RNA

石蜡包埋组织RNA提取步骤

产品特点◎裂解液、消化液经专门优化，无需过夜温育即可从福尔马林固定的、石蜡包埋组织中高效纯化基因组RNA；◎提取的RNA纯度高，A260/A280为1.8-2.0；◎产率高，同样的样本量提取的RNA更多
清风拂面vv·2024-01-23 17:03

StringTie在注释基因组时的注意事项

在利用RNA-seq注释基因组时，有一个问题就是，我将不同组织来源的转录组数据和参考基因组比对之后，那下一步是1）先将这三个比对结果进行合并，然后用StringTie进行预测，还是2）用StringTie
xuzhougeng·2024-01-23 14:16

高温季节，植物病毒病如何防治？？？

植物病毒在寄主细胞中进行核酸（RNA或DNA）和蛋白质外壳的复制，组成新的病毒粒体。植物病毒粒体或病
农事巴巴·2024-01-23 09:23

生物信息学导论-北大-新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq 1

ref:https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home本文主要来自本课的讲义+搜索内容。Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应（complementaryhybridizationreaction），PCR技术的发展促进了本技术的发展，缺点是：1.低通量2.需要有转录本序列的先验知识。步骤：Real-TimeQuantita
陆沙·2024-01-23 00:50

Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读

研究者通常会涉及到以下三个数据类型，每个都有其独特的角色和应用：Reads（读数）:定义：Reads是从原始测序数据（例如Illumina测序的FASTQ文件）中获得的短序列片段，通常包含原始样本中的DNA或RNA
WDPLA·2024-01-22 15:18

转录组测序1-测序原始数据说明

样品制备到产出测序数据过程，是RNA提取建库和测序的试验环节。在使用Illumina
纪伟讲测序·2024-01-22 08:45

零代码进行转录组数据分析实战（一）：质量控制

RNA提取、片段化、逆转录以及上机测序。生信：生物信息分析阶段。数据质控、比对、定量，以及差异表达基因分析等。从本文开始，着眼于生信阶段，开始带领大家进行转录组实战。首先就是测序数据质控。
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:49

累⊙﹏⊙

不过我可以做好我自己～《平凡的世界》里晓霞死了，虽然挽回了一个年幼的生命，但还是很令人揪心；《破冰行动》里马雯中弹了，不开心(;_;)说句不好听的，为什么不是陈珂…希望明天提RNA一切顺利！
阿喵同鞋·2024-01-21 23:47

两条命令就跑完RNA差异分析

它就是simpleRNA，居然只要两条命令就能跑完复杂的RNA差异分析，并生成结果矩阵和结果图！
基因组学研究生·2024-01-20 18:01

【卡梅德生物】如何制备纳米抗体?

纳米抗体的制备通常涉及到从动物源（如骆驼、羊驼）提取RNA或cDNA，然后通过分子生物学技术将其克隆并表达。
卡梅德生物·2024-01-20 12:37

【学习笔记】mark一篇推荐系统的文章

在做一道RNA中Dropout事件填充的建模题，里面要用到低秩矩阵的填充，基于矩阵分解的填充方法参考了推荐系统的相关算法。mark一篇推荐系统的文章基于矩阵分解的推荐算法
Jweeeeee·2024-01-19 23:53

ceRNA：一种全新的基因表达调控模式

竞争性内源RNA（ceRNA）是近几年来备受学术界关注的对象，它代表了一种全新的基因表达调控模式，相比miRNA调控网络，ceRNA调控网络更为精细和复杂，涉及更多的RNA分子，包括mRNA、编码基因的假基因
Seurat_Satija·2024-01-19 08:51

不做WB或免疫组化，也能轻松完成蛋白验证 | 蛋白组数据库推荐

其利用转录组学和蛋白质组学技术，从RNA和蛋白水平研究人类不同组织和器官中的蛋白表达
尐尐呅·2024-01-19 00:30

新型冠状病毒

1.遗传物质：RNA2.作用特点：传染性强、致死率低3.必须寄生生活，无法独立生存。4.防护建议：病毒会从口、眼睛、鼻子等体内与外界相通的地方进入体内，建议出门戴口罩，不用手触碰眼睛。
希望珍贵·2024-01-19 00:03

