RNAseq 第3页

sci-RNA seq 2017；sci-CAR 2018； sci-RNA seq3 2019

题目：Comprehensivesingle-celltranscriptionalprofilingofamulticellularorganism[sci-RNAseq;2017年science]Jointprofilingofchromatinaccessibilityandgeneexpressioninthousandsofsinglecells

韧_7e6f·2023-03-15 16:48

运用TCGAbiolinks下载癌症RNAseq数据

首先，我们从TCGA里下载某种癌症的RNAseq数据，代码如下：##使用TCGAbiolinks从GDCDataPortal上下载BiocManager::install

张玮恩·2023-03-15 12:04

如何使用KAAS进行KEGG注释

使用KAAS做KEGG注释标签：KEGG，RNAseq，bioinformatics什么是KEGG中文名:京都基因与基因组百科全书外文名:koytoEncyclopediaofGenesandGenomes

ShawnMagic·2023-03-14 10:53

hisat2+stringtie+deseq2 RNAseq（一）

RNAseq作为转录组分析中的比较经典分析方法，现在有很多的分析方法和分析思路从tophat+cufflink到hisat2+ballgown每个分析流程都有相应的优点和缺点。

牧小熊·2023-03-10 16:52

完整转录组RNAseq分析流程（tophat2+cufflink+cuffdiff）

前一段时间跟着孟浩巍大神的视频学习，在自己的小破笔记本上还是跑完了整个RNAseq差异表达的分析流程（tophat2+cufflink+cuffdiff）虽然这个流程比较老了，现在做分析一般使用的都是HTseq

奔跑的Forrest·2023-03-09 00:24

2021-08-23

图片6.png我自己的就是这个图片7.png比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，

高乃林·2023-03-08 22:22

RNAseq 分析后 R 结果可视化volcano plot和heatmap（火山图和热图）

这个文章跟着之前的文章完整转录组RNAseq分析流程（tophat2+cufflink+cuffdiff）用了之前分析的cuffdiff的结果,参考视频https://www.bilibili.com/

奔跑的Forrest·2023-02-17 15:25

转录组分析实战附录：Trinity 拼接结果质量控制

那么今天的工作就是通过RSeQC这个软件对拼接结果进行一个质量控制与可视化这个软件主要是针对于一些临床RNAseq的数据以及有参考基因组的数据，但是对没有参考基因组的RNAseq数据就很多Tool没有办法使用

Yeyuntian·2023-02-01 22:48

使用SCENIC分析singlecell-RNAseq实战演练

SCENIC全称：Single-CellrEgulatoryNetworkInferenceandClustering实战之前需要准备的学习资料：1.阅读关于SCENIC的介绍：SCENIC|以single-cellRNA-seq数据推断基因调控网络和细胞功能聚类2.阅读文献：SCENIC:single-cellregulatorynetworkinferenceandclustering[PMI

喂鸡组的阿翔·2023-01-28 16:50

alias的使用

1打开bashrcvi.bashrc2添加命令aliasworkpath="cd~/mdxue/rnaseq/"

德先森的书·2023-01-28 07:33

关于RNA-seq 的那点事Count 数的标准化（一) RPKM 和FPKM，TPM及C(R）PM

图片来自网络我们都知道，在RNAseq测序的过程中，我们测完序的最终目的是想根据测序的结果，最终分析得到差异基因以及潜在可能的功能分析，那么在进行差异分析以及对表达量进行分析的时候，对基因原始的Count

forever luckness·2022-12-29 15:52

SuperSeries 超gse号geo下载并处理表达矩阵duqiang同一个gse数据集里存在不同的测序平台产生的数据生信技能树——GEO芯片数据的合并如何去除批次效应 rnaseq去除批次效应

GSE70867ThisSuperSeriesiscomposedofthefollowingSubSeries:Less…GSE70864BALcellgeneexpressionispredictiveofMortalityinIdiopathicPulmonaryFibrosisandenrichedforGenesofAirwayBasalCells(I)GSE70866BALcellge

YoungLeelight·2022-12-25 23:37

r语言和python的区别_生物医学绘图，Python 并不比R语言差

做过基因测序，尤其是做过RNAseq的同学都知道，R语言中有一款数据可视化神器ggplot2，其绘图功能强大，但它的缺陷是不能绘制3D图形，需要加载扩展包，很麻烦。

weixin_39958112·2022-12-24 08:07

数据库数据 | TCGA数据库33种癌症的 transcriptome profiling (RNA-Seq) 数据

包数据类型：RData变量名称：expDataTPM/Counts/FPKM>##加载数据，数据对象是一个数据框，变量名称是：expDataTPM>load("processedTCGAdata/TCGA-RNASeq-TPM

