illumina测序第17页

16S rRNA&rDNA测序分析

16SrRNA/rDNA测序分析，qiime操作，linux命令，系统发育树构建，venn图，heatmap热图，主分析RDA（Redundancyanalysis），典范对应分析CCA等R语言作图网易云课堂上有视频讲解

宁生信·2023-09-16 22:23

16S rRNA测序鉴定分析实验

一、实验简介DNA测序菌种鉴定实验是一种基于DNA测序技术进行的微生物鉴定方法。该方法通常基于16SrRNA基因序列进行分析，该基因是细菌和古菌共有的序列，但在不同的菌株中存在变异。

avareart·2023-09-16 22:53

微生物测序应该用16S 还是宏基因组？

该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列（V4区或V3-V4区）进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp

科研小行星·2023-09-16 22:53

什么是16S rRNA，rDNA，菌群研究为什么用16S测序，细菌如何命名分类？

谷禾健康当谈到肠道菌群研究时，16S测序是一种常用的方法，它在了解微生物组成和多样性方面非常重要且实用。16SrRNA是细菌和古细菌中的一个高度保守的基因片段，同时具有一定的变异性。

谷禾牛博·2023-09-16 22:51

远程工作——产品时间紧怎么办

年开始远程工作的资深产品经理，拥有丰富的产品经理和项目管理经验项目周期：4.1-5.3产品周期：1.0版本时间：4.1-4.41.6版本时间：4.20-4.27项目背景：客户公司是一家做生物科技行业的，主要进行基因测序等相关产品的业务

warrior_wj·2023-09-16 10:55

芯周刊·第3期 | 单细胞&空间转录组测序文献速览导读

01单细胞转录组结果协助重新定义结直肠癌亚型目前，结直肠癌分子亚型主要考虑上皮亚型、微卫星状态和纤维化，分为微卫星不稳定免疫激活型、经典型，代谢型，间质型，这种分类方法无法区分癌细胞和基质细胞的个体差异，对个体化治疗造成挑战。本文研究者对来自新加坡、比利时、韩国等五个队列的63名患者的141个肿瘤样本、39个正常组织样本以及9个淋巴结样本进行单细胞转录组分析，主要分析了49155个上皮细胞，并在一

生物芯时空·2023-09-16 01:06

16S测序分析（六）用PICRUSt预测菌群KEGG代谢通路

的原理基于已测细菌基因组的16SrRNA全长序列，推断它们的共同祖先的基因（同源基因）功能谱，对Greengenes数据库中其它未测物种的基因功能谱进行推断，构建古菌和细菌域全谱系的基因功能预测谱，最后，将测序得到的菌群组成

小白菜学生信·2023-09-16 01:41

RNA-seq实验设计：批次效应对RNA-seq结果的影响

RNA测序作为一种很灵敏的RNA表达量定量技术，很多因素会对实验精度产生影响。批次效应一种常见的误差来源。我们先用一个案例来解释批次效应可能对结果产生的影响。

Z_bioinfo·2023-09-15 08:05

GWAS基因型文件介绍——VCF文件

基因型数据的获取方式有很多，例如基因芯片、简化基因组测序、全基因组重测序等。在人类中通过基因芯片获取的测序数据往往需要依靠千人基因组等参考进行填补，以形成全基因组覆盖性的位点密度。

李路飞·2023-09-15 01:14

猜数游戏 rust解法

给定答案序列和猜测序列，统计有几个数字位置正确，有几个数字在两个序列都出现过但位置不对。输入包含多组数据。每组第一行是序列长度n，第二行是答案序列，接下来若干行是猜测序列。猜测序列全0时该组结束。

int8·2023-09-14 22:41

预测多基因扰动的转录结果

作者提出了图增强的基因激活和抑制模拟器（GEARS，graph-enhancedgeneactivationandrepressionsimulator），这是一种将深度学习与基因-基因关系知识图相结合的方法，利用单细胞RNA测序数据来

tzc_fly·2023-09-14 16:57

基础知识——第三代测序技术

三、第三代测序技术一、单分子荧光测序1.1测序平台PacificBiosciences公司，简称为PacBio,这是目前为止，读长最长的下一代测序技术公司。

生信小工厂·2023-09-14 12:10

运行操作

gtx超算工作站运行命令1、生成index（如果没有创建的话）gtxindexref.fa2、比对#1快速比对，生成vcfgtxwgs-R'@RG\tID:输出文件名\tSM:输出文件名\tPL:ILLUMINA

线断木偶人·2023-09-14 06:49

生物学英文缩写

EST是ExpressedSequenceTag的缩写，意思是表达序列标签，指从一个随机选择的cDNA克隆，进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA部分序列。

kekoukele777·2023-09-14 00:16

机器人操作——diffusion policy（2023）

/2303.04137.pdf项目地址：https://diffusion-policy.cs.columbia.edu单位：哥伦比亚大学创新点引入扩散模型(duffisionmodel)，输入一段观测序列

