Samtools

samtools 使用说明

samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。
qq_38790244·2023-09-16 11:41

samtools及bam文件的相关知识

linearalignment)和嵌合比对(chimericalignment)的概念Phredscale1-base和0-base文件bam文件的headerbam文件的主要内容本文主要记录了阅读http://samtools.github.io
卡西莫多的礼物·2023-09-16 11:41

Samtools应用指南-处理Sam与Bam文件

/configure--prefix=全路径/samtools-1.9makemakeinstall1.0之前的版本没有configure步骤下载后直接makeCOMMANDS1.viewview主要是将
hs6605015·2023-09-16 11:11

samtools常见用法示例

samtools是对SAM/BAM等格式进行各种相关操作的软件，功能最丰富。
qq_27390023·2023-09-16 11:11

生信技能23 - Samtools提取BWA比对的mapped reads

bwaindexref.fasta运行成功后会生成5个结果文件：ref.fasta.amb、ref.fasta.ann、ref.fasta.bwt、ref.fasta.pac、ref.fasta.sabwa比对+samtools
辉光君Glow·2023-09-16 11:10

samtools提取bam paired-end reads

解决方案通过指定samtoolsview的-f/-F/-G参数的FLAGS即可愉快的从bam中提取预期的reads-f/-F/-G参数介绍-fFLAG,--require-flagsFLAGOnlyoutputalignmentswithallbitssetinFLAGpresentintheFLAGfield.FLAGcanbespecifiedinhexbybeginningwith`0x'(
qq_21478261·2023-09-16 11:39

2022-10-21 报错记录

bwa+samtools，ERR：couldn'tallocatememoryforbam_memsamtools需要设置合适的-m参数或-@参数，它们的乘积应小于系统内存。
染山·2023-09-13 01:06

将bam文件转化成fastq文件

链接：https://www.metagenomics.wiki/tools/samtools/converting-bam-to-fastq
一只烟酒僧·2023-09-11 11:49

samtools flagstat统计bam文件比对结果

$samtoolsflagstatUsage:samtoolsflagstat[options]--input-fmt-optionOPT[=VAL]SpecifyasingleinputfileformatoptionintheformofOPTIONorOPTION=VALUE-@,--threadsINTNumberofadditionalthreadstouse[0]$samtoolsfl
JeremyL·2023-09-11 04:56

day21ChIP-seq之sam转换为bam

都是用samtools这个工具。
meraner·2023-09-02 17:30

GATK4重测序数据怎么分析？上游分析标准流程

关键词：WGS、GATK4、samtools、vcftools、fastp、picard。什么是WGS重测序？重测序是指在基因组学研究中，通
生信分析笔记·2023-09-01 10:35

samtools sort Failed to open file问题

报错[bam_sort_core]mergingfrom2525filesand1in-memoryblocks...[E::hts_open_format]Failedtoopenfile"2_5_merged.sort.bam.tmp.1020.bam":Toomanyopenfiles原脚本samtoolssort-ow.sort.bamw.merged.bam排查原因：临时文件生成太多导致
SnorkelingFan凡潜·2023-08-26 17:29

2019-08-05 一行代码安装Samtools

背景参照上好多人的方法安装samtools，git啊，安装包啊，一直出各种问题还是没解决。
老_Z·2023-08-13 21:58

2021-09-20libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory

这个报错很早之前就遇到过，当时是用自己安装的miniconda来下载安装samtools（非root用户），安装完成之后运行就这样报错了，但是其他的软件又可以正常运行，比如bwa。
__一蓑烟雨__·2023-08-09 21:40

植物重测序---变异检测（samtools+bcftools篇）

植物基因组重测序除了GATK的方法进行变异检测以外，还有samtools+bcftools去进行变异检测。
LiuYueRR·2023-08-07 00:24

网站服务器配置计算,服务器配置计算公式

HTSlib是SAMtools使用的核心库。HTSlib还提供了bgzip，htsfile和tabix实用程序。
许多的小兵器·2023-08-04 00:16

samtools Bam文件常用操作

sam文件转bam文件-f有某个flag值的序列-F不含有某个flag值得序列-b输出BAM格式samtoolsview-Stest.sam-b>test.bam#比对到负链的readssamtoolsview-f16test.bam#比对到参考基因组的序列，flag值为4代表比对不上samtoolsview-F4test.bambam排序和建索引-@,--threads可以添加线程数samtoo
像鸟一样飞过你的高山·2023-08-03 13:34

2021-09-20解决samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open share...

