SMILES

论语学习（五十七）

Hercoquettish(婀娜多姿的；妖艳的；卖弄风情的)smiles,howdimplingtheyare;herbeautifuleyes,howbeamingtheyarehowfairestisshe
远洋船长·2024-02-20 05:49

Smiles to the death（3）

Oneday,a60-year-oldmanexperiencedchestpainandshortnessofbreathduetoexcessiveactivity.Hiswife,whoismorethan10yearshisjunior,wasalarmedatthesightofherhusbandandrushedtomassagehiminanattempttoincreasehis
KevinZucker·2024-02-12 10:00

Python相对导入和绝对导入

目录结构：在en_de_model_CDDD.py文件有两种导入方式可以导入utils.py，分别是相对导入：from...public_utils.utilsimportcanonicalize_smiles
马鹏森·2024-01-14 21:54

分子结构的子结构查询：SMARTS语言

在化学信息学中，有时候我们要确定化学分子是否包含特定的模式（结子构）之前我们已经提及，fingerprint的SMILES字符串经常用来表示分子。
wufeil·2024-01-12 04:56

rdkit&networkx | smiles与graph与邻接矩阵相互转换

fromrdkitimportrdBase,Chemfromrdkit.ChemimportAllChem,Drawfromrdkit.Chem.DrawimportrdMolDraw2DfromIPython.displayimportSVGfrommatplotlib.colorsimportColorConverterimportnetworkxasnximportargparse
ASKCOS·2023-12-20 04:34

opsin&python | 化学命名与smiles转换

OPSINOPSINisaJavalibraryforIUPACname-to-structureconversionofferinghighrecallandprecisiononorganicchemicalnomenclature.Java8(orhigher)isrequiredforOPSIN2.6.0SupportedoutputsareSMILES,CML(ChemicalMarku
ASKCOS·2023-12-20 04:34

rdkit&python | 修正化合物中原子价态错误

错误smiles价态纠正mol=Chem.MolFromSmiles('C[CH2+]1(C#N)CC1')RDKitERROR:[08:03:09]Explicitvalenceforatom#1C,
ASKCOS·2023-12-20 04:03

rdkit&nlp | smiles数据扩增与smiles标准化

fromrdkitimportChemfromrdkit.Chem.DrawimportIPythonConsolesmi='CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O'mol=Chem.MolFromSmiles(smi)用doRandom产生随机smilesrandom_equivalent_smiles
ASKCOS·2023-12-20 04:02

rdkit&python | 消除smiles中的立体结构信息

fromrdkitimportChemsmi='CCC/C=C/CC'm=Chem.MolFromSmiles(smi)Chem.MolToSmiles(m,isomericSmiles=False)‘CCC=CCCC’smi='CCCC[C@@H](I)C'm=Chem
ASKCOS·2023-12-20 04:32

RDkit | 安装报错及使用

关于RDKit的学习及介绍：RDKit安装基础教程：[GettingStartedwithRDKitinPython]RDkit四：数据处理过程中smiles编码的清洗统一化reticulate-RInterfacetoPython
跳动的喵尾巴·2023-11-14 07:59

RDkit四：数据处理过程中smiles编码的清洗统一化

之前写过一篇博客介绍smiles编码，smart编码及摩根指纹(ECFP)：(1条消息)RDkit：介绍smiles编码，smart编码及摩根指纹(ECFP)_随便叫点什么……的博客-CSDN博客smiles
随便叫点什么……·2023-11-06 21:06

关于rdkit 错误2w08_ligand: warning - O.co2 with non C.2 or S.o2 neighbor.

