illumina测序

跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2散点图展示PCA结果

Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png这篇论文的数据是公开的，代码也公开了一部分，那我们就可以按照他的代码来学二代测序的数据分析啦今天我们来学习一些论文中
小明的数据分析笔记本·2023-10-14 01:23

高通量测序中的read、contig和scaffold的关系

高通量测序平台产生的序列就称为reads。2.什么是Contig？拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。3.什么是Scaffold？
一只烟酒僧·2023-10-14 00:41

miRNA测序数据生信分析——第四讲，未知物种的生信分析实例

miRNA测序数据生信分析——第四讲，未知物种的生信分析实例miRNA测序数据生信分析——第四讲，未知物种的生信分析实例1.下载测序数据2.原始数据质控——软件fastqc3.注释tRNA和rRNA，使用
彼岸花128·2023-10-13 23:09

miRNA测序数据生信分析——第一讲，总结概述

miRNA测序数据生信分析——第一讲，总结概述miRNA测序数据生信分析——第一讲，总结概述1.miRNA提取建库测序2.miRNA的生物学功能3.miRNA的生信分析模块3.1miRNA鉴定3.2miRNA
彼岸花128·2023-10-13 20:26

miRNA测序数据生信分析——第三讲，已知物种的生信分析实例

miRNA测序数据生信分析——第三讲，已知物种的生信分析实例miRNA测序数据生信分析——第三讲，已知物种的生信分析实例1.下载测序数据2.原始数据质控——软件fastqc3.注释tRNA和rRNA，使用
彼岸花128·2023-10-13 20:26

原始数据不仅有GEO, 还有ArrayExpress！

和GEO数据库类似，ArrayExpress是属于EBI旗下的公共数据库，用于存放芯片和高通量测序的相关数据，网址如下>https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/数据来源于下图所示的两个部分第一部分是由科研工作者提交的数据
生信修炼手册·2023-10-13 20:25

tcga数据下载_给你tcga数据库过万病人的原始测序数据你可以做什么

最近有两年前的学生过来寻求合作，让我想想给我tcga数据库过万病人的原始测序数据，我可以做什么方法学的创新。我想把这个问题抛给粉丝：假设给你tcga数据库过万病人的原始测序数据你可以做什么？？？
weixin_39767513·2023-10-13 20:55

生信学习笔记：生物信息学测序分析基本流程入门笔记

常用序列拼接软件基因组污染分析RNA-seq与meta序列拼接基因功能注释非编码RNA小RNA共线性分析在线序列分析序列比对数据下载前言根据B站视频教程生物信息快速入门边自学边随手记的笔记，省略了开头几节测序原理以及数据质控
twocanis·2023-10-13 20:54

RNA-seq生信分析流程

RNA-seq生信分析流程RNA-seq是近些年发展起来的针对转录组的测序技术，其能够获得mRNA、smallRNA以及各种非编码RNA的序列。
wangchuang2017·2023-10-13 20:54

文献学习笔记丨转录组表达数据的生信挖掘研究

基因的表达是一个非常重要的过程，转录组测序是检测基因表达的技术，本篇文献对转录组分析流程和数据分析方法进行介绍。
生信分析笔记·2023-10-13 20:48

miRNA测序数据生信分析——第二讲，数据库下载整理

miRNA测序数据生信分析——第二讲，数据库下载整理miRNA测序数据生信分析——第二讲，数据库下载整理1.Rfam数据库1.1Rfam数据库——简单概述1.2Rfam数据库——下载整理：两种情况1.2.1
彼岸花128·2023-10-13 20:46

全基因组测序——壹.简介

技术原理实验流程实验流程分析流程分为以下6部分：原始测序数据的质控read比对，排序和去除重复序列Indel区域重（“重新”的“重”）比对碱基质量值重校正变异检测变异结果质控和过滤数据分析流程流程的具体形式其实是次要的
oddxix·2023-10-13 16:27

