RNA

累计IF>5000 | m6A RNA甲基化文章2021上半年发表汇总

RNA甲基化作为近年的研究热点，为科研人员解读生物学问题提供了新的观察角度，其相关研究受到国自然科学基金的青睐，同时，文章成果频发。此前，我们分享了“研究思路”和“生信分析流程”等内容。
ee00dc6faab7·2024-01-08 21:37

RNA_seq:将修剪后的序列比对到参考基因组

比对参考基因组的2种软件：hisat2、subjunchisat2软件1、构建索引：官网下载：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlhisat2官网下载官方索引通过hisat2-build构建基因组索引：（不推荐）2、关于hisat2：Hisat2主要是用来进行转录组数据的比对。使用--help查看选项和参数hisat2主要参数：-x##索
javen_spring·2024-01-08 15:16

氨基酸密码子表及偏好性（2022-05-03）

密码子（codon）是指信使RNA（mRNA）分子中每相邻的三个核苷酸编成一组，在蛋白质合成时，代表某一种氨基酸的规律。信使RNA在细胞中能决定蛋白质分子中的氨基酸种类和排列次序。
会飞的老猫·2024-01-07 18:42

外泌体多组学07-骨髓肥大细胞来源外泌体lncRNA与miRNA的有效数据量

目前市面上有很多公司外泌体RNA测序推荐的数据量很少，为了合理评价一个合适的有说服力的有效数据量，我们对公开发表的相关外泌体文章和数据进行检索和信息收集，此次文章如下：文章信息文献标题：Characterizationofprotein
_十三·2024-01-07 05:24

真核原核生物常用的启动子分类

常见的真核和原核表达系统的启动子真核启动子编号启动子主要用途RNA转录本描述表达备注1CMV常规表达用m
巩翔宇Ibrahimovic·2024-01-07 00:18

粪便RNA该如何提取？

操作步骤：1.请自行准备：无水乙醇、异丙醇、PBS、1.5mLRNase-free灭菌离心管。2.取出洗涤液，按以下操作：a)洗涤液A：21mL加入9mL无水乙醇；42mL加入18mL无水乙醇，混匀。b)洗涤液B：18mL加入42mL无水乙醇；36mL加入84mL无水乙醇，混匀。c)配制好的洗涤液如出现沉淀，可在37℃溶解，摇匀后使用。3.取200mg的粪便于1.5mLRNase-free灭菌离心
清风拂面vv·2024-01-06 19:52

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录

不完整报错报错信息原因解决方案2、化学版本选择错误报错信息原因解决方案1、由于fastq不完整报错报错信息[error]Pipestancefailed.Errorlogat:YS2310077_T_C_5/SC_RNA_COUNTER_CS
微光**·2024-01-06 14:11

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）

使用Seurat对空间数据集进行分析，可视化和集成1、介绍本教程演示了如何使用Seurat（>=3.2）分析空间分布的RNA-seq数据。
微光**·2024-01-06 14:41

Bulk-RNA-seq流程——从测序数据到count文件(AGSdata)

2022-2-11软件安装conda的安装和配置wget-chttps://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shchmod777Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#给执行权限bashMiniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#运行当命令行前面出现(base)
璐璐璐璐璐952·2024-01-06 14:40

RNA-seq + 下游分析：一条龙代码

这段时间太多事，生信学习耽误了很长一段时间，这几天终于撸完了生信技能树B站的RNA-seq视频。本人黑眼圈纯粹是熬夜学生信写代码所致，无任何不良嗜好，请大家放心交友。
颗粒神经园·2024-01-06 14:08

bulk-RNA seq测序数据分析流程

假如有bulk-RNA测序的数据：TH1，TH2，TH3三个重复（实验组），TW1，TW2，TW3三个重复（对照组）准备工作需要安装的软件（如FastQC、Trimmomatic、HISAT2、StringTie
微光**·2024-01-06 14:38

从零开始的“RNA-seq“分析（STAR进行mapping)

