illumina测序第20页

单细胞测序的设计与分析

http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2015.10.039缩略词表：fluorescence-activatedcellsorting(FACS)——流式细胞荧光分选技术whole-genomeamplification(WGA)——全基因组扩增技术multipledisplacementamplification(MDA)——多重置换扩增multipleanneal

FionaMoon·2023-08-18 09:53

03高通量测序-PCA中的主要概念

为什么要使用PCA我们使用SVD（singularvaluedecomposition，中文译名“奇异值分解”）的方法来计算PCA。我们先看一个简单的案例，在这个案例中，我们检测了6只不同小鼠的2个基因。其实我们可以把它再抽象化一下，把小鼠看成样本，基因看成2个变量。如果我们只检测1个基因的话（Gene1），那么我们根据基因1表达的情况，把小鼠的绘制到数轴上，小鼠1，小鼠2，小鼠3的Gene1表达

不到7不改名·2023-08-18 07:49

测序技术的进展

可以参考以下链接https://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/78499194

多克托刘·2023-08-18 07:54

遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性

转录组分析的正确姿势（第三版）前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-08-18 03:30

【文献速递】-追踪蚂蚁社会分工的神经基础的单细胞转录组图谱

Asingle-celltranscriptomicatlastrackingtheneuralbasisofdivisionoflabourinanantsuperorganism期刊：natureecology&evolution日期：2022-06-16研究团队选用了社会性昆虫研究的模式物种——法老蚁作为研究对象，基于华大DNBelabC4单细胞建库测序平台

六博说·2023-08-17 20:06

NCBI上下载SRA数据

sra数据就是NCBI网站上能够下载到的二代测序的原始数据。

xiaoxianyu·2023-08-17 16:38

文献导读:真菌和陆栖藻类水平基因转移

这篇文献于2014年12月30日发表在OrganismDiversity&Evolution,主要描述了在地衣中，地衣真菌可以向藻类捐赠基因,该文献对藻类进行测序，探究真菌基因进入藻类基因组的HGT证据

周小钊·2023-08-17 15:50

10X空间转录组的一个案例：小鼠大脑

INTRODUCTION为了展示空间转录组学技术的潜力，下面介绍一些由空间解析RNA测序数据的基本分析。为了产生这个数据集，我们在小鼠大脑的冠状切面上进行了空间转录组分析。

周运来就是我·2023-08-17 14:32

学习小组Day7笔记--何小娜

学习内容：一代、二代、三代测序二代测序的大体流程NGS组学都包含哪些分类原理理解一代测序（桑格尔-双脱氧链终止法）：利用一种DNA聚合酶来延伸结合待定序列模板上的引物，直到参入一种链终止核苷酸为止，反应体系

爱睡觉的秋刀鱼·2023-08-17 08:47

葡萄风味有奥秘，农科院用机器学习揭示基因渐渗过程

本文中，中国农业科学院深圳农业基因组研究所的研究人员，使用机器学习的种群遗传分析方法，对栽培葡萄以及野生葡萄进行了重测序数据分析，这对于葡萄育种具有重要意义。

·2023-08-17 00:47

2022新版TCGA数据下载与整理

2022年4月份TCGA进行了更新，测序数据变成了STAR-count文件。以往count文件是htseq.counts.gz格式，现在变成star_gene_counts.tsv格式了。

小熊_wh·2023-08-16 17:09

使用GetOrganelle软件组装叶绿体基因组

今天的推文简单介绍一下使用GeOrganelle这款软件利用全基因组重测序数据组装叶绿体基因组的过程现在做植物的叶绿体基因组基本上都是直接以新鲜叶片做材料，提取总DNA测序，构建二代测序文库，然后利用现成的软件组装叶绿体基因组

小明的数据分析笔记本·2023-08-16 17:36

号称可以替代重亚硫酸盐甲基化测序的新技术究竟是怎么回事？

技术介绍几十年来，重亚硫酸盐转化已成为甲基化测序的行业金标准，该技术可以检测DNA水平上被修饰的C(胞嘧啶)：5-甲基胞嘧啶（5mC）和5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）。

