illumina测序

在线平台如何做单细胞测序分析全套？有它so easy!

在线工具也能追上单细胞作者：白介素2单细胞测序技术是一个越来越Popular的技术，这不前两天还有小伙伴来找白介素同学，说是老板想分析单细胞测序的数据，喜欢追热点，让他们去学R语言，然后小伙伴自然是懵逼
医科研·2023-09-25 23:24

生信零基础 Day7 by Sure栗子

测序的基础知识今天的东西太难了，我只能搞懂基本的发展脉络，要补的课太多了测序相关知识.png
Sure栗子·2023-09-25 20:41

好记性不如烂笔头

所以很多笔记都不够系统，因此我想要对自己的博士课题（主要是单细胞测序方面）的学习做一个详细的记录与总结，不仅是为了分享，更重要的是记录过程中加强对方法的系统理解以及方便以后的知识回顾。
好风凭借力·2023-09-25 19:56

人类全基因组分析提速10倍的背后：TCS服务垂直行业的探索

欢迎大家前往云加社区，获取更多腾讯海量技术实践干货哦~作者：腾讯技术工程官方号近日腾讯云国内首发二代基因测序FPGA加速方案，将人类全基因组数据分析从业内平均水平的30小时降低到了不到3小时，在业内引起不小反响
腾讯云开发者·2023-09-25 10:24

基因组大小查询（二）|基因组组装结果查询

在进行基因组测序之前，生物学家是用质量来衡量不同生物之间基因组的大小。对于已经测序发表的基因组，可以直接通过查询相关数据库中提交的基因组信息，对本物种或者近源物种基因组大小进行初步调研。
bioyigene·2023-09-25 10:23

物种基因组大小查询之流式结果查询

在进行基因组测序之前，生物学家是用质量来衡量不同生物之间基因组的大小。通常使用的单位为pg（10e-12），这个值简称为C-value。通过简单的换算就可以知道大概的碱基的数量。
bioyigene·2023-09-25 10:23

代码分析 | 单细胞转录组质控详解

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2023-09-25 08:00

线粒体基因组的组装和注释（MitoFinder ）

之前有过用二代测序的数据组装植物叶绿体基因组昆虫线粒体的经历，用的是单位的超算（Linux系统）。
xiaoxianyu·2023-09-24 22:37

柿子基因组测序与其性别决定系统的进化分析

我大体看了下近期植物小RNA相关研究报道时，发现bioRxiv上，日本Takashi课题组上传了其所开展的柿子基因组测序文章。大体扫了一下，我便在课题组组会上分享。
生信石头·2023-09-24 21:08

感恩日记20180823

感恩质量管理体系的候选人：今天面试公司质量管理部的候选人，对方系统的分享了测序行业的质量管理体系及经验，让我这个门外汉
Fanamour·2023-09-24 11:35

RNA-seq的差异基因除了热图/火山图，你还可以如何展示？

差异基因展示方式除了热图、火山图，还有传说中的“瀑布图”（不确定是不是叫瀑布图，我感觉更像S型图），近两天我在浏览的时候发现了一篇好文，来自作者ZZZZZZ_XX的一篇：测序结果概览：基因表达量rank
生信start_site·2023-09-24 09:18

生信技巧 | GNU 并行操作

数据并行情况当文件的每一行都可以单独处理时基因组的每条染色体都可以单独处理组件的每个脚手架都可以单独处理处理并行压缩或解压缩10到100个文件计算大文件中的行数将许多样本的原始测序数据文件与基因组进行比对不能并行的情况基因组组装并不是简单的可并行化
冷冻工厂·2023-09-24 06:07

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【3】：胚胎发育/干细胞分化

早期胚胎发育中的细胞系特征单细胞转录组测序（scRNA-seq）和空间转录组学等新兴技术为分析细胞组织、形态和分子特性的分化以及系谱分配开辟了新途径。scRNA-seq
尐尐呅·2023-09-24 06:30

一文读懂FastQC Report

BasicStatistics总览，来判断测序质量图1BasicStatisticsEncoding：测序平台信息，我也不知道这
实验狗的简书·2023-09-23 16:43

2121年第21周检视（5.31-6.6）

6月第1周要事：1.六一陪娃周四给大姐看基因测序结果周六去楚文老师家。家庭规则的建立未完成。有一天发火，未做到和善。2.文君、冬松，还有一个小姑娘，聪聪线上约谈方方，约见。跟进房山合作，唐卡沙龙。
慧婕的成长笔记·2023-09-23 10:24

相信技术的力量 - RSAC 2020 (2)

此次国内研究机构两周内完成病毒分离和基因测序令全球刮目相看，在抗疫中发挥的作用举世皆知。也应该鼓励论文不受限制地大量去发，就像安全企业要坚定走出国门一样。让我们再来看看其它技术应用。
安全乐观主义·2023-09-23 09:26

微生物测序该怎么选，16S or 宏基因组?