前言在用trim_galore进行trimming后，要进行RNA-seq分析的核心部分：mapping实验室一直购买着CLCGenomicsWorkbench的版权，用户友好，使用简便，但一年大概要花费
YY生物日记·2024-01-06 14:38

体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa

众所周知，CRISPR/Cas9系统可以用来操纵基因组：规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA（gRNA）的指引下，靶向基因组中的特定区域并切割DNA，产生DNA双链断裂
Seurat_Satija·2024-01-06 13:35

NGS基础概念

来源自：华大科技知识库组学研究细胞、组织或是整个生物体内某种分子（DNA、RNA、蛋白质、代谢物或其他分子）的所有组成内容，称之为“组学”（-omics），”-omics”术语代表了对怎样思考生物学和生物体系工作方式的重新定位
问菊22·2024-01-05 22:30

病毒的威胁

答：病毒分为DNA病毒（以下简称D病毒）和RNA病毒（以下简称R病毒）。
听月_·2024-01-05 04:33

NCBI的primer picker设计qRT-PCR染色法引物

mRNAandprotein此处有NRxxxxx数字，为NCBI给出的标准mRNA序列，选择一个点进去tips，选择的时候可以去页面上方，看看实际图，对应的mRNA的在基因上的对应位置再向下有NRxxxxx数字，这是非编码RNA
盘山路·2024-01-03 22:34

分子生物学知识整理

表观遗传变异定义：是指碱基序列不变，通过DNA甲基化、组蛋白乙酰化、RNA编辑、基因沉默在、休眠转座子激活等方式影响了基因的活性，导致基因控制的性状发生改变，这种变化是可逆的，可能遗传。
雪切丝·2024-01-03 19:20

国自然中标小能手「m6A修饰」的新功能研究

近日，来自美国芝加哥大学、中国科学院、同济大学等多家机构的研究人员合作在《Science》发表了其最新研究成果，揭示了RNA的m6A甲基化修饰调控染色质状态和转录活性的重要机制。m6A是什么？
尐尐呅·2024-01-03 15:25

易基因｜组学研究：人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和RNA m5C动态重编程

易基因｜组学研究：人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和RNAm5C动态重编程大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年5月26日，中国科学院研究团队合作以“DynamicDNA5-hydroxylmethylcytosineandRNA5-methycytosinereprogrammingduringearlyhumandevelopment”为题在权威学
易基因科技·2024-01-03 15:32

享知行·思维：自我催化，让你的生活像游戏一样上瘾

在生物学中，核酶具有酶的催化活性可在预选位点剪切RNA的反义RNA又称酶RNA。RNA具有催化能力的发现，改变了酶都是蛋白质的传统概念。按底物，核酶
java程序员思维·2024-01-03 13:07

48个实用的生信在线工具

.Exon-IntronGraphicMaker工具链接：ttp://www.wormweb.org/exonintronimageRNA二级结构2.Mfold工具链接：http://unafold.rna.albany.edu
东风008·2024-01-03 05:49

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2024-01-02 16:05

单细胞RNA速率（RNA velocity）

RNA丰度是单个细胞状态的有力指标。单细胞RNA测序可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示RNA丰度。然而，这种方法仅捕获某个时间点的静态快照，这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。
生信小鹏·2024-01-02 14:33

序列比对简介1

序列比对是生物信息学中非常重要的一部分，它可以帮助我们识别DNA、RNA和蛋白质序列中的相似性和差异性，从而推测它们在生物体内的功能。比对两个序列最简单的方法是将它们放在一起，并逐个字符进行比较。
Bioinfotec·2024-01-01 10:37

哪款试剂盒适合提取FFPE样本核酸？

提取试剂盒的选择一共14个试剂盒，包含了16种提取DNA和RNA的方法，其中RecAll和AllPrep既可以提取RNA又可以提取DNA。
evolisgreat·2024-01-01 08:39

16 RNA-seq原理及应用

image.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.png
whykm·2024-01-01 07:38

