illumina测序

生信分析学习笔记 - RNAseq （五） HISAT2回帖及评估

某RNAseq分析流程HISAT2简介HISAT2是将下一代测序读段结果基于图比对到一组基因组（graph-base
班朱朱UP·2023-09-06 06:47

【单细胞】单细胞数据的批次效应

举几个场景：不同样本同一样本的生物学重复同一样本的技术重复同一样本在同一个实验室由同一团队在不同时间点处理同一细胞系/植物组织在不同实验室不同建库策略，10X平台，Drop-seq,SMART2-seq不同测序平台
jjjscuedu·2023-09-06 04:13

细胞发育学—小胶质细胞_Science

2020年1-3月供推荐56篇单细胞领域高分文章（2020年一季度·单细胞文献速递56篇）序号：2020-123编者按：单细胞转录组测序揭示人类胎儿小胶质细胞的发育过程人类胎儿小胶质细胞在发育早期就具有体内平衡的免疫传感特性
安哥生个信·2023-09-06 04:31

“完美”的测序技术会出现吗？

大家好，今天我们跟大家讨论的话题是“完美”的测序技术，既然讨论“完美”，那么就要先确定几个衡量完美的主要标准，这里我根据自己的理解给出了四个，并从技术层面，根据重要程度进行了排序：1.尽可能保真>2.尽可能完整
基因Share·2023-09-05 20:31

2021-03-19佛手瓜组学研究

为了加强对它的遗传研究，我们使用纳米孔第三代测序结合Hi-C数据组装了一个chayote基因组草图。
八段锦1134·2023-09-05 13:10

日更-《未来呼啸而来》-05

力量3：更多的非货币化2001年，那时对整个人类进行基因测序需要9个月，1亿美元的成本。如今，Illumina公司仅需1小时100美元，速度提高了6480倍，成本降了100万倍。
liumw1203·2023-09-05 11:54

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0

#ITSATCATTA|→→→←←←GACCTCA|AATCA#LSUTAACAAGG|TCCCC→→→←←←GAAGAAGCC|笨办法，仅供参考，后续会有更新！！ITSITS5（正向）ITS4（反向）序列较短，一般可不用进行序列反向互补和序列比对，若出现套峰则要进行序列反向互补和序列比对。用snapgene打开ab1文件，用记事本打开seq文件。如下峰图，其碱基序列可直接使用如下峰图（双峰叠加）
zq_Shen·2023-09-04 22:40

数学建模--时间序列预测模型的七种经典算法的Python实现

目录1.开篇版权提示2.时间序列介绍3.项目数据处理4.项目数据划分+可视化5.时间预测序列经典算法1：朴素法6.时间预测序列经典算法2：简单平均法7.时间预测序列经典算法3：移动平均法8.时间预测序列经典算法
Danceful_YJ·2023-09-04 16:32

生信学习小组-Day7 - 三三

关键词测序，Sanger，NGS今日笔记测序知识更多资料测序发展史：https://mp.weixin.qq.com/s/GReWY8yq7O_xVnajknrHZQ测序的世界：https://www.jianshu.com
三三鹅_·2023-09-04 11:33

重测序专题（一）| 一文了解测序技术的发展

全基因组重测序（Whole-genomere-sequencing），就是对已有参考基因组的物种个体进行再次测序。它可以对单独个体，也可以对群体进行研究。
爱基百客·2023-09-04 06:34

组蛋白ChIP-seq研究思路及应用案例分享

ChIP-seq技术将染色质免疫共沉淀与二代测序结合，高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA序列。
爱基百客·2023-09-04 06:34

RNA结合蛋白研究技术：RIP-seq实验分析流程及案例分享

RIP-seq（RNAImmunoprecipititation）是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，RIP利用目标蛋白的抗体将相应的RNA-蛋白复合物（RBP）沉淀下来，分离纯化捕获的RNA，结合高通量测序技术对目标
爱基百客·2023-09-04 06:03