结构变异SV分析(WGS/WES)和融合基因检测（RNA）

69种工具检测SV对比https://www.jianshu.com/p/85ff211b4b4ehttps://zhuanlan.zhihu.com/p/87408242?utm_campaign=rss&utm_medium=rss&utm_source=rss&utm_content=title最终决定使用wham和Manta组合，其实最优组合应该是wham，inGAP-SV组合或者inGA
wo_monic·2024-01-18 16:31

唾液 RNA 提取试剂提取后的 RNA 可用于核酸检测使用？

产品特点◎提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；◎产率高，同样的样本量提取的RNA更多；◎可用于唾液样本中RNA的提取，提取后的RNA可用于核酸检测使用；◎不含苯酚和氯仿等有毒溶剂
清风拂面vv·2024-01-18 15:19

纯生信分析套路 甲基转移酶相关因子的预后分析

本文主要是基于TCGA数据和中国胶质瘤基因组图谱RNA测序数据集，通过一
音十千寻·2024-01-18 13:04

文献阅读：单细胞 RNA 测序揭示分子定义的肌间神经元类别的多样化

文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund（KarolinskaInstitutet）「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10
Tiger Z·2024-01-18 12:30

一文带你读懂单细胞测序

单细胞转录技术（scRNA-seq）非常适合研究样本中各个细胞基因表达的异质性，其经典流程：分离单细胞（核），将RNA转换为cDN
生信大碗·2024-01-18 00:53

2022-07-01

NatureCellBiology|活细胞动态RNA成像技术原创苏安图灵基因2022-07-0109:13发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：苏安IF：28.824推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文的作者带我们回顾了
图灵基因·2024-01-18 00:28

互联网方法论 之十三——依靠广度感知细微变化

于是再往内在走，通过穿刺获得样本，分析那些核心部位的DNA和RNA分子，蛋白质分子。越往内在走，要求的
891e64c433d2·2024-01-16 20:18

易基因： RNA m7G甲基化修饰的生物学功能及其在癌症中的作用｜综述

m7G修饰是RNA转录后修饰之一，存在于许多不同类型的RNA中。通过对RNA中m7G修饰的准确鉴定，揭示了m7G在基因表达调控和不同生理功能中的作用。
易基因科技·2024-01-16 13:51

易基因： WGBS+RNA-seq揭示黄瓜作物的“源-库”关系受DNA甲基化调控｜项目文章

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。作物产量取决于库（sink，获得同化物）的潜力和源（source，供给同化物）的能力，“源—库”关系的优化对作物产量调控具有重要意义。黄瓜（CucumissativusL.）是世界范围内广泛种植的蔬菜，是我国具有巨大经济价值的七大蔬菜之一，叶片和速生果实属于黄瓜的“源”和“库”器官。黄瓜是典型的棉子糖家族系列寡糖(Raffinosefa
易基因科技·2024-01-16 13:46

外泌体多组学15-尿液外泌体sRNA建库优化-增加切胶回收扩增-比对率20%提升至33%

外泌体，40-130nm的膜衍生囊泡，已被鉴定为细胞间遗传物质交换和通信的新载体，包含各种核酸物种，包括mrna、小的非编码rna(sncRNAs)，特别是miRNAs。
_十三·2024-01-15 19:08

基础分子结构(1): exon, intron, CDS, ORF, 3',5'-UTR

换句话说，它主要聚焦于对DNA、RNA和蛋白质及它们之间的相互作用。分子生物学的基础知识对正确运用生物信息学工具有着举足轻重的作用。因此我想对其中重要的概念进行学习。
逐鸿·2024-01-15 17:57