【云森】·2022-12-04 08:30

RNAseq分析全过程

本次实操数据来自下面的文章，是量化环境葡萄糖对转录组的影响，比较低糖和高糖环境下胰岛转录组的变化，胰岛来源小鼠。SRR1374921LoGlu_Rep1SRR1374922LoGlu_Rep2SRR1374923HiGlu_Rep1SRR1374924HiGlu_Rep2该数据已发表文章：Thetranscriptionallandscapeofmousebetacellscomparedtohu

你真的不能替我学吗·2022-11-30 01:32

RNA_seq生物分析学习--RNA-seq实验

目录第五课RNAseq样品提取与处理第六课RNAseq建库测序第7课链特异性文库第五课RNAseq样品提取与处理RNA-Seq实验流程总RNA提取样品检测(主要检测样品是否合格,是否发生降解等)样品要求合格的样品

Drone_xjw·2022-11-28 04:04

wgcna 实战 jimmy 全流程全代码

BasalClaudin-lowLuminalNon-malignantunknown1462754fpkm[1:4,1:4]head(datTraits)table(datTraits$subtype)RNAseq_voomtm

YoungLeelight·2022-11-25 01:51

生物信息学之rnaseq转录组分析流程--转换文件中的ensemble id到gene名

生物信息学之rnaseq转录组分析--转换文件中的ensembleid到gene名如何解决转录组分析中count之后遇到ensembleid的问题一个将ensembleid转换成gene名的python

生信讲师-老高·2022-09-08 04:12

一篇文章详解：RNA-seq 数据分析加速

RNAseq，即通过高通量测序技术进行转录组测序分析技术，作为研究RNA的表达水平以及表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。

Eric@Lee·2022-06-02 07:36

TCGA下载的大样本量差异分析

大样本量RNAseq差异分析肿瘤研究中，对于处理TCGA这类大样本队列，分析中我其实不少次也是通过对tumor和normal组直接进行Wilcoxon秩和检验来找差异基因，原因无它，唯快不破。

生信小白花·2022-03-21 14:48

RNAseq比对流程pipeline脚本

自己在参考大牛的基础上，总结了RNAseq比对流程pipeline脚本。

小贝学生信·2022-03-17 21:21

单细胞大样本量数据处理新方法||Simpler single cell RNAseq data clustering

聚类是分析单细胞RNA序列（scrna-seq）数据的一种常用分析方法，但数据量的快速增长会使这一过程在计算上具有挑战性。准确高效聚类的新方法是迫切需要的。本文提出了一种基于随机投影和特征构造的大规模scrna-seq数据聚类新框架——spearman次抽样聚类分类（Spearmansubsampling-clustering-classification,SSCC）。SSCC大大提高了以多个真实

周运来就是我·2022-02-15 13:42

RNA-seq摸索：2.sra下载数据→fastqc质控→hisat2/bowtie2/STAR/salmon比对→Samtools格式转换→IGV可视化结果

这篇写的特别好：RNAseq-workflowRNA-seq原始数据的下载方法fastq格式大全本科生搞定RNA-seq上游数据分析RNA-seq一般流程转录组入门：序列比对RNA分析简洁版序列比对我觉得这个作者这样的分类特别清晰

没有猫但是有猫饼·2022-02-10 10:22

单细胞数据用Harmony算法进行批次矫正

Harmony整合单细胞RNAseq数据进行批校正和后续分析SystemrequirementsHarmony必须在R版本3.4以上运行，支持Linux,OSX,andWindows平台。

追风少年i·2022-02-10 02:49

使用 ART 软件模拟 RNAseq 数据

生物信息分析过程中，很多步骤需要控制软件本身的假阳性，而使用模拟数据就可以很好的做到这一点。1ART软件的安装1.1直接下载编译好的二进制可执行文件下载地址：https://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art/index.cfm也可以按照需求点击下面连接下载：LinuxMacOSXWindows64-bit

