illumina测序第34页

组织样本微生物检测介绍

而近年来发展出来的高通量测序技术从根本上改变了

微基生物·2023-02-07 11:22

宏基因组生信分析方法介绍

宏基因组学通过对微生物群落全部DNA进行高通量测序，将测序序列与公共数据库进行比对或从头组装出微生物基因组，从而识别微生物群落的物种和功能基因。

微基生物·2023-02-07 11:21

二代测序平台的介绍

一、测序技术的发展史高通量测序（High-ThroughputSequencing）又名下一代测序（NextGenerationSequencing，NGS），是相对于传统的Sanger测序（SangerSequencing

微基生物·2023-02-07 11:21

宏基因组分析-基于Reads比对

一般从环境样品中提取基因组DNA,进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。

微基生物·2023-02-07 11:50

2.通过WGNCA发现缺血性卒中相关LncRNA及其靶基因和相关信号通路

D2聚体·2023-02-07 03:17

如何做好测序产品开发和后续服务

高通量测序技术可以说是目前生物行业最炙手可热的技术之一，对科研领域来说，极大的推动了研究进程和向应用的转化，包括农业分子育种中关键性状位点的挖掘以及临床医学研究中遗传致病位点的发现和针对性的药物开发或产前诊断的应用

我爱工作_工作使我快乐·2023-02-07 02:31

qiime2遇到的问题

应用到timeqiimedada2denoise-paired进行质量控制时，出现以下问题：主要问题是：上下游序列不匹配，即6793和79184缺少匹配的双端文件找到问题来源：因为illumina测序产生双端数据

叮铛_07a6·2023-02-06 12:17

9-22 明日操作策略！

题材概念全线萎靡，仅以口罩、疫苗、基因测序为代表的抗病毒板块和券商股表现较强，午后多数个股也出现回落，复牌的豫金刚石午后上演地天板，涨幅一度达50%，西部牧业尾盘大幅拉升。

云帆__·2023-02-06 10:32

小麦育种历史揭示了植株构型和籽粒产量多性状基因组位点的协同选择

在这里，我们对过去100年收集的287个小麦种质进行了外显子组测序。群体遗传学分析确定了6.7%的小麦基因组在地方品种和具有提高产量的基因的品种之间的选择扫描中下降。

Bioture·2023-02-06 04:14

数据挖掘复习

主动学习（接近监督）三要素方法=模型+策略+方法监督学习分类问题输入可以离散或连续，输出是有限个离散值准确率：分类器正确分类与样本总数之比精确率：TP/TP+FP召回率：TP/TP+FN标注问题输入观测序列

Jason 20·2023-02-05 18:57

anndata 数据格式(h5ad 后缀)

单细胞测序的h5ad被分割成X,obs,var,uns等多个部分，分别存储不同的信息。

RedStones·2023-02-05 05:02

Samtools安装

SAM是一种存储大规模测序短序列比对结果的文件格式。Samtools则是操作这个文件格式的一系列工具。

adong·2023-02-04 17:13

单细胞转录组测序解析流感病毒体内感染

2018年CellSystems文章：DissectionofInfluenzaInfectionInVivobySingle-CellRNASequencing，参考用于单细胞转录组测序在病毒感染中的应用

假装_学霸·2023-02-04 11:38

（一文读懂scRNA-Seq）到底要花多久时间才能看懂一套单细胞测序数据结果？

要学会看单细胞测序的数据分析结果到底要多久？先说一下我的情况。linux：基本认识，只会基础操作+转录组上游分析，我们说的linux三驾马车，我一驾都不熟。跑过一个人-非模式生物的转录组

冻春卷·2023-02-04 09:08

【战疫】北京这次的毒株不像国内流行类型，如果处理不好，会形成第二波疫情

“基因测序的初步结果显示，病毒毒株不像是国内流行的类型。目前已经做了两例样本检测，

工医男·2023-02-04 06:48

MACS2

一些背景补充参考双端测序下机数据中得到的read1和read2是两条互补链insertsize中方向相对的两条序列，再比对到单链的参考基因组之前会先将其中一条read转义，然后进行比对，所以比对得到的SAM

shine_9457·2023-02-04 04:09

ChIP-seq上游分析流程

0.数据格式及数据存放文件夹说明获得了测序公司提供的fq.gz文件，每个样本均为双端测序，得到的数据分别命名为“样品名1.fq.gz”与“样品名2.fq.gz”。

ouyang22222·2023-02-03 22:43

转录组分析流程：比对（有参）及统计Counts矩阵

/bin/bash#history:#GossieV120190101#用trimmomatic对进行测序数据质量控制#输入文件为包含样本名称的单列文件#线程t=1#模式PE（双端）或者SE（单端）mode