如何鉴定数据的建库方式（链特异性或非链特异性）

所以在数据处理前明确其建库方式尤为重要什么是链特异性建库在RNA-Seq建库的时候，第一步都是进行RNA到cDNA的反转录，在反转录以后，普通的RNA-Seq就直接使用randomprimer进行第2条链合成
生信助手·2024-01-15 07:29

哺乳动物器官中基因表达水平的进化

在这里，为了了解哺乳动物转录组进化的动态，我们报道了来自10种主要哺乳动物谱系(胎盘类、有袋类和单孔类)和鸟类(进化外群)的6个器官的多聚腺苷化RNA的测序。我们发现，由于选择压力的
亦是旅人呐·2024-01-15 04:33

circNet:人类环状RNA数据库

circNet是一个环状RNA的数据库，不仅收录了cirRNA的基本信息，还提供了环状RNA在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络，网址如下http://syslab5
生信修炼手册·2024-01-14 19:38

RNA转染（entranster-R）与mir-155调节胶质瘤细胞增殖和侵袭研究

现分享一篇RNA转染（Entranster）与mir-155通过靶向FXO3
实验小助手·2024-01-14 16:30

RNA binding protein PCBP1 is an intracellular immune checkpoint for shaping T cell responses i...

在这里，我们发现RNA结合蛋白，聚(C)结合蛋白1(PCBP1)是一个细胞内免疫检查点，通过限制Teff细胞固有的Treg承诺程序的表达，在激活的T细胞中上调，以防止效应T(Teff)细胞转变为调节性T
一个没有感情的文献阅读机·2024-01-14 11:11

RNA-seq分析流程二：DEseq2做不同组间差异表达分析

使用DEseq2循环做多组间差异表达分析当有多组RNA-seq数据时，有时需要对多个组合进行差异表达分析，例如当我有CIM0/CIM7/CIM14/CIM28四组时，我需要得到每个组合间的差异表达情况，
纵纵纵小鸮·2024-01-14 06:51

干扰RNA-基因沉默

干扰RNA进行基因沉默的原理和方法：越来越多的实验室利用siRNA敲低技术来评估细胞内蛋白质的功能。这项技术常被用于确定从细胞中去除蛋白质之后所产生的影响：是否导致细胞死亡？是否为致死敲除？
期待未来·2024-01-12 20:19

叶酸怎样吃才科学合理

叶酸能维持细胞遗传基因，调节细胞分裂，合成DHA、RNA等胎儿发育必不可缺的物质。早期胚胎发育过程中，存在着快速的细胞分裂和生长过程，对叶酸的需求增加。叶酸怎么“工作”？叶酸在
欧贝尔曼·2024-01-12 13:36

觉得RNA研究太普通了？来探索一下增强子吧！

Comprehensivelandscapeofepigenetic-dysregulatedlncRNAsrevealsaprofoundroleofenhancersincarcinogenesisinBCsubtypes表观遗传失调lncRNAs的综合景观揭示了增强子在BC亚型致癌中的深刻作用发表期刊：molthernucleicacids发表日期：2021Jan1影响因子：7.032DOI
生信学霸·2024-01-12 03:13

单细胞测序文献阅读及补充

Single-cellRNAsequencing:Technicaladvancementsandbiologicalapplications[1]Abstract：单个细胞是生物的基本构件，并且每个细胞都是唯一的，单细胞RNA
瞌睡斋主人·2024-01-11 06:33

2021-08-04 mRNA display

在体外利用T7RNA聚合酶将DNA转录成RNA，把RNA的3′端和带有嘌昤霉素的RNA
NAome·2024-01-11 05:18

生命的演化5——真核生物的繁荣

非细胞构成的生命即病毒，它只有一条DNA（或RNA）长链，外面包裹着一层蛋白质。因此，病毒既不能自己进行新陈代谢，也无法自我繁殖，它必须借助宿主的细胞来完成这些功能。
数元·2024-01-11 01:34

昨天-今天-明天

图片发自App昨天是个好日子，转运RNA行使职权的好日子。这一天我一般都会从容不迫的淡定从容的打开“国库”，浏览一下一个月的收获，喜怒不显于色的进行着调拨工作。
栗栋炜·2024-01-10 13:20

