illumina测序

利用Logistic函数和LSTM分析疫情数据

在疫情爆发期间，研究人员对肺炎阳性患者样本进行核酸检测以及基因组测序后发现了这一病毒。如今疫情成了人们最为关心的话题，通过各方的努力疫情也得到了相
MoModel·2023-02-01 14:27

用julia语言计算测序数据的Insert Size?

Julia读取BAM的库想要计算Insertsize，需要提供一个基因组比对后的文件，sam也好，bam也罢。那么，使用julia语言计算该值的第一步便是了解如何读取和解析BAM文件格式。我们使用BioJulia提供的XAM包来读取BAM文件。所以我们需要首先安装该包。打开julia，输入]进入Pkg模式addXAM使用XAM读取和解析BAM文件的一般格式reader=open(BAM.Reade
小光amateur·2023-02-01 11:49

如何快速的获得miRNA的northern-blot阳性结果

这里我首先借助不同客户来源的相同种属样本（Rattus）的miRNA-seq测序结果，统计了三个客户
本木大·2023-02-01 06:35

LACE-seq 保姆级教程

  近期接触到一个新的测序类型--LACE-seq(linearamplificationofcomplementaryDNAendsandsequencing)。
生信店小二·2023-02-01 06:54

腺病毒疫苗促进肿瘤新生抗原特异性CD8+ T细胞的干细胞特性和肿瘤排斥反应

Adenoviral-basedvaccinepromotesneoantigen-specificCD8+Tcellstemnessandtumorrejection发表期刊：SCIENCETRANSLATIONALMEDICINE影响因子：19发表时间：2022年8月单细胞转录组测序用于临床前
熊猫人和熊猫猫·2023-01-31 23:55

Cellrank：细胞分化轨迹的新秀

另一种高阶的算法是RNA速率(RNAvelocity)，它是通过基因剪切前后的变化来推断细胞的分化轨迹，相对于monocle2来说RNA速率的结果更准确，但是使用起来比较费劲，输入文件必须是原始测序得到的碱基序列
生信宝库·2023-01-31 12:00

PSMC分析有效群体大小（Ne）

Ref_genome.fa:组装好的核基因参考序列（个体A）；A1_R1.fa.gz,A1_R2.fa.gz:二代重测序clean_reads（个体B）【注：必须两个个体A与B】3PSMC分析##1indexreferencebybwa
铃_0d92·2023-01-31 10:06

DoubletFinder：利用人造的最近邻域检测单细胞RNA测序中的doublets

DoubletDetectioninSingle-CellRNASequencingDataUsingArtificialNearestNeighbors发表时间：April03,2019发表杂志：CellSystems（IF=8.673）原文链接：https://doi.org/10.1016/j.cels.2019.03.003摘要单细胞RNA测序数据通常
Yuchen_Li·2023-01-31 09:15

T细胞受体库测序

T细胞受体是T细胞识别靶细胞表面特异性抗原的蛋白分子，由α链和β链（分别由TRA和TRB编码）或者γ链和δ链（分别由TRG和TRD编码）构成的异二聚体，主要是以α链和β链构成的异二聚体为主。α链和β链由恒定区（C区）、可变区（V区）、跨膜区及胞质区等组成，V区是特异性识别抗原肽/组织相容性抗原复合物（MHC）的关键部位。α链和β链的V区均含有3个高变区，又称互补决定区（CDR），分别为CDR1,C
HOLLYxiao·2023-01-31 05:44

序列生成策略——束搜索、贪心搜索、穷举搜索

在序列到序列学习（seq2seq，BLEU）_流萤数点的博客-CSDN博客中，我们逐个预测输出序列，直到预测序列中出现特定的序列结束词元“”。
流萤数点·2023-01-31 05:36

mNGS病原检测是什么？

mNGS：宏基因组学二代测序技术应用：病原微生物高通量基因检测定义：mNGS是一种不需培养就可以深入快速鉴定感染病原体的新技术，相比传统培养方法拥有更高敏感性的同时又与“精准诊疗”的理念相契合。
老白杂谈·2023-01-31 03:00