正踪大米饭儿·2022-02-05 08:35

单细胞RNAseq常规分析流程（10X）

降维聚类，类型鉴定，差异分析近年来，单细胞测序的成本逐渐降低，使得大众研究从组织水平转移到单个细胞水平的分析成为可能。本文主要是简单介绍一下SingleCellRNAseq（ScRNA）分析的基本流程，适用于大多数单细胞数据的前期分析，旨在介绍分析的流程和用到的方法，具体细节还需要感兴趣的你们深入挖掘。主要分析流程原始数据处理细胞降维与聚类细胞类群鉴定基因差异表达分析基因功能注释，细胞通讯，通路差

QXPLUS·2021-12-27 17:36

GEO2R的limma差异分析流程【芯片microarray数据】附limma+RNAseq

参考学习GEO提供的GEO2R在线差异分析工具使用的代码流程。笔记里的代码在理解每一步的基础上，部分做了修改。但大致思路不变，即使用limma包对芯片测序数据进行差异分析(暂未涉及可视化的代码)。示例数据GSE：GSE43760Selectedgroupdesign：（1）Disease："GSM1070439","GSM1070441","GSM1070443","GSM1070445","GS

小贝学生信·2021-11-01 23:40

RNAseq分析如何选择参考基因组和 gtf

转自：https://mp.weixin.qq.com/s/Yt9HwCrvsz4gAkieTWYjRQ最近在做人类的转录组分析，发现人类基因组的序列版本和注释版本真的种类繁多，让人眼花缭乱。怎么选？笔者查阅了一些资料，尝试理理清楚，如有纰漏，还望指正。太长不看版强调可重复性和稳健-用RefGene；希望得到更多的信息，进行更具探索性的研究，选用Ensembl版本。对于Ensembl，序列选择pr

生信师姐·2021-10-18 13:21

Bulk RNAseq上游比对1：大致流程与conda环境

BulkRNAseq上游比对1：大致流程与conda环境-(jianshu.com)BulkRNAseq上游比对2：下载数据、质控-(jianshu.com)BulkRNAseq上游比对3：比对mapping-(jianshu.com)image.png要点一、大致流程如上流程图所示，一般包括三大步骤：下载数据--质控--比对1、下载数据主要包括两类数据：一是测序fastq.gz数据，二是参考基因

小贝学生信·2021-09-23 08:37

Bulk RNAseq上游比对2：下载数据、质控

BulkRNAseq上游比对1：大致流程与conda环境-(jianshu.com)BulkRNAseq上游比对2：下载数据、质控-(jianshu.com)BulkRNAseq上游比对3：比对mapping-(jianshu.com)Step1：下载数据1.1下载公共数据框的测序数据示例数据：GSE158623https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.

小贝学生信·2021-09-21 19:50

生信学习——基于R的可视化习题30个（附详细答案解读）

题目目录一、基础绘图1.对RNAseq_expr的每一列绘制boxplot图2.对RNAseq_expr的每一列绘制density图3.对RNAseq_expr的每一列绘制条形图4.对RNAseq_expr

Dzfly..·2021-09-08 17:54

踩雷——如何将list更改为num的数据类型呢？

大家有没有遇到过一种情况，首先读入数据时因为他的分隔符时\t，所以会导致读入数据失败setwd('/lab412C/LSM/蛋白质谱/蛋白质谱-RNAseq/guofan')rm(list=ls())counts100

ShanSly·2021-09-03 20:37

生物数据格式 - SAM/BAM

在RNAseq，变异检测等分析中，都需要首先生成sam文件格式。bam文件是sam格式的二进制格式，转换为二进制之后，可以减小文件的存储。

半夜一更·2021-08-01 14:52

RNASeq分析系列--使用STAR软件进行比对

STAR软件由于其敏感的比对特性，因此在转录组SNPCalling过程中使用较多。1.下载安装对于Ubuntu系统：$sudoapt-getupdate$sudoapt-getinstallg++$sudoapt-getinstallmake对于RedHat,CentOS,Fedora系统：$sudoyumupdate$sudoyuminstallmake$sudoyuminstallgcc-c+

正踪大米饭儿·2021-06-25 20:21

如何合并TCGA表达谱数据

前面通过两期视频如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一)如何从TCGA数据库下载miRNA数据(二)给大家详细介绍了如何从TCGA数据库下载某一个肿瘤的RNAseq数据和miRNA-seq