寻找ceRNA机制 构建关系网络

通过高通量测序或者芯片我们可以找到几百上千个差异表达的lnc/circRNA、mRNA、miRNA。每个分子都可能通过该机制发挥作用。
纪伟讲测序·2023-10-13 15:55

ChIP-seq基本分析流程

ICGC、ProteinAtlas等数据库的使用,前面已经分享过，链接如下：UCSCXENA-集大成者(TCGA,ICGC)ICGC数据库使用TCGA数据库在线使用下面步入正题，这套流程从ChIP-实验、测序注意事项
生信宝典·2023-10-13 11:28

二代测序文库构建-概述与挑战（1）

高通量测序又称NGS，重新定义了基因组学研究。近年来，NGS技术稳步发展，伴随着成本下降以及测序应用呈指数增加。
Juan_NF·2023-10-13 03:49

2022-02-07

空间蛋白组图谱揭示进化保守的肝脏巨噬细胞群落原创风不止步图灵基因2022-02-0707:03收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：风不止步IF=41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：文章结合单细胞CITEseq、单核测序
图灵基因·2023-10-13 01:51

Paper_4: 转录编程决定了尤因肉瘤肿瘤内异质性（单细胞水平）

Highlights对EWSR1-FLI1基因融合导致的尤因肉瘤的细胞系进行了时间分辨的单细胞转录组测序EWSR1-FLI1融合癌基因高度特异的转录特征尤因肉瘤中转录组水平异质性的来源EWSR1-FLI1
TOP生物信息·2023-10-12 19:32

求臻医学揭示有毒重金属暴露致癌的潜在基因组畸变机制

该研究基于求臻医学纳入的近百例肺癌和结直肠癌患者，利用求臻医学ChosenOne® 泛癌种基因检测方案对其肿瘤DNA进行基因测序，同时测定血浆中有毒重金属元素（包括砷、铬、镉、汞和铅）的浓度。
求小臻·2023-10-12 19:09

2021-12-17

单细胞RNA测序和多重免疫荧光分析显示，p-ER
图灵基因·2023-10-12 14:22

【fastqe】有趣的表情包版fastqc

imgFASTQwithEmoji=FASTQE表情版的FASTQC，适用于Illumina1.8+/Sangerformatimg使用安装使用conda或者pip$pipinstallfastqe$condainstall-cbiocondafastqe
何物昂·2023-10-12 08:01

生信知识补充

目前研究转录组的方法主要三种：（1）基于杂交技术的cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片；（2）基于sanger测序法的SAGE(serialanalysisofgeneexpression)、LongSAGE和
Bio_Learner·2023-10-12 05:10

生信技能-高通量测序工具bam、samtools、bedtools及conda的下载和安装

详情：baw是一款将序列比对到参考基因组上的软件，用于高通量测序数据处理，包含了BWA-backtrack、BWA-SW、BWA-MEM三种算法：1、BWA-backtrack：适合比对长度不超过100bp
weixin_43664814·2023-10-12 04:11

GEO数据挖掘（一）下载SRA库原始测序数据

这些困扰都可以通过挖掘SRA数据库的测序数据来解决，例如通过检索整理高分文章的热点基因、下载其原始数据进行深度挖掘分析、再辅助湿实验进行验证，便是一套简单完整的生信研究思路。
ee00dc6faab7·2023-10-11 16:35

PE测序中read1与read2关系

PE测序中read1与read2关系1、前言2、插入片段与PE测序的3种关系3、插入片段不测通时PE_reads间关系（1）fq中的reads（2）bam中的reads（3）IGV中的reads参考文件
S_AGZX·2023-10-11 08:35

转录组测序原理

spm_id_from=333.788.videocard.0定义而转录组测序即是利用高通量测序技术，将细胞或组织中的全部或部分mRNA,miRNA,lncRNA进行测序分析的技术。
Peng_001·2023-10-11 04:32