该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列（V4区或V3-V4区）进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp
唯问生物·2023-09-23 07:53

5+：基于单细胞测序和转录组数据构建胰腺癌中坏死性凋亡相关的预后模型

原文公众号：一起实验网对下述分析方法感兴趣或者没有研究思路的小伙伴，欢迎踊跃探讨！早！今天小编和大家分析一篇2022年10月发表在《FrontiersinImmunology》（IF:5.0）期刊上的文章《Anecroptosisrelatedprognosticmodelofpancreaticcancerbasedonsinglecellsequencinganalysisandtranscr
一起生信分析·2023-09-23 07:55

KEGG信号通路富集分析

KEGG信号通路富集分析当我们手头有转录组测序后的差异分析数据后，想更进一步的去分析这些差异基因在信号通路富集情况，其中一种办法是使用KEGG网站进行信号通路富集分析。
MurphyStar·2023-09-22 19:43

国产测序仪之赛纳生物测序技术路线介绍

“基因Share”本文为付费文章，如需阅读全文，请点击该链接：https://mp.weixin.qq.com/s/RXkUGRqlaGbb04tzghqz9Q大家好，今天我将为大家简单介绍赛纳生物的测序技术路线
基因Share·2023-09-22 19:26

一个逆天的small RNA-seq数据挖掘神器

随着高通量测序技术的不断发展完善，大批量的基因组数据积累在数据库中，这个大家都很清楚。近些年，越来越多的证据表明samllnon-codingRNA（sncRNAs)也发挥了很重要的调节作用。
医科研·2023-09-22 17:27

宏基因组介绍

如何清楚的认识环境样品中微生物群落的组成和功能基因是困扰大家多年的难题，近年来随着新一代测序技术发展而来的宏基因组技术解决了这一难题。宏基因组英文metagenome，早期也被称为元基因组。
斗战胜佛oh·2023-09-22 10:26

通过包含病毒的单细胞测序揭露重症登革热发展过程的分子信号

Virus-inclusivesinglecellRNAsequencingrevealsmolecularsignaturepredictiveofprogressiontoseveredengueinfection题目：通过包含病毒的单细胞测序揭露重症登革热发展过程的分子信号作者及单位
猫姐Lily·2023-09-22 07:54

如何使用scp在Linux服务器的后台传输文件？

对于大的文件，如测序数据、比对文件等。这样的方法显然太笨。scp一个命令就能解决。一、上传常规操作从当前服务器上传到另一个服务器。
生物信息与育种·2023-09-21 18:36

单细胞测序数据怎么分析肿瘤进化

图1：不同样本的不同变异类型的克隆占比以及其生存分析使用组学测序来探究肿瘤的异质性被证明十分有效，例如之前大名鼎鼎的PCAWG计划，该项目从
felix108·2023-09-21 00:44

2020-09-28 一代至三代测序技术介绍

摘要：从1977年第一代DNA测序技术（San
__一蓑烟雨__·2023-09-20 21:24

【陈巍学基因-3】small RNA-seq

这次介绍：1.smallRNA建库测序方法2.smallRNA的生物信息学分析表达量差异分析聚类分析靶基因的GeneOntology分析(GO分析)靶基因的KEGGPathway分析3.血清、血浆microRNA
oddxix·2023-09-20 14:08

序列组装

1.利用fastqc对模拟测序的序列进行质控分析1.1使用art-illumina模拟测序，生成高通量数据（art-illumina模拟测序）nohupart_illumina-ssHS25-sam-iGCA
javaLi·2023-09-20 08:27

利用qiime2分析微生物组16S rRNA数据小结

混合双端、V3-V4区域测序，00.RawData已经进行了样本拆分、barcode去除和引物切除。
竹舞清风_忆·2023-09-20 08:27

代码分析 | 单细胞转录组clustering详解

聚类可视化NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2023-09-20 04:14

【R语言】——相关性分析和热图绘制

在组学测序（如转录组）中需设置多个生物学重复，而对多个生物学重复样本的相关性分析，可从中判断生物学重复样本数据是否可以用于接下来的分析。如有一生物学重复不一致的情况，
在打豆豆的小潘学长·2023-09-20 03:07

相关性分析和热图绘制

在组学测序（如转录组）中需设置多个生物学重复，而对多个生物学重复的相关性分析，可从中判断生物学重复数据是否可以用于接下来的分析。
树谷-胡老师·2023-09-20 03:32

单细胞转录组在心血管系统发育、疾病与医学中的研究

需要一步一步去咀嚼，不要在头脑中模棱两可Single-cellRNAsequencingincardiovasculardevelopment,diseaseandmedicine导读：在过去的10年里，单细胞RNA测序
不如好好学生信吧·2023-09-20 03:27