Gossie·2023-02-03 20:28

myBaits Expert Wheat Exome — 从多个小麦品种中富集超过250Mb的高可信度的外显子

myBaitsExpertWheatExome与国际小麦基因组测序联盟(IWGSC)合作开发，使用了IWGSC发布的中国春基因组和注释信息。

蓝景科信·2023-02-03 17:54

riboPOOL—适合任意物种（真核生物、原核生物、高丰度mRNA）的核糖体RNA/rRNA去除方案（探针法）siTOOLs Biotech中国总代理蓝景科信

RNA测序是一种高度准确且灵敏的转录组追踪工具。然而，一些丰度很高的RNA种类却影响了NGS文库制备，浪费了宝贵的测序资源。

蓝景科信·2023-02-03 17:24

蓝景科信DAP-SEQ（DNA亲和纯化测序）技术服务常见问题（Input对照是什么？）

原理：体外表达的蛋白和DNA进行亲和纯化，将与蛋白结合的DNA洗脱后进行高通量测序。技术流程：将编码转录

蓝景科信·2023-02-03 17:24

myBaits Target Capture Kits；myBaits 靶向捕获试剂盒，快速捕获富集目标序列

myBaitsTargetCaptureKits可以快速捕获富集目标序列，提高NGS研究效率，兼容Illumina®，PacBio®和Nanopore®等多种测序平台。

蓝景科信·2023-02-03 17:22

三代测序技术简介

现在的第三代测序技术中，主要以PacBio公司的SMRT和Oxford的Nanopore技术为主。与前面的两代技术比较，第三代最主要的特点在于单分子测序，就是测序的过程无需进行PCR扩增了。

RaoZC·2023-02-03 12:11

学习小组54期 end 感言--忍冬

无论是linux还是R，二代测序或者单细胞，有些甚至还没能提及…… 这一周时间，除了让我静下心坐下来学习之外，也让我格外清楚地体会到：每天拿出一整块时间来阅读、思考，显然十分有利于学习新的技

忍冬_a284·2023-02-03 12:41

跳出套路的生信分析

第1篇原文：High-dimensionalsingle-cellanalysispredictsresponsetoanti-PD-1immunotherapy单细胞测序分析的一篇。

Bio_Learner·2023-02-03 10:50

基于short reads的结构变异鉴定工具的综合评价

摘要近年来，已经发布了许多使用全基因组测序数据来鉴定SV的软件包。在发布时，通常将一种新工具与已有的工具进行比较，但这种比较往往是选择性的.

Chipcui·2023-02-03 06:10

2019-01-20 day7 -endless

测序的历史代数名称机器优点\缺点一代双脱氧链终止法ddNTP+标记准确率高/低通量成本高二代循环阵列合成测序法NOVASEQHISEQ速度快成本低高通量/拼接困难读长短三代单分子测序-超长读长/错误率高测序分类测序酚类

Endless_5513·2023-02-03 05:37

隐马尔可夫（HMM）模型的理解

隐马尔可夫过程.jpg输入：为可观测序列（海藻的干湿程度）；参数：状态转移概率矩阵A、给定状态下观测值概率分布矩阵B；输出：1.某一观察序列发生的概率值；2.最可能的隐状态序列（概率最大）。

Van_Tinker·2023-02-03 03:50

细胞器基因组的组装和注释（Getorganelle ）

之前有过用二代测序的数据组装植物叶绿体基因组昆虫线粒体的经历，用的是单位的超算（Linux系统）。用到的软件为Getorganelle和Mitofinder，这里先介绍Getorganelle。

xiaoxianyu·2023-02-03 02:26

人遗测序数据的备份备案及共享

为发表论文故，测序数据一般需要上传至公共数据库，对我们而言，国外数据库一般选NCBI，国内的可上传至GSA。其中，人遗数据需要上传到GSA-human，其他物种数据上传到GSA即可。

fatlady·2023-02-02 15:41

轻松一点了解新型冠状病毒

这次反应好快，从发现到测序只有14天，点赞！透明机制的优势啊！2003年的萨斯，采用捂的方式，害死一大片不说，生物科研错失良机。天佑中华，祈愿患者早日康复，2020春节愉快安康！

电场线·2023-02-02 10:36

20180520-20180526周检视

健康方面：每天步数达标，获得健康检测报告一份，遗传测序报告一份，下一步要构思如何使其加入已有的健康体系和基础性的了解自己的组成部分。

李小超_9528·2023-02-02 08:45

m6a-lncRNA week02

【LGG数据下载】从CGGA数据官网下载RNA-seq数据，选择其中包含325个样本的测序数据，下载表达矩阵和临床信息表达矩阵：CGGA.mRNAseq_325.RSEM-genes.20200506.

Hannisal·2023-02-02 03:51

2020-01-10 分析SNP位点：连锁不平衡-可视化R包LDheatmap

参考学习资料：https://cran.r-project.org/web/packages/LDheatmap/LDheatmap.pdf二代测序得到的那些SNP，有些是一起起作用的，那么怎么来判断呢

程凉皮儿·2023-02-02 02:34

使用CNVnator分析动植物群体拷贝数变异CNV

知名的拷贝数变异分析工具几乎都是为人类变异检测开发，对于动植物重测序分析有些尴尬。不过好在植物群体研究不必那么精细，用同样的工具也可做分析。

Bioinfarmer·2023-02-01 23:16

Bulk RNA-seq上游分析流程（Salmon）

原始测序数据质控测序数据有可能含有测序接头和质量较

BioGou·2023-02-01 22:02

如何上传测序数据至NCBI？

文章发表一般要求将测序数据上传至NCBI的SRA（SequenceReadArchive）数据库。上传到NCBI的数据可归纳为两大类：测序原始数据和分析数据。

husy_·2023-02-01 20:49

Hisat2-Stringtie-DESeq2复现Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with ...

