RNAseq

如何从TCGA数据库下载DNA甲基化数据

前面给大家介绍了新版的TCGA数据库，通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据，miRNAseq数据以及体细胞突变数据☞新版TCGA数据库RNAseq数据下载☞新版TCGA数据库
生信交流平台·2023-08-07 18:34

TCGA数据库悄咪咪更新了—RNAseq没有HTSeq-Counts了

☞如何合并TCGA表达谱数据☞零代码合并TCGA表达谱数据☞零代码TCGA差异表达分析☞R代码TCGA差异表达分析☞一文掌握ceRNA网络构建最近发现，TCGA的RNAseq数据好像更新了。
生信交流平台·2023-08-04 09:18

【R语言】因子在临床分组中的应用

关于这套临床数据的下载可以参考☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一)前面我们也给大家介绍过一些处理临床数据的小技巧☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper☞R
生信交流平台·2023-08-04 08:43

RNASeq实战练习-hisat2比对与featurecounts定量

hisat2构建索引#进入参考基因文件所在目录cd/home/jiamj/analysis/ref#激活rnaseq分析环境condaactivaternaseq#提取外显子和可变剪切构建转录组比对的索引文件
小小白的jotter·2023-08-02 18:42

copyKAT从单细胞RNASeq数据推断人类肿瘤的基因组拷贝数CNV

2021年一月初了新的推断肿瘤细胞CNV的方法：copyKAT。也是通过单细胞转录组数据来推断细胞的染色体倍数，进而推断是正常细胞（diploid）还是肿瘤细胞（aneuploid）。它还可以进一步对肿瘤细胞进行聚类，找出不同的亚群。首先看一下原理及工作流程图。首先对基因表达量做标准化并稳定其方差（a）。相较于inferCNV（见我之前的分享：https://www.jianshu.com/p/1
Seurat_Satija·2023-08-02 09:08

RNAseq相关

数据下载sra下载ncbi数据star比对star软件的简单使用star官方文档gatk流程image.png
昌平厄齐尔·2023-08-01 23:56

FG12组装注释全过程

测序：RNA-seq：100Xnanopore：80Xresequence：30X质控：使用fastp对RNAseq和Resequence测序数据进行质控ResequenceQ20，Q30皆为100%RNAseqQ20
马连洼小法师·2023-07-31 16:10

linux学习100篇111：mamba安装软件mamba install -y fastqc

(base)root13:12:27~$condaactivaternaseq(rnaseq)root13:12:39~$mambainstall-yfastqc________/\/\/\/\/\/\
Seurat_·2023-07-23 03:46

day46 转录组 质控

针对昨天转成fastq.gz的四个数据进行质控：建立rnaseq-qc.slurm文件。对比以前在学校服务器上编的sh文件，其实没有什么太多不同。
meraner·2023-07-22 19:13

如何下载TCGA拷贝数变异（CNV）数据

前面小编给大家详细介绍RNAseq数据，miRNA-seq数据的下载以及合并☞新版TCGA数据库RNAseq数据下载☞新版TCGA数据库miRNA数据下载☞R代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据
生信交流平台·2023-06-22 12:58

RNAseq教程(4.3)

目录1.Module1-IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2023-06-22 02:18

RNAseq教程（1.5）

目录1.Module1-IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2023-06-11 10:57

celltalker：单细胞转录组配受体分析

在单细胞RNAseq数据可能进行的许多类型的分析中，是对假定的细胞间通信的评估。celltalker试图通过寻找已知的配体和受体对在细胞内和细胞间的表达来评估细胞间的交流(即“交谈”)。
周运来就是我·2023-06-08 06:31

获取基因有效长度的N种方法

在RNAseq的下游分析中，一般都会将上游处理完得到的原始counts数转变为FPKM/RPKM或是TPM来进行后续的展示或分析，其定义和计算公式在我之前的文章中有所总结CountsFPKMRPKMTPM
嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-20 05:09

RNAseq教程（2.3）

目录1.Module1-IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2023-04-19 21:12

2020-10-24 RNAseq 从fq开始分析全流程

image.png1.上传四个样本原始就文件到服务器参考https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67从原始数据开始分析参考https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflowStep1
程凉皮儿·2023-04-18 21:28

数据分析：RNA-seq数据的批次校正方法

RNA-seq数据的批次校正方法bulk-RNAseq过程可能存在不同建库批次以及不同测序深度带来的如测序深度等batcheffects，那么该如何整合这些数据。
华仔少年·2023-04-18 13:46