来源：https://blog.csdn.net/ET_April/article/details/111405941解决samtools:errorwhileloadingsharedlibraries
__一蓑烟雨__·2023-08-02 02:56

64.《Bioinformatics Data Skills》之BAM文件转换，排序与建立索引

一般来说除了查看文件，我们很少用到sam文件，大多数程序设计出来都是直接读取二进制的bam文件而不是sam文件字符串，例如samtools的子命令sort，index，depth，mpilup等为了效率都要求
DataScience·2023-08-01 21:33

2022.11.21【bug笔记】|bam文件报错：Cannot add sequence that already exists in SAMSequenceDictionary

经过samtools处理后得到的bam文件经常用于后续分析，比如RNA-seq分析时，可以统计序列的插入片段也可以做后续定量，WGS流程里比对后生产的bam文件也可以去冗余获取snp位点。
穆易青·2023-07-26 19:42

Samtools 命令详解

samtools命令详解samtools常用命令总结samtoolsview重要参数释义：-b：输出bam格式，用于后续分析-C：输出CRAM文件-1：快速压缩（需要-b）-u：输出未压缩的bam文件，
超级无敌大蜗牛·2023-07-25 16:01

评估组装中的污染

##选取部分组装结果##bwa把原始数据比对到组装结果上,samtools比对排序bwaindex-prefpart.genome.facatsample.list|whilereada;doecho"bwamem-t8
涤生生·2023-07-24 08:50

已解决：samtools和sambamba报错

samtools报错现在samtools的版本已经在1.9以上了，但是conda安装的samtools版本依然是1.7，这是出现问题的根本原因。
小狼小狼_e211·2023-07-22 13:13

samtools软件从bam文件提取目标序列

可以使用samtoolsfastq命令从bam文件中提取特定的fastq序列。使用帮助samtoolsfastqUsage:samtoolsfastq[options...]Options:-0FILEwritereadsdesignatedREAD_OTHERtoFILE-1FILEwritereadsdesignatedREAD1toFILE-2FILEwritereadsdesignated
佳名·2023-07-21 11:22

R语言丨根据VCF文件设计引物，自动识别两样本差异SNP位点，调用samtools获取上下游参考序列

根据变异位点设计引物序列今天碰到一个新问题：假如有一个vcf文件储存了两个样品的变异位点基因型数据，每行代表一个位点，我现在想找出两样本差异的SNP位点，再把差异位点用[REF/ALT]的形式表示，然后将其在参考基因组上下游100bp的序列找出来放在差异位点前后位置，得到一个序列文本，用于设计引物。解决思路如何判断差异SNP？通过循环判断两个样品的基因型信息实现，相同时为same，不同时为diff
生信分析笔记·2023-07-15 02:21

利用samtools将sam格式的文件与bam格式的文件进行相互转换

bowtie2是当今流行的序列比对软件，其输出结果为sam后缀名的文件sam格式是一种通用的比对格式，用来存储reads到参考序列的比对信息SAM是一种序列比对格式标准，由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果而bam格式文件可以理解为时sam格式文件的二进制保存在进行下一步的转录本组装时要用到cuff
邱俊辉·2023-06-07 19:04

2018-12-04 Hisat2 map 结果与 samtools flagstat 结果不一致

如果用Hista2将原始的reads比对到参考基因组上，会产生一个log，这个log会显示你比对的结果，我的结果如下：[will@200serverArb-hisat]$hisat2-t-xE_coli-1SRR1770413_1.fastq.gz-2SRR1770413_2.fastq.gz-SRNA.samTimeloadingforwardindex:00:00:00Timeloadingr
小郑的学习笔记·2023-04-19 05:39

理解sam 与bam 文件

可以很好的对sam文件进行压缩；而cram则是bam的高压缩格式（相比于BAM有着更高的压缩率，能够节省30%-50%的空间），IO效率比原来的BAM要略差（同样慢30%左右），且CRAM和BAM可以通过samtools
Peng_001·2023-04-19 04:50

转录组分析所需软件

Trimmomatic，Hisat2，SAMtools，Stringtie/Htseq，Deseq首先先下个conda，便于下载某些软件：1.先将这个链接中的命令跟着走一遍（安装的时候如果失败/出错，重新试一次就可以了
清珺·2023-04-19 00:54

我用到的Samtools介绍

记录一下我用到的samtools的用法。
小疯子笑·2023-04-18 21:22

打印bam文件比对后的碱基矩阵python脚本

脚本的初衷是想看多序列比对后的序列整齐度；但多序列比对往往是无监督学习，需要耗费大量的内存和时间，所以以下代码实现了：有参比对，然后使用pysam将比对后的bam文件打印成每个位置的对应的碱基文件，类似于多序列比对后的既视感，或者是samtools
九月_1012·2023-04-16 19:14

IGV 自己加载或者导入参考基因组

fasta文件必须是纯文本文件，不能是压缩文件，且应当有一个通过Samtools软件生成的.fai格式的索引文件。如果载入的fasta文件没有索引，IGV会自动尝试对其进行index。
Weizhen_dd13·2023-04-16 00:25

IGV的使用

例如：拼接完成后的bam文件是WT-1.map.bam,使用samtools排序建立索引文件WT-1.map.bam.bai#上述例子实现的代码[email protected]
wo_monic·2023-04-15 11:29

生信流程搭建之snakemake--模块化

input:"mapped/{sample}.bam"output:"mapped/{sample}.sorted.bam"params:"-m4G"threads:8wrapper:"0.2.0/bio/samtools
chengchengSY·2023-04-15 09:00

samtools: 安装

安装samtools1.方法一使用anaconda安装Note:使用anaconda安装的samtools不能使用tview功能2.方法二手动下载安装在https://github.com/samtools
LET149·2023-04-15 08:38

