miRNA 第5页

癌症研究中的non-coding RNA网络资源-miRNA篇

这是一篇发表在“CancerLetters”上的minireview，文章总结了关于三种非编码RNA(miRNAs/lncRNAs/circRNAs)在癌症研究中常用的网络资源，这里跟大家一起看一下。因为里面提及的网络资源有点多，所以，我就按RNA种类分别给大家介绍。惯例，先给出文章Acomprehensivereviewofweb-basednon-codingRNAresourcesforca

生信family·2020-07-12 09:46

miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库

miRWalk是一个综合性的miRNA靶基因数据库，收录了人，小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息，和mirDIP类似，也是一个整合型数据库，整合了来自miRDB,TargetScan,miRTarBase

生信修炼手册·2020-07-11 02:47

Small RNA 专题（三）

miRNA命名规则：miRNA简写成miR，根据其被克隆的先后顺序加上阿拉伯数字，如miR-21；高度同源的miRNA在数字后加上英文小写字母(a,b,c……)，如miR-199a和miR-199b；不同染色体上的

正踪大米饭儿·2020-07-10 12:49

LncRNA 概述

非编码RNA是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子，其中常见的具调控作用的非编码RNA包括小干涉RNA、miRNA、piRNA以及长链非编码RNA。研究者的大量研究表明非编码R

Ray钱·2020-07-10 04:15

新探索：光激活的纳米粒子针对性抑制癌细胞所需蛋白质

这种纳米粒子是宾夕法尼亚州立大学生物医学工程师的共同杰作，他们将其称之为microRNA(miRNA)。当这些分子遇到另一个被称为messengerRNA(mRNA)的关键分子时，它们会产

itwriter·2020-07-08 16:00

TargetScan:哺乳动物miRNA靶基因数据库

哺乳动物中的miRNA通过结合转录本序列的3’UTR区，从而发挥转录后调控作用。

生信修炼手册·2020-07-06 01:59

HMDD:miRNA相关疾病数据库

HMDD是一个手工收集整理的miRNA与疾病相关联的数据库，最新版本为V3.0，网址如下http://www.cuilab.cn/hmdd共包含1102个miRNA基因，850种疾病，32281个miRNA

生信修炼手册·2020-06-28 02:51

miRNA分析

miRNAMicroRNA(miRNA)是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小RNA，其在细胞内具有多种重要的调节作用。

weixin_30300225·2020-06-27 15:52

TCGA-16.任意基因的任意分组比较

0.输入数据rm(list=ls())load(file="for_boxplot.Rdata")这里面有三个数据：expr和meta是miRNA的表达矩阵和临床信息，由GDC下载整理得到。

小洁忘了怎么分身·2020-06-27 10:26

【文献精读】MicroRNA-29c-5p通过直接靶向CPEB4和抑制MAPK途径来抑制胆囊癌的进展

根据其在肿瘤发生发展中作用，miRNA大致可分为促癌性miRNA与抑癌性miRNA。

普外科DocHu·2020-04-29 21:01

small RNA 专题（一）

到了填坑的时候了：SmallRNA在测序分析的时候两个关键点分别是：miRNA的鉴定；目标靶基因的预测今天先讨论miRNA的鉴定，也分为两种情况：1.已知miRNA的鉴定；2.新miRNA的鉴定。

正踪大米饭儿·2020-04-13 15:14

circBank:人类环状RNA数据库

circBank对circBase数据库中人类的环状RNA数据加以整理,根据序列信息进行了蛋白编码潜能,miRNA相互作用预测分析,并将所有结果整理成了在线数据库,方便检索和浏览,网址如下http://

生信修炼手册·2020-04-12 01:17

还在为“实验方案”而头疼吗？

目前，生物医学方向的研究热点依然逃脱不了miRNA、lncRNA以及circRNA三大系列，绝大部分都是与癌症或肿瘤有关联，

南博屹生物医学·2020-04-11 00:37

miRNA命名规范

miRNA的研究起步很早，最早发现的miRNA是线虫中的let-7和lin-4，随着越来越多的miRNA被发现，为了方便学术交流，有科学家提出了一套统一的命名规范，对应的文献如下AuniformsystemformicroRNAannotationAmbros

生信修炼手册·2020-04-10 09:29

生信必备技能 -- 不可描述

一般按照惯例我们会根据已知miRNA->rRNA->tRNA->ncRNA(snRNA,snoRNA)的顺序进行优先级注释。在写程序的时候基本上有以下的思路：首先我获得了每

正踪大米饭儿·2020-04-08 10:41

实战（五）模仿一篇曾经10+胃癌亚型预后相关的文章

2014年，TCGA数据库研究人员基于体细胞突变数据、mRNA表达谱数据、miRNA表达谱数据、拷贝数（CNV）改变数据以及蛋白质表达谱数据，采用决策树的方法将胃癌分成i）Epstein–Barrvirus

