RNAseq 第5页

如何构建表达矩阵——RNAseq中游分析

0前言前几天Jimmy老师发了一篇我用这个技能一杯咖啡的功夫就挣了800块钱，讲了他帮一个粉丝从公共数据库中下载RNAseq原始数据，走完上游分析拿到表达矩阵的过程。

Steven潘·2020-03-04 23:12

5、RNAseq(5)--reads count(htseq-count)与基因注释（bioMart）

理论基础在上篇的比对中，我们需要纠结是否真的需要比对，如果你只需要知道已知基因的表达情况，那么可以选择alignment-free工具（例如salmon,sailfish)，如果你需要找到novalisoforms，那么就需要alignment-based工具（如HISAT2,STAR）。到了这一篇的基因（转录本）定量，需要考虑的因素就更加多了，以至于我不知道如何说清才能理清逻辑。定量分为三个水平

莫讠·2020-03-04 15:22

3、RNAseq(3)--对RNAseq测序数据的质量控制（fastqc）

质量汇报生成与读取fastq质量汇报使用命令fastqc-o来进行质量报告。#下载fastqc工具包$wgethttps://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip#解压&unzipfastqc_v0.11.8.zip#执行fastqc&~FastQC/./fastqc-ffastq-o/home/c

莫讠·2020-03-04 15:57

1、RNAseq (1) 生信分析软件安装—conda的安装与使用

conda简介Conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。Conda是为Python程序创建的，适用于Linux，OSX和Windows，也可以打包和分发其他软件。安装condaconda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本（这里的常用不代表你常用），miniconda则是精简版，需要啥

莫讠·2020-03-04 15:37

【r<-高级|方案|生信】怎么分析和展示RNAseq基因表达数据中基因的相关性

介绍TCGA是癌症基因组分析中相当流行的数据库，针对里面数据的挖掘结果、软件工具发表了许多CNS文章，不过现在已经被整合进GDC数据平台了。虽然现在测序技术发展的很快，单个样本测序成本比较之前而言低了很多，但是对于单个课题组研究而言，对大量样本的测序成本还是有些难以承受。TCGA的数据集提供了一个很好的平台，我们既可以分析它衍生新的课题，也可以通过它为自己分析的结果佐证。今天的分析用的就是TCGA

王诗翔·2020-03-01 23:39

RNAseq分析（5）：差异分析工具 GDCRNATools 安装及测试

前言GDCRNATools是一个用于下载、整理和综合分析GDC中IncRNA、mRNA和miRNA数据的R/Bioconductor包。主要功能包括：差异基因分析、生存分析、功能富集分析、内源竞争性RNA分析、lncRNA分析以及pseudogene分析等。另外，还可以进行结果可视化，比如常规的火山图，柱状图，散点图，富集分析气泡图，生存曲线等。具体使用说明详见：说明文档。Fig1.png安装及使

魚晨光·2020-02-23 21:01

组学资料集合

先贴上收集的一些资料：解螺旋的矿工从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第1节DNA测序技术沈梦圆博客中的RNAseq简简单单讲insertionsize链特异建库那点事NGS测序数据的质量控制

生信要进步·2020-02-22 09:34

mRNA-seq学习（六）：转录本的de novo组装

1.组装$catsample.txtcond_Acond_A_rep1/ifs1/Grp3/huangsiyuan/learn_rnaseq/mRNA-seq/Trinity/data/SRR3286802

presentlife·2020-02-22 03:49

使用rmats进行可变剪切的分析

rmats是目前使用的最广泛的可变剪切分析软件，该软件不仅可以识别可变剪切事件，还提供了定量和组间差异分析的功能，功能强大，网站链接如下http://rnaseq-mats.sourceforge.net

生信修炼手册·2020-02-21 20:57

RNAseq 完整操作流程

2.软件以及流程以及代码：本实验使用常规的Tophat2比对（1）样本制备、建库：总RNA--->polyA富集mRNA--->打断--->随机引物反转录成cDNA--->末端修复、加A、加接头RNA提取：方法-使用trizol-based方法或者试剂盒方法；富集mRNA，除去rRNA等RNA:依据为-在测mRNA过程中，首先要去除rRNA。以人为例，在抽提的总RNA中，95%的RNA是rRNA，

我最有才·2020-02-10 05:07

使用fastp进行数据质控

fastp是一款较新的数据质控软件，接触这个软件也是由于目前市场的软件各有功能但是功能都不是很全，譬如最近接触到一个RNAseq数据，质量较差，需要去除接头而且含N较多，序列起始端的数据较差需要去除几个