外泌体多组学14-血浆外泌体不同建库试剂盒和比对方法和稳定性测试

最近在血液中发现的细胞外rna，包括细胞外囊泡(EVs)中的rna，再加上低起始量rna测序的进展，使科学家能够研究它们在人类疾病中的作用。
_十三·2023-12-31 20:13

2019-03-01

图片发自App缺锌将妨碍身体细胞内RNA和DNA的形成，一般人的身体组织中都含有锌，且锌主要集中在眼睛和精液里。他对于体内蛋白质的合成和多种酶发挥功效非常关键。
知识改变生活·2023-12-31 19:00

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(七)

今天我们来讨论下Seurat这个包的用法QC首先我们先介绍下UMI这个概念，UMI其实就是区分每个测序分子片段的barcode，这么做可以区分每个分子是哪一个cell表达的我们还是采用deng这个数据做例子首先我们构造Seurat的单细胞对象：library(SingleCellExperiment)library(Seurat)library(mclust)library(dplyr)seuse
小潤澤·2023-12-31 13:27

Rosalind 023 Perfect Matchings and RNA Secondary Structures

背景：这个题目是关于RNA二级结构和完美匹配的。题目给出了一个RNA字符串，要求计算在它的键合图中，有多少种可能的完美匹配。
Kyookk·2023-12-31 10:27

癌症基因组重测序第一讲

一、基本组学结构A,T,C,G所构成的人类基因组信息可经过修饰，由一套DNA遗传基因组延伸至带有甲基化、乙酰化等修饰的表观遗传组，同时基因组也可以按照中心法则衍生出RNA和protein，即分别为转录组和蛋白组
不想透明的小透明·2023-12-31 08:25

生信软件10 - DNA/RNA/蛋白多序列比对图R包ggmsa

R包安装BiocManager::install("ggplot2")BiocManager::install("ggmsa")DNA多序列比对图#导入内置核酸序列nt_sequences<-system.file("extdata","LeaderRepeat_All.fa",package="ggmsa")ggmsa(nt_sequences,color="Chemistry_AA",font
生信与遗传解读·2023-12-31 08:53

pyrEF双筛系统介绍

基于pyrE基因可实现双向筛选：1)该基因缺失，会造成突变株无法从头合成尿嘧啶，导致细菌死亡；2)该基因存在，可将培养基中5-FOA转化为5-FU，而5-FU可掺入DNA和RNA分子中导致细菌死亡。
自由_95ee·2023-12-31 07:34

R-loop及两种测序技术的介绍

简介：R环是一种特殊的染色体结构，由一条RNA：DNA杂合链和一条单链DNA所组成。
许我少年·2023-12-31 02:15

点成分享丨换个视角认识“核酸”——核酸提取方法及原理

核酸有脱氧核糖核酸（DNA）和核糖核酸（RNA）两大类，DNA主要集中在细胞核、线粒体和叶绿体中，而RNA则主要分布在细胞质中
点成生物科技·2023-12-30 19:44

Luna Nanotech—核酸提取纯化试剂

公司基于快速高效的二氧化硅吸附柱和二氧化硅涂层磁珠提取技术，研发出完整的核酸纯化试剂盒产品线，简化并大大加快了核酸纯化过程，为从细菌、酵母、动物细胞、组织、生理体液、琼脂糖凝胶和酶促反应中提取和纯化质粒以及基因组DNA和RNA
Neobioscience·2023-12-30 08:31

2022-07-18

CommBio|TAS-Seq提高单细胞测序准确性原创图灵基因图灵基因2022-07-1809:04发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术日本科学家开发了一种新的DNA扩增和测序方法，可提高单细胞RNA
图灵基因·2023-12-30 00:53

什么时候使用Bismark的non_directional参数

首先，这里的directional是指Illumina平台在测序时是directional的，和通常RNA-seq中directiona
秉聿随记·2023-12-29 03:52