1问题：读取PDBBindv2019的数据集，尝试把所有配体的mol2文件转换成对应smiles表达式。大约超过1千个出现问题。
Cosmos Tan·2023-10-16 06:21

用于化学和生物信息学的开源 Java 库：The Chemistry Development Kit (CDK)

ChemistryDevelopmentKit(CDK)为分子信息学中的常见任务提供方法，包括化学结构的2D和3D渲染、I/O例程、SMILES解析和生成、环搜索、同构检查、结构图生成等。
六月雨滴·2023-09-21 23:17

Bidirectional Molecule Generation with Recurrent Neural Networks

GisbertSchneiderJournalofChemicalInformationandModeling2020if=4.72简介在最近的一项benchmark研究中表明在分子生成模型中，结构越简单的模型最终效果可能越好，和进化、基于规则和基于序列的方法相比，基于SMILES
酌泠·2023-09-11 09:36

IUPAC和SMILES的相互转换

这种方法只能解决非常简单的转换，更难的SMILES之间应该是无法直接转换，我可能很多人都使用神经网络解决，暂时还没仔细看，后面再仔细看吧...简单的转换：importurllib.errorimporturllib.parseimporturllib.requestSMILES_URL_TEMPLATE
HealthScience·2023-07-26 06:44

NLP“正则匹配分词“什么意思

今天在看NLP代码的时候，有一段代码没有看懂：def_regex_match(self,smiles):tokenized=[]forsmiinsmiles:tokens=self.prog.findall
HealthScience·2023-07-25 19:07

pandas中警告SettingWithCopyWarning

importpandasaspddata=pd.read_csv('data.csv')ind=[1,2,3,4]test_save_tensor=new_seriesdata_normal_smiles
JasmineFeng·2023-07-16 05:38

Ketcher基本使用和用SMILES字符串生成键线式矢量图

Ketcher基本使用和用SMILES字符串生成键线式矢量图Ketcher介绍Ketcher是一个基于Web的开源化学结构编辑器。
down_fly·2023-06-22 07:49

将分子SMILES生成DGLGraph

其实将分子的SMILES转化为图是很简单的，也是很便捷的，主要有以下几步：一、导入相关的包importnumpyasnpimporttorchimportdglfromdglimportDGLGraphfromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportrdMolDescriptorsasrdDesc
wufeil·2023-06-09 12:22

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory:XXXX

情况一：今天在运行readme的时候出现了一个错误“”：File"/mnt/d/Pycharm_workspace/pretrain/SMILES-BERT/fairseq/data/indexed_dataset.py
马鹏森·2023-04-18 09:43

分子的建图（smiles字符串、networkx图、dgl图）

目录头文件smiles字符串转化为networkx中的图networkx图的绘制加节点属性加边属性networkx访问边的属性networkx图转化为dgl图直接根据分子图构建dgl图构建batch加载和保存部分参考头文件
就算过了一载春秋·2023-04-14 09:00

将多个分子的SMILES字符串写入到一个文件中

以下是一个python代码，用于将多个分子的SMILES字符串写入到一个文件中：fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportAllChem#创建分子列表mols=[Chem.MolFromSmiles
LRJ-jonas·2023-04-14 09:53

RDKit|在PostgreSQL中进行分子结构搜索与查询

文章目录一、环境搭建二、数据表准备三、结构搜索与查询1.smiles子结构搜索2.smarts子结构搜索3.立体信息的结构搜索4.带取代基的结构搜索一、环境搭建本文以windows为例进行操作和演示。
最会设计的科研狗·2023-03-09 12:48

smiles构建分子图时出现ModuleNotFoundError: No module named ‘torch_sparse‘等错误

pipinstalltorch-scatter==latest+${CUDA}-fhttps://pytorch-geometric.com/whl/torch-${TORCH}.htmlpipinstalltorch-sparse==latest+${CUDA}-fhttps://pytorch-geometric.com/whl/torch-${TORCH}.htmlpipinstalltor
Sinsinw·2023-02-05 09:48

Chemical Science | Img2Mol+： accurate SMILES recognition from molecular graphical depictions

GitHub-bayer-science-for-a-better-life/Img2Mol一、问题提出Img2Mol能够正确地将高达88%的分子描述转化为他们的SMILES表示。
羊飘·2023-01-29 12:02

Knowledge-based-BERT（二）

多种预训练任务解决NLP处理SMILES的多种弊端，代码：Knowledge-based-BERT，原文：Knowledge-basedBERT:amethodtoextractmolecularfeatureslikecomputationalchemists
_森罗万象·2023-01-29 09:11