LCS解析，打印最大长度和路径

LCS可以用来做什么1，生物学上用来进行基因序列比对，以推测序列的结构、功能和演化过程2，用来描述两段文字的”相似性“，可以用来辨别是不是抄袭怎么计算LCS1，暴力穷举法就是把两个序列所有的子序列都列出来
丹丹8936·2023-09-03 22:06

跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化

跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应跟着Cell学单细胞转录组分析(
KS科研分享与服务·2023-09-03 16:46

捷报 | 求臻医学两地医学检验实验室满分通过此项室间质评

捷报近日，国家卫生健康委临床检验中心（NCCL）公布了2023年全国肿瘤体细胞突变高通量测序检测生物信息学分析室间质评结果，求臻医学北京、杭州两地医学检验实验室再度喜获佳绩，以满分的优异成绩通过本次考核
求小臻·2023-09-03 00:35

精准医学： 应用脑脊液游离DNA全基因组甲基化测序筛选小儿髓母细 胞瘤早期诊断与预后监测的可靠生物标志物｜液体活检专题

易点评本文是液体活检DNA甲基化标志物发现的典型研究案例。儿童脑恶性肿瘤如髓母细胞瘤(MB)致癌基因突变频率较低，但DNA甲基化改变明显，根据MB的这一特点作者使用了WGBS和CMS-IP-seq技术分别进行甲基化与羟甲基化监测，并将实验结果与大型公共数据库（IlluminaHumanMethylation450K芯片数据、已发表的儿童MB患者WGBS数据）相结合，针对MB肿瘤脑脊液(CSF)中的
易基因科技·2023-09-03 00:03

全基因组选择：LightGBM通过提升GWAS敏感性促进基因挖掘

GWAS是识别性状相关基因和理解性状背后的遗传结构的有效方法，随着下一代测序技术的快速发展，基因分型费用显著降低，而在大规模人群的情况下，表型已成为GWAS的瓶颈。
talentsta·2023-09-02 18:04

CRISPR-Cas9基因编辑7--测序验证敲除

前言：使用挑单克隆技术得到多个单克隆细胞系后，就要开始验证敲除，除了蛋白表达水平的检测，最终还是要看测序结果。
冻春卷·2023-09-02 18:06

10X单细胞和10X空间转录组学联合分析运用的方法思路及运用

单个细胞基因表达严格按特定的时间和空间顺序发生，但由于单细胞测序的前提是将组织制备成单细胞悬液，从而忽略了同样非常关键的细胞所处的原始位置信息，这一点通过空间转录组测序有望解决。
单细胞空间交响乐·2023-09-02 17:24

2018-06-20

转自小伙伴总结三．论述题：1、论述三种人基因组测序产品各自的优势和局限。答：全基因组重测序的优势：整个基因组范围内检测变异位点；可检测CNV、SV类型变异；对疾病先验知识要求不高。
caelynmin·2023-09-02 13:22

ARTS-DB: 抗生素抗性靶标数据库

随着公开测序基因组数量的指数级增长和BGC预测工具的进步，基因组挖掘算法已经发现了数百万
小白菜学生信·2023-09-02 09:13

9月1日，每日信息差

1、华大智造：已实现海外基因测序仪和测序试剂的量产，实现了海外基因测序仪和测序试剂的量产2、邮储银行下调定存利率。
今日信息差·2023-09-02 05:22

老化的骨骼干细胞产生炎性退行性微环境

单细胞RNA测序研究显示功能丧失与衰老小鼠SSC转录组多样性减少直接相关，这导致了骨髓微环境的转化。年轻造血干细胞的
felix108·2023-09-02 00:36

Cell | 超深度宏基因组！复原消失的肠道微生物

为了理解工业化生活方式引起的微生物组变化，需要结合高深度的宏基因组测序来研究原始人(Hadza)微生物功能、生长动力学和扩散模式。
SHANGHAILINGEN·2023-09-01 18:05

《TCGA数据下载的终极篇》

NationalCancerInstitute(NCI,美国国家癌症研究所)和NationalHumanGenomeResearchInstitute(NHGRI,国家人类基因组研究所)合作，在2006年建立的癌症研究项目，旨在运用高通量测序技术和生物信息学分析方法探究癌症
生信学霸·2023-09-01 17:56