新冠变种病毒Delta，正在酝酿一次全球风暴

经过基因测序后发现，所有人感染的都是新冠肺炎的最新变种毒株-Delta德尔塔。Delta变种病毒是什么？
希奥并不在乎时间·2023-10-10 20:35

宏转录组测序数据菌株层面的分析软件总结

2022年的最后一周，为大家分享一下最近分析meta-transcriptome数据的一些心得吧。首先需要说明一点，我做的是菌株层面(StrainLevel)的数据分析，Strainlevel是Specieslevel的下一层级的分类；而宏基因组/宏转录组涉及到菌株分析的内容，主要包括三块：SNPCalling,就是找SNP的意思啦，找出菌株的变异位点，除了SNP，有些软件还能做CNV呢Decon
Candle_light·2023-10-10 18:10

重测序分析

重测序：是对已对已知基因组的物种进行测序，去挖掘不同个体和群体之间的差异性。重测序分析内容：SNP，INDEL,SV,SNV进化分析，群体结构：LD,FST分析数据和流程。
每天都想睡觉的阿源·2023-10-10 13:41

单细胞ChIP-seq技术（CoBATCH）

我们开发CoBATCH，组合条形码和目标染色质剪切，用于捕获单细胞全基因组的蛋白结合区域.融合到Tn5转座酶的ProteinA通过特异性抗体富集到基因组区域，Tn5产生片段加上index，准备进行文库制备和测序
caokai001·2023-10-09 23:37

ATAC-seq专题---生信分析流程

一、测序数据过滤与质量评估下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads，得到cleanreads用于后续分析。常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等。
诺禾致源·2023-10-09 21:06

工作感悟：

1、最近参加了未病项目的会议和三代测序的会议，给人的感觉就是其实那些合作也并不是一拍即合，一方觉得这个课题（项目）有价值，有斗志，另一方可能觉得这个课题（项目）并没有多大价值。
lym20191231·2023-10-09 05:36

ATACseq--染色质开放性测序

ATAC-seq：利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术染色体/质结构：细胞核DNA与组蛋白相结合，DNA缠绕在组蛋白上形成串珠式结构，因此染色质结构高度折叠（压缩）。
HOLLYxiao·2023-10-09 02:26

pacbio 三代全长转录组数据分析流程

blog.csdn.net/weixin_34384681/article/details/85937505Iso-seq,全称叫做Isoform-sequencing,是Pacbio公司对自己开发的转录本测序技术的规范化命名
生信小院·2023-10-08 19:03

跟着Nature学作图：R语言ggplot2画带有置信区间的折线图展示核心基因和非必需基因的数量

Achickpeageneticvariationmapbasedonthesequencingof3,366genomesimage.png本地存储s41586-021-04066-1.pdf鹰嘴豆基因组重测序论文
小明的数据分析笔记本·2023-10-08 19:33

【数据库-7】ExAC数据库

：http://exac.broadinstitute.orgExAC数据库的全称是（theExomeAggregationConsortium，外显子组整合数据库）,该数据库旨在汇总和协调各种大规模测序项目的外显子组测序数据
oddxix·2023-10-08 16:11

RNA m6A甲基化检测方法

meRIP-seq高通量测序技术的出现，能够高效精确检测全转录组不同的
生信交流平台·2023-10-08 13:48

植物基因组测序二十年:成就与挑战

采用新型支架策略的长读测序进一步彻底改变了基因组测序，使得随着基因组复杂性和大小的增加，可以获得更多的植物物种染色体规模的装配。
Bioture·2023-10-08 11:01

HIC测序数据生信分析——第三节，HIC数据挂载

HIC测序数据生信分析——第三节，HIC数据挂载将预处理后的HIC数据挂载到人工染色体上方法一：ALLHiC软件——接前面《HIC测序数据生信分析——第二节，预处理HIC数据》这一篇里面的方法一：Hicup
彼岸花128·2023-10-08 08:00

