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Survival
超详细ggforest绘制森林图(只需要方程,不用整理个格式哦)
二次整理”,有点浪费时间,前段时间学习surminer包的时候发现其中有个ggforest函数,可以直接应用数据集和构建的cox回归方程绘制森林图,非常方便以下为主要参数用法主要参数实战代码library(
survival
灵活胖子的进步之路
·
2023-06-10 14:07
手动计算校正年龄、性别后的标准化死亡率 (SMR)
我们先导入R包和数据,也不能算完全手动,还是需要用到
survival
天桥下的卖艺者
·
2023-06-07 15:17
R语言
数学建模
CD36-mediated metabolic adaptation supports regulatory T cell
survival
and function in tumors
本文选自NatureImmunology,https://doi.org/10.1038/s41590-019-0589-5,喜欢的朋友可以自行下载阅读。summary:消耗调节性T细胞(Treg细胞)以对抗肿瘤微环境(TME)的免疫抑制特性是肿瘤治疗的一个有吸引力的策略;然而,由于其抑制功能的系统性损害而导致的自身免疫性限制了其治疗潜力。阐明特异性破坏肿瘤内Treg细胞的方法是肿瘤免疫治疗的迫切
一个没有感情的文献阅读机
·
2023-04-20 12:02
流利说懂你英语笔记要点句型·核心课·Level 6·Unit 1·Part 1·Learning Reading
survival
in the outback
Reading--SurvivalintheOutbackWhatwouldyoudoifyoueverfoundyourselflostinthewild?Tofindout,youcanjoinaweekendsurvivalcourseinAustralia'sOutbackDesert.Thisvastareaisfamousforitsharshdesertclimate.PS:如果你发
羲之大鹅video
·
2023-04-20 11:36
用python做Cox分析的三个库的介绍和体验
分析的三个常见库的介绍和体验跟时间相关的数据分析(预测模型),一个是时间序列(X随时间变化),另外一个就是Cox(y随时间变化),都有专门的包,statsmodel、lifelines和scikit-
survival
预测模型的开发与应用研究
·
2023-04-20 03:44
笔记
python
sklearn
机器学习
饥荒mod——永不妥协篇
https://gitlab.com/uncompromising-
survival
/uncompromising-
survival
/blob/master/CHANGELOG.md饥荒实测alpha1.0.0
舟书夜
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2023-04-16 14:14
英语流利说懂你英语 Level6 Unit1 Part1 Reading -
Survival
in the Outback
Whatwouldyoudoifyoueverfoundyourselflostinthewild?Tofindout,youcanjoinaweekendsurvivalcourseinAustralia'sOutbackDesert.Thisvastareaisfamousforitsharshdesertclimate.广阔的残酷的;Tosurvive,yourfirsttaskwillbe
wxl_dl
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2023-04-16 13:50
气候变化威胁海豚生存
Climatechangeisathreattodolphins'
survival
气候变化威胁海豚生存ResearchersfromUZHhavenowinvestigatedhowthisenvironmentaldamagehasaffectedsurvivalandreproductionofdolphins.Theyusedlong-termdataonhundredsofanimalsc
巴别伦塔
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2023-04-14 13:13
R语言-Cox比例风险模型的假设检验条件
library(
survival
)library(survminer)m=coxph(Surv(time,event)~gene+factor(sex)+
超级可爱的懂事长鸭
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2023-04-12 19:47
Unity 官方教程
Survival
Shooter (四)
我们发现主角和怪物的样子还很简单,我们这一章先给主角加上动画。新建一个专门放动画文件的Animation文件夹,里面新建一个AnimatorController,双击它,进入动画编辑界面,在界面右键创建一个Empty,命名为Idle。点击新建的Idle状态(State),将Modle里的Idle动画赋予其中的Motion。同理制作一个Move状态(State),将Move动画文件放入,并让他们相互
迷途小路
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2023-04-11 07:41
Kaggle 入门 Titanic: Machine Learning from Disaster(1)数据分析和处理
数据有三个csv文件,一个训练集,一个测试集,还有一个答案模板(按照性别作为划分依据的答案)数据特征:
survival
:label,是否存活plclass:票务舱情况,分三档,top,middle,low
菜逼庄水水
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2023-04-08 02:14
计划
Expression Are Associated With Breast Cancer
Survival
Outcomes》
文献:《PRMT2andROR?ExpressionAreAssociatedWithBreastCancerSurvivalOutcomes》解读的目的:积累癌症的背景知识+该文章的研究目的--用到什么分析---结果的图如何解读---最后看看能不能复现一下代码。一些名词的释义:PRMT2:Proteinargininemethyltransferases蛋白精氨酸甲基转移酶(PRMT)甲基化组蛋
晓颖_9b6f
·
2023-04-04 04:55
ResNet-RS架构复现--CVPR2021
模型的详细信息5.2ResNet-RS架构细节5.3ScalingAnalysisRegularizationandModelDetails6、ResNet-RS架构搭建6.1模型配置项6.2get_
survival
_pr
别团等shy哥发育
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2023-04-03 06:10
Paper
深度学习
深度学习
人工智能
计算机视觉
神经网络
ResNet-RS
Android-JVM面试专题:阿里100%会问到的JVM,androidui适配如何处理
**本地方法栈:**主要为Native方法服务**程序计数器:**记录当前线程执行的行号2.堆里面的分区:Eden,
survival
(from+to),老年代,各自的特点。
m0_64604842
·
2023-04-02 08:29
程序员
面试
移动开发
android
Day21
一)原材料引用(Materials):TheresearcherssayanykindofCPRimprovedchancesofthepatients’
survival
.