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之图神经网络框架

单细胞RNA测
单细胞空间交响乐·2024-01-09 22:25

RNA-seq，Ribo-seq数据分析（上）

TheTomatoTranslationalLandscapeRevealedbyTranscriptomeAssemblyandRibosomeProfifiling根据文献，从GEO数据库下载原始测序文件，RNA-seq
1yon·2024-01-09 18:21

累计IF>5000 | m6A RNA甲基化文章2021上半年发表汇总

RNA甲基化作为近年的研究热点，为科研人员解读生物学问题提供了新的观察角度，其相关研究受到国自然科学基金的青睐，同时，文章成果频发。此前，我们分享了“研究思路”和“生信分析流程”等内容。
ee00dc6faab7·2024-01-08 21:37

RNA_seq:将修剪后的序列比对到参考基因组

比对参考基因组的2种软件：hisat2、subjunchisat2软件1、构建索引：官网下载：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlhisat2官网下载官方索引通过hisat2-build构建基因组索引：（不推荐）2、关于hisat2：Hisat2主要是用来进行转录组数据的比对。使用--help查看选项和参数hisat2主要参数：-x##索
javen_spring·2024-01-08 15:16

氨基酸密码子表及偏好性（2022-05-03）

密码子（codon）是指信使RNA（mRNA）分子中每相邻的三个核苷酸编成一组，在蛋白质合成时，代表某一种氨基酸的规律。信使RNA在细胞中能决定蛋白质分子中的氨基酸种类和排列次序。
会飞的老猫·2024-01-07 18:42

外泌体多组学07-骨髓肥大细胞来源外泌体lncRNA与miRNA的有效数据量

目前市面上有很多公司外泌体RNA测序推荐的数据量很少，为了合理评价一个合适的有说服力的有效数据量，我们对公开发表的相关外泌体文章和数据进行检索和信息收集，此次文章如下：文章信息文献标题：Characterizationofprotein
_十三·2024-01-07 05:24

真核原核生物常用的启动子分类

常见的真核和原核表达系统的启动子真核启动子编号启动子主要用途RNA转录本描述表达备注1CMV常规表达用m
巩翔宇Ibrahimovic·2024-01-07 00:18

粪便RNA该如何提取？

操作步骤：1.请自行准备：无水乙醇、异丙醇、PBS、1.5mLRNase-free灭菌离心管。2.取出洗涤液，按以下操作：a)洗涤液A：21mL加入9mL无水乙醇；42mL加入18mL无水乙醇，混匀。b)洗涤液B：18mL加入42mL无水乙醇；36mL加入84mL无水乙醇，混匀。c)配制好的洗涤液如出现沉淀，可在37℃溶解，摇匀后使用。3.取200mg的粪便于1.5mLRNase-free灭菌离心
清风拂面vv·2024-01-06 19:52

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录

不完整报错报错信息原因解决方案2、化学版本选择错误报错信息原因解决方案1、由于fastq不完整报错报错信息[error]Pipestancefailed.Errorlogat:YS2310077_T_C_5/SC_RNA_COUNTER_CS
微光**·2024-01-06 14:11

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）

使用Seurat对空间数据集进行分析，可视化和集成1、介绍本教程演示了如何使用Seurat（>=3.2）分析空间分布的RNA-seq数据。
微光**·2024-01-06 14:41

Bulk-RNA-seq流程——从测序数据到count文件(AGSdata)

2022-2-11软件安装conda的安装和配置wget-chttps://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shchmod777Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#给执行权限bashMiniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#运行当命令行前面出现(base)
璐璐璐璐璐952·2024-01-06 14:40

RNA-seq + 下游分析：一条龙代码

这段时间太多事，生信学习耽误了很长一段时间，这几天终于撸完了生信技能树B站的RNA-seq视频。本人黑眼圈纯粹是熬夜学生信写代码所致，无任何不良嗜好，请大家放心交友。
颗粒神经园·2024-01-06 14:08
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