Samtools

2018-02-07 记录一次变异检测实战过程

1原始材料准备双端测序材料：R1.fqR2.fq参考基因组：MH63.fa基因组注释文件:gffgftgff32软件准备fastqc:质量检测Trimmomatic：质控BWA：比对软件samtools
小郑的学习笔记·2021-05-13 22:04

染色体不同区域基因表达水平可视化（bwa, samtools, bedtools, TBtools ）

1.bwaindexref.fa;eg:$bwaindexGenome.fas;2.bwamemref.faread1.fqread2.fq>aln-pe.sam2>1.log;eg:$nohupbwamemGenome.fas>Root_1.sam2>Root1.log&3.samtoolsview-bSabc.sam>abc.bam;eg:$ll|grepsam|awk'{print"nohu
小飞虎·2021-05-06 13:27

BSA分析：GATK4的使用(包括bwa)

1.GATK的安装、使用别人的教程腾讯云的教程GATK4数据预处理变异检测(BWA+SAMtools+picard+GATK)bwa+samtools+picardtools+GATKcallSNP流程因我们服务器渣渣的网络问题
wo_monic·2021-05-04 09:43

VCF文件格式说明

在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是CVF格式，和GATK的CVF格式有点差别。
枫狂灬呆子·2021-05-03 14:04

基因组数据可视化(BWA, Minimap2, samtools and IGV)

一.简介在基因组数据分析过程中，我们可以将fastq，fasta，ONT等不同格式的数据mapping到参考基因组上，然后通过IGV进行可视化，结合GFF3文件手工对感兴趣的区段进行校正，mapping，工具很多，这里主要介绍李恒开发的BWA和Minimap2。二.软件安装首先在服务器安装miniconda后，建python2.7的环境，修改~/.bashrc文件方便进入[abc@ServerBw
小飞虎·2021-04-30 09:46

Install SAMtools on Ubuntu

Samtoolsisasuiteofprogramsforinteractingwithhigh-throughputsequencingdata,youcaninstallitonubuntuusethoeseeasycommands:#samtoolslastestversion1.3.1wgethttp://116.77.75.202:81/1Q2W3E4R5T6Y7U8I9O0P1Z2X3
6有才·2021-04-26 22:21

WES(全外显子)分析(上)

1.分析前工作准备1.1创建环境：condacreate-nwespython=2condainfo--envssourceactivatewes1.2需要软件：ascp,samtools,vcftools
dandanwu90·2021-04-19 22:00

2019-11-18 VCF格式解析

www.jianshu.com/writer#/notebooks/38505831/notes/56543457VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文件，下面所记录的是以GATK软件结果的VCF文件，与SAMtools
_客舍青青_·2021-04-18 21:41

conda报错解决之python模块版本

可以用samtools工具实现sam和bam文件之间的转化。peaks注释：就是想看看该peaks在基因组的哪一个区段，看看它们在各种基因组区域(基因上下游，5,3端UTR，启动子，内含子，外显子，基
星语star·2021-04-15 05:13

VCF文件格式

VCF文件全称为VariantCallFormat，表示基因组的变异信息，通常为GATK和Samtools软件处理所得到。
一直想要成为大牛的科研狗·2021-04-12 19:10

【已解决】samtools报错error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0

samtools用conda刚安好是可用的，但是装了其他一些软件后就有可能报错samtools:errorwhileloadingsharedlibraries:libcrypto.so.1.0.0:cannotopensharedobjectfile
AtlasBio·2021-03-29 10:24

Conda 安装软件万能链接

网址：https://anaconda.org/bioconda/repo以samtools为例的具体流程：1、搜索想要安装的软件：在搜索框内输入samtools2、点击符合的版本：3、复制安装命令：4
想要学好生信的小白·2021-03-19 15:30

2018-07-08 linux kill 命令

需要才用到在top命令的时候，我发现有一个samtools一直在工作，还在吃我的内存，但是我不记得我使用过这个命令，所以我决定吧这个进程kill掉top其实也不是很复杂，top的时候就能看到这个pid是
小郑的学习笔记·2021-03-11 12:02

bam2fq

dosamtoolsbam2fq/ifs/scratch/L001_C{i}.fastqdoneReference:https://sites.google.com/site/wiki4metagenomics/tools/samtools
为了梦走一遭·2021-02-18 02:32