千羽QY·2023-09-13 19:40

地球生物基因组计划开启新阶段：从试点项目转向全面生产测序

一项绘制地球上所有植物、动物、真菌和其他微生物生命基因组图谱的全球计划正在进入一个新阶段：从试点项目转向全面生产测序。

尐尐呅·2023-09-13 18:22

2018-10-14 测序基本知识

1##一代测序sanger测序，双脱氧核苷酸ddNTP会结合所有位点，设置四个反应体系1-4，分别加入引物、DNA聚合酶、四种dNTP、一定比例的ddNTP（带有放射性标记）ddATP遇到了T位点，就结合并终止准确性高达

生信银河战舰·2023-09-13 11:19

学习小组Day7笔记--温化玉

1.测序原理测序的世界：https://www.jianshu.com/p/101c14c3a1d22.测序类型2.1一代的Sanger测序仍然是金标准（低通量，高准确率）2.2二代测序（读长较短，高通量低成本

温化玉·2023-09-13 10:43

生信分析 Cell详解|大规模单细胞转录组分析揭示COVID-19免疫学特征（张泽民团队力作！）

题目为“COVID-19immunefeaturesrevealedbyalarge-scalesinglecelltranscriptomeatlas”，文章第一作者和通讯作者中汇集了多名我国单细胞测序方面的顶尖专家

概普生信·2023-09-13 09:12

【文献解读】结合基于微阵列的空间转录组和单细胞RNA-seq揭示胰腺导管腺癌的组织结构

单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够系统地识别组织中的细胞群，但表征它们的空间组织仍然具有挑战性。

六博说·2023-09-13 08:00

2018-08-24

测序的生物学和化学的技术背景今天的课程讲的都是测序的原理。是DNA如何从生物学信息一步步的到数字化信息的过程。生！信！image.png文件传输软件Filezilla这个软件看着就好使。

f95c0a53af97·2023-09-13 06:54

学习小组Day7笔记--小明

生信第7天——测序知识学习内容怎么区分一二三代测序二代测序大体流程NGS组学都包括哪些分类1、测序过程和原理原理介绍视频：（https://share.weiyun.com/5qojuBY）密码：bxsry4

knightxm·2023-09-13 02:38

10X单细胞（10X空间转录组）批次效应去除大盘点

单细胞空间交响乐·2023-09-12 14:59

如何利用R包Deseq2做差异基因绘制火山图？

rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)setwd('C:/Users/Administrator/Desktop/LSM测序总结/volcant/volcano

ShanSly·2023-09-12 11:25

单细胞数据科学的十一个重大挑战

随着单细胞技术的成熟，人们得以在单细胞水平观摩生命现象了，在这波技术浪潮中似乎要把自人类基因组积累的生命科学技术都在单细胞水平上应用一遍，其中最常见的就是测序技术。

周运来就是我·2023-09-12 08:24

一文读懂10X单细胞上游分析软件cellranger

如何从庞大测序数据中获得单个细胞的表达谱成为数据解析的关键点。

Seurat_·2023-09-12 05:58

果蝇胚胎单细胞转录组图谱

在这里，我们使用单细胞测序精确分期的胚胎，并设计了Dis

周运来就是我·2023-09-11 19:23

单细胞分析---测序文库拆分 (Demultiplexing)

对于所有数据类型，”文库拆分”涉及从一端或双端短序列中识别和移除细胞条形码序列(cellbarcode)和UMI。如果提前知道加入的细胞条形码，比如数据来自基于PCR板的方案，只需要找到条形码并与条形码库作比对，归类于与之最相似的那个就可以(根据条形码的设计，一般允许最多1-2个错配)。这些数据通常在比对之前先做拆分，从而可以并行比对，提高效率。我们可以利用很多公开的脚本，可以拆分任何plate-

jjjscuedu·2023-09-11 11:00

RNA甲基化修饰m6A检测热门技术—MeRIP-seq

MeRIP-seq（高通量测序法）作为m6A修饰的检测方法，其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在；能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较等优势。

felix108·2023-09-11 06:20

7.25

上午企业的老师从实验室管理制度与安全培训、二代测序流程简介与实验素养两个模块为我们授课，下午我们终于真正的进入实验室并参与了实验的部分操作。

寒林_4c5c·2023-09-11 03:34

[生信]单细胞测序数据分析的各类软件汇总

Github上有人收录了各类单细胞RNA测序的数据分析软件，包括RNA-seq和ATAC-seq等。https://github.com/seandavi/awesome-single-cell

MC学公卫·2023-09-11 02:54

SCS【34】单细胞/T细胞/抗体免疫库数据分析(immunarch)

immunarch的使命是使免疫测序数据分析尽可能轻松，帮助您专注于研究而不是编码。

桓峰基因·2023-09-10 20:13

号外号外，桓峰基因单细胞生信分析免费培训课程即将开始，快来报名吧！

桓峰基因·2023-09-10 20:12

【现学现卖·综述】镰刀菌中的病毒

随着近年深度测序技术和组学的发展，寄生在镰刀菌中的病毒种类丰富了起来，它们与寄

乔伊nikkie·2023-09-10 13:39

Pytorch-基于RNN的不同语种人名生成模型

其特有的循环概念及其最重要的结构——长短时记忆网络——使得它在处理和预测序列数据的问题上有着良好的表现。RNN是一种特殊的神经网络结构，它是根据"人的认知是基于过往的经验和记忆"这一观点提出的。

kaichu2·2023-09-10 06:04

复现3：AD外周血的单细胞转录组与免疫组库分析

Single-CellRNASequencingofPeripheralBloodRevealsImmuneCellSignaturesinAlzheimer'sDiseasePMID:34447367|IF=7.561|FrontImmunol.2021Aug91、关于文章文献思路：作者对来自AD病人与Normal对照的外周血取样，同时进行单细胞转录组测序与单细胞免疫组库测序