基因部落·2023-08-16 12:53

2022《Molecular Plant》同源四倍体马铃薯单倍型分型和四倍体遗传

利用最先进的测序技术和多倍型图形binning，此研究完成了一种马铃薯栽培品种Cooperative-88(C88)的染色体规模的单倍型分型基因组组装。

生信师姐·2023-08-16 09:06

疫情.怡情(之五百一十八)

截止到7月20日，意大利全国对阳性患者的测序中有94.8%的人是Delta变体，全国21个大区或自治省的该比例在80%至100%之间不等。也就是说，Delta变体正式“霸占”了意大利

飞扬的雪ing·2023-08-16 09:18

机器学习&&深度学习——机器翻译（序列生成策略）

实现机器翻译（详细实现与原理推导）订阅专栏：机器学习&&深度学习希望文章对你们有所帮助机器翻译（序列生成策略）引入贪心搜索穷举搜索束搜索小结引入上一节已经实现了机器翻译的模型训练和预测，逐个预测输出序列，直到预测序列中出现特定的序列结束词元

布布要成为最负责的男人·2023-08-16 07:19

单细胞测序GSVA基因集变异分析

基因集变异分析结合limma包分析差异基因集基因集变异分析即GSVA（Genesetvariationanalysis）,是一种非参数的无监督分析方法，主要用来评估芯片和转录组的基因集富集结果，适合单细胞转录组测序基因集的差异分析

像鸟一样飞过你的高山·2023-08-16 05:35

数据质量

EncodingSanger/Illumina1.9[测序平台的版本和相应的编码版本号]TotalSequences[totalreads的数量]Sequencelength[测序长度]%GC[GC含量

shine_9457·2023-08-15 23:46

二代测序结果比较：Hiseq Xten VS NovaSeq 6000

从1977年Sanger发明了双脱氧链终止法一代测序技术开始，测序技术发展至今已有四十多年时间，先后经历了以GSFLX、Solexa、SOLID为基础的二代测序技术，以及基于单分子实时测序（SMRT）和纳米孔测序技术的三代测序技术

牧牧牧之·2023-08-15 13:34

关于illumina NextSeq2000创新点的介绍

大家好，我今天下午（4月25号）观看了illuminaNextSeq2000的云发布会，峰值在线人数在1100人左右，所以热度并不是太高，illumina几位产品经理轮番上场介绍对应板块内容其实并没有给出太多有用的信息

基因Share·2023-08-15 04:00

单细胞在临床上的应用

在这个命题下要写一篇文章，我想思路应该这样打开：标题里包括两个部分一个是单细胞测序技术，另一个是临床，要把两者结合起来，首先要了解两者分别有哪些内容，其次就是放开束缚去畅想两者的关联。

周六周六·2023-08-15 01:15

Single Cell RNA-seq Analysis 学习记录（二）：数据整理

本次教程使用的数据为(Kolodziejczyketal.2015)发表的文章内使用SMART-seq技术做的单细胞测序结果。

面面的徐爷·2023-08-14 19:44

群体遗传学习专题一

其基本思路都是在酶切之后，对酶切片段进行部分处理，再进行测序的技术技术分类：RAD-seq：原始的RAD-seq技术。

Jessica_7·2023-08-14 06:22

生物信息学：bedGraph文件、Bed文件转、BAM文件转化

bam文件bed文件bedGraph文件R语言和linux实现从bedgraph到bam的转化从bedgraph到bedgenome.size.txtbed转bam引言BamBedbedGraph是保存测序数据的常用格式

