samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计汇总。

对于高通量测序后的文件要进行质控QC有多个软件可以完成，包括最开始的fastqc以及对sam/bam文件的质控如：samtools、mosdepth、bamqst等。

生物信息学习如果各个样本测的数据量相差较大，想把这些样本downsample到相同的reads，可用以下方法：目标reads数为15000000，需要先计算出需要downsample的比例，因为我用的downsample工具samtools

我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程，并提供了基本的命令，用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出来给大家提供参考。

samtools及bam文件的相关知识找到一个bam文件并输入如下命令查看title信息samtoolsview*.bam-H|less(chipseq)[~dum]$samtoolsviewRNAPII_S5P.merge.rmdup.bam-H

使用bwa，hisat2等比对软件，常会得到sam文件，此文是对多个sam转化/排序/建立index的命令vimsam2bam.sh#按一下i进入编辑模式，写入以下内容!/bin/bashforiinY51015cold-1Y51015cold-2#sam文件的名字dosamtoolsview-@30-bS${i}.sam|samtoolssort-@30-o${i}.sort.bam$#转化并排

一、在B站“生信人应该这样学Linux”第5讲-软件安装Jimmy大神的软件安装教程，留爪慢慢看。http://www.biotrainee.com/thread-856-1-1.html1.'\r'是回车，'\n'是换行，前者使光标到行首，后者使光标下移一格。通常用的Enter是两个加起来。2.tr":""\n"是把冒号替换成换行符。3.大神课里讲到Git这个东东，展开学习了一下：貌似是要写一个

Samtools则是操作这个文件格式的一系列工具。下面介绍这款软件的下载、编译、安装和运行方法，详情见其官网(http://www.htslib.org/download/)。

来源：https://www.jianshu.com/p/fbe716826f39samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools

安装Ubuntu1.目录下创建账户密码2.从Github上获取samtoolswegthttps://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9

目录软件安装新建文件夹一、下载数据二、质控过滤1.数据质量检测2.数据质量控制3.对处理后的数据再次QC三、序列比对1.hisat2比对2.flagstat检查一下结果四、featureCounts定量写在前面——本文是转录组上游分析的实战练习。主要包含四个步骤：数据下载（包括sra数据、参考基因组、参考基因组注释文件）质控过滤（使用trim-galore进行质控，使用fastqc、multiqc

Overallprocedurefigstep.1mappingBWA(https://github.com/lh3/bwa)建立索引bwaindexhg19.fa比对SAMFormat(https://samtools.github.io

chip-seq数据分析大体流程，引自微信公众号《生信技能树》0_2用到的软件或脚本测序数据质控：fastp；测序数据比对：bowtie2；比对数据排序等：samtools;callPeaks:MACS3

1.质控2.建立索引3.mapping3.1#-p-@为线程数；-x为构建好的索引；-1-2为双端read1和read2的fq.gz文件；|为管道符，将上一步的内容传给samtools；samtoolssor

注：本次使用的数据为不同品种李子重测序1.准备工作首先下载相应的参考基因组及注释文件{本次使用的参考基因组为三月李的，参考基因组从蔷薇科植物基因组数据库下载（GDR)}安装好GATK,samtools,

$samtoolssamtools:errorwhileloadingsharedlibraries:libcrypto.so.1.0.0:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileordirectory解决方式condainstall-cbiocondasamtools=1.9--force-reinstall但是因为我的conda版本：$conda--versi

前言最近分析叶绿体基因组，进行SNPCalling，网上搜到生信药丸的简明教程"教程|简单粗暴的叶绿体基因组SNPCalling流程"，整个流程跑了一遍基本没问题，把流程记录一下，以备后续查询方便。首先，安装相关软件：condainstall-cbiocondabwacondainstall-cbiocondapicardcondainstall-cbiocondasamtoolscondains

感谢CSDN用户追梦生信人梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程，并提供了基本的命令，用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出来给大家提供参考

我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程，并提供了基本的命令，用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出来给大家提供参考。

这个问题后面再更一.变异分析技术路线：bwa进行参考基因组比对→samtools和picard排序和去除重复，以免造成duplication干扰→GATK的变异检测：HaplotypeCaller分样本变异检测

本节概览：hisat2+featureCounts:获取hisat2索引文件，hisat2比对和samtools格式转化，featureCounts计数得到counts表达矩阵Salmon:salmonindex

具体使用方法如下：用到的软件版本为hisat2-2.2.1，samtools-1.61.构建hisat2参考基因组比对库hisat2-build-p10ref.faref2.用hisat2进行比对#对于双端序列

github.com/lh3/bwa安装及命令详解参考：http://starsyi.github.io/2016/05/24/BWA-%E5%91%BD%E4%BB%A4%E8%AF%A6%E8%A7%A3/samtools

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具集合。

这个主要是samtools版本问题，#卸载老版本samtoolscondauninstall-cbiocondasamtools#安装新版本condainstall-cbiocondasamtools=