GATK DepthOfCoverage 太慢

/duplicates_marked_sorted_fixed.BQSR.bam\-Lwhole_exome_illumina_hg38.targets.interval_list\-Otest.coverage.csv
11的雾·2023-01-31 00:08

R语言中的时间序列分析模型：ARIMA-ARCH / GARCH模型分析股票价格|附代码数据

时间序列分析是统计学中的一个主要分支，主要侧重于分析数据集以研究数据的特征并提取有意义的统计信息来预测序列的未来值简介时序分析有两种方法，即频域和时域。
·2023-01-30 20:13

R语言中的时间序列分析模型：ARIMA-ARCH / GARCH模型分析股票价格|附代码数据

时间序列分析是统计学中的一个主要分支，主要侧重于分析数据集以研究数据的特征并提取有意义的统计信息来预测序列的未来值简介时序分析有两种方法，即频域和时域。
·2023-01-30 20:41

nanopore培训视频上线了

经过14的马拉松式的在线直播课程，我们第一期《纳米孔测序数据分析培训班》圆满落幕，通过本次培训学员们充分了解了纳米孔测序相关的问题，并且通过实际操作，能够完成数据数据分析的工作。
基因学苑·2023-01-30 19:01

NGS原理- 单细胞转录组测序-横评13种单细胞测序以及单细胞核测序方法

摘要单细胞RNA测序(scRNA-seq)是一
老_Z·2023-01-30 16:14

BP神经网络的预测模型

根据表2，预测序号15的跳高成绩。
bingbangx·2023-01-30 15:12

国内第一篇植物单细胞测序

之前关注王佳伟在植物发育阶段转变过程中调控机制的研究，洲更在生信界也是大名顶顶，不知道他们是一个课题组的。用到的统计方法有：t-SNE和UMAP算法，伪时间（pseudo-time）分析等，具体我还没有看论文。2019年4月18日，国际学术期刊MolecularPlant杂志在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所王佳伟研究组题为"Asingle-cellRNAsequen
纤蹄马·2023-01-30 13:47

CRF原理和代码实现

CRF常用在序列标注任务中，是找出一个隐藏状态序列，使得在该隐藏状态（简称状态）序列下对应的观测序列出现的概率最大，本质上是一个token分类问题。
haroldLiu001·2023-01-30 08:04

学习小组Day7笔记--饭饭

还有学习任务呢，这才是重点，哈哈～今天的学习内容为：了解测序的前世今生感谢花花为我们整合了大量优质的学习资料，果然跟着大佬少走弯路啊，再次跪谢！
a饭饭o·2023-01-30 07:49

转录组质控

1.获取原始数据公司测序下机数据可能是rawdata，也可能是cleandata，无论是哪种最好自己都做一遍质控，因为公司做得不靠谱。
多啦A梦的时光机_648d·2023-01-30 01:31

重磅微生物新技术分享 | 高通量微生物单细胞基因组技术&2bRAD-M简化宏基因组技术...

当前，解析微生物群落的物种构成主要依赖于扩增子测序和宏基因组测序。然而，扩增子测序存在扩增偏好、脱靶、分辨率低等问题，宏基因组测序对样本DNA质量要求高，且通常无法解析菌株水平的基因组。
刘永鑫Adam·2023-01-29 20:40

单细胞分析实录(4): doublet检测

最近CellSystems杂志发表了一篇针对现有几种检测单细胞测序doublet的工具的评估文章，系统比较了常见的例如Scrublet、DoubletFinder等工具在检测准确性、计算效率等方面的优劣
TOP生物信息·2023-01-29 19:30

单细胞组学简介

(Ref:https://en.wikipedia.org/wiki/Human_embryonic_development)最小的生命单位是细胞，我们可以对细胞进行测序来研究其动态变化过程。
生信了（公众号同名）·2023-01-29 19:25

