Samtools

samtools的功能大全：查看bam文件外还能做什么

必须学习这篇英文：http://www.htslib.org/doc/samtools.html【继续更新ing】samtoolsview-h查看bam文件，包含头文件，去掉-h，不包含samtoolsview-hs.bam
Amy_Cui·2019-10-09 17:24

vcf和bed的位置信息区别

samtools则是从1开始计数根据位置信息
raisok·2019-09-04 14:00

提取参考基因组序列

其中一个就是samtools。samtoolsfaidxref.fachr11:111-1111其中ref.fa为参考序列。
gtt儿_生物信息学习·2019-08-04 12:45

SNV分析软件/工具（持续更新中...）

Areviewofsomaticsinglenucleotidevariantcallingalgorithmsfornext-generationsequencingdata网址：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037017300946#bb0120GATK、samtools
晓佥·2019-06-05 13:36

samtools安装

samtools安装1、找到samtools的地址samtools链接，查看当前版本。
天涯清水·2019-05-16 22:15

针对conda环境中，trinity调用align_and_estimate_abundance.pl脚本时samtools报错！

首先时报错的内容：(base)[root@localhostsamtools]#samtoolssamtools:errorwhileloadingsharedlibraries:libcrypto.so.1.0.0:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileordirectory可以按如下命令解决condainstall-cbiocondasamtoolsopen
多啦A梦的时光机_648d·2019-05-06 18:35

2019-04-28samtools

samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。
YX_Andrew·2019-04-28 19:22

Gene mutation analysis of cancer and targeted drug recommendation system

前期准备工作首先是搭建somaticSNP+indelcallingpipeline使用Trimmomatic进行reads过滤，BWA进行reads比对，Samtools进行b
a7c1cfdfca13·2019-04-18 15:18

收集 | 序列提取工具

1.BED格式相关的提取bedtools最知名的bed文件相关工具，但是和samtools并非出自一家http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/index.html
溪溪溪溪溪川·2019-04-09 10:01

生信小白——初学 samtools

使用conda下载samtools工具，过程参考《生信小白——初学bowtie2》。samtobam进入之前获得的read目录下，其中有待转化的sam文件。
阿阿阿阿阿藜·2019-04-01 19:36

常见生信操作

安装samtools:condainstallsamtools#srand:随机数发生器。
爱笑的小牙·2019-03-11 16:20

软件版本过低，更换软件源相关问题

当我在进行生物信息学分析的时候，需要使用samtools这个软件的附带软件bcftools来进行文件格式的转换，首先我通过sudoaptinstallsamtools安装了samtools这个软件，但是当我使用
BioLearner·2019-02-13 09:56

一个神奇的小软件bioawk

最高的两篇引用上万次的，分别是BWA和SAMtools对应的文章。曾发过的nature，他是
刘小泽·2018-12-10 16:06

SNP位点寻找流程——傻瓜版

在我所用的服务器里，samtools，bwa，gatk都是预先构建好了全局变量。直接引用。如若没有设置好全局变量，请自行../../操作至软件目录下调用程序
対MS特技兵·2018-12-07 11:41

samtools-faidx用法

faidx：samtoolsfaidxxxx.fa能够对fasta序列建立一个后缀为.fai的文件该命令对输入的fasta序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一行外，其他行的长度必须相同,>oneATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT>twoanotherchromosomeATGCATGCATGCAT
苏牧传媒·2018-10-24 11:15

10.18 bcftools下载使用 samtools语句

https://github.com/samtools/bcftools/releases安装看readme共享目录出错，这个时候就要在/etc/ld.so.conf中加入xxx.so所在的目录。
KK_f2d5·2018-10-18 17:15

使用Python处理BAM的方法

在上一篇的文章里我详细介绍了BAM（SAM/CRAM）的格式和一些需要注意的细节，还说了该如何使用samtools在命令行中对其进行操作。
黄树嘉·2018-09-28 09:02

常见格式——VCF

完整的格式规范可以在Samtools/Hts-specs存储库中找到，以及其他有用的规范，如SAM/BAM。关于其说明，详
oddxix·2018-09-27 15:01

切割fasta的几种方法

1.samtools:samtoolsfaidxmm10.fachr1>chr1.fa2.awk:awk'/^>/{gsub(">","",$1)FILE=$1".fa"print">"$1>>FILEnext
苏牧传媒·2018-08-17 19:53

摘要

本论文主要研究内容是将传统的全基因组测序与Hadoop框架结合的大数据测序平台研发，通过Hadoop中的HDFS分布式存储系统来提供高可靠的存储服务，结合基因测序的一系列软件工具（如：BWA、Samtools
gamedevv·2018-07-28 11:00

使用Pysam操作BAM文件

Pysam操作BAM文件Pysam包是一个处理基因组数据的python模块，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3和bcftools-1.3的核心功能，能在编程时非常灵活的处理bam和bcf
Sakurag1·2018-07-27 16:09

samtools常用命令及参数解读

samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令。
tianzhanlan·2018-05-29 21:35

转录组学习七（差异基因分析）

转录组学习一（软件安装）转录组学习二（数据下载）转录组学习三（数据质控）转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化
Dawn_天鹏·2018-03-29 20:47