GWIPS-viz + hORFeome

用bowtie2比对blast匹配到lncRNA的序列到基因组上bowtie2-p24-x~/RNASEQ/index/bowtie2_index/GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fna.bowtie_index
547可是贼帅的547·2023-04-16 06:53

R代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据

以前RNAseq数据使用的是Htseq-counts，新版本中使用了STAR-counts。在上一期中，小编给大家详细介绍了新旧版本RNAseq数据之间的差异。
生信交流平台·2023-04-13 21:23

RNAseq教程（3.4）

目录1.Module1-IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2023-04-13 19:49

如何从TCGA数据库下载体细胞突变数据（somatic mutation）

前面给大家介绍了新版的TCGA数据库，通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据和miRNAseq数据☞新版TCGA数据库RNAseq数据下载☞新版TCGA数据库miRNA数据下载以及如何合并成矩阵
生信交流平台·2023-04-13 12:52

新版TCGA中RNAseq数据基因名居然有重复？！

TCGA数据库在2022年4月初进行更新之后，RNAseq的数据格式发生了很大变化，给我们广大的科研工作者带来了极大的不便。
生信交流平台·2023-04-13 08:34

RNAseq教程(1.4)

目录1.Module1-IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2023-04-12 18:45

RNAseq生信分析流程简介

文章目录RNAseq简介RNAseq分析流程1.实验设计1.1目标RNA提取策略和文库类型选择1.2测序深度或文库大小1.3实验重复2.RNAseq信息分析2.1质控和过滤2.2比对2.3新转录本的发现
心如止水-WTF·2023-04-11 21:38

CopyKAT: 从高通量单细胞RNAseq数据推断人类肿瘤基因组拷贝数和亚克隆结构

CopyKAT(CopynumberKaryotypeOfTuments)是一种计算工具，它使用整合的贝叶斯方法来识别单个细胞中5MB分辨率的全基因组非整倍体，将肿瘤细胞与正常细胞分开，并使用高通量的sc-RNAseq
Refrain_9738·2023-04-11 13:48

circRNA结合蛋白调控机制-20201111

那么我们做RNAseq找到了circRNA，想做结合蛋白机制研究，如何寻找结合蛋白，结合蛋白确定后，又该如何确定下
纪伟讲测序·2023-04-11 07:27

RNAseq教程(1.1)

前言本教程来自与我保存在github上的RNAseq教程这是一个RNA-seq分析的教学教程和工作演示流程，包括介绍云计算(不介绍了，直接从第二章开始)、下一代序列文件格式、参考基因组、基因注释、表达分析
周小钊·2023-04-11 04:01

RNAseq教程(4.1)

1.Module1-IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationAli
周小钊·2023-04-09 22:19

合并新版TCGA表达矩阵R代码叒更新了—基因名字也给你提出来

TCGA数据库在2022年4月初进行更新之后，小编第一时间给大家展示了TCGA数据库的变化，用图文的方式详细介绍了新版TCGA数据库RNAseq数据下载方法。
生信交流平台·2023-04-09 19:40

学生信的那些事儿之十二 - RNAseq 分析流程之用aspera工具下载SRA数据

在Linux系统下安装了conda，配置了镜像，创建了分析环境，并且在环境下下载了常用的分析软件，那么接下来做什么呢？锅碗瓢盆、油盐酱醋都已准备妥当，准备开火煮饭却发现没有米！生信分析的米是啥，是数据，数据从哪里来？一种途径是可以把样本送到测序公司，然后测序公司交付数据，比如说你给我样本（和钱），我交付数据，这是一手的“资料”。另一个途径就是用别人的，而且不用花钱，真的就有这么好的事儿。NCBI是
李白爱吃橙子·2023-04-09 15:26

干货 | 如何对fastq文件进行批量处理？

以RNAseq为例。
拾柒Zzz·2023-04-06 20:53

GO和Pathway富集分析的背景基因集

例如，在RNAseq或Microarray；有时候工具提供的Background时物种所有的基因，现在也没有同一的标准用来自己构建Background。
JeremyL·2023-04-06 18:34