全基因组关联分析 (GWAS) - 简介

后来，随着高通量测序成本的降低，标记数量越来越多，不得不进入linux和脚本操作的时代，因此我也陆陆续续的学习了R和Python等编程语言，但是在编程的世界里，只是一个小菜鸟，大部分的脚本都是“借来的”
Zhigang_Han·2023-09-01 13:00

GATK4重测序数据怎么分析？上游分析标准流程

GATK4×WGS今天分享一篇笔记，主要内容是WGS重测序下机数据fq.gz文件到变异位点信息vcf文件的操作过程，包括序列质控过滤、基因组比对、检测变异、合并VCF等步骤。
生信分析笔记·2023-09-01 10:35

肿瘤TMB的计算原理和数学模型

流程一般如下：手术取样、提取DNA、建测序文库、靶向捕获、NGS测序、数据比对、变异检测、变异注释、结果解读。复杂方法下的简单目的：数一数肿瘤特有的变异有几个，多数情况下平均每100万个
yangliunk1987·2023-08-31 07:35

单体型基因组的组装分类

单体型组装后可以大大降低重测序比对的SNP数量，同时增加indel数量。可以进行基因印迹或母体遗传分析。在农作物的
wo_monic·2023-08-31 06:55

高通量测序的前世今生

今天有师弟问我关于转录组测序和基因芯片的东西。问题如下：芯片里面用RMA方法标准化的方法是以FPKM作为标准么？
研平方·2023-08-31 06:23

重测序分析（5）使用lumpy进行结构变异检测

结构变异结构变异是指在物种中遗传和多态性的基因组DNA中的大规模结构差异。它们是染色体重排的结果（缺失，复制，插入，倒置）。如果这些多态性在细胞遗传学上可见，则称为异态。lumpylumpy是一款基于概率框架检测结构变异(structurevariants)的软件,它根据read-pair,split-read,read-depth和其他先验知识寻找基因组上可能的结构变异。lumpy基于paire
Bioinfor生信云·2023-08-30 18:56

【动植物研究动态】20220410文献解读

我访问不了不知道）的豌豆基因分型测序（GBS）数据，共获得22,127个S
米源MY·2023-08-30 07:13

单细胞测序做到啥程度能毕业|博士篇

相较于单细胞测序本身而言，毕业显然是各位更关注的问题，"单细胞测序做到啥程度能毕业"这个问题总是在我的脑海中挥之不去，此前我们已经整理了硕士篇的内容：单细胞测序做到什么程度能毕业|硕士篇。
Biomamba生信基地·2023-08-30 07:09

手把手教你做单细胞测序数据分析（五）——细胞类型注释

前面的课程中基本已带领大家将单细胞测序预处理部分打通了，这里给大家介绍的是单细胞测序中最让人头疼的细胞类型注释。
Biomamba生信基地·2023-08-30 07:08

手把手教你做单细胞测序数据分析（六）——组间差异分析及可视化

往期回顾：在前面的课程中我们已经进行过“单样本数据分析”、“多样本数据整合”、“细胞类型注释”等内容的学习，相信大家现在已经能够对单细胞测序数据分析流程及Seurat对象的基本结构拥有了一定的了解。
Biomamba生信基地·2023-08-30 07:08

手把手教你做单细胞测序数据分析（二）———数据读取

相信经过大家这一个礼拜的学习，已经能够熟练的掌握R语言与Linux，现在我们就正式开始课程！有疑惑欢迎后台交流。一、代码：library(multtest)if(!require(multtest))install.packages("multtest")if(!require(Seurat))install.packages("Seurat")if(!require(dplyr))install
Biomamba生信基地·2023-08-30 07:08

手把手教你做单细胞测序（四）——多样本整合

手把手教你做单细胞测序（四）——多样本整合（B站同步播出，先看一遍视频再跟着代码一起操作，建议每个视频至少
Biomamba生信基地·2023-08-30 07:08

