illumina测序第15页

HIC测序数据生信分析——第三节，HIC数据挂载

HIC测序数据生信分析——第三节，HIC数据挂载将预处理后的HIC数据挂载到人工染色体上方法一：ALLHiC软件——接前面《HIC测序数据生信分析——第二节，预处理HIC数据》这一篇里面的方法一：Hicup

彼岸花128·2023-10-08 08:00

HIC测序数据生信分析——第四节，软件Juicerbox中进行手工修正，再使用3D-DNA软件拿到最终结果

HIC测序数据生信分析——第四节，软件Juicerbox中进行手工修正，再使用3D-DNA软件拿到最终结果这一篇文章，仅针对使用3D-DNA挂载HIC的结果分析安装juicebox再次使用3D-DNA这一篇文章

彼岸花128·2023-10-08 08:00

遗传图谱的绘制

物理图（PhysicalMap）：通过DNA克隆，细胞原位杂交或DNA测序等方法将DNA克隆或DNA分子标记锚定在染色体的确定空间上而绘制的连锁图。物理图是一种实物图，有确定的物理距离，如碱基对数目。

wo_monic·2023-10-08 07:15

生信小组DAY7-JANE

今天主要是测序入门只有思维导图了，之后可以看一看视频，学一些详细内容思维导图今天生信小组一周完结，谢谢花花谢谢豆豆~~~祝你们团队越来越好~

Jane_30e5·2023-10-08 07:07

定量PCR Taqman探针设计与体系优化

第一步：在第一步目的基因查找比对过程中可以利用NCBIgenbank序列以及DNAstar等软件完成目的DNA或者RNA的查找与比对——这在分析测序报告的时候相信很多人操作过，这一步需要注意的就是要保证所分析的序列在一个

weixinsuoxian·2023-10-08 01:39

4D蛋白组联合单细胞测序构建伤口再生分子图谱

皮肤损伤通常会产生纤维化、非功能性疤痕，疤痕处毛发或腺体的缺失会导致体温或屏障功能障碍[1]。然而目前我们对纤维化和再生机制了解有限，因此急需阐明损伤到纤维化再到再生过程的分子机制从而找到有效的治疗方法。先前的研究表明，使用YAP抑制剂可阻断机械转导，防止成纤维细胞纤维化（EPF）从而促进再生，使真皮层的毛囊及腺体能够恢复正常并使得细胞外基质（ECM）与正常细胞一致[2]。近日，美国斯坦福大学医学

景杰生物·2023-10-07 16:19

西安封城，疫情近在咫尺，副业才是最强刚需！

据悉，陕西疾控共对36例本土病例本进行全基因组测序，全部为德尔塔变异株，均与12月4日巴基斯坦入境航班PK854（伊斯兰堡——西安）旅客中发现的境外输入病例高度同源。

柚子_d0d2·2023-10-06 20:10

学习小组Day7笔记-------猫爪草

测序基础测序--核酸DNA分子一级结构的测定。迄今为止发展了三代。

TeeM0猫爪草·2023-10-06 20:16

2019-01-02

慢病毒包装：将靶向Arid2，Brd7和Pbrm1的gRNA序列克隆到PLKO3G-GFP载体中并通过测序确认，将gRNA构建体与pCMV-dR8.91和pCMV-VSV-G（Addgene＃8454）

Mingyan_C·2023-10-06 14:37

10x单细胞数据分析之表达定量

1.单细胞测序数据格式通常使用illumina的NovaSeq/Xten对10x单细胞平台构建的文库进行测序。

felix108·2023-10-06 10:46

《指数型组织》学习笔记

通过这本书，学到了什么线性思维，就是做乘法，例如基因测序，花了七年时间破解了1%的基因，破解100%基因要700年，什么是指数型思维，还例如基因测序，花了七年时间破解了1%的基因，但后续的增长趋势是2%

xiaokun4023·2023-10-06 08:16

2022-02-01新年愿景

同步地，近期将测序文章修改完毕再投出去，做一个保底的准备。年后将近期做的另外两个miRNA功能梳理完毕，做阶段性总结。8月份左右完成博士论文，并在之后如期完成博士预答辩，于12月份毕业。