（2021-12-25更新）samtools遇到libcrypto.so.1.0.0缺失的几种解决办法

2021-12-25update:更新了方法4方法1:升级samtools的版本.参考自:https://blog.csdn.net/zhangjunya/article/details/108235796
卖萌哥·2023-04-13 14:05

一个神奇的小软件bioawk

最高的两篇引用上万次的，分别是BWA和SAMtools对应的文章。曾发过的nature，他是
刘小泽·2023-04-12 05:47

bam 可视化：samtools tview 详细解释

bam可视化软件大家可能熟悉的是IGV，然而，IGV对于大多数linux用户来说并不友好，而samtoolstview可以很好满足该需求。话不多说直接上命令行：samtoolstview-pchr1:3128088NA12878.bamhg38.fasta-p指定染色体的位置，tview从指定的位置开始显示NA12878.bam比对结果bam文件,需要构建索引（NA12878.bam.bai）hg
心如止水-WTF·2023-04-11 21:07

生信人应该这样安装软件

/samtools-1.10/examples/ex1.sam.gz./samtools-1.10/test/mpileup/expected/1.out.f3-6.gz.
简boo·2023-04-10 11:21

rna-seq定量分析流程

从read比对结果中获取定量数据现在我手头已经有公司质控过后的rawdata，并且也已经通过hisat2和samtools拿到了bam文件，想进一步进行定量分析，首先需要对基因（转录本）的表达进行定量，
无人写诗的日落·2023-04-08 09:26

DESeq2做差异表达分析

DESeq2")directory1,]#PCA#rldlog2(1.5)&resOrdered$padj<0.01,]head(resOrdered)write.csv(resOrdered,"hisat2_samtools_htseq_DESeq2
njmujjc·2023-04-05 17:52

linux学习100篇118:samtools源代码安装

test)root15:14:31~$cdbiosoft/(test)root15:14:37~/biosoft$cdsamtools-1.12(test)root15:14:42~/biosoft/samtools
Seurat_·2023-04-01 18:21

计算bam文件中比对上基因组的reads以及合并多个bam文件

参考文章：1.如何统计BAM文件中的reads数2.Samtools常用命令的总结当你有很多个bam文件时，想知道这些bam文件里有多少个比对上的reads，并且把它们输出的时候，应该怎么做？
生信start_site·2023-04-01 08:41

RNA-seq实战分析流程

，数据格式转换过程概述如下：sra↓FASTQ↓bam↓counts③质控处理的相关软件：•fastqc•cutadapt•TrimGalore二、比对①目的：•将打断测序的reads比回参考基因组•samtools
ShanSly·2023-03-29 04:58

学习笔记-2-samtools的安装和使用

1.安装samtools环境sudoaptinstallsamtoolssamtoolssamtoolsview(安装完成）2.SAM格式转为BAM格式为参考基因组建立索引，生成了prefix.fai文件
福悦子·2023-03-29 02:41

samtools markdup 的正确使用方式文档

NAMEsamtoolsmarkdup–markduplicatealignmentsinacoordinatesortedfileSYNOPSISsamtoolsmarkdup[-llength][-r][-s][-T][-S][-ffile][-ddistance][-c][-t][-m][--mode][--include-fails][--no-PG][-u][--no-multi-dup
陈光辉_花生所·2023-03-26 08:04

PePr识别组蛋白修饰ChIP-seq差异峰+bed文件注释

apeak-callinganddifferentialanalysistoolforreplicatedChIP-Seqdata提前安装的软件和文件:sratoolkit;fastq;bowtie2;samtools
Apache_lin·2023-03-24 11:12

samtools flagstat 统计结果的理解

比对结束后，需要了解比对结果的情况，可以采用samtoolsflagstat进行统计samtoolsflagstat统计bam文件比对后每一个参数的解释如下：14608455+0intotal(QC-passedreads+QC-failedreads)##reads总数37967+0secondary##出现比对到参考基因组多个位置的reads数0+0supplementary##可能存在嵌合的
静小沐·2023-03-20 07:17

samtools merge命令

samtoolsmerge命令的功能描述：当有多个样本的bam文件时，可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。
陈光辉_花生所·2023-03-18 20:58

使用blast+samtools view+featurecounts对qpcr的靶序列在高通量结果中定量

背景我们在进行高通量测序后，会对筛选得到的差异基因进行qpcr验证。而在很多器官中，因为基因的特异性表达，有些外显子存在组织特异性。这就会导致qpcr的结果可能与高通量得到的结论不同。为了将qpcr与高通量的结果更好地结合，我们可以考虑将高通量结果中qpcr靶向的序列进行定量，这样可以更好地与qpcr的结果交互验证。思路1、使用blast确定primer比对到的序列，并获得靶序列在基因组/转录组上
一只烟酒僧·2023-03-17 20:28
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