Scanpy 单细胞测序基因分析

参考：https://www.bilibili.com/video/BV1sq4y1C7Qx/https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html代码下载：scanpy分析scRNA-seq数据基本流程（含scanpyseurat两大工具对比）链接:https://pan.baidu.com/s/1vImSP_MNKEHuef-
loong_XL·2023-01-29 19:50

拼接序列为什么会出现短序列？

扩增子测序双末端序列拼接的时候，往往会出现短序列stat=396,qiimedata)过滤所以样本中总丰度小于1000的序列qiimedata=1000,qiimedata)
佳名·2023-01-29 19:00

动植物重测序--全基因组关联分析GWAS

GWAS简介GWAS（Genome-wideassociationstudy）是对遗传多样性丰富的自然群体的每个个体进行基因组测序，结合目标性状的表型数据，基于一定的统计方法进行全基因组关联分析，可以快速获得影响目标性状表型变异的染色体区段或基因位点
假装_学霸·2023-01-29 11:21

Smart seq3 2020

Single-cellRNAcountingatalleleandisoformresolutionusingSmart-seq3期刊：NatureBiotechnology通讯作者：RickardSandberg1.背景大多数单细胞RNA测序
韧_7e6f·2023-01-29 10:08

2022-10-01测序数据量统计

1.需要使用的软件是readfq来计算测序结果文件中的reads数，所以需要先安装readfq软件https://github.com/billzt/readfqgitclonehttps://github.com
AsuraPrince·2023-01-29 01:23

R/单细胞测序/Seurat的作用及概述（不含代码）

转载请注明出处1.单细胞测序分析的整体流程是怎样的以10xgenomics为例10xgenomics单细胞转录组分析流程单细胞转录组分析流程barcodes.tsv.gz:包含barcodes信息features.tsv.gz
大李_1ba1·2023-01-29 00:53

高质量的肩突硬蜱基因组促进了蜱类科学的发展

新年伊始，NatureGenetics公布了由美国Maryland大学科研人员对肩突硬蜱基因组进行测序组装的最新研究结果，这是第三版的肩突硬蜱基因组了，而上一次是2015年发表在NatureCommunication
吕强强学生信·2023-01-28 20:25

推荐一个做微生物生态的小伙子和他的网站

推荐一个做微生物生态的小伙子和他的网站https://jkzorz.github.io/关于杰克关于我我叫杰克（Jackie），在攻读硕士学位期间，我开始研究R和微生物生态学数据，当时我正在研究数百种海洋16SrRNA扩增子测序样品
wentaomicro·2023-01-28 16:13

测序有关问题

1.为什么要在上机测序之前做PCR扩增？
生信汪·2023-01-28 09:03

02 生成单细胞测序表达矩阵

本文来源于哈佛大学的单细胞课程系列，在此做一些学习，不当之处请指正。scRNA-seq/02_SC_generation_of_count_matrix.mdatmaster·hbctraining/scRNA-seq·GitHubhttps://github.com/hbctraining/scRNA-seq/blob/master/lessons/02_SC_generation_of_cou
土豆学生信·2023-01-28 04:06

Hi-C | 基础介绍

Hi-C技术源于染色体构象捕获（ChromosomeConformationCapture,3C）技术，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质三维结构信息
生信师姐·2023-01-27 20:16

单细胞数据标准化

这也造成了多个样本的测序数据中会存在由于文库测序覆盖率(sequencingcoverage)不同而引入的系统差异。数据的标准化目的就是消除这些差异
好风凭借力·2023-01-27 20:49

完整的单细胞分析流程——数据标化（normalization）

动机通常在单细胞RNA测序数据中观察到文库之间测序覆盖率的系统差异。它们通常是由细胞间的cDNA捕获或PCR扩增效率方面的技术差异引起的，这归因于用最少的起始材料难以实现一致的文库制备。
麒麟991·2023-01-27 17:35

真核有参转录组测序标准分析-2

上篇文章主要讲述了转录组测序的上传与检测完整性，今天的内容是如何远程连接服务器并且查看测序文件的结构。补充上篇文章一般做转录组测序都会做三个生物学重复。因为大多数老师都会让学生做重复，就忘记提了。
生信分析实验室·2023-01-27 16:17