Knowledge-based-BERT（三）

多种预训练任务解决NLP处理SMILES的多种弊端，代码：Knowledge-based-BERT，原文：Knowledge-basedBERT:amethodtoextractmolecularfeatureslikecomputationalchemists
_森罗万象·2023-01-29 09:11

SMILES Enumeration

将同一个分子用多个smiles表示，作为应用NLP处理分子的一种数据增强方式，原文：SMILESEnumerationasDataAugmentationforNeuralNetworkModelingofMolecules
_森罗万象·2023-01-23 13:19

bidirectional long short term merory attention network

bidirectionallongshorttermmeroryattentionnetwork(BAN)针对smiles的预测和分类任务，利用了SMILESEnumeration数据增强和基于注意力机制的
_森罗万象·2023-01-23 13:19

图网络与药物研发【数据来源与输入特征】

需要特征工程处理分子图以原子作为节点，化学键作为边构成分子图，通过GNN学习表征向量，能够针对下游任务学习针对性的特征，弥补描述符的不足通过分子图特征学习需要大量训练数据，GNN的层数太大会有过平滑现象，限制了特征提取能力SMILES
_森罗万象·2023-01-23 13:40

Knowledge-based-BERT（一）

多种预训练任务解决NLP处理SMILES的多种弊端，代码：Knowledge-based-BERT，原文：Knowledge-basedBERT:amethodtoextractmolecularfeatureslikecomputationalchemists
_森罗万象·2023-01-23 13:40

Nat. Biotechnol. | 利用深度学习从基因转录数据中预测药物疗效

作者|蒋长志审稿|蒋立坤今天给大家介绍来自北京大学医学部的谢正伟团队发表在NatureBiotechnology上的文章，文章提出了一种基于深度学习的药效预测系统（DLEPS），该系统将药物SMILES
生信宝典·2023-01-22 11:20

End-to-End Attention-based Image Captioning

然而，大多数publishers不包括计算机可读的符号，如InChI,SMILES等，相反，它们包含类似于图1的结构图。二、模型框
羊飘·2022-12-30 14:06

SMILES:一种简化的分子语言

一.什么是SMILESSMILES,全称是SimplifiedMolecularInputLineEntrySystem,是一种用于输入和表示分子反应的线性符号,是一种ASCII编码,下面看一些例子:SMILES
xk6891·2022-12-21 03:30

chemoinformatics | 有机化合物挂能团缩写与smiles对应表

官能团，是决定有机化合物的化学性质的原子或原子团。常见官能团包括羟基、羧基、醚键、醛基、羰基等。有机化学反应主要发生在官能团上，官能团对有机物的性质起决定作用，—X（X为卤原子，对于卤代烃来说，可以认为卤原子是其官能团，但有部分教材认为碳卤键为其官能团）、-OH、-CHO、-COOH、-NO2、-SO3H、-NH2、RCO-，这些官能团就决定了有机物中的卤代烃、醇或酚、醛、羧酸、硝基化合物或亚硝酸
ASKCOS·2022-12-21 03:58

ECFP的实现：deepchem

Featurizer):def__init__(self,radius=2,size=2048,chiral=False,bonds=True,features=False,sparse=False,smiles
褚骏逸·2022-12-21 03:27

SMILES：化学结构的线性表示方法

文章目录规范化规定原子键支链环状结构分离的结构IsomericSMILES同位素规定双键构型四面体中心周围的构型通用手性规定SMILES惯例氢芳香性芳香氮化合物键合规则互变异构体针对反应的扩展语法例如reactionatommaps
JasmineFeng·2022-12-21 02:23

ECFP、FCFP和SMILES的内在原理

指纹是一种非常有用的低分辨率的分子表征，其形式多种多样。在过去几十年中，指纹已被应用于解决各种问题。扩展连通性指纹（ExtendedConnectivityFingerprints，ECFP）是当下最广受使用用于构建化合物定量构效关系（QSAR）模型的分子指纹。ECFP于2000年随着PipelinePilot的发布而首次引入。在RDKit中，ECFP指纹又叫Morgan指纹，其原因为ECFP的核
CA&AI-drugdesign·2022-12-21 02:21