生信狗·2020-04-05 13:21

#基因组# 组织特异性gene、miRNA、lncRNA、调控元件数据库合辑

25000个基因的表达水平在时间和空间上都表现出显着的多样性，但这两万多个基因却仅仅被小于2000个的转录因子调控，并且这些转录因子也存在组织特异性的调控方式.而更复杂的是基因组中存在这起着重要调控作用的miRNA

生信杂谈·2020-04-04 16:56

觅瑞CTO邹瑞阳出席中国大健康论坛发布全球领先“抽血测癌”新技术

本次论坛的最大亮点来自一项国际领先的癌症检测技术发布——基于血液的miRNA小分子肿瘤标志物检测技术。

观点资讯·2020-04-04 02:09

11-IF5+:miRNA表达模式结合TMB挖掘肺腺癌中的关键分子并建立分类器

一.研究背景肿瘤突变负荷（肿瘤突变负担，TMB）已成为预测肺腺癌（LUAD）患者对免疫检查点抑制剂（免疫检查点抑制剂，ICI）的治疗反应的独立生物标志物。非小细胞肺癌（NSCLC）占所有肺癌的85％，其中约40％-50％为肺腺癌（LUAD）。超过60％的肺癌患者在诊断时出现局部晚期或转移性疾病，在这个阶段手术切除可能不是好一个的选择。而在过去的几十年里，传统的化疗和放疗一直是晚期NSCLC的主要治

生信学霸·2020-04-01 17:37

STTM（短串联模拟靶标）技术

IPS1能够与miR399识别结合，在miRNA的切割位点形成不完全互补的泡状结构（图一），使miR399无法有效切割IPS1RNA。

灵动的小猪·2020-04-01 08:33

chipBase:转录调控数据库

chipBase数据库收集了来自10个物种共一万多个样本的chip_seq数据，整理出了转录因子和各种基因，包括蛋白编码基因，lncRNA,miRNA,tRNA等ncRNA之间的调控网络，该数据库网址如下

生信修炼手册·2020-04-01 03:30

TCGA-17.表达矩阵中任意两个基因的相关性分析和绘图

输入数据和R包rm(list=ls())library(ggpubr)library(stringr)load(file="for_boxplot.Rdata")这里面有三个数据：expr和meta是miRNA

小洁忘了怎么分身·2020-03-31 01:54

第 28 策绝渡逢舟

miRNA+囊泡套路知识miRNA的转录和转录后的加工成熟，位于供体细胞miRNA由一个茎环结构的前体加工而来miRNA与结合靶基因mRNA（发挥生物学功能），发生在受体细胞miRNA的经典作用机制是结合下游的靶基因的

貌似欣喜的猫·2020-03-30 16:52

TCGA视频课程笔记（上）

、研究范围、数据来源、数据存储、数据格式、癌症相关背景知识数据挖掘前提：R语言编程基础TCGA-102-课程导读-如何使用我的github代码jmzeng1314/tcga_example以KIRC的miRNA

小梦游仙境·2020-03-29 13:11

circRNADb:综合性的人类环状RNA数据库

生信修炼手册·2020-03-29 04:03

文献翻译Complex integrated analysis of lncRNAs-miRNAs-mRNAs in oral squamous cell carcinoma(2)

mRNA和miRNA表达数据包括327个OSCC样本和31个非癌样本已下载。原始

柳叶刀与小鼠标·2020-03-24 21:31

（原创）3分文章好方案——基于 TF-mRNA 共表达构建 miRNA-TF-mRNA 网络挖掘 miRNA 调控模式

一、研究背景miRNA,TF都能调控基因的表达，TF影响mRNA的转录过程，miRNA通过降解mRNA从而影响mRNA的翻译；miRNA和TFs都能改变靶基因的表达，使得很难确定到底谁才对靶基因表达的影响

生信狗·2020-03-24 08:49

NCBI获取基因序列以及不同转录本序列

前言：最近实验室要用northern-blot实验去检测miRNA的表达，对于多年没有设计过探针的我感到一丝恐慌，因为让人尴尬的是我把如何找一个基因表达的转录本也就是mRNA序列找出来这件事给彻底忘记了

本木大·2020-03-23 22:06

非编码miRNA的简单了解

刘小泽写于18.12.15本来不知道要写点什么，但是想起来自己一直接触的都是编码的RNA，对于大部分非编码RNA的还不了解，于是借着这次机会先稍微了解一下miRNA。

