illumina测序第19页

易基因：全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示儿童哮喘增强子区域的整体低甲基化｜科研速递

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。哮喘（asthma）是儿童期最常见的慢性炎症性疾病，患病率2.6%~30.5%，儿童哮喘是世界范围内的一个主要健康问题。儿童哮喘是遗传和环境因素复杂互作结果，可导致表观遗传和免疫失调、气道炎症和肺功能受损。先前研究利用850K芯片对哮喘的DNA甲基化变化的靶点特异性分析或DNA甲基化微阵列进行了描述，覆盖人类基因组约28MCpG中的27

易基因科技·2023-08-29 13:40

DART: a fast and accurate RNA-seq mapper with a partitioning strategy DART：使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器

afastandaccurateRNA-seqmapperwithapartitioningstrategyDART：使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器AbstractMotivation(动机):近年来，大规模并行cDNA测序

wangchuang2017·2023-08-29 02:16

捋一遍单细胞测序分群鉴定——基于seurat官网和网上资料~

在看完seurat官方分群教程后https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html感觉又收获很多东西，决定写下笔记，更好地去了解这个包，和单细胞测序数据的分析原理

申伟_4009·2023-08-29 00:29

2019-11 文献阅读报告

Batcheffectsinsingle-cellRNA-sequencingdataarecorrectedbymatchingmutualnearestneighborsLalehHaghverdi，AaronTLLun，MichaelDMorgan，JohnCMarioninaturebiotechnology文章摘要随着单细胞测序数据集规模增

xianmao123·2023-08-28 21:00

2021-12-12转录组分析（四）--王通老师讲解

09测序数据处理（不是不好就不用，而是要尽可能去处理，挖掘数据的价值；即使是好的数据也需要处理）---也就是对数据进行过滤。[if!supportLists]1.

不如好好学生信吧·2023-08-28 11:21

2021-05-28生信星球day7-木易

测序过程和原理测序的世界https://www.jianshu.com/p/101c14c3a1d2测序类型测序历史链接http://mp.weixin.qq.com/s?

木易18·2023-08-28 10:10

Seurat24式太极拳之8右揽雀尾---在Seurat中使用sctransform

八、右揽雀尾后坐扣脚收脚抱球转体上步弓步掤臂摆臂后捋转体搭手弓步前挤转腕分手后坐引手弓步前按单细胞RNA-seq数据中的生物异质性通常与包括测序深度在内的技术因素混淆。

Seurat_·2023-08-27 21:49

你听过蟑螂牛奶吗？

这个团队对位于蟑螂中肠的蛋白质晶体进行了测序，发现它的营养价值是牛奶的四倍多，是地球上最有营养的物质之一。什么是蟑

五龙007·2023-08-27 14:30

学习小组Day7笔记--Danny

image.png转录组数据处理，试一试这个教程测序技术原理及常用数据格式简介生信入门专题|Linux常用命令集生物信息学基本概念及常用数据库介绍

Danny_dddf·2023-08-27 04:50

encode eclip 数据分析流程

#准备：测序数据：fastq格式；RBFOX2HepG2测序数据-RBFOX2STAR的基因组索引：UCSC下载fasta格式STAR的重复元件索引：RepBase下载fasta格式barcodes文件

JeremyL·2023-08-27 01:03

10X空间转录组重点分析合集2

我们这一篇进行分析合集包括三个部分（均是我之前所写）10X空间转录组数据分析重点梳理时空CNV分析导论10X空间转录组之免疫组库分析第一部分：10X空间转录组数据分析重点梳理空间转录组学(ST)技术正迅速成为单细胞RNA测序

单细胞空间交响乐·2023-08-27 00:51

2021-01-06GWAS全基因组关联分析流程

比对1.构建索引bwaindex-aisexample.fasta#构建索引-ais算法（BWT构造算法：bwtsw、is或rb2）2.进行比对bwamem-t6-R'@RG\tID:foo\tPL:Illumina

麦冬花儿·2023-08-26 22:39

2022-04-04

NatBiotech|超快速纳米孔基因组测序加速致病变异鉴定原创huacishu图灵基因2022-04-0323:27收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=54.908推荐度：⭐⭐⭐

图灵基因·2023-08-26 19:28

宏基因组之基因组装

针对高通量测序数据，出现了多种拼接算法和软件。图片.png目前拼装方法主要有两类

凯凯何_Boy·2023-08-26 15:05

【搬砖】【MatchMixeR无法使用】对不同GPL的microarray测序结果归一化

分析GEO下载下来的文件，通常单个GEO文件内包含的样本量不够大，用起来结果不太好，因此往往需要考虑将多个GEO文件汇总呈一个compile。GPL平台一样的话，可以用MAS5、RMA等方法对CEL的芯片数据进行归一化处理。但是，GPL平台不一样的话，似乎没有什么好方法。查pubmed发现了2020年发表在bioinformatics上的一篇文章，作者开发出了一个MatchMixeR的R包，能够对