小贝学生信·2023-09-09 15:03

群体遗传学习笔记：NGS结构变异检测原理

群体遗传学习笔记：NGS结构变异检测原理原创lakeseafly生信菜鸟团随着测序的成本越来越低，测序技术越发先进，除了研究单核苷酸多态性(SNP)。

天明豆豆·2023-09-09 12:56

小王的RNA-seq傻瓜学习教程

后续要学一下滴原始数据下载GEO其实提供了不同格式的数据呢2、SRA数据转fastq格式首先明确是单端测序还是双端测序！！

pudding815·2023-09-09 02:57

【动手学深度学习】--序列模型

文章目录序列模型1.序列数据2.统计工具3.自回归模型3.1马尔科夫假设3.2潜变量模型4.训练5.预测序列模型学习视频：序列模型【动手学深度学习v2】官方笔记：序列模型1.序列数据想象一下有人正在看网飞

小d<>·2023-09-09 02:04

病原宏基因组测序技术（有点乱）

病原宏基因组二代测序（mNGS），是不基于培养，直接从环境/临床样品中提取全部微生物的DNA，利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能，可广泛分析

晓佥·2023-09-09 01:50

转录组测序数据分析

.2016.095#materials进行bulkRNA-seq数据分析首先进行原始数据的下载，当然因为文章中已经有了链接进行数据的下载，因此直接使用wget命令就能完成所需数据的下载，但是也要学会基本的测序数据

柴本·2023-09-08 20:26

重测序分析（11）群体进化分析之structure分析

Structure分析Structure分析使用了与进化树和PCA截然不同的算法，所以能够解决后两者不能解决的问题。先预设群体由若干亚群(k=n)构成,通过模拟算法找出在k=n的情况下，最合理的样本分类方法。最后再根据每次模拟的最大似然值，找出最适用这群体的K值。反映遗传变异在物种或群体的分布，推断群体数目，判断某个体属于哪个群体，基于不同算法的分析软件有STRUCTURE、ADMIXTURE、f

Bioinfor生信云·2023-09-08 19:22

Duplicate产生原因

Dup背景高通量测序检验流程可分为“实验室操作”（又称为“湿实验”）和“生物信息学分析”（又称“干实验”）两部分。

笺牒九州的怪咖·2023-09-08 10:10

【基因组学】使用IGV可视化查看基因组重测序比对结果

写在前面IGV能够将基因组的变异情况可视化，因此广泛应用于基因组学的研究中。下面我以windows下的IGV为例，介绍一下IGV在查看基因组变异方面的应用。一.下载下载链接如下：https://software.broadinstitute.org/software/igv/download和一般的软件下载情况类似，不同的是，需要在电脑上安装JAVA，这个应该难不倒各位看官老爷，因此不再赘述。二.

巩翔宇Ibrahimovic·2023-09-08 06:32

一个完整的WGS变异检测snakemake流程详解

写在前边的话在此要感谢碱基矿工，第一次做全外显子测序的变异检测时便是参考了他写的教程，当时的GATK还是3.8版本，而现在已经是4.1了。

BioGou·2023-09-08 04:38

人体肺部组织发育过程中R-spondin2阳性间质细胞形成Bud tip 祖细胞生态位（一）

本文作者通过人体肺组织单细胞RNA测序数据发现发育过程中间质细胞群高度富集WNT信号通路分子Rspo2，同时budtip邻近部位高表达Rspo2受体Lgr5分子。

玫姝儿·2023-09-08 02:14

实用干货|如何开始单细胞测序数据分析

随着方法的改进和测序成本的降低，产出数据集的大小正在迅速增加，当前的瓶颈仍然是如何对单细胞实验产生的丰富信息进行分析。

百奥益康·2023-09-07 22:09

单细胞测序在发育生物学的应用

通过将记录信息与单细胞转录组测序数据的整合，研究人员概述了不同组织类型之间的基本发育过程，并揭示了胚外和胚胎来源的内胚层细胞几乎完全的转录趋同。

today_is_geqi·2023-09-07 10:34

使用Palantir进行单细胞发育轨迹推断分析

Palantir是一种对单细胞测序数据进行分化发育轨迹推断的算法，于2019年发表在NatureBiotechnology上。

Davey1220·2023-09-07 07:40

生信分析学习笔记 - RNAseq （五） HISAT2回帖及评估

某RNAseq分析流程HISAT2简介HISAT2是将下一代测序读段结果基于图比对到一组基因组（graph-base

班朱朱UP·2023-09-06 06:47

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