井底蛙蛙呱呱呱·2020-02-08 12:04

R实战 | 用R也可以完成的RNA-Seq分析-5

原文地址：https://bioinformatics-core-shared-training.github.io/RNAseq-R/rna-seq-gene-set-testing.nb.html书接上文

尘世中一个迷途小书僮·2020-02-02 12:36

生物信息神奇网站系列（十七）：Bioconductor Workflows

而是有些生物数据可以完成一整套分析内容，例如芯片数据和RNAseq数据等。

基因学苑·2020-01-05 12:40

snakemake分析双端测序的RNA-seq数据

上一次讲述了如何利用snakemake进行RNA-seq分析流程的构建：RNAseq分析流程：从测序Rawdata到Count输出，但是只针对单端测序数据。这次我又改进了一点，对双端测序结果也适用。

fqiang1024·2020-01-04 23:50

RNASEQ分析入门笔记7- HTSeq定量基因表达水平

HTseq统计基因reads数HTseq是用于分析基因表达量的软件，能够根据基因结构注释GTF文件对排序过的SAM/BAM文件进行基因reads数的统计。语法：htseq-count[options]mkdir-pncbi/matrix/在ncbi目录下创建matrix文件夹，用于存放HTseq生成的.count文件。-p(-parents)，加上此选项后，系统将自动建立那些尚不存在的目录。运行H

括囊无誉·2020-01-03 15:50

RNAseq分析流程-Hisat2+Samtools+Stringtie

首先，分析RNAseq要对整个分析流程有个整体的了解：参考https://tiramisutes.github.io/2018/12/04/ref-RNA-seq.html详细介绍了主要用到的分析工具和流程

生信编程日常·2020-01-01 16:58

这篇五分多的signature建模文章有点机智啊

本文整体思路简单锊了锊，大概如下：1、下载ICGC数据库的甲基化数据和TCGA数据库的RNAseq数据2、分别筛选差异甲基化位点和差异基因3、紧接着使

vegene·2019-12-27 12:22

【转录组-1】RNAseq基本知识

欢迎关注：oddxix有问题，欢迎后台沟通概念广义：转录组（transcriptome）是特定细胞在某一功能状态下转录本的总和。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的，具有特定的空间性和时间性。狭义：转录组是指直接参与蛋白质的mRNA的总和image各种RNA的功能mRNA：编码基因tRNA:携带氨基酸到核糖体上进行蛋白质的合成rRNA:与多种蛋白质结合成核糖体，作为蛋

oddxix·2019-12-27 00:07

使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据

包RTCGA的简单介绍首先安装及加载包指定任意基因从任意癌症里面获取芯片表达数据绘制指定基因在不同癌症的表达量区别boxplot更多boxplot参数指定任意基因从任意癌症里面获取测序表达数据用全部的rnaseq

生信技能树·2019-12-22 14:49

RNASEQ分析入门笔记8-使用DESeq2进行表达差异分析

基因的差异表达分析，通常使用R中的软件包，包括：DESeq2，edgeR，limma等，今天介绍DESeq2的分析流程：1、在R中安装DESeq2软件包source("http://bioconductor.org/biocLite.R")#调入安装工具BioconductorbiocLite("DESeq2")#安装DESeq2library("DESeq2")#测试是否安装成功如果安装出错，请

括囊无誉·2019-12-20 05:30

无重复RNAseq样本Gfold值的计算

使用Gfold进行无重复RNAseq数据基因差异分析1.准备资料输入的资料为read_count，要对两个样本进行差异分析则必需准备两个文件，每个文件格式如下：文件1:Sample2.read_cnthsa-miR

x2yline·2019-12-17 06:31

RNAseq实际操作（实战）

RNAseq实际操作（实战）首先声明，虽然是实战，但是其实是学习笔记而已，初学，参考了大量大神的博客和帖子,还有大神引用的大牛的帖子,参考列表见最后。

zd200572·2019-12-14 05:01

MultiQC

FastQC只能对单个样本进行评估生成报告，而MultiQC能将fastqc生成的多个报告整合成一个报告（HTML和PDF格式），方便的查看所有测序数据的质量，同时还支持多种分析类型的质控结果查看，如：RNAseq

麋鹿吃了颗草莓·2019-11-22 21:53

RNASEQ分析入门笔记3-HISAT2建立索引并比对序列

建立HISAT2索引hisat2-build-p4hg19.fagenome命令运行完成后，会在hg19文件夹下生成如下文件：genome.1.ht2genome.2.ht2genome.3.ht2genome.4.ht2genome.5.ht2genome.6.ht2genome.7.ht2genome.8.ht2建立索引文件需要大约一个小时（MAC:2.6GHzIntelCorei5/8GB1