转录组学习六（reads计数与标准化）

转录组学习一（软件安装）转录组学习二（数据下载）转录组学习三（数据质控）转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化
Dawn_天鹏·2018-03-29 20:05

转录组学习五（reads比对）

转录组学习一（软件安装）转录组学习二（数据下载）转录组学习三（数据质控）转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化
Dawn_天鹏·2018-03-29 20:16

转录组学习二（数据下载）

转录组学习一（软件安装）转录组学习二（数据下载）转录组学习三（数据质控）转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化
Dawn_天鹏·2018-02-27 21:18

转录组学习一（软件安装）

转录组学习一（软件安装）转录组学习二（数据下载）转录组学习三（数据质控）转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化
Dawn_天鹏·2018-01-17 14:33

C++使用htslib库读入和写出bam文件的实例

htslib可以用来处理SAM,BAM,CRAM和VCF文件，是samtools、bcftools的核心库。
ywliao·2017-11-16 08:28

个人基因组比对及其变异分析

b.进行比对）类似的建立索引的软件有bowtie，hisathttp://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/2.samtools（主要用途a.排序b.合并c.
Timothy飞·2017-10-29 21:51

htseq-count的使用

＊教程基于0.6.1p2版本基本用法（软件安装方法省略）：htseq-count[options]输入：:比对到基因组后得到的SAM文件（SAMtools包含一些perl脚本可以将大多数的比对文件转换成
高锦-生信·2017-10-17 10:20

生物基因数据文件——vcf格式详解

在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是VCF格式，和GATK的CVF格式有点差别。
高锦-生信·2017-09-29 16:32

转录组入门（5）： 序列比对

接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图
徐洲更hoptop·2017-07-19 12:03

学习——pindel,delly,GATK安装

（一）pindel安装1)安装htslib:gitclonehttps://github.com/samtools/htslibhttps://github.com/genome/pindel主要参考github
union0402·2017-06-04 20:09

SAM数据格式学习3之官方文档

SAM数据格式学习3之官方文档http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf其他详细格式：https://github.com/samtools/hts-specs
bob601450868·2016-04-29 22:00

SAMtools的常用指令

1.Samtools的help：hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/data_HDFS/adam$samtools--help Program:samtools
bob601450868·2016-03-09 22:00

Samtools说明文档网址变更

很多地方都有这个连接：samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml但是连不上了，所以现在的地址为：http://www.htslib.org
bob601450868·2016-03-09 15:00

htslib和Samtool安装步骤

htslib和Samtool安装步骤（一）htslib安装：参考【1】1.下载：gitclonehttps://github.com/samtools/htslib.git 2.安装指令：autoconf
bob601450868·2016-03-09 14:00

perl 面向对象编程

今天看到一个perl面向对象编程的例子，充分体现了如何对数据进行封装；自己模仿写一个读取配置文件的例子,配置文件的内容如下samtools_binary=/usr/bin/samtools 用=分隔，
庐州月光·2016-01-20 16:00

tophat安装

1     依赖软件：bowtie，bowtie2，samtools，boost c++ library 2     建立索引文件：    
·2015-10-23 08:55

install tabix/bgzip

Block compression/decompression utilitytabix – Generic indexer for TAB-delimited genome position files SAMtools
·2015-06-14 10:00

samtools常用命令详解

samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。
·2015-03-05 19:00

linux下bwa和samtools的安装与使用

bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作：1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http
·2015-03-05 19:00

ubuntu igvtools bowtie2 samtools

buildfatoindex$alignitresultingasamfileIndexingareferencegenome$BT2_HOME/bowtie2-build$BT2_HOME/example/reference/lambda_virus.falambda_virusthecurrentdirectorywillcontainfournewfilesthatallstartwithl
Waste_Land·2015-01-17 13:19

VCF (Variant Call Format) version 4.1

Pleasenotethespecificationisnowbeingmaintainedingithubat https://github.com/samtools/hts-specs0.ExampleVCF
lj695242104·2014-07-02 19:00

About RepeatExplorer

Galaxy的这个东东真是恶心： galaxy.tools.depsDEBUG2013-12-0514:33:01,693Buildingdependencyshellcommandfordependency'samtools
_lhtk_·2014-04-24 11:00

samtools得到mapping中各个位置覆盖度情况程序，samtools tview的使用

usestrict; usewarnings; system'samtoolstview/home/blackstar/lastz/GRC/Yeast/share/02.assembly/00.novoalign/yeast_set1/H1_1/H1_1_Clean.S288C.novo.pe.dedup.bam/home/blackstar/lastz/GRC/Yeast/share/ref
gaorongchao1990626·2013-03-30 16:00

samtools学习及使用范例,以及官方文档详解

本文章主要参考“菜鸟”的新浪博客，自己只是把自己操作的过程记录下来，供大家参考。#第一步：把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtoolsview-bSmap.sam>map.bam"; #第二步：sort一下BAM文件,得到map.sorted.bam system"samtoolssortmap.bammap.sorted"; #第三步：创建一个关于ba
gaorongchao1990626·2012-12-04 11:00
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