手上都是orange
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2023-04-01 23:45
R语言绘制生存分析模型的时间依赖(相关)性roc曲线和时间依赖(相关)性cindex曲线
我们先导入数据和R包library(
survival
)library("survminer")library(foreign)bc<-read.spss("E:/r/test/Breastcancersurvivalagec.sav
天桥下的卖艺者
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2023-04-01 17:29
R语言
r语言
开发语言
多因素cox回归分析reference的问题
别人的例子image.pngimage.png自己的例子只是转换变量为因子library(dplyr)library(forcats)library(
survival
)N%as.factor()%>%forcats
xiaosine
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2023-03-29 17:40
R中安装问题Matrix、
survival
不能更新
image.png在安装ballgown时显示Matrix、
survival
不能更新解决方法sudoRoptions(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn
粥粥zz
·
2023-03-29 02:09
使用 ezcox 展示森林图
计算先构造两个多变量Cox分析模型install.packages("ezcox")#先安装包packageVersion("ezcox")#0.4.0版本library(
survival
)library
数据控的迷妹
·
2023-03-28 13:36
《A Cancer
Survival
Prediction Method Based on Graph Convolutional Network》
摘要背景现状:多种基因组数据和临床数据尚未综合考虑癌症并预测其生存率方法先对各种数据进行融合,然后用GCN来训练image结论GCN在癌症生存预测方面的有效性和优越性介绍异质性疾病癌症具有不同的分子特征、临床行为、形态学表现和对治疗的不同反应一些传统的机器学习模型用于预测存活一些机器学习分类方法,如支持向量机(SVM)[16-18],朴素贝叶斯分类器(NB)[19]和随机森林(RF)[20]也可用
飘涯
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2023-03-26 08:41
R语言超详细逆概率加权(IPTW)后生存曲线做法
library(survminer)#加载包,没有的包就按安装library(
survival
)library(tableone)library(survey)library(MatchIt)library
灵活胖子的进步之路
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2023-03-25 07:01
Regulation of pH by Carbonic Anhydrase 9 Mediates
Survival
of Pancreatic Cancer Cells With Activa...
本文选自gastroenterology,https://doi.org/10.1053/j.gastro.2019.05.004,喜欢的朋友可以自行下载阅读。二话不说,先上图。简图这个HIF有必要捯饬捯饬。HIF-1普遍存在于人和哺乳动物细胞内,常氧下(21%O2)也有表达,但合成的HIF-1蛋白很快即被细胞内氧依赖性泛素蛋白酶降解途径所降解,只有在缺氧条件下HIF-1才可稳定表达。HIF-1是
一个没有感情的文献阅读机
·
2023-03-22 00:03
蜂群点图
beeswarm(time_
survival
~ER,data=breast,pch=16,pwcol=1+as.numeric(event_
survival
),xlab="",ylab="Follow-uptime
一路向前_莫问前程_前程似锦
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2023-03-17 16:21
R语言学习笔记2-肺癌生存预测模型
1.数据准备install.packages(c("
survival
","survminer"))>head(lung)insttimestatusagesexph.ecogph.karnopat.karnomeal.calwt.loss1330627411901001175NA23455268109090122515331010156109090NA15452102571190601150115
杨晓凯
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2023-02-07 02:23
R语言-三线表全自动绘制
{gtsummary}使用tbl_summary()汇总数据并排回归模型您还可以使用tbl_merge()呈现并排回归模型结果library(
survival
)#>Warning:package'
survival
'wasbuiltunderRversion4.0.3
伍鸿荣
·
2023-02-06 23:07
回归 统计绘图_R语言统计与绘图:COX回归模型怎么建?