谢俊飞·2023-10-06 08:13

遇到了一次colorspace的测序数据

我通常处理的都是RNA-seq数据，也全是来自illumina测序平台（自认为擅长RNA测序数据的个性化分析），但是最近学习ChIP-seq的时候，碰巧下载了一组SOLiDcolorspaceformat

果蝇饲养员的生信笔记·2023-10-06 02:57

1.3质控结果解读

reads长度符合仪器标准，GC含量符合理论2.某一位置上所有读段的测序质量评分结果2绿（合格）、黄（警戒）、红（不合格）3.每次荧光扫描的质量结果3蓝色表示测序质量很高，暖色表示测序质

cakarote·2023-10-05 21:56

如果你做乳腺癌研究，请查收这波多组学数据+分析工具

测序技术的发展及数据挖掘工具的开发，让肿瘤诊疗研究从临床解剖病理特征模式到分子分型模式，再到精准个体化模式演变。以“红颜杀手”乳腺癌为例，最近的研究或多或少都会涉及多组学及其数据挖掘。

尐尐呅·2023-10-05 16:26

【无标题】

3.2用于下游分析的通用工具包3.3空间特征识别3.4去卷积3.5插补和映射到单个细胞3.6细胞间相互作用推断前言一、空间转录组分类空间转录组技术主要分为两类：一类是基于杂交和成像的方法，另一类是基于测序的方法

老铁加油666·2023-10-05 01:44

2021年12月13日，天津发布我国首次检出奥密克戎变异株病例，我国疫情防控面临严峻挑战。

12月13日，天津市疫情防控指挥部发布，12月9日对从境外输入新冠病毒无症状感染者，呼吸道标本进行新冠病毒全基因组测序和序列分析。

知足常乐_34ef·2023-10-04 21:05

每日精进 180805 0147

现在人类正在测序所有生物基因，以后人类的所有思想行为是否可以用数字进行表达？那我就可以完全用数字表达一个生物啦。2.生活的主要目的是不断的追求幸福感。3.亲切自如的环

老陈看世界·2023-10-04 20:47

2021-08-08 基于mRNA display技术的蛋白质-蛋白质互作鉴定

传统针对蛋白质-蛋白质的互作鉴定多依赖于蛋白质质谱的鉴定，而PROPER-seq将蛋白质-蛋白质互作的的鉴定转换为RNA-RNA的嵌合鉴定，通过高通量测序可以实现大规模的蛋白质-蛋白质互作鉴定。

NAome·2023-10-04 17:53

Nature Genetics发布最大规模生菜全基因组重测序研究

深圳华大生命科学研究院、深圳国家基因库在四年前启动了生菜重测序计划，与荷兰遗传资源中心合作，对该中心保有的2500多份生菜及野生育种材料展开种质数字化。

尐尐呅·2023-10-04 02:22

全外显子组测序——壹.简介

外显子组测序（WholeExomeSequencing,WES）是利用探针杂交富集外显子区域的DNA序列，然后通过高通量测序，主要识别和研究与疾病、种群进化相关的的编码区及调控区域（UntranslatedRegions

oddxix·2023-10-03 17:14

R——处理批次效应

（1）多个数据集合并在生信分析过程中，尤其是转录组分析中，经常会遇到测得数据不足，需要利用公共数据库中已有的数据，那么能将这些数据直接和测序的数据混合吗？如果贸然混合，就会存在批次效应。

找兔子的小萝卜·2023-10-03 14:50

在最后的实践调研中展望未来

经过一系列的实验操作流程，为完善二代基因测序实践调研，2019年8月1日赴微分基因暑期实践调研团队在实验室指导老师的带领下继续进行二代基因测序的最后的一环节，质控上机实验。