基因组重测序分析干货

分析软件bwa、samtools、bcftools、annovar通过condainstall安装。
纤蹄马·2021-01-25 11:12

从bam/sam 生成可视化 IGV .tdf 文件；Generating .tdf from bam/sam for IGV

prerequisite:samtools,igvtools.igv
compbiofarmer·2020-12-24 14:47

RNAseq转录组分析流程：fastp+hisat2+samtools+featureCounts+DESeq2

使用工具fastp(质控),hisat2(比对),samtools(sam文件转bam文件),featureCounts(count计数),DESeq2(差异分析)环境配置使用conda配置环境,安装fastp
WuYankang·2020-10-29 19:00

pip安装pysam出错

在windows中安装这个模块基本上都是报错的，因为这个工具里面用到的模块samtools可能是在linux系统中才行。
白菜代码小推车·2020-10-27 22:33

修改 bam 文件中染色体名

通过samtools和shell实现（注：samtoolsre
Billymeme·2020-10-09 14:37

samtools直接查看bam文件

samtools由中国学者开发，专门用于sam/bam格式文件的各种操作。
hs6605015·2020-09-23 20:16

将cram/bam文件转换为fastq文件

cramtools，发现早已没有维护，报错如下：$java-jarcramtools-3.0.jarError:Invalidorcorruptjarfilecramtools-3.0.jar所以就直接用samtools
Q.1·2020-09-16 17:38

Ubuntu 16.04 安装SAMtools

SAMtools是一个生物信息方面常用的工具合集。
cuicanlianyue·2020-09-16 14:31

Spark安装常见问题（Linux）

cufflinks的安装安装SAMtools时，make出现问题寻找jdk安装路径$JAVA_HOME/bin/java-version与java-version显示版本不同问题描述：Ubuntu默认为
CCCchenMing·2020-09-15 13:40

samtools 的使用

1，对fasta文件建立indexsamtoolsfaidxref.fasta注意，如果你执行命令的地方和参考序列不在同一个目录，参考序列用全路径过相对路径，最后的index结果和参考序列在同一个目录里面，而不是执行命令的目录在fasta文件中，对于某一个序列，除了最后一行，其他行所含碱基数应该一样。不同序列每行所含base数可以不一样。但是对于同一个序列，必须遵循上面的规则。否则会报错2,将sa
zhu_si_tao·2020-09-14 09:31

samtools常用命令详解

samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。
weixin_33883178·2020-09-14 09:39

samtools软件作用

samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令。
weixin_30457465·2020-09-14 09:02

samtools使用大全

samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是短序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等产生的，具体格式可以在消息框输入“SAM”查看）的工具合集，包含有许多命令
宁生信·2020-09-14 09:36

samtools学习及使用范例,以及官方文档详解

本文章主要参考“菜鸟”的新浪博客，自己只是把自己操作的过程记录下来，供大家参考。#第一步：把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件system"samtoolsview-bSmap.sam>map.bam";#第二步：sort一下BAM文件,得到map.sorted.bamsystem"samtoolssortmap.bammap.sorted";#第三步：创建一个关于bam的索引
gaorongchao1990626·2020-09-14 08:14

samtools命令大全

samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是序列比对工具如bwa，bowtie2，hisat2，tophat2等等产生的）的工具合集，包含有许多命令，以下是常用命令的介绍。
chen_amiao·2020-09-14 08:04

samtools命令使用

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍。
Timothy飞·2020-09-14 08:45

linux027 conda安装samtools报错解决办法

但是近期我在使用conda安装samtools的过程中，遇到了各种各样的报错，如下errorwhileloadingsharedlibraries:libcrypto.so.1.1:cannotopensharedobjectfile
caoqiansheng·2020-09-13 21:04

Samtools使用大全

一、简介Samtools是一个用于操作sam和bam格式文件的应用程序集合，具有众多的功能。它从SAM（序列比对/映射）格式导入和导出，进行排序，合并和索引，并允许快速检索任何区域中的读数。
Davey1220·2020-09-13 21:55

tabix 操作VCF文件

安装https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/##安装wgethttps://sourceforge.net/projects/samtools
斩毛毛·2020-09-12 21:32

(HISAT2+Samtools+IGV)

以小编自己最近在做的HBVmapping为例，前期的环境部署及软件安装找时间再细说，直接进入主题，如下：前期准备：Linux以及Windows操作系统，HISAT2、Samtools以及IGV等软件的安装
拾柒Zzz·2020-09-04 11:26