我骗了国家几千亿，又被你用一把草揭穿了……

西医：我们需要对新冠病毒进行基因测序，研究病毒的结构特点。中医：这种温邪啊，主要通过口鼻入侵人体，首先影响肺部，常引起发热干咳乏力等症状。西医：我们成功研发了核酸测试确诊技术。
华夏养生·2023-08-30 00:07

illumina测序原理

今天我利用一点时间，我们回顾illimina测序原理，非常值得从事生物学研究生的小白查阅哦~我的主要参考资料是如下的两个非常重要的vedio以及推文，链接如下。
ShanSly·2023-08-29 22:22

易基因：全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示儿童哮喘增强子区域的整体低甲基化｜科研速递

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。哮喘（asthma）是儿童期最常见的慢性炎症性疾病，患病率2.6%~30.5%，儿童哮喘是世界范围内的一个主要健康问题。儿童哮喘是遗传和环境因素复杂互作结果，可导致表观遗传和免疫失调、气道炎症和肺功能受损。先前研究利用850K芯片对哮喘的DNA甲基化变化的靶点特异性分析或DNA甲基化微阵列进行了描述，覆盖人类基因组约28MCpG中的27
易基因科技·2023-08-29 13:40

DART: a fast and accurate RNA-seq mapper with a partitioning strategy DART：使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器

afastandaccurateRNA-seqmapperwithapartitioningstrategyDART：使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器AbstractMotivation(动机):近年来，大规模并行cDNA测序
wangchuang2017·2023-08-29 02:16

捋一遍单细胞测序分群鉴定——基于seurat官网和网上资料~

在看完seurat官方分群教程后https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html感觉又收获很多东西，决定写下笔记，更好地去了解这个包，和单细胞测序数据的分析原理
申伟_4009·2023-08-29 00:29

2019-11 文献阅读报告

Batcheffectsinsingle-cellRNA-sequencingdataarecorrectedbymatchingmutualnearestneighborsLalehHaghverdi，AaronTLLun，MichaelDMorgan，JohnCMarioninaturebiotechnology文章摘要随着单细胞测序数据集规模增
xianmao123·2023-08-28 21:00

2021-12-12转录组分析（四）--王通老师讲解

09测序数据处理（不是不好就不用，而是要尽可能去处理，挖掘数据的价值；即使是好的数据也需要处理）---也就是对数据进行过滤。[if!supportLists]1.
不如好好学生信吧·2023-08-28 11:21

2021-05-28生信星球day7-木易

测序过程和原理测序的世界https://www.jianshu.com/p/101c14c3a1d2测序类型测序历史链接http://mp.weixin.qq.com/s?
木易18·2023-08-28 10:10

Seurat24式太极拳之8右揽雀尾---在Seurat中使用sctransform

八、右揽雀尾后坐扣脚收脚抱球转体上步弓步掤臂摆臂后捋转体搭手弓步前挤转腕分手后坐引手弓步前按单细胞RNA-seq数据中的生物异质性通常与包括测序深度在内的技术因素混淆。
Seurat_·2023-08-27 21:49

你听过蟑螂牛奶吗？

这个团队对位于蟑螂中肠的蛋白质晶体进行了测序，发现它的营养价值是牛奶的四倍多，是地球上最有营养的物质之一。什么是蟑
五龙007·2023-08-27 14:30

学习小组Day7笔记--Danny

image.png转录组数据处理，试一试这个教程测序技术原理及常用数据格式简介生信入门专题|Linux常用命令集生物信息学基本概念及常用数据库介绍
Danny_dddf·2023-08-27 04:50

encode eclip 数据分析流程

#准备：测序数据：fastq格式；RBFOX2HepG2测序数据-RBFOX2STAR的基因组索引：UCSC下载fasta格式STAR的重复元件索引：RepBase下载fasta格式barcodes文件
JeremyL·2023-08-27 01:03

10X空间转录组重点分析合集2

我们这一篇进行分析合集包括三个部分（均是我之前所写）10X空间转录组数据分析重点梳理时空CNV分析导论10X空间转录组之免疫组库分析第一部分：10X空间转录组数据分析重点梳理空间转录组学(ST)技术正迅速成为单细胞RNA测序
单细胞空间交响乐·2023-08-27 00:51
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