HIC测序数据生信分析——第四节，软件Juicerbox中进行手工修正，再使用3D-DNA软件拿到最终结果

HIC测序数据生信分析——第四节，软件Juicerbox中进行手工修正，再使用3D-DNA软件拿到最终结果这一篇文章，仅针对使用3D-DNA挂载HIC的结果分析安装juicebox再次使用3D-DNA这一篇文章
彼岸花128·2023-10-08 08:00

遗传图谱的绘制

物理图（PhysicalMap）：通过DNA克隆，细胞原位杂交或DNA测序等方法将DNA克隆或DNA分子标记锚定在染色体的确定空间上而绘制的连锁图。物理图是一种实物图，有确定的物理距离，如碱基对数目。
wo_monic·2023-10-08 07:15

生信小组DAY7-JANE

今天主要是测序入门只有思维导图了，之后可以看一看视频，学一些详细内容思维导图今天生信小组一周完结，谢谢花花谢谢豆豆~~~祝你们团队越来越好~
Jane_30e5·2023-10-08 07:07

定量PCR Taqman探针设计与体系优化

第一步：在第一步目的基因查找比对过程中可以利用NCBIgenbank序列以及DNAstar等软件完成目的DNA或者RNA的查找与比对——这在分析测序报告的时候相信很多人操作过，这一步需要注意的就是要保证所分析的序列在一个
weixinsuoxian·2023-10-08 01:39

4D蛋白组联合单细胞测序构建伤口再生分子图谱

皮肤损伤通常会产生纤维化、非功能性疤痕，疤痕处毛发或腺体的缺失会导致体温或屏障功能障碍[1]。然而目前我们对纤维化和再生机制了解有限，因此急需阐明损伤到纤维化再到再生过程的分子机制从而找到有效的治疗方法。先前的研究表明，使用YAP抑制剂可阻断机械转导，防止成纤维细胞纤维化（EPF）从而促进再生，使真皮层的毛囊及腺体能够恢复正常并使得细胞外基质（ECM）与正常细胞一致[2]。近日，美国斯坦福大学医学
景杰生物·2023-10-07 16:19

西安封城，疫情近在咫尺，副业才是最强刚需！

据悉，陕西疾控共对36例本土病例本进行全基因组测序，全部为德尔塔变异株，均与12月4日巴基斯坦入境航班PK854（伊斯兰堡——西安）旅客中发现的境外输入病例高度同源。
柚子_d0d2·2023-10-06 20:10

学习小组Day7笔记-------猫爪草

测序基础测序--核酸DNA分子一级结构的测定。迄今为止发展了三代。
TeeM0猫爪草·2023-10-06 20:16

2019-01-02

慢病毒包装：将靶向Arid2，Brd7和Pbrm1的gRNA序列克隆到PLKO3G-GFP载体中并通过测序确认，将gRNA构建体与pCMV-dR8.91和pCMV-VSV-G（Addgene＃8454）
Mingyan_C·2023-10-06 14:37

10x单细胞数据分析之表达定量

1.单细胞测序数据格式通常使用illumina的NovaSeq/Xten对10x单细胞平台构建的文库进行测序。
felix108·2023-10-06 10:46

《指数型组织》学习笔记

通过这本书，学到了什么线性思维，就是做乘法，例如基因测序，花了七年时间破解了1%的基因，破解100%基因要700年，什么是指数型思维，还例如基因测序，花了七年时间破解了1%的基因，但后续的增长趋势是2%
xiaokun4023·2023-10-06 08:16

2022-02-01新年愿景

同步地，近期将测序文章修改完毕再投出去，做一个保底的准备。年后将近期做的另外两个miRNA功能梳理完毕，做阶段性总结。8月份左右完成博士论文，并在之后如期完成博士预答辩，于12月份毕业。
谢俊飞·2023-10-06 08:13

遇到了一次colorspace的测序数据

我通常处理的都是RNA-seq数据，也全是来自illumina测序平台（自认为擅长RNA测序数据的个性化分析），但是最近学习ChIP-seq的时候，碰巧下载了一组SOLiDcolorspaceformat
果蝇饲养员的生信笔记·2023-10-06 02:57
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