通过conda安装fastqc(质控),hisat2(比对),multiqc(质控合并),samtools(sam文件转bam文件),subread(featureCounts集合在其中)。

在处理基因组信息的时候，我们时不时需要统计序列的碱基个数，对于较少批量的数据来说，word文档或者其他文本处理工具或者samtools等可以进行处理，但是在面对大的fastq文件的时候，会显得苍白无力，

你可能不了解李恒，但你肯定知道samtools和bwa，这些软件都出自李恒之手。因此，对于这个软件，不用过多的担心其稳定性。

变异检测的软件目前虽然有很多，SAMtools/BCFtools,GATK,FreeBayes等，但是我看到的大部分文章都是用GATKUG/HC。

1软件安装https://www.jianshu.com/p/eb89ab4af035linux平台下需要安装的软件：fastqc，fastp，hisat2，samtools，htseq2下载基因组序列和基因组注释文件

/configure,make,makeinstall或者直接make，但是非常容易报错，比如作业题第11题，在下载samtools之后，为了编译和安装我先后装了gcc，zlib，libbzip2，每一个的装法还都不太一样

参考这些主要根据这篇操作！！！我觉得学RNA-seq必看的文献！！这篇写的特别好：RNAseq-workflowRNA-seq原始数据的下载方法fastq格式大全本科生搞定RNA-seq上游数据分析RNA-seq一般流程转录组入门：序列比对RNA分析简洁版序列比对我觉得这个作者这样的分类特别清晰，值得学new_workflow/│└──annotation/1ls你放fastq数据的路径/sra/

来源于其他大神的其他资源，仅作为自己笔记备份以便后续查看http://www.bio-info-trainee.com/2003.html仔细探究samtools的rmdup是如何行使去除PCR重复reads

1.准备的东西工具：samtools,bedtools,bedops，都可以通过conda一键安装。序列文件：基因组文件fasta，注释文件

基因组文件：水稻基因组，水稻注释文件，水稻CDS文件(用作检验)工具：samtools，bedtools,awk1.下载文件wgethttps://rapdb.dna.affrc.go.jp/download

在转录组数据与参考基因组进行比对后，得到sam文件，后续分析需要将sam转换为bam，这里用到的工具是SAMtools。

上节我们已经知道samtoolsview命令可以用于转换sam与bam文件类型，其实samtoolsview还可以用于提取与过滤比对结果，下面让我们了解一下。数据地址提取比对结果以NA12891_CEU_sample.bam文件为例，我们首先建立该文件的索引：$samtoolsindexNA12891_CEU_sample.bam接着提取特定区域（例如1:200000000-250000000）的

1、使用samtools##将BAM文件按照readname进行排序samtoolssort-n${SAMPLE}.bam-@20-o${SAMPLE}_sorted.bam##将排序以后BAM转为fastqsamtoolsfastq

转载：https://biozx.top/sam.htmlimageSAM是sequencealignmentformat[http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1

转载：https://biozx.top/samtools.htmlimageSAM是用来存储核苷酸序列比对信息的文件格式。SAMTools工具包提供各种工具处理SAM文件。

GriffithLabtutorialrawdata/PFdata/Q30data/cleandata的不同数据：线虫转录组测序PFdata（双端测序）;流程：cutadapt去接头;hisat2建立索引（indexing）;hisat2+samtools

简单的例子，当你下载了一个软件Samtools，你想要运行该软件时，如果你不在该软件所在的文件夹，你就需要在软件命令前加上软件所在的路径，而你将该软件添加了环境变量，随便你在哪个文件位置，你都可以运行该软件的命令

从获取下机数据做质控、比对，到callingsnp获得vcf文件这一步，网上已经有非常详细的教程，有GATK4.0和全基因组数据分析实践（上），还有Samtools+bcftoolsCallSNP等等。

具体实例在5一步法找基因变异流程samtoolsmarkdup操作的正确顺序Thefirstsortcanbeomittedifthefileisalreadynameorderedsamtoolssort-n-onamesort.bamexample.bam必须是-n，不能省略AddmsandMCtagsformarkduptouselatersamtoolsfixmate-mnamesort.

1软件安装https://www.jianshu.com/p/eb89ab4af035linux平台下需要安装的软件：fastqc，fastp，hisat2，samtools，htseq2下载基因组序列和基因组注释文件黑曲霉

今天想使用samtools时突然报错：samtools:errorwhileloadingsharedlibraries:libcrypto.so.1.0.0:cannotopensharedobjectfile

bwa+samtools+picardtools+GATKcallSNP流程如何利用重测序进行SNP分析？

在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是CVF格式，和GATK的CVF格式有点差别。

1数据解压：用samtools中的fastq-dump将sra格式转为fastq格式#先启动python3环境kelly@DESKTOP-MRA1M1F:/mnt/f/rna_seq/data$source

在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是VCF格式，和G