三代测序（Nanopore）

一、测序原理先介绍Nanopore测序中的几位主角：Reader：在自然界中，有一种可以嵌入到细胞膜中作为离子或分子通道的跨膜蛋白，具有天然的蛋白纳米孔。
白墨石·2023-01-26 22:07

学习小组Day7笔记——Fish仔

测序知识到了最后一天的学习了之前在实验室会有工作人员跟我们推荐测序，实验室也即将开展二代测序项目，今天有机会比较系统地学习一下测序的相关知识image.pngimage.png
kinder_85a2·2023-01-26 13:13

二代群体遗传与重测序（中）

二.变异结果注释与统计书接上回https://www.jianshu.com/p/ab6a35502786如果是使用转录组重测序的话需要修改过滤条件，会发现大多数变异都发生在基因区，其他的差别都不大。
曹草BioInfo·2023-01-26 10:50

【零基础】学python数据结构与算法笔记14-动态规划

自顶向下实现91.钢条切割问题：自底向上实现92.钢条切割问题：重构解93.最长公共子序列最长公共子序列：实现总结前言学习python数据结构与算法，学习常用的算法，b站学习链接88.动态规划介绍动态规划在基因测序
荒野火狐·2023-01-26 06:27

【肿瘤二代测序-长期更新】肿瘤二代测序基础知识

Q1.肿瘤FFPE样本靶药基因检测（NGS方法）中，为什么不采用唾液做对照呢？A：肿瘤FFPE样本基因检测中，多采用白细胞做对照。之所以不使用唾液对照，是因为唾液中容易有细菌污染，当细菌跟人基因组同源性较高时，会损失一部分数据量，也会对变异检测造成干扰；再者，唾液的核酸提取率偏低，实验上比白细胞风险高些；综上，在临床中FFPE的对照多采用白细胞。Q2：什么是PARP抑制剂?PARP是一个家族，PA
adell898·2023-01-26 03:09

DNA和RNA修饰的鉴定和编辑技术前沿综述 （全文翻译版）

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-01-21 10:31

积微论坛--用微生物组时序数据重现生物膜装配动态过程PPT对应的讲解和提问

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-01-21 10:31

机器学习第17篇 - 特征变量筛选（1）

高维数据包括的检测变量越来越多，如基因表达数据中检测到的基因数目、扩增子测序中的OTU数目等。在训练模型时通常需要先对数据去冗余，提取一些关键变量。
生信宝典·2023-01-20 14:18

生物信息学的发展与未来

1.发展历史今天我们大部分人认为，现代生物信息学是最近出现的，有利于下一代测序数据分析。然而，生物信息学的起源发生在50多年前，当时台式计算机仍然是一个假设，DNA还不能测序。
Bioinfor 生信云·2023-01-20 13:32

RNA 3. SCI 文章中基于TCGA 差异表达基因之 DESeq2

区别主要在于一个是计算芯片探针给出来的结果，而DESeq2是基于NGS测序结果中Readcounts来计算差异表达，根据输入数据的不同，我们对比一下做法。
桓峰基因·2023-01-19 08:17

RNA-seq——学习路线、学习经验、实战项目、学习总结

1.参考课程和博客B站：RNA-seq转录组数据分析入门实战【生信技能树】转录组测序数据分析简书：RNA-seq(1):用conda安装RNA-seq所需要的工具-简书RNA-seq(2)-1:原始数据下载的几种方法
Dzfly..·2023-01-18 18:09

什么是肿瘤伴随诊断行业？

什么是肿瘤伴随诊断行业1.什么是IVD2.体外诊断试剂分类2.1按产品风险程度划分2.2按检测原理和方法划分3.IVD市场规模4.分子诊断应用场景5.肿瘤分子诊断5.1按平台划分5.1.1PCR5.1.2NGS（高通量测序
S_AGZX·2023-01-18 18:28
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