赢韶涵·2023-10-03 11:34

耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？

在NGS基础：测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump从NCBI下载原始测序数据，命令如下。

生信宝典·2023-10-03 01:10

19.4.19上海交大单细胞论坛学习

刘小泽整理于2019.4.19+4.26有幸参加了4.19的上海交大单细胞论坛，下面简单记录了一下会议内容单细胞测序技术探索人类胚胎发育-汤富酬教授简介：汤老师课题组主要围绕人类早期胚胎发育、多能干细胞的自我更新能力和多能性调控的分子机理

刘小泽·2023-10-02 19:08

生命科学不只研究生死！科技发展兴起生命科学行业新浪潮

基因测序、精准医

深研学术·2023-10-02 19:46

学习小组Day4笔记--董昆

dongkun031·2023-10-02 12:26

生信教程：使用全基因组SNP数据进行ABBA-BABA分析

因此，它们经常用于使用基因组规模的SNP数据（例如来自全基因组测序或RADseq）来测试基因渗入。在本次实践[1]中，我们将结合使用可用软件和一些用R从头编写的代码来执行ABBABABA分析。

冷冻工厂·2023-10-02 06:37

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定

www.bio-info-trainee.com/2218.html准备工作：安装WSL，并将源换成国内源；在D盘建立文件夹bs用来放生信软件，文件夹data用来放下载的数据，data下建立文件夹fastq用来放测序数据

北极光_0424·2023-10-02 05:10

躺着也可以学习纳米孔测序了

经过14的马拉松式的在线直播课程，我们第一期《纳米孔测序数据分析培训班》圆满落幕，通过本次培训学员们充分了解了纳米孔测序相关的问题，并且通过实际操作，能够完成数据数据分析的工作。

基因学苑·2023-10-02 00:50

微生物菌群预测异体基因的造血细胞移植死亡率

2.采用16SrRNA基因测序方法，对4个研究中心（NewYork、Germ

JarySun·2023-10-01 21:14

2021-07-30 统计测序中插入片段长度insert_sizes

对于双端测序而言，事情就变得简单了。

xiaoguolaile·2023-10-01 15:43

Nature重磅综述：单细胞测序技术在癌症免疫治疗领域的应用

今天给大家分享的是2021年4月份发表在NaturereviewsClinicalOncology（IF=53.276）上的综述Applyinghigh-dimensionalsingle-celltechnologiestotheanalysisofcancerimmunotherapy。本文阐述了使用以scRNA-seq为主的单细胞分析技术取得的进展，特别是在肿瘤临床治疗、免疫疗法方面，讨论了

概普生信·2023-10-01 14:54

单细胞测序-scRNA的测序基础

单细胞测序(single-cellsequencing)，顾名思义就是能从单个细胞中获取遗传信息的测序技术。单细胞测序技术为什么近来大火，那么它能帮科研工作者能解决哪些问题？

作图丫·2023-10-01 06:00

学习小组Day7笔记---飞天小朱

1.png2.png今天的收获一个是系统的了解测序的定义，另外对于在Linux下初步分析测序信息也有了一定了解，啊，真的太多了，估计要消化几天。

飞天小朱_9634·2023-09-30 16:47

2022-07-20

Nature|单细胞测序揭示核染色体的位置决定了分离错误的频率原创骄阳似我图灵基因2022-07-2007:13发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制语音朗读本文音频：00:0009:48撰文：骄阳似我

图灵基因·2023-09-30 13:03

辛普森指数

测序公司给的D，所以越大值多样性越小，百度上是1-D计算的，其实原理是一样的。

赵会成·2023-09-30 01:58

转录组测序中的文件格式

所有scRNASeq都是双端测序fastq格式BAMbam文件存储映射后reads信息，bam文件可以转换成人可以阅读的sam文件，这种转换通过samtools进行。