1写在前面本文需要的R包:"
survival
"、"tableone"、"broom"、"forestplot"和"survminer".本代码使用
survival
自带的lung数据集,lung数据集中出现的变量解释
张颖月
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2023-02-01 12:49
回归
统计绘图
KM生存分析如何取最佳的cutoff
###survivalpackagelibrary(
survival
)library(survminer)##Loadingrequiredpackage:ggplot2##Loadingrequiredpackage
医科研
·
2023-01-30 14:14
泰坦尼克号生还者预测案例分析
1.数据描述data.info()
survival
-是否幸存(0=幸存,1=遇难)pclass-
羽恒
·
2023-01-28 04:51
玩转生存分析,这一篇就够了
1.导入数据library(tidyverse)library("
survival
")library("survminer")test_data=read.table("
survival
.txt",header
TOP生物信息
·
2023-01-22 18:58
生物信息
Surv单因素批量生存分析使用 cox批量生存回归分析有点像deseq2的design差异分析designG:\r\2021_1203_geo\GEO-master\GSE11121_
survival
apply(phe,2,as.numeric))phe$size=ifelse(phe$size>median(phe$size),'big','small')head(phe)存活分析library(
survival
YoungLeelight
·
2023-01-22 18:58
回归分析(logistic
cox)
r语言
开发语言
数据挖掘
R语言做生存分析
首先我们就是加载要用到的R语言包library(
survival
)library(survminer)library(dplyr)然后我们可以基本先浏览一下数据data(ovarian)glimpse(
Mrrunsen
·
2023-01-12 23:22
R语言大学作业
r语言
survival
cutoff值
1.survminer包的surv_cutpoint()函数1.1加载r包及数据library(
survival
)library(survminer)data=1.2计算cutoffres.cuthead
zhengxj_
·
2023-01-09 17:49
生信
mysql
python实现生存分析(
Survival
Analysis)
目录一、生存分析二、生存分析中涉及的基本概念2.1生存时间(survivaltime)2.2完全数据(completedata)2.3截尾数据(censoreddata)2.4中位生存期(mediansurvivaltime)三、Kaplan-Meier生存分析四、python代码4.1数据展示4.2基本分析及绘图4.3结果图展示具体参考数据4.4P值计算五、【扩展】六大肿瘤临床试验终点(EndP
浅沫~
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2022-12-31 08:54
python
生物信息学
python
Kaplan-Meier
1024程序员节
#多个基因批量cox 多因素回归cox univariate Adjust for age sex单个基因cox 回归分析 多因素 矫正年龄性别之后的cox回归分析 矫正年龄性别之后的cox生存分析
metainformation_4_platforms/3_ipf_combined_cox_univariate_Adjuste_for_age_sex.RData")单个基因cox回归分析(多因素)library("
survival
YoungLeelight
·
2022-12-31 08:24
生存分析
回归分析(logistic
cox)
回归
算法
数据挖掘
R语言快速绘制多因素回归分析森林图
继续使用我们的乳腺癌数据library(foreign)library(
survival
)library("survminer")bc<-read.spss("E:/r/test/Breastcancersur
Mrrunsen
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2022-12-19 09:35
R语言大学作业
r语言
回归
开发语言
R语言可视化:森林图绘制
list=ls())设置工作目录setwd("C:/Users/Dell/Desktop/R_Plots/39forest/")使用survminer包中的ggforest函数绘制森林图require("
survival
Mrrunsen
·
2022-12-19 09:35
R语言大学作业
r语言
回归
开发语言
Protection Schemes Based on Virus
Survival
Techniques
June,1945IntroductionThoughgenerallyconsideredmalevolent,computervirusesshouldbestudiedforacademicreasonsandpracticalpurposes[1].Forthevirusresearcherthegoalisclear:developmentofantivirusdefensetechni
lionzl
·
2022-12-18 22:36
ssdt及驱动
system
security
microsoft
licensing
windows
debugging
The retrospective material for unit_4
Survival
unit_4SurvivalGettingprepared-academicexploration1translationfromChineseintoEnglishapproximately(adv.moreorlessthananumberoramount大约,大概)AccordingtoastudyfundedbytheNationalScienceFoundation,ittakesapp
SUNNY_CHANGQI
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2022-12-14 03:06
assignments
English
final