茅逗逗·2023-08-14 06:32

【机器学习】十大机器学习基础算法

十大机器学习算法入门近年来，机器学习与人工智能已广泛应用于学术与工程，比如数据挖掘、计算机视觉、自然语言处理、生物特征识别、搜索引擎、医学诊断、检测信用卡欺诈、证券市场分析、DNA序列测序、语音和手写识别

infinite_with·2023-08-14 05:15

探针寻找之旅（9）——BWA-aln比对短序列探针到基因组

BWA-aln对应的就是BWA-backtrack算法：用于将100bp以内的短序列比对到参考基因组（本来是用来比对Illumina的序列的，rea

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-08-14 04:31

机器学习&&深度学习——seq2seq实现机器翻译（详细实现与原理推导）

seq2seq实现机器翻译（详细实现与原理推导）引入编码器解码器损失函数训练预测预测序列的评估小结引入我们的任务就是

布布要成为最负责的男人·2023-08-13 12:44

机器学习:隐马尔可夫模型(HMM)

后续会回来补充代码1隐马尔可夫模型隐马尔可夫模型(HiddenMarkovModel,HMM)是可用于标注问题的统计学模型，描述由隐藏的马尔可夫链随机生成观测序列的过程。

Sun_Sherry·2023-08-13 10:55

PyTorch翻译官网教程-LANGUAGE MODELING WITH NN.TRANSFORMER AND TORCHTEXT

LanguageModelingwithnn.Transformerandtorchtext—PyTorchTutorials2.0.1+cu117documentation使用NN.TRANSFORMER和TORCHTEXT进行语言建模这是一个关于训练模型使用nn.Transformer来预测序列中的下一个单词的教程

poorCoder_·2023-08-13 06:21

转录组不求人系列(一)：转录组测序文件与一般基础概念解读

其实转录组现在很普及了，一个样品的测序价格也非常低。转录组的作用几乎如同于PCR一样常见，在很多文章中只是一个验证的作用，很少有文章单纯靠转录出发做一个研究，除非你有非常好的新点子。

KS科研分享与服务·2023-08-13 04:19

从头组装基因组实践

imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)使用的原始文件测序者会提供两个文件：一个是fastq文件（每个样本

Hello育种·2023-08-12 23:09

生信学习笔记：单端测序(Single-read)与双端测序(Paired-End)

单端测序(Single-read)与双端测序(Paired-End)一图看区别：总的来讲就是单端测序只从一侧读，而双端测序是两头同时读然后拼接单端测序(Single-read)Single-Read测序

twocanis·2023-08-12 15:36

生信学习笔记：fastp质控处理生成的report结果解读

readsQ20和Q30N值AdaptersDuplicationInsertfastpreportsummaryAdapterInsertsizeestimationBeforefiltering前言测序出来的数据利用

twocanis·2023-08-12 15:36

机器学习之隐马尔科夫

设是长度为的状态序列,是对应的观测序列:是状态转移概率矩阵:其中,是在时刻处于状态的

shtahal·2023-08-12 10:51

生信＋实验：最全单基因研究套路总结

随着测序技术的发展，每年测序数据量以PB级增长。随着海量测序数据的增长，越来越多的研究人员开始挖掘公共数据库中的测序数据的意义。已有很多研究表明，某个基因可能参与了某种肿瘤的发生和发展。

Seurat_Satija·2023-08-12 06:37

单细胞108篇文献解读之8---Cell differentiation trajectory predicts patient potential immunotherapy response...

单细胞测序太贵？那不如挖掘公共数据库发4分+SCI大家好！今天跟大家分享的文献是2021年2月发表在Aging（IF=4.831）杂志上的一篇文章。

Seurat_Satija·2023-08-12 05:48

2022-07-29

张泽民课题组受邀在Science杂志发表泛人类组织单细胞测序观点文章目前科学家对人类细胞如何互相作用以组成不同组织与器官的认识仍然十分有限。

appleppear·2023-08-12 05:03

图像多目标跟踪

是自动驾驶中常见的任务，根据跟踪目标数量的不同，目标跟踪可分为：单目标跟踪（SingleObjectTracking，SOT）多目标跟踪（Multi-ObjectsTracking，MOT）目标跟踪所要做的是根据传感器量测序列确定真实目标的数量以及每个目标的对应状态