Chemdraw —— SMILES与二维结构之间的互相转换

在ChemDraw画出一个分子的结构图，想得到其SMILES，直接选中后右键→Molecule→copyas这是粘贴板就保存了其SMILES，直接粘贴在想要的位置就好了。
LRJ-jonas·2022-12-19 00:31

SMILES学习笔记

概念：SMILES（SimplifiedMolecularInputLineEntrySystem），简化分子线性输入规范，是一种用ASCII字符串明确描述分子结构的规范。
LiuXin67X·2022-12-17 13:16

AttributeError: ‘NoneType‘ object has no attribute ‘GetAtoms‘

遇到这个问题很简单，只要你打印一下你的smile的mol是否存在即可，利用以下命令将smiles转mol：mol=Chem.MolFromSmiles(smi)SMILES变成它的Mol对象，它只是返回
程序小K·2022-12-14 09:49

论文详解-MolGPT: Molecular Generation Using a Transformer-Decoder Model

文章提出了一个来预测分子生成的SMILES标记序列。该模型利用了掩蔽的自我注意机制，使学习字符串标记之间的长期依赖关系变得更简单。这对于学习满足配价和环闭包的有效字符串的
qiqi985·2022-12-14 09:46

生成的分子图像是否可以识别为SMILES，然后再将识别后的SMILES转换为图像？

1、在线转换网址：DECIMERWebApplication它对应的代码地址为：GitHub-Kohulan/DECIMER_Short_Communication2、https://github.com/Kohulan/DECIMER-Image_Transformer这里我用的是2，按照readme上面的做就可以了3、Img2Mol:inferringmoleculesfrompictures
马鹏森·2022-12-14 08:47

★SMILES数据处理+评价指标所有的代码

首先看一下文件夹目录：一、数据获取（1）、QM9获取地址为：https://github.com/nyu-dl/dl4chem-mgm直接下载这个txt文件就可以了，然后直接把后缀改为csv（2）、ChEMBL获取地址为：https://github.com/BenevolentAI/guacamol或者直接按照如图下的进行下载，然后把每个文件后缀改为csvDownloadYoucandownlo
马鹏森·2022-12-14 08:13

SVR 测试数据的预测值都是一个值 解决方案

对数据进行预测，我们使用了多种方法之后，SVR的效果居然破天荒的比GBDT这类擅长于回归预测的模型还要好，后来就使用训练好的SVR模型对测试数据进行了预测，此时出现了一个意外的状况本来刚开始的时候我认为是SMILES
qq_43031234·2022-12-10 18:04

Bioinformatics2019 | FP2VEC+：基于新分子特征的分子性质预测

SMILES2VEC模型引入了从SMILES表示到embedding向量的直
羊飘·2022-11-25 09:47

【深度学习系统连接分子结构与生物医药文本】

KV-PLM：处理分子结构和医药文本将预训练语言模型BERT作为骨架分子结构→SMILES串→用BPE算法分割为了学习不同语言单元的元知识，我们使用maskedlanguagemodelingtask预训练
VictoryZhou_·2022-11-23 17:00

Drug Discov. Today2022 | Deep learning methods for molecular representation and property prediction

一、分子表征分子表征形式：1D：SMILES、Fingerprints(ECFP)、molecularaccesssystem(MACCS)、mathematicalrepresentationSMILES
羊飘·2022-11-21 18:43

【DeepDTA+分子对接发现SARS-CoV-2药物】

1.数据集datasetKIBA：2111药物，229蛋白，118254对相互作用与DeepDTA相同的数据集2.输入表示由于用Bi-LSTM学习药物的表示，所以用一个结束符endtoken去表示SMILES
VictoryZhou_·2022-11-20 03:31

DGraphDTA训练部分源码解读分析（二）2021SC@SDUSC

2021SC@SDUSC加载亲和力值数据affinity=pickle.load(open(dataset_path+'Y','rb'),encoding='latin1')设置四个list分别存储药物SMILES
芜湖大司码丶·2022-11-19 12:20
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