yadandb·2023-08-26 14:21

组学知识速递（五）|ChIP-seq知多少？

ChIP-Seq即染色质免疫共沉淀-高通量测序，是指通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化和文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序，

bioyigene·2023-08-26 12:57

NCBI数据上传（二）：转录组测序（RNA-Seq）数据

继“16S扩增子原始数据上传”教程发布之后，为满足大家对转录组数据上传的需求，小编马不停蹄地把转录组原始数据上传流程进行了整理，有需求地赶紧收藏吧!1.注册及登录账号1）注册账号：进入NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）网页，选择对应的账号进行注册，按照提示填写。2）登录账号：输入账号及密码（注册时使用哪种账号注册，登录时选择对应的登录通道登录），点击Login，

bioyigene·2023-08-26 12:57

知识速递（六）|ChIP-seq分析要点集锦

所谓数据能不能用，其实我们会重点关注以下问题：1）fastq的测序质量过不过关？2）实验本身有没有问题，处理组与对照组是否有区别？3）分析结果是否能挖掘出有用或者新的信息？接下来，一起来找寻答案吧！

bioyigene·2023-08-26 12:25

什么叫“纳米孔测序”？

自2014年牛津纳米孔测序技术(OxfordNanoporeTechnologies,ONT)提供第一个纳米孔测序仪MinION以来，纳米孔测序技术及其在基础科学和应用科学领域中的应用经历了实质性的发展

概普生信·2023-08-25 14:36

基因组|测序数据质控篇

前言：一般测序下机数据会存在含N比例过大、测序质量较低的碱基数占比过高、含有duplication、序列污染等低质量reads,这些不合格的reads会影响后续的分析，所以，我们拿到测序数据首先要了解测序数据的质量情况

天蓝色的星空_ffc7·2023-08-25 14:10

宏基因组单样品vamb分箱，gtdb物种注释与建树

/qc质控后的双端测序文件.fq.gz./当前文件夹，放.fa后缀的contig文件我的文件名编码是S1-1，S1-2这样的。文件夹./concatenate整理好的序列长度大于2000的.

江有枫xx·2023-08-25 07:57

2022.03.24【基因组组装】|获取比对到参考基因组的contig序列

上周遇到一个想检测测序样品中是否包含预期的细菌物种。使用nr数据库比对以及metaphlan3进行物种注释都找到

穆易青·2023-08-25 07:27

linux比对nt数据库,linux BLAST序列比对（nt/nr库）

安装本地blast序列比对软件，我们可以搜索一个查询序列定制数据库，例如想研究一个新测序的基因组，或者感兴趣的一组蛋白质序列。

城北增暮寒·2023-08-25 07:56

将NR数据库diamond比对结果做物种注释

需求：环境菌功能基因扩增子测序的OTU序列已经用diamond进行了NR全库的比对（blastx），还需得知其物种信息。P.S.本人是没接触过扩增子比对相关内容，不保证该过程的合理性。

江有枫xx·2023-08-25 07:54

WES2Neoantigen Pipeline

Part1TrimmomaticTrimmomatic发表的文章至今已被引用了2810次，是一个广受欢迎的Illumina平台数据过滤工具。

_linun_·2023-08-25 07:34

跟着Nature Genetics学二代测序数据分析：使用NOVOPlasty组装生菜的叶绿体基因组

Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png这篇论文的数据是公开的，代码也公开了一部分，那我们就可以按照他的代码来学二代测序的数据分析啦今天我们来试着使用

小明的数据分析笔记本·2023-08-25 07:55

赛默飞Ion S5和Ion S5 XL测序系统

赛默飞此次推出的IonS5和IonS5XL测序系统可以更好地为个体化医疗的发展提供有力的支持，该系列测序系统可在24小时内完成从DNA到数据获取的完整靶向测序流程，更加简化靶向测序流程。

梦醒启程·2023-08-25 07:42

2019-01-21

测序公司软件用法image.png

Endless_5513·2023-08-25 01:49

国自然热点m6A实验, 竟然只需五步!

随着m6A甲基化的发现和测序技术的发展，关于m6A的研究文章在各大高分杂志层出不穷，与此同时，m6A的研究也慢慢的进入精细化研究，这就出现了一个问题，下一步，m6A的研究应该如何开展。

概普生信·2023-08-24 17:40

ATAC-seq总结

Assayfortransposase-accessiblechromatinusingsequencing(利用转座酶研究染色质可接近性的高通量测序技术），可以在全基因上捕获裸露DAN与核小体的DNA

otw_5f1c·2023-08-24 16:54

植物重测序---变异位点分析(GATK篇)

基因组变异的类型有很多，譬如：单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism,SNP）、单核苷酸位点变异（singlenucleotidevariant,SNV）、插入/缺失（Insertion/Deletion.InDel）、基因组拷贝数变异（copynumbervariation,CNV）、基因组结构变异（structurevariation,SV）、融合基因（Fus

LiuYueRR·2023-08-24 12:52

融合遗传算法与XGBoost的玉米百粒重相关基因挖掘

相较于基因芯片等方法，基于转录组测序（RNA-sequencing,RNA-Seq)的方法不依赖基因的先验知识，能够覆盖更大的转录组范围，具有更高的分辨率并且测序成本更低[2]。

