Samtools

4、RNAseq(4)--Hisat2进行序列比对及Samtools格式转化

概况：使用处理后的fastq文件和基因组与转录组比对，确定在转录组或者基因组中的关系。在转录组和基因组的比对采取的方案不同。分别是ungappedalignmenttotranscriptome和Gappedaligenmenttogenome。软件：hisat2和STAR在比对上都有比较好的表现。有文献显示，hisat2在纳伪较少但是弃真较多，但是速度比较快。STAR就比对而言综合质量比较好，在
莫讠·2020-03-27 17:44

利用python中的pysam模块做一些简单的数据统计（BAM文件）

它打包了htslib-1.3、samtools-
糕糕python·2020-03-24 13:01

安装新版本samtools和bcftools(1.3.1版本)

官方网站和github上的INSTALL/README有问题，要按照下面的方法安装gitclone--branch=developgit://github.com/samtools/htslib.gitgitclone
leoatchina·2020-03-24 10:28

indrop数据分析

indrops第一步先将软件下载下来，采用gitclonehttps://github.com/indrops/indrops.git根据说明先装requires，python，RSEM，bowtie，samtools
巴拉巴拉11·2020-03-17 12:45

VCF文件格式解析

VCF文件全称为VariantCallFormat，表示基因组的变异信息，通常为GATK和Samtools软件处理所得到。
井底蛙蛙呱呱呱·2020-03-15 06:00

bam/sam 数据格式（2018-05-29）

samtools由中国学者开发，专门用于sam/bam格
简单点lili·2020-03-15 04:14

转录组入门（5）：序列比对

接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图几个基因看看！顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。来源于生信技能树：ht
lxmic·2020-03-04 02:33

conda安装软件（2018-05-28）

主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找2seqtk:序列处理工具3SOAPdenovo2:基因组组装工具4samtools：格式文件操作软件（二代测序测序分析必备）5bedtools:Bedtools
简单点lili·2020-02-29 17:44

群体遗传学专题二之GATK实战

EV19-0_HQ_clean_R2.fqreference：IRGSP_v4.fasta我在运行GATK的时候并没有每一步都用GATK的工具，还涉及到另外几个软件，名称和版本如下：bwa-0.7.17samtools
Jessica_7·2020-02-29 06:39

sam和bam文件处理

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。
hygine·2020-02-28 19:06

hisat2的使用, samtools

一、获得fastq文件参考：bam文件转换fastqPS:我获得的公司汇报的数据是.bam格式的,所以需要将bam文件转换fastq我的bam文件在/home/lchen/circ/;讲bam转换为fastqc,用bedtools我的fastq文件将存放在/home/lchen/hisat2/rna_seq/**语法**bamToFastq-iunmapped.bam-fqunmapped.fas
vicLeo·2020-02-28 08:23

Samtools 常用命令的总结

1.flags10x1这序列是PE双端测序20x2这序列和参考序列完全匹配，没有错配和缺失40x4这序列没有mapping到参考序列上80x8这序列的mate序列没有mapping到参考序列上160x10这序列比对到参考序列的负链上320x20这序列的mate序列比对到参考序列的负链上640x40这序列是read11280x80这序列是read22560x100这序列不是主要的比对，因为序列可能比
陈光辉_山东花生·2020-02-25 11:01

如何使用Python操作BAM

在上一篇的文章里我详细介绍了BAM（SAM/CRAM）的格式和一些需要注意的细节，还说了该如何使用samtools在命令行中对其进行操作。
黄树嘉·2020-02-22 00:18

HPC上运行Tmap出现的BUG

系统环境：Linux集群，输入输出在网络磁盘(浪潮1PB，raid6)，centos6.5，PBS，tmap和samtools节点配置：CPU：Intel(R)Xeon(R)[email protected]
路悠悠·2020-02-21 14:20

转录组入门(5)： 序列比对

接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图几个基因看看！顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。生信技能树参考基因组及注释
宇天_ngs·2020-02-21 09:24

libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory

这个报错很早之前就遇到过，当时是用自己安装的miniconda来下载安装samtools（非root用户），安装完成之后运行就这样报错了，但是其他的软件又可以正常运行，比如bwa。
TOP生物信息·2020-02-20 15:44