R代码合并TCGA体细胞突变数据

上次通过图文给大家讲解了如何从TCGA数据库下载体细胞突变的数据☞如何从TCGA数据库下载体细胞突变数据（somaticmutation）前面我们也讲过，如何从TCGA数据库下载RNAseq和miRNA-seq
生信交流平台·2023-04-06 10:05

linux学习100篇110：mamba 删除软件mamba remove -n rnaseq fastqc

mamba删除软件(base)root13:09:00~$mambaremove-nrnaseqfastqc________/\/\/\/\/\/\/\/\███████████████//██//██//██//████████████████████████//\/\/\/\\____//\_/\_/\_/\o\__,/_/\_____/`|/███╗███╗█████╗███╗███╗███
Seurat_·2023-04-04 23:45

linux学习100篇101：转录组分析用软件及安装subread

安装(rnaseq)root12:08:22~$condainstall-ysubreadCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment
Seurat_·2023-04-03 17:39

【RNA-seq自学02】RNAseq的原理及流程

RNAseq是一种高通量测序技术。它可以帮助我们理解在各种比较条件下，所有基因的表达情况的差异。
Brickvstar·2023-04-02 15:46

linux学习100篇36：转录组分析用软件及安装sra-tools

安装(rnaseq)root11:41:39~$condainstall-ysra-tools=2.10.7Collectingpackagemetadata(current_repodata.json
Seurat_·2023-04-01 15:31

2021-03-04 blast+ 比对两个denovo RNAseq序列

然而我比较熟悉RNAseq这个DENOVo，从来没有做过，不过同学比较着急。他需要两个fasta中的交叉序列。因此我觉得用BLAST应该可以达到他的要求。
hopi_bai·2023-04-01 14:23

合并新版TCGA表达矩阵R代码叕更新了—RNA类型也给你提出来

TCGA数据库在2022年4月初进行更新之后，小编第一时间给大家展示了TCGA数据库的变化，用图文的方式详细介绍了新版TCGA数据库RNAseq数据下载方法。
生信交流平台·2023-04-01 10:09

linux学习100篇35：转录组分析用软件及安装fastp

安装(rnaseq)root11:37:12~$condainstall-yfastpCollectingpackagemetadata(current_repodata.json):doneSolvingenvironment
Seurat_·2023-04-01 03:11

【实战】R语言绘制GO富集分析弦图

新版TCGA数据库RNAseq数据下载新
生信交流平台·2023-04-01 02:33

R语言交补集数据处理

一、交集——Merge函数rm(list=ls())setwd('/lab412C/LSM/蛋白质谱/蛋白质谱-RNAseq/缺少的300个')data1<-read.csv(file="all.csv
ShanSly·2023-03-29 18:34

KEGG enrichment富集分析我至今搞不懂原因的问题

最近做了人类和小鼠的RNAseq分析，在做KEGGenrichment同时遇到相同的报错，特地截图如下：没错，就是说，Errorindownload.KEGG.Path(species):'species'shouldbeoneoforganismslistedin'http
wangyiqi806643897·2023-03-29 04:32

学生信的那些事儿之十一 - RNAseq 分析流程之Conda安装和软件下载

理论上讲，前面非常基础的Linux知识学到位之后是可以“开始”尝试实战一下RNAseq分析的上游部分的。
李白爱吃橙子·2023-03-27 07:36

R语言：clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换

/goList/RIPYTHDF2RNAseq.txt",sep="")go_ythdf2<-t(go_ythdf2)2.ID转换，ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型（针对clust
superqun·2023-03-25 05:19

TCGA_gdc_client terminal下载——>id 转换

expdata_manifest文件步骤：Files——>transcriptomeprofiling(DataCategory)——>GeneExpressionQuantification(DataType)——>RNAseq
养猪场小老板·2023-03-25 03:42

R语言合并TCGA中CNV矩阵

前面小编已经跟大家介绍过☞R代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据☞零代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据☞R代码合并TCGA体细胞突变数据☞R代码合并TCGA数据库中DNA甲基化数据
生信交流平台·2023-03-21 22:30

RNA-Seq：从fastq到表达矩阵

一、测序数据的准备新建工作目录，RNASeq-analysismkdirRNASeq-analysiscdRNASeq-analysis/新建data文件夹；mkdirdata1.1公司返回的测序下机数据例如
胡小兵plus·2023-03-19 13:21

STAR比对

建立索引STAR--runThreadN6--runModegenomeGenerate\--genomeDir~/rnaseq/mouse_STAR_index\--genomeFastaFiles~
FRMD·2023-03-17 22:40

2020-12-17水稻、小麦GO富集分析

RNAseq常规做法是先筛选出差异表达基因，然后针对筛选出来的差异基因做GO富集分析。
bcl_hx·2023-03-16 09:01
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