生信交流平台·2021-06-25 14:53

rMATS寻找可变剪切

可变剪切：软件：地址：http://rnaseq-mats.sourceforge.net/user_guide.htmpythonrmats.py--b1b1.txt--b2b2.txt--gtfgtfFile

苏牧传媒·2021-06-25 13:09

RNAseq数据，下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析

这个推文已经发布在生信技能树公众号：RNAseq数据，下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析文献标题是:OncogeniclncRNAdownregulatescancercellantigenpresentationandintrinsictumorsuppression

泥人吴·2021-06-20 09:33

Hexo + GitHub Homepage 搭建个人博客

报错修改默认的style.css1.实现原理看GitHub某一个页面的URL：https://github.com/Ming-Lian/NGS-analysis/blob/master/Stat-on-RNAseq.md

UnderStorm·2021-06-20 06:55

2019-01-08

这么比起来之前研究的RNAseq真是个弟弟，说白了就是上下调和差异表达。总之好好加油吧。今天王老师还拜托了吴老师送了我葱姜，非常高兴。

T_3a4b·2021-06-19 04:55

RNA-seq: Kallisto+Sleuth(1)

本文我们来简单介绍一下非常快捷好用的一个RNAseq工具——Kallisto。Kallisto被我推荐的原因是其速度非常快，在我的MacPro就可以运行使用，而且其结果也比较准，使用起来还十分简单。

jlyq617·2021-06-12 11:51

公益释放 | 任何人都能分析 RNAseq 原始数据了，只要你用 TBtools ！

写在前面六年前，我着实开发TBtools的主要目的之一，即“减轻科研人员数据分析负担”，而后慢慢变化成现在的“降低甚至拆除部分生物信息学数据分析门槛”。基于这三五年的观察，不少人在每年的二三月份，都会比较焦虑。其实逻辑很简单：本硕博，都有毕业压力青椒，都有基金申请压力在这些压力下，大伙都希望能从数据分析中获取一些灵感，更或者，我们直接一点，拿到一些可以用来讲生物学故事的分析结果，更或者在直接一点，

生信札记·2021-06-10 23:41

sc-RNAseq热图分组、聚类、归一化

1画热图,针对top100的sd的基因集的表达矩阵,没有聚类分组cg=names(tail(sort(apply(dat,1,sd)),100))##取表达量标准差最大的100行的行名pheatmap(dat[cg,],show_colnames=F,show_rownames=F,filename='all_cells_top_100_sd.png')2针对top100的sd的基因集的表达矩阵，

Ginger_58a6·2021-06-10 16:52

TCGA-各类数据下载总结

一路向前_莫问前程_前程似锦·2021-06-10 05:39

【r<-高级|方案】如何在相关矩阵图上添加p-value

这篇文章可以说是怎么分析和展示RNAseq基因表达数据中基因的相关性的延续。上次绘制了下图：可以发现只有两个基因的表达表现出了较强的相关(ETV3-ELK4)。

王诗翔·2021-06-09 08:15

不同定量软件的结果比对

提取了transcript_id一列和count一列,并且增加了序号列,使得每个transcript_id都有唯一的序号与之对应.以rsem定量结果中的Y43.isoforms.results为例cd~/rnaseq

FRMD·2021-05-27 18:28

RNAseq上游流程

1.软件安装1.1需要更改镜像源配置condaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freecondaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forgecondaconfig--add

陈小云的笔记本·2021-05-21 14:22

NetworkAnalyst ——不会R照样发SCI

目前，该工具可对已选择基因的ID、不同数据集基因表达矩阵、RNAseq和RNAseqfastq文件进行可视化分析。

解琪琪·2021-05-13 20:45

TCGA数据下载：R包TCGA2STAT介绍

可下载的数据1、RNASeq，默认是count类型，是指下载rawreadcounts数据。可以改为R

Bioconductor·2021-05-13 03:06

limma、DESeq2、edgeR差异分析及绘制韦恩图

不同的时空以及不同的条件下差异基因分析是RNAseq分析的重要目标。

FRMD·2021-05-10 18:02

文献翻译Identiﬁcation of potential cancer-related pseudogenes in lung adenocarcinoma based on ceRNA h...

在这里，我们将我们的方法应用于来自TCGA的肺腺癌（LUAD）RNASeq数据并鉴定了33个候选假基因。我们描述了候选假

柳叶刀与小鼠标·2021-05-10 11:37

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