SNP等信息，是目前为止可以获得的公开数据库里面数据相对全面的一个，33种癌症类型，在各个领域得到了广泛的应用

bismark软件根据序列的比对情况就可以识别甲基化位点，首先需要对基因组建立索引，建好索引之后，就可以开始比对了。

干扰RNA进行基因沉默的原理和方法：越来越多的实验室利用siRNA敲低技术来评估细胞内蛋白质的功能。这项技术常被用于确定从细胞中去除蛋白质之后所产生的影响：是否导致细胞死亡？是否为致死敲除？

叶酸能维持细胞遗传基因，调节细胞分裂，合成DHA、RNA等胎儿发育必不可缺的物质。早期胚胎发育过程中，存在着快速的细胞分裂和生长过程，对叶酸的需求增加。叶酸怎么“工作”？叶酸在

运行到这里遇到一个巨坑sambambaimage.pngimage.pngbismarkerroimage.pngbismarkDNA甲基化测序比对-bisulfite-seqimage.png好吧本来想将两个

Comprehensivelandscapeofepigenetic-dysregulatedlncRNAsrevealsaprofoundroleofenhancersincarcinogenesisinBCsubtypes表观遗传失调lncRNAs的综合景观揭示了增强子在BC亚型致癌中的深刻作用发表期刊：molthernucleicacids发表日期：2021Jan1影响因子：7.032DOI

Single-cellRNAsequencing:Technicaladvancementsandbiologicalapplications[1]Abstract：单个细胞是生物的基本构件，并且每个细胞都是唯一的，单细胞RNA

CanReComm|突破：重新编程DNA甲基化组治疗癌症完成一期临床原创图灵基因图灵基因2022-01-1107:03收录于话题#前沿分子生物学机制胶质母细胞瘤（GBM）是一种预后不良的脑肿瘤，迄今为止的治疗未能提高生存率

在体外利用T7RNA聚合酶将DNA转录成RNA，把RNA的3′端和带有嘌昤霉素的RNA

非细胞构成的生命即病毒，它只有一条DNA（或RNA）长链，外面包裹着一层蛋白质。因此，病毒既不能自己进行新陈代谢，也无法自我繁殖，它必须借助宿主的细胞来完成这些功能。

图片发自App昨天是个好日子，转运RNA行使职权的好日子。这一天我一般都会从容不迫的淡定从容的打开“国库”，浏览一下一个月的收获，喜怒不显于色的进行着调拨工作。

单细胞RNA测

TheTomatoTranslationalLandscapeRevealedbyTranscriptomeAssemblyandRibosomeProfifiling根据文献，从GEO数据库下载原始测序文件，RNA-seq

不仅有DNA数据，表达谱数据，也有甲基化数据和chip-seq的数据。

MethylationThe450kprobeusestwoprobetotestthemethylation.Oneformethylatedandoneforunmethylated.(redchannelandgreenchannel).Thenthedatafromthistwochannelswillbeconvertedintoavaluewhichvariesbetween0to1,

RNA甲基化作为近年的研究热点，为科研人员解读生物学问题提供了新的观察角度，其相关研究受到国自然科学基金的青睐，同时，文章成果频发。此前，我们分享了“研究思路”和“生信分析流程”等内容。

比对参考基因组的2种软件：hisat2、subjunchisat2软件1、构建索引：官网下载：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlhisat2官网下载官方索引通过hisat2-build构建基因组索引：（不推荐）2、关于hisat2：Hisat2主要是用来进行转录组数据的比对。使用--help查看选项和参数hisat2主要参数：-x##索