小宋001·2023-08-12 03:59

单细胞多模态数据整合分析

作者：椰子糖审稿：童蒙编辑：amethyst随着单细胞测序技术的发展，多种组学的单细胞数据也越来越多，要如何更好的使用多组学的数据去解析样本的细胞组成和特征情况呢？

生信阿拉丁·2023-08-12 03:25

Day7-喵柏

2020-9-20我的老板是一名遗传科医生，很多罕见病都是遗传疾病治疗罕见病的医生是比罕见病患者更罕见的人测序知识.png

喵柏·2023-08-12 02:53

社会实践第九天

拥抱了基因测序的双手之后，我不知道自己的心是否会会平静，早晨，我们一行12个人早早地来到了公司的C楼的三楼会议室里等待着宇航姐，带领着我们进行最后一次的实践活动。

将暮未暮_5083·2023-08-11 18:00

Django 用ajax写一个测序数据管理的页面

页面展示如下，数据框中输入数据路径，点击添加数据后，数据在后台进行下载，前端页面显示添加成功弹窗，然后返回刷新后的列表页面。image.png页面展示的代码：html端：主要是要写，这个id用来后面给js绑定点击事件。表单{%forfieldinform%}{{field.label}}{{field}}{{field.errors.0}}{%endfor%}添加新数据JS代码：image.png

11的雾·2023-08-11 17:32

测序原理笔记 RNA-seq 和WES--day 5

1，RNA-seq测试原理测序步骤，先去除保守的rRNA，→polyA尾的特性，用磁珠吸附→Mg镁离子溶液打断mRNA→随机引物变成双链合成第一条cDNA（由RNA变成单链DNA）→再合成第二条DNA（

悦时光_·2023-08-11 14:36

跟着Cell学单细胞转录组分析(六):细胞比例计算及可视化

跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应跟着Cell学单细胞转录组分析(

KS科研分享与服务·2023-08-11 11:45

挖掘SRA的辅助小工具（NCBI高通量测序数据收录库）

写在前面伴随高通量测序技术的普及，海量的测序数据被产生并上传到网络数据库，如NCBISRA。我们每个人都可以很轻易地获得这些数据，并用于有生物学问题针对性地分析。

生信石头·2023-08-11 09:00

热点综述 | 高维单细胞RNA测序数据分析工具

scRNA-seq数据的一般分析流程是怎样的？scRNA-seq数据分析会用到哪些工具？scRNA-seq数据集通常包含由于不完全RNA捕获、PCR扩增偏差和/或特定于患者或样本的批次效应而产生的技术噪声，如何降低技术噪声对数据分析的影响？...这些问题的答案都在今天分享的这篇综述里来自美国的科研人员在《NatureReviewsNephrology》发表综述文章，针对scRNA-seq分析所需的

尐尐呅·2023-08-11 08:30

Illumina Hiseq/Miseq测序原理简介

一、Solexa测序技术前世今生（——Illumina平台）Solexa高通量测序技术是由英国剑桥大学派生的Solexa公司建立起来的。该方法以单分子阵列技术为基础，是对合成测序技术的发展与延伸。

JarySun·2023-08-11 05:34

学习小组Day7--权月

测序.png

权嘻嘻_04ec·2023-08-11 02:21

项目文章 | Theranostics — 单细胞转录组测序技术揭示玉米赤霉烯酮对原始卵泡发育的毒害作用

近日，青岛农业大学沈伟课题组在期刊《Theranostics》上发表了题为“Single-celltranscriptomicprofilingprovidesinsightsntothetoxiceffectsofZearalenoneexposureonprimordialfollicleassembly”的研究论文，青岛农业大学生殖细胞生物学课题组李兰副教授为文章的通讯作者，硕士生田宇为文章

贝瑞科服·2023-08-11 01:29

2022年4月1日

查找靶基因有两种办法，一种是生物学信息预测，一种是测序。用TargetScan预测。卡在怎么更快地找到靶基因涉及方面的信号通路。今天整理了床铺和书桌。明天去老产做实验，我要做好做实验的心理准备。

小吖的记录馆·2023-08-10 19:04

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