转录组入门五（mac 版）：序列比对

接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图几个基因看看！顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。下载indexaxelft
thinkando·2020-02-16 12:53

2019-10-10-生信人的linux考试后10题-解题记录

11.安装samtools软件生信软件安装：参考https://www.jianshu.com/p/a2a7510908cf登录服务器[email protected]安装Miniconda3mkdir-p
程良平·2020-02-16 09:38

samtools的安装和使用

---------------Nickier2018-12-21---------------samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。
Nickier·2020-02-14 14:49

转录组入门（1）：计算机及软件安装

需要安装的软件包括sratoolkit,fastqc,hisats,samtools,htseq-count,R,Rstudio来源于生信技能树：http://www.biotrainee.com/forum.php
lxmic·2020-02-14 12:43

samtools安装（已更新）

安装samtools时，第一次提示没有htslib-1.4/htslib/bgzf.h:35:18:fatalerror:zlib.h:Nosuchfileordirectory#include下载了zlib
砖头机的灵感·2020-02-13 10:32

处理SAM、BAM你需要Samtools

关于SAMSam:IWantYou!IWantYousam是短序列比对默认的标准格式，由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，另外也可以表示其他的多重比对结果。一般把测序reads比对到参考基因组以后，通常得到的就是sam文件，全称是sequencealignment/mapformat，BAM就是SAM的二进制文件(B即：Binar
刘小泽·2020-02-11 13:20

使用LUMPY检测结构变异

软件在编译的时候会先安装HTSLIB，根据Makefile,需要预先安装好curl和zlib.此外还推荐安装Python的Pysam和Numpy，Samtools(0.1.18+)，SAMBLASTER
徐洲更hoptop·2020-02-11 02:09

处理conda安装工具的动态库问题——解决记录

问题记录在conda的某工作环境下使用rmats2rmats2sashimiplot作图的时候，发现有一个报错：无法找到libcrypto.so.1.0.0，我查看了游一下samtools的依赖$ldd
面面的徐爷·2020-02-09 05:35

htsjdk的使用

写在前面直接从htsjdk中掌握其使用，以掌握在没有教程的情况下，从api接口文档直接掌握依赖库的使用官网API地址:https://samtools.github.io/htsjdk/javadoc/
生信札记·2020-02-07 19:20

快捷操作bed,sam,vcf,gff,fastx的工具bioawk

虽然现在操作几种常用格式的专用工具都有了，比如bedtools、samtools、vcftools、bcftools等，但bioawk的优势就是方便快捷。    
生信杂谈·2020-02-07 16:02

如何从BAM文件中提取fastq

最开始我认为这是一个非常简单的操作，因为samtools其实已经提供了相应的工具samtoolsfastq.以biostarhandbook的Ebola病毒数据为例，首先获取比对得到的BAM文件。
徐洲更hoptop·2020-02-06 14:41

WGS实战分析（四）----Shutdown in progress

接着上一篇讲，已经完成了samtools的sort操作，得到了sorted.bam文件。接下来可以用picardMarkDuplicates进行标记并且可以去除这些duplication。
liu_ll·2020-01-07 20:25

samtools addreplacerg 报错 The supplied RG line lacks an ID tag

这是一个bug你得保证-r后面ID作为primarykey不在最后一项出现，但如果在-r后批量写RGtext，比如samtoolsaddreplacerg-rID:xxxSM:xxx-oxxxx.bamxxxxxxx.bam依然报这个错。所以你得这样写：samtoolsaddreplacerg-rID:xxx-rSM:xxx-oxxxx.bamxxxxxxx.bam-r出现至少两次以上……以及ID
荷包蛋酱·2020-01-03 19:57

RNAseq分析流程-Hisat2+Samtools+Stringtie

首先，分析RNAseq要对整个分析流程有个整体的了解：参考https://tiramisutes.github.io/2018/12/04/ref-RNA-seq.html详细介绍了主要用到的分析工具和流程。这里我主要介绍一下我常用的分析流程拿到原始数据首先需要对文件完整性进行检查md5sumfile#输出的MD5和测序公司给的进行对比，一样则说明文件完整#或者，如果公司给出了md5.txt，md
生信编程日常·2020-01-01 16:58