GATK4.0和GATK3.5 Call SNV的差异

1.一个外显子测序样本数据的结果比较用bwa和samtools做常规处理，再分别用GATK4.0和GATK3.5的HC去CallSNV，均使用默认参数。
晓佥·2020-08-25 09:17

CASH软件分析差异性可变剪接

test-control.bam接下来记录操作过程：1、我的bam文件没有经过排序sort和建立索引index，所以我需要进行sort和建立index（sort和index原理以及文件格式变化，还没具体了解）2、使用samtools
代江山·2020-08-24 22:06

bcftools进行SNP calling

在之前的版本中，通常都是和samtools的mpileup命令结合使用,命令如下samtoolsmpileup-ufref.faaln.bam|bcftoolsview-bvcg->var.raw.bcf
生信修炼手册·2020-08-22 22:32

推荐一个SAM文件中flag含义解释工具--转载

samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址：http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思。
weixin_33971205·2020-08-22 11:40

安装samtools心酸之路

安装samtools心酸之路1，github中下载githubsamtolls安装说明gitclonehttps://github.com/samtools/samtools.gitcdsamtoolsautoheaderautoconf-Wno-syntax
育种数据分析之放飞自我·2020-08-19 22:39

Samtools安装与使用

Samtools是一个用来处理SAM/BAM（SAM的二进制格式，用于压缩空间）格式的比对文件的工具，它能够输入和输出SAM（sequencealignment/map：序列比对）格式的文件，对其进行排序
wangchuang2017·2020-08-19 20:12

samtools用法

1.Viewsamtoolsview-bSabc.sam>abc.bamsamtoolsview-b-q20abc.bam>abc.q20.bam-bbam输出bam-Ssam输入sam-@线程-q20筛选mappingquality>20-F数字筛选：ExplainSAMFlagsdonotshowreadswithflagscontaininganyofthesevaluessamtoools
苏牧传媒·2020-08-19 18:28

生信（11）htslib处理bam或sam文件的简单示例

（本文写于2020年初，随着将来htslib和samtools库的更新，本文部分内容可能会不适用，请读者注意官网的更新动态。）我们通常会使用samtools软件来处理bam/sam文件。
生信了（公众号同名）·2020-08-18 10:15

编译安装samtools

编译安装samtools相关文件下载编译samtools添加环境变量其他相关文件下载samtoolshtslib(如果samtools文件夹有，则不需要)编译samtools.
也许云知道·2020-08-13 16:18

bcftools常用命令详解

http://samtools.github.io/bcftools/bcftools.htmlhttps://www.biostars.org/p/95013/下载wgethttps://github.com
生信师姐·2020-08-11 21:09

宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5基于Kmer比较数据集sourmash5基于Kmer比较数据集sourma
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

转录组分析

UCSCRefSeqCDS.fasta和参考蛋白质hg19.UCSCRefSeqproteins.fasta，下载很hg38参考基因组，通过tophat2和cufflinks对Hela细胞进行转录组分析，得到BAM和BED文件，使用samtools
┡狼儿本色～々·2020-08-08 00:46

Minimap2比对随笔

Minimap2是李恒大牛在2018年开发的针对于三代测序数据进行比对的工具，minimap2的优势是速度快，而且听说比对的结果也比较不错，不知道甩samtools几条街；缺点呢，就是耗费内存。
只看不写_nathan·2020-08-06 16:52

群体变异数据vcf文件过滤概念及使用方法

0.01DP深度，reads支持数这个要根据具体测序的情况最好过滤到4，7，10以上，然后对于深度高于平均深度3-5倍的，尽量也进行过滤，因为大概率是重复区域的情况GQ基因型质量值一般gatk过滤30，samtools
点滴生信·2020-08-02 14:10

CentOS安装samtools

sudoyuminstallbzip2-develsudoyuminstallncurses-libssudoyuminstallncurses-devel然后在samtool同级目录下安装tslibhttp://www.htslib.org/download/centos编译时报错：lzma.h:Nosuchfileordirectoryyuminstall-yxz-devel解压tar-jxf
可有瑞奥色提·2020-08-01 04:22

bwa samtools bowtie2大杂烩

比对，先要建indexbwaindex/path/to/ref.seq.fa一般bwa比对完后需要用samtools转换成bam或者排序什么的，都需要用samtools首先对ref进行建indexsamtoolsfaidxref.seq.fa
巴拉巴拉11·2020-07-31 16:18
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