Python-44 用Biopython计算DNA/RNA的GC含量和分子量 2020-08-25

具体实现与解释如下：fromBio.SeqUtilsimportGCdna=("GCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTGTTATGGGTCGTTGGAAGGGTGGTCGTGCT")dna1=("GACC")CONTENT=GC(dna)#计算GC含量print("GCcontentis")print(CONTENT)fromBio.SeqUtilsimportmole
RashidinAbdu·2023-12-28 20:18

文献阅读1

Regulatoryactivitiesoftransposableelements:fromconflictstobenefits摘要：转座子（TEs）是受到严格调节的，具有生物化学活性的非编码元件，如转录因子结合位点和非编码rna
黑森林深处的小星星·2023-12-28 11:43

单细胞分析（五）——使用Harmony进行数据整合和去批次

）——数据整合和去批次为什么要进行数据去批次数据分次读入多个数据整合数据去批次处理数据质控去批次后数据分析后续分析参考文章为什么要进行数据去批次进行样本去批次（batchcorrection）是单细胞RNA
生信小鹏·2023-12-28 09:13

scenic：单细胞调控网络推理和聚类

摘要我们提出了scenery，一种用于从单细胞rna-seq数据中同时进行基因调控网络重建和细胞状态识别的计算方法(http://scenic.aertslab.org)。根据肿瘤和大
生信小鹏·2023-12-28 09:42

sc-RNA数据分析教材 || Computational Methods for Single-Cell Data Analysis

这本详细的书提供了最先进的计算方法，以进一步探索由单细胞技术带来的令人兴奋的机会。每一章都详细介绍了一个计算工具箱，旨在克服单细胞分析中的特定挑战，如数据规范化、罕见细胞类型识别和空间转录组分析，所有这些都侧重于分析实验数据的计算方法的实际实现。以高度成功的分子生物学方法系列格式编写的章节包括各自主题的介绍、必要材料和试剂的列表、循序渐进的、易于复制的实验室协议，以及关于故障排除和避免已知缺陷的提
周运来就是我·2023-12-28 08:31

scVelo||通过动力学建模产生瞬时细胞状态的RNA速度

在单细胞中引入RNA速率开辟了研究细胞分化的新方法。最初提出的RNAvelocity是通过计算推断的稳态剪接和未剪接的mRNA的比率。
生信编程日常·2023-12-27 17:31

生物学重复与技术重复

生物学重复与技术重复在利用基因芯片或者RNA-seq做基因表达分析的时候，经常听说生物学重复和技术重复，这篇文章我们就来简单介绍二者的含义。
Seurat_·2023-12-27 09:13

2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献

的单细胞与病毒感染在讲单细胞与肝癌之前，我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析，该文章于2019年7月发表于Nature，研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约10,000个细胞进行了单细胞RNA
生信宝典·2023-12-27 07:53

那令人困惑的比对工具选择啊~

写在前面的废话我可能不适合做科研，因为我总是对一些“没有必要”的事斤斤计较~刚开始接触二代测序时，是跟着Jimmy大神从RNA-seq开始入门的。那时候使用的比对工具是HISAT2。
鹿无为·2023-12-27 03:57

假基因调节mRNA

本文提出的ceRNA假说：PTEN抑癌基因—PTENP假基因—miRNA作者提出了竞争性内源RNA(ceRNA)作用机制假说，并且可
奶盐味·2023-12-25 22:45

水处理生物学课程作业2 指导老师: 张淑娟

衣原体与病毒相比：1、衣原体相似于细菌，兼有DNA和RNA两种核酸。2、以二分裂方式繁殖。3、具有细菌型细胞壁（不含肽聚糖）。4、具有一些代谢酶类。、5、有核糖体。6、炕菌药物可抑制其生长。
给水2103李鑫·2023-12-25 20:41

生信格式之fasta、fastq

要点一：fasta格式1、目的蛋白质序列与核酸(DNA/RNA)序列研究是生命科学的核心，前者的组成单位为20种氨基酸，后者则是核苷酸(DNA与RNA均有四种不同核苷酸)；为了便于记录与研究，科学家们分别统一了二者组成单位的字母表示方法
小贝学生信·2023-12-25 17:37
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