转录本合并-定量-分析快速流程：比对-定量-分析多看手册详细步骤分析前准备工作新建工作目录对RNA-seq结果进行QC下载基因组生成索引文件偷懒神器-python标准分析流程step1.HISAT2--将测序结果比对到参考基因组

linuxonly801·2023-02-01 17:37

复现Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown文章代码

文章目录前言一、安装R和Rstudio和相应的包二、文章复现0.前期准备：下载文章中的数据1.把所有的测序数据map到referencegenome。

linuxonly801·2023-02-01 17:37

利用Logistic函数和LSTM分析疫情数据

在疫情爆发期间，研究人员对肺炎阳性患者样本进行核酸检测以及基因组测序后发现了这一病毒。如今疫情成了人们最为关心的话题，通过各方的努力疫情也得到了相

MoModel·2023-02-01 14:27

用julia语言计算测序数据的Insert Size?

Julia读取BAM的库想要计算Insertsize，需要提供一个基因组比对后的文件，sam也好，bam也罢。那么，使用julia语言计算该值的第一步便是了解如何读取和解析BAM文件格式。我们使用BioJulia提供的XAM包来读取BAM文件。所以我们需要首先安装该包。打开julia，输入]进入Pkg模式addXAM使用XAM读取和解析BAM文件的一般格式reader=open(BAM.Reade

小光amateur·2023-02-01 11:49

如何快速的获得miRNA的northern-blot阳性结果

这里我首先借助不同客户来源的相同种属样本（Rattus）的miRNA-seq测序结果，统计了三个客户

本木大·2023-02-01 06:35

LACE-seq 保姆级教程

近期接触到一个新的测序类型--LACE-seq(linearamplificationofcomplementaryDNAendsandsequencing)。

生信店小二·2023-02-01 06:54

腺病毒疫苗促进肿瘤新生抗原特异性CD8+ T细胞的干细胞特性和肿瘤排斥反应

Adenoviral-basedvaccinepromotesneoantigen-specificCD8+Tcellstemnessandtumorrejection发表期刊：SCIENCETRANSLATIONALMEDICINE影响因子：19发表时间：2022年8月单细胞转录组测序用于临床前

熊猫人和熊猫猫·2023-01-31 23:55

Cellrank：细胞分化轨迹的新秀

另一种高阶的算法是RNA速率(RNAvelocity)，它是通过基因剪切前后的变化来推断细胞的分化轨迹，相对于monocle2来说RNA速率的结果更准确，但是使用起来比较费劲，输入文件必须是原始测序得到的碱基序列

生信宝库·2023-01-31 12:00

PSMC分析有效群体大小（Ne）

Ref_genome.fa:组装好的核基因参考序列（个体A）；A1_R1.fa.gz,A1_R2.fa.gz:二代重测序clean_reads（个体B）【注：必须两个个体A与B】3PSMC分析##1indexreferencebybwa

铃_0d92·2023-01-31 10:06

DoubletFinder：利用人造的最近邻域检测单细胞RNA测序中的doublets

DoubletDetectioninSingle-CellRNASequencingDataUsingArtificialNearestNeighbors发表时间：April03,2019发表杂志：CellSystems（IF=8.673）原文链接：https://doi.org/10.1016/j.cels.2019.03.003摘要单细胞RNA测序数据通常

Yuchen_Li·2023-01-31 09:15

T细胞受体库测序

T细胞受体是T细胞识别靶细胞表面特异性抗原的蛋白分子，由α链和β链（分别由TRA和TRB编码）或者γ链和δ链（分别由TRG和TRD编码）构成的异二聚体，主要是以α链和β链构成的异二聚体为主。α链和β链由恒定区（C区）、可变区（V区）、跨膜区及胞质区等组成，V区是特异性识别抗原肽/组织相容性抗原复合物（MHC）的关键部位。α链和β链的V区均含有3个高变区，又称互补决定区（CDR），分别为CDR1,C

HOLLYxiao·2023-01-31 05:44

序列生成策略——束搜索、贪心搜索、穷举搜索

在序列到序列学习（seq2seq，BLEU）_流萤数点的博客-CSDN博客中，我们逐个预测输出序列，直到预测序列中出现特定的序列结束词元“”。

流萤数点·2023-01-31 05:36

mNGS病原检测是什么？

mNGS：宏基因组学二代测序技术应用：病原微生物高通量基因检测定义：mNGS是一种不需培养就可以深入快速鉴定感染病原体的新技术，相比传统培养方法拥有更高敏感性的同时又与“精准诊疗”的理念相契合。

老白杂谈·2023-01-31 03:00

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