罗伯特之技术屋·2023-08-24 09:46

生信小白教程之Count转TPM，FPKM

相信很多科研工作者（不包括比我厉害的大佬们）在做转录组时，都是在公司做测序，然后数据也交给公司分析，又然后，期待做个差异分析，得出像下图那么完美的热图。

生信宝库·2023-08-24 08:00

单细胞分析揭示iCAF亚群在膀胱癌治疗中的靶标作用

一、材料和方法01.样本信息及单细胞测序样本：8例原发性膀

生信阿拉丁·2023-08-23 02:26

生信软件的安装1-SRAtoolkit

所以我重新在新的节点工作的时候，首先是安装SRAtoolkit，毕竟NCBI存储了几乎所有的测序数据，话不多说，先下载吧。wge

blue_unique·2023-08-23 02:39

怎么去进行基因组的组装

基因组组装.png最基本的流程就是：1.明确自己的物种信息，包括物种倍性、染色体条数、大概的基因组大小；2.得到自己的测序数据，明确自己的数据是PacBioHiFi

GenomeMaster·2023-08-22 19:37

文献阅读：Hungate1000收集的瘤胃微生物组成员的培养和测序

期刊naturebiotechnology(68.164/Q1)摘要Productivityofruminantlivestockdependsontherumenmicrobiota,whichfermentindigestibleplantpolysaccharidesintonutrientsusedforgrowth.Understandingthefunctionscarriedoutb

龙star180·2023-08-22 19:17

实践感悟

不止一位老师提到过，如果只是单单进行基因测序，其实现在的成本不过一千美金，甚至未来可能低至一元，一分。但是基因测序得到的只是数据量达到3G的ATCG的排列组合。

崇识·2023-08-22 17:29

使用limma、Glimma和edgeR对RNA-seq数据分析笔记

1摘要简单且高效地分析RNA测序数据的能力正是Bioconductor的核心优势之一。

玄都维维子·2023-08-22 15:12

用mecat2组装基因组

背景介绍mecat2可以说是比较早的一批可以用于三代测序平台的基因组组装软件了，2017年刚上硕士的时候就有接触到过。当然还有WTDBG2也是差不多同时期的软件。

卖萌哥·2023-08-22 12:42

跟着Cell学单细胞转录组分析(五):单细胞转录组marker基因鉴定及细胞群注释

书接上回（跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类）。

KS科研分享与服务·2023-08-22 10:08

生物信息学分析实用小技巧：蛋白质可视化

PyMOL可视化蛋白质写在前面的上次推文介绍了如何用多种方法批量快速下载高通量测序数据，主要介绍了Aspera的用法和axel用法。

宇宙实验媛·2023-08-22 06:02

答读者问(7)：关于doublet

1最有效的方法还是从上游入手，控制细胞数以及优化测序之前的流程。2不过分析数据的人只能从分析的角度来看了。一般我会先用软件预测，可以参考我之前写的一篇帖子：单细胞分析实录(4):doublet检测。

TOP生物信息·2023-08-21 23:25

空间转录组国产平台之光------STOmics

不过今天我们需要介绍一个国产空间转录组平台----STOmics，技术文章在Largefieldofview-spatiallyresolvedtranscriptomicsatnanoscaleresolution，DNA纳米球空间测序

单细胞空间交响乐·2023-08-21 21:13

全长转录本结构分析（下）

作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica前面我们介绍了PacBio三代全长转录组测序相关的全长转录本鉴定、全长转录本比对、全长转录本结构分析上篇。

生信阿拉丁·2023-08-21 19:43

2020-09-15

JournalClub-2020.9.15Bioinformatics-2020,Volume36,Issue12-141可获得的基因组数据的指数级增长有望在未来十年达到100万个基因组的全测序。

Boowean·2023-08-21 11:57

一直都搞不定的“垂直居中”

“阿尔法狗”的下棋功力都已经能轻松完爆人类了，无人驾驶汽车都已经能上路了，无人机都开始送快递了，人类的星宇宙探测器都已经飞出太阳系了，人类自身的基因测序工作也完成了相当的程度了……而在CSS中我们竟然还不能用简单的方法去实现垂直居中

thisDong·2023-08-20 20:48

学习小组Day4笔记--素还真

二代测序流程图image.png组学分类：基因组学：image.png转录组：image.png蛋白组学：image.png代谢组学：image.png

素还真_cf26·2023-08-20 19:12

24例阳性！福建莆田至少已形成4代传播，涉及两个家庭

根据基因测序，采取溶解曲线法进行快筛，结果初步判定为德尔塔毒株。莆田核酸检测现场，图片源自微博此次疫情发现于9月10日福建莆田市仙游县枫亭镇一小学，该校在对在校学生进行新冠病毒核酸检测时，发现2名学

南宫封玉·2023-08-20 13:02

学习小组Day7笔记——秦幼渔

5ea09c3dbf7c·2023-08-20 10:33

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