括囊无誉·2019-11-03 08:12

学习小组Day3笔记--点点滴滴

Linux环境下的软件安装看linux是32位还是64位命令getconfLONG_BIT查看当前conda环境condainfo--envs建立一个rnaseq的conda环境condacreate-nrna-seqpython

点点滴滴的进步·2019-08-28 22:20

【生信进阶练习1000days】day16~day22-RNA-seq data analysis with limma edgeR and Glimma

文章目录学习来源1.数据准备学习目标1.1安装RNAseq123包和所需的包，并下载样本数据1.2读入文件1.3构建样本的分组信息1.4基因注释2.数据预处理2.1转换count数据为CPM值2.2过滤表达量太低的基因

Candlelight_yujia·2019-06-19 10:48

10x genomics RNAseq数据分析实战

10x数据类型：10x数据类型每个样本测出3个fastq，通过I1,R1,R2来区别，下载安装cellranger，下载所需要的reference，（一）跑cellrangercount/home/XXX/software/biosoftware/cellranger-2.2.0/cellrangercount\--id=ID24\--fastqs=/path/data/20180810_10x/

11的雾·2019-04-22 10:06

用R语言分析：RNAseq表达矩阵样本的差异性

我们之前介绍了limma包，limma包是对基因芯片表达矩阵的分析，不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析（因为数据特征不同），RNAseq需要用另一种方法：DESeq2（注：基因芯片和RNAseq是测定表达量的两种方式

mayoneday·2019-04-01 22:49

RNAseq 必读综述和在线教程

最近读到一篇博文，介绍了学习RNAseq数据分析非常推荐的两篇综述和七个在线教程并发表了相关评论。本文将进行简要整理并对相关评论内容进行大致翻译，供国内读者参考。

思考问题的熊·2019-02-23 22:51

tophat2+cufflinks转录组测序实例（1）-数据准备

tophat2+cufflinks转录组测序实例将为你介绍转录组测序也就是最近热门的RNAseq整个流程，有兴趣的小伙伴可以一起讨论学习！

邱俊辉·2018-12-25 23:29

Counts到差异表达基因（三）- 无重复数据 - DiffAnalysisNoReplicates.r

这些数据或者是RNAseq测序普及的早期，或者是经费有限，更或者实验设计上并不重要的数据。无论数据，既然数据与课题相关，那么就存在挖掘的价值。

生信石头·2018-11-30 13:41

for循环

sun/refdata/ensembl_GRCm38/02_hisat2_all_index/genome_snp_tranforiin`cat/media/pc/disk3/sun/20181112-RNAseq-QMJ-shf

苏牧传媒·2018-11-14 23:00

RNA测序数据回帖和组装 ![

测序数据回帖和组装image(2013-11-2720:59:50)[image转载▼](javascript:;)|标签：readsmappingjoinexonsplitreadscufflinks|分类：RNAseq

wangprince2017·2018-11-09 11:14

用tophat和cufflinks分析RNAseq数据(2018-05-28)

mod=space&uid=635619&do=blog&id=884213用tophat和cufflinks分析RNAseq数据人的基因组一共有两万多个基因，但是这些基因不是每时每刻都在表达，在不同发育时期和不同组织中

简单点lili·2018-05-28 15:55

RNASEQ分析入门笔记2-下载原始数据

获取原始数据地址参考文献：AKAP95regulatessplicingthroughscaffoldingRNAsandRNAprocessingfactors.NatCommun2016Nov8;7:13347.PMID:27824034根据文献，原始数据下载地址如下：ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/

括囊无誉·2018-03-22 05:31

RNA-seq分析服务器安装生信工具过程

一.测试服务器设定1.使登录后自动进入/home目录下vim~/.bashrc#在文件中加入以下行后保存退出cd/home2.新建RNAseq_tool文件夹，存放各工具mkdirRNAseq_tool

寂桐·2017-08-31 14:03

我的第二次RNAseq分析

数据还是上次那些，因为我没法解决.count文件里面的数字全是0的情况。所以打算从头开始做。这次我对流程更加熟练了，另外又看了不少攻略，理解也更深了一些##########################1基因组索引的建立##########################需要从ensemble的FTP下载一个.fa文件和一个.gtf文件（或者.gff3）genomeFastaFiles这个参数可

Hao222222222222·2017-03-11 21:25

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