实验室的搬运工·2023-09-30 00:47

单细胞测序CITE-seq cell hashing

Cellhashing是一种在单细胞rna测序平台上实现样本多线程和超负载的方法，由纽约基因组中心的技术创新实验室与Satija实验室合作开发。

KK_f2d5·2023-09-29 22:08

基因组组装（全）

基因组组装一般分为三个层次，contig,scaffold和chromosomes.contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。

麋鹿吃了颗草莓·2023-09-29 20:01

Qiime2 数据导入

DatawithsequencequalityinformationEMPProtocolformatEMP单端测序标准的EMP单

吴十三和小可爱的札记·2023-09-29 17:59

“基因Share”基因测序技术科普和行业分析平台

大家好，今天开通的的账号，将微信公众号“基因Share”的文章同步到，希望可以与更多的朋友一起分享和交流。后续的最新文章，我也会第一时间在平台发布，谢谢大家的支持。基因Share2020年4月20号

基因Share·2023-09-29 14:54

GEO数据挖掘（二）-- 基因差异表达分析及可视化全套代码分享

前两次教程“GEO数据挖掘（一）简单快速下载GEO数据”、“GEO数据挖掘（一）下载SRA库原始测序数据”已经分享过如何下载数据，本次将分享如何将geo数据内的差异基因提取出来，进行差异化分析，找到上调下调基因

诺禾致源·2023-09-29 11:36

分子标记（包括基因测序）

背景在最开头，我们来说下两种遗传模式：1核基因组是双亲遗传的（一条染色体来自母本，一条来自父本），只有性染色体是单亲遗传的，但不是所有生物都有性染色体。2细胞器基因组是单亲遗传的：植物动物都具有的线粒体基因组是母体遗传的（maternalinheritance），植物具有的叶绿体基因组在被子植物中是母体遗传的，在裸子植物中是父体遗传（paternalinheritance）。动物细胞与植物细胞那么

xiaoxianyu·2023-09-29 08:44

singlem,一款可以使用marker基因进行宏基因组reads分类的软件

最近偶然从一篇PNAs的文章，看到作者不仅进行了16SrRNA测序，而且通过marker基因和宏基因组bins同时计算了群落结构，对比三者发现，菌群结构相似。

谷流觞·2023-09-29 07:02

Paper_3: 正常输卵管上皮细胞的单细胞测序揭示了浆液性卵巢癌的非遗传异质性

Highlights利用输卵管上皮细胞（FTE）的亚型定义了浆液性卵巢癌（SOC）的分子分型FTE细胞在单细胞水平上的整体描述鉴定了6种分子亚型的细胞类群在1700个高级浆液性卵巢癌（HGSOC）的肿瘤bulk样本中鉴定到了大量非遗传异质性的存在一种间叶细胞含量高的HGSOC亚型和较差的预后显著相关Summary不同细胞状态之间的分化促进了肿瘤细胞的逆境生存，同时也加快了非遗传异质性（NGH）的形

TOP生物信息·2023-09-29 00:06

KEGG 通路富集分析图解

现在是基因组测序和其他高通量实验技术产生的大规模分子数据集的整合和解释的重要生物信息数据参考知识库。KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。

荞麦agan·2023-09-28 23:05

SCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生

文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你123篇原创内容-->公众号今天开启单细胞之旅，单细胞其实我也算接触较早的项目，之前在老东家参与开发单细胞测序的实验开发以及后期生信流程的搭建

90066456ace6·2023-09-28 20:33

单细胞ATAC和RNA测序的结合分析

方法RNA测序及预处理LNCaP和VCaP细胞系是

概普生信·2023-09-28 12:36

转录组分析Day1笔记--xiaofan1991

实验设计主要注意以下三个方面的内容:RNA提取方案测序深度或文库大小重复的次数 RNA提取方案主要是去除rRNA，保留我们感兴趣的mRNA。

xiaofan1991·2023-09-28 08:55

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