全基因组数据分析完整流程+外显子测序数据分析例子

找例子：数据库：ATGG流程图：流程图常用软件：bwa，samtools，picard，GATK，bedtools，bcftools，vcftools，FastQC
我最有才·2019-12-31 07:07

转录组学习三（数据质控）

转录组学习一（软件安装）转录组学习二（数据下载）转录组学习三（数据质控）转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化
Dawn_WangTP·2019-12-30 12:26

转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）

转录组学习一（软件安装）转录组学习二（数据下载）转录组学习三（数据质控）转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化
Dawn_WangTP·2019-12-28 22:05

bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程

callSNPGATKbwa+samtools参考文档GATKcallsnp流程图一、原始数据处理测序得到的RAWDATA，使用NGSQCToolkit进行过滤$PATH/IlluQC.pl-peread1
bio·2019-12-25 08:13

WGS全基因组分析||VCFTOOLS使用

写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。
Dawn_WangTP·2019-12-25 08:11

计算位点的覆盖度和深度

前面搜集了一些计算测序覆盖度和深度的方法，这次详细介绍下samtools如何解决了我的问题。
六六_ryx·2019-12-25 06:05

SAMtools: SAM格式的处理利器

SAM及其相关工具SAM格式介绍SAM全称是SequenceAlignment/Map,是目前最常用的存放比对或联配数据的格式。无论是重测序，还是转录组，还是表观组，几乎所有流程都会产生SAM/BAM文件作为中间步骤，然后是后续专门的分析过程。以一个简单的例子介绍.第一幅图表示read和参考基因组比对可能出现的情况。r001/2表示pairedend数据。r003是嵌合read，r004则是原序列
徐洲更hoptop·2019-12-24 14:22

SAM文件格式解读(转)

1，SAM文件格式介绍SAM（TheSequenceAlignment/Mapformat）格式，即序列比对文件的格式，详细介绍文档：http://samtools.github.io/hts-specs
tianzhanlan·2019-12-23 09:35

samtools，bedtools

1samtools•SAM全称是SequenceAlignment/Map,是目前最常用的存放比对或联配数据的格式。
nnlrl·2019-12-22 19:18

常见格式——sam

SAM（TheSequenceAlignment/Mapformat）格式，即序列比对文件的格式，详细介绍文档：http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdfSAM
oddxix·2019-12-20 04:55

samtools-1.8

download:https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.8/samtools-1.8.tar.bz2https://github.com
qujingtao·2019-12-16 23:31

RNA-seq(5):序列比对：Hisat2

接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再
Y大宽·2019-12-16 08:07

使用二代测序寻找T-DNA插入

这一部分会用到samtools,emboss和entrez-direct,都可以通过conda安装用efecth下载参考基因组mkdir-pref
徐洲更hoptop·2019-12-08 01:57

转录组学习八（功能富集分析）

转录组学习一（软件安装）转录组学习二（数据下载）转录组学习三（数据质控）转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化
Dawn_天鹏·2019-12-02 10:20

samtools-1.8

download:https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.8/samtools-1.8.tar.bz2https://github.com
qujingtao·2019-11-29 22:41

使用 samtools 批量构建 bam 索引

今天要用下IGV，查看bam需要有索引，所以记录下方法吧。使用xargsls*.bam|xargs-n1samtoolsindex#或ls*.bam|xargs-isamtoolsindex{}#Mac上好像不支持-i选项使用parallells*.bam|parallelsamtoolsindex'{}'参考：https://www.biostars.org/p/170522/https://w
王诗翔·2019-11-29 03:54

GWAS走起~（4 samtools）

Samtools的功能还是很强大的，samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。
roguish读书人·2019-11-28 09:42

[转]samtools使用大全（2018-05-29）

转自：https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72910115samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是短序列比对工具bwa
简单点lili·2019-11-08 09:18

VCF格式的学习及对VCF文件的统计

在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是VCF格式，和GATK的VCF格式有点差别。
天秤座的机器狗·2019-11-05 18:46

转录组入门（5）：序列比对

接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图几个基因看看！顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。HISAT2安装：linux版
_eason_·2019-11-04 01:19
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