exam
多变量COX回归 R语言
library("
survival
")library("survminer")res<-coxph(Surv(
Survival
_time,Death)~cluster_0+cluster_1+cluster
junjian Li
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2022-12-09 21:35
深度学习
r语言
python
数据库
R语言
survival
包的survfit函数拟合生存曲线数据、survminer包的ggforest函数可视化等比例风险模型的森林图(cox forest plot)
R语言
survival
包的survfit函数拟合生存曲线数据、survminer包的ggforest函数可视化等比例风险模型的森林图(coxforestplot)目录
statistics.insight
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2022-11-28 18:01
r语言
人工智能
数据挖掘
数据分析
[跟着NC学作图]--生存分析(
Survival
analysis)
本期内容为[跟着NC学作图]--生存分析(Survivalanalysis)生存分析是人类癌症分析中常用到的分析之一。通过对表达水平分类,分成“High”组合“low”组,再进行生存分析即可。最近,我打算做一系列的生物信息学相关的教程,这个系列是付费课程。主要包括转录组的组装(有参和有参)、lncRNA的鉴定及功能预测、可移动mRNA和lncRNA的鉴定、以及[R语言可视化-精美图形绘制系列]。-
小杜的生信筆記
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2022-11-26 15:48
TCGA_生存分析
library("
survival
")library("survminer")生存分析需要三个vector,在一个dataframe中:生存时间,以mouths或者days作单位;结局,"Dead"或者
老实人谢耳朵
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2022-11-02 11:25
TCGA
r语言
利用tcga数据做生存分析
####teachcode####library(
survival
)#readexpressiondataandmodifyitsclassandcolnames/rownames#PAAD_gene_expression.csv
aorong2257
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2022-11-02 11:23
r语言
python
数据库
r语言 tunerf函数_R语言 | 一网打尽高质量统计分析与机器学习包
1.
survival
简介:
survival
是目前用的最多的做生存分析的包,Surv:用于创建生存数
奉义天涯
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2022-11-01 19:52
r语言
tunerf函数
R语言快速绘制多因素回归分析森林图(1)
继续使用我们的乳腺癌数据(公众号回复:乳腺癌可以获得数据),首先把数据和包导入library(foreign)library(
survival
)library("survminer")bc<-read.spss
天桥下的卖艺者
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2022-07-21 11:35
R语言
科研绘图
r语言
回归
开发语言
R 语言中的Lung数据集 生存分析
我们将使用
Survival
包进行分析。使用预加载在生存包中的Lung数据集,该数据集包含来自NorthCentral癌症治疗组的228名晚期肺癌患者的数据,基于10个特征。
Mrrunsen
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2022-06-04 07:06
R语言
r语言
人工智能
机器学习
Python条件生存森林模型Conditional
Survival
Forest分类预测客户流失交叉验证可视化
原文链接:http://tecdat.cn/?p=26982简介客户流失/流失,是企业最重要的指标之一,因为获取新客户的成本通常高于保留现有客户的成本。事实上,根据一个studybyBain&Company,随着时间的推移,现有客户倾向于从公司购买更多产品,从而降低企业的运营成本,并可能将他们使用的产品推荐给其他人。例如,在金融服务领域,客户保留率每增加5%,利润就会增加25%以上。通过使用生存分
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2022-05-30 14:44
数据挖掘深度学习人工智能算法
(大全)预后Cox 列线图Nomogram 校正曲线calibration curve 时间依赖ROC survivalROC C指数C-index 两ROC比较
#内置包数据运行,预期结果看图部分代码加上自己的理解#可以直接复制到R运行#加载包我用R-3.6版本的library(cmprsk)#已经包含在这里了library(
survival
)library(riskRegression
c34d
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2022-04-17 10:23
r语言
统计学
R语言作列线图
1.Cox回归列线图#install.packages("rms")#install.packages("
survival
")
qq_27390023
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2022-03-20 06:36
r语言
开发语言
R语言画Cox回归森林图
#####cox多因素回归森林图########install.packages("tableone")library(tableone)library(
survival
)##画森林图的包library
qq_27390023
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2022-03-20 06:36
r语言
回归
开发语言
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