重测序分析

通过双端测序的数据比对参考基因组。第一步准备工作（这里只用了拟南芥1号染色体的数据）bwaindex.
每天都想睡觉的阿源·2023-09-20 02:11

生信技巧 | GNU 并行操作

数据并行情况当文件的每一行都可以单独处理时基因组的每条染色体都可以单独处理组件的每个脚手架都可以单独处理处理并行压缩或解压缩10到100个文件计算大文件中的行数将许多样本的原始测序数据文件与基因组进行比对不能并行的情况基因组组装并不是简单的可并行化
·2023-09-20 00:56

学习小组Day7笔记-小白之测序知识

今天主要是学习了测序知识。测序知识笔记今天真的了解和学习到了很多测序的知识，但也在感慨这原理听上去挺简单的，但在操作过程会很复杂。
Morning_22·2023-09-19 20:45

Nature综述：单细胞和空间转录组的数据整合

然而，单细胞测序破坏了细胞间的空间关系，而空间转录组并不能区分出特定的细胞。
概普生信·2023-09-19 14:02

GTEx数据库

GTEx项目对来自人体多个组合和器官的样本，同时进行了转录组测序和基因分型分析，构建了一个组织特异性的基因表达和调控的数据库：Genotype-TissueExpression(GTEx)1.背景知识一期
Hayley笔记·2023-09-19 06:46

群体遗传学习笔记-测序技术学习

群体遗传学习笔记-测序技术学习重测序技术简介全基因组重测序(Resequencing)是对已知参考基因组序列的物种进行不同个体间的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。
wangchuang2017·2023-09-19 02:50

表观遗传学在生物医学领域的应用

随着实验和测序技术的进步，当前产生了海量的表观基因组数据，从这些数据中挖掘生物学特征对理解生命的生理及病理过程有重要意义。如在癌症中，表观遗传学修饰的添加或删除，与肿瘤抑制基因的沉默或
荞麦agan·2023-09-19 02:18

单细胞imputation数据补全之KNN-smoothing

单细胞测序面临的一个不可忽视的技术问题，就是dropout事件（表达大量的0值，表达矩阵比较稀疏），如何克服这些噪声，研究者开发了一些方法，用以填补这些0值，克服技术噪声。
好风凭借力·2023-09-18 09:16

单细胞测序的纯生信套路

单细胞RNA测序揭示细菌性肺炎继发脓毒症发病机制中的免疫细胞功能障碍背景知识：在脓毒症期间，宿主对感染病原体的免疫反应失调会导致器官功能障碍。
概普生信·2023-09-18 06:26

DipC 构建基因组 3D 结构（学习笔记）

目录下载SRA数据使用SRAToolkit转换SRA数据为Fastq格式使用bwa比对测序数据使用Hickit计算样本的基因组3D结构使用散点图展示3D结构计算3D结构重复模拟的稳定性其他步骤1.下载SRA
浓香鸭腿面·2023-09-18 06:24

对于含有质粒的细菌基因组项目，如何进行分析比较好？

上述情况可以分为以下4种子情况：（1）如果质粒的基因组信息非常重要或对质粒组装要求高，建议先将质粒从基因组中分离出来，然后单独测序（质粒较小的话可以使用Sanger法进行测序）；（2）如果关注点在基因组上
f70420f979c3·2023-09-18 05:51

16S多样性测序到底选择哪些区域测定

杂志发表文章（IntragenomicHeterogeneityof16SrRNAGenesCausesOverestimationofProkaryoticDiversity），研究比较了16S不同区域的测序结果
斗战胜佛oh·2023-09-17 16:16

R语言绘制染色体变异位置分布图，RIdeogram包

在遗传学研究中，通过测序等方式获得了基因组上某些位置的基因型信息。如下表，第一列是变异位点的ID，第二列是染色体，第三列是物理位置，最后两列是两个样品的基因型。
生信分析笔记·2023-09-17 15:55

三代SV检测软件之cuteSV

作者：大行山审稿：童蒙编辑：angelica三代测序在检测基因组结构变异方面有着很大的优势，但是由于数据分析算法、软件还处于不断开发更新中，当前还没有公认推荐的软件。
生信阿拉丁·2023-09-17 12:48

使用LFTP+FileZilla向GEO数据库上传数据

写在前面向GEO数据库中上传高通量测序的文件可能是一个人研究生阶段必须要经历的过程，如果不太了解高通量测序也不具备linux基本操作的话，可能会费一番工夫。
巩翔宇Ibrahimovic·2023-09-17 10:02

单细胞教程04-09

发了几次总是被锁定，哎，再发一次吧04单细胞测序质量控制https://mp.weixin.qq.com/s/Q8TtPfELASf0E5u2WsXg0g05单细胞RNA-seq：归一化和PCA理论https
土豆学生信·2023-09-17 03:18

Cell｜单细胞分析揭示结直肠癌中髓系靶向治疗的机理

Cell上发表了题为“Single-CellAnalysesInformMechanismsofMyeloid-TargetedTherapiesinColonCancer”的研究文章，该研究通过单细胞测序技术对结直肠癌患者肿瘤组织免疫细胞亚群进行了分析
LifeScienceMed·2023-09-17 00:43
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