刘小泽·2020-03-18 01:28

【专利孵化项目库】一种miRNA的组合制备抗非小细胞肺癌药物中的应用

产品介绍成纤维细胞是人的组织和肿瘤的关键细胞成分，可以分为静息和活化的成纤维细胞。例如，所述成纤维细胞在伤口愈合部位能被高度的激活。活化的成纤维细胞侵入病变部位并产生细胞外基质(Extracellularmatrixc,ECM)，充当一个其他细胞的支架。一旦伤口修复，活化的成纤维细胞恢复到静息的表型，这被称为正常成纤维细胞(NormalFibroblasts,NFs)。目前认为：肿瘤的发展不仅仅是

医创星·2020-03-17 03:09

miRNA靶基因预测常用数据库

miRNA自从被发现以来，一直备受关注，俨然已成为非编码RNA家庭中永不凋零的“玫瑰”。

Newyee·2020-03-17 03:28

miRNA靶基因及其结合位点的预测

(1)教你玩转miRNA靶基因及其结合位点的预测(2)miRWalk2.0在基因的完整序列内搜索可能的miRNA结合位点(3)miRNA数据库、预测工具、经典文献合辑(4)预测神器miRwalk2.0：

土豆学生信·2020-03-15 21:19

RNA二级结构表示法:Dot-Bracket notation

对于预测到的novelmiRNA,也就是新的miRNA,我们会想要知道其二级结构。

生信修炼手册·2020-03-14 21:33

miRanda和mirSVR:预测miRNA结合位点的工具

预测miRNA结合位点的工具很多，以TargetScan为代表的工具，利用结合位点的保守性进行预测，对于大部分保守的结合位点而言其准确性较好，然而还是有部分miRNA结合位点是非常规的，在物种间并不保守

生信修炼手册·2020-03-12 02:50

通过尿液发现早期癌症（来自日本的最新进展）

由日本名古屋大学、九州大学及日本国立癌症研究中心等机构共同组成的研究团队，开发出了可提取尿液中少量存在的并可以成为某些疾病的标记的物质“MicroRNA(miRNA)”的装置。

医兮·2020-03-06 04:35

关于TCGA（癌症基因组数据集）使用指南

（图片来自TCGA网站）TCGA收录的了很全面的癌症基因组数据，包括突变，拷贝数变异，mRNA表达，miRNA表达，甲基化数据等##TCGA上储存的数据分为三个级别，level-1为原始的测序数据（fasta

小一_Sherry·2020-03-02 12:27

批量进行miRNA差异分析（geo数据库）以及如何通过R语言对P值进行校正

T检验介绍对于芯片数据，通常通过limma进行差异分析；而对于测序数据，通常用edgeR或者deseq，deseq2等软件进行差异分析。但假如果手头没有readscount数据，而只有RPKM/FPKM值，一般用ballgown或者T检验进行差异分析。但需要引起注意的是T检验是基于正态分布的检验方法，是不适用于二代数据的，因为这样会对低丰度基因的检验会产生大量假阳性。如果不得不使用T检验，请将在两

柳叶刀与小鼠标·2020-03-01 09:16

#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱数据整合(二)

上期(#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱数据整合)使用shell对多样本表达谱文件整合,实现方式是将1881个miRNA和425个样本直接存入一个"awk二维表"然后输出,全部在内存中运行,

生信杂谈·2020-02-24 21:31

RNAseq分析（5）：差异分析工具 GDCRNATools 安装及测试

前言GDCRNATools是一个用于下载、整理和综合分析GDC中IncRNA、mRNA和miRNA数据的R/Bioconductor包。

魚晨光·2020-02-23 21:01

一文解决TCGA任意肿瘤的差异lncRNA，miRNA，mRNA

解读文献题目：TCGAbasedintegratedgenomicanalysesofceRNAnetworkandnovelsubtypesrevealingpotentialbiomarkersfortheprognosisandtargettherapyoftonguesquamouscellcarcinoma这是一篇2019年发表在plosone的纯生信文章。摘要目的该研究旨在研究舌鳞状细

柳叶刀与小鼠标·2020-02-21 01:16

[干货分享]病毒载体的构建实验流程

构建的siRNA/miRNA慢病毒载体，与化学合成的siRNA和基于瞬时表达载体构建的普通siRNA载体相比，一方面可以扩增替代瞬时表达载体使用，另一方面，Lenti

华联科生物·2020-02-18 23:23

TCGA-CESE（早期宫颈癌）临床信息数据下载

数据库的官网；bing_GDCTCGA.pngTCGA官网.png2)在搜索框中输入CESC，选择下拉中跳出的TCGA-CESC，点击进去输入CESC.png进入TCGA-CESC.png3)跳出网页后，选择miRNA-seq

养猪场小老板·2020-02-15 19:38

WGCNA关键模块和hub基因筛选

WGCNA的理论背景知识WGCNA的详细分析流程关键模块和hub基因筛选，在流程中并不可知模块划分好后如何找到keymodule1由WGCNA得到的module都进行GO或KEGG，甚至TF，miRNA

Y大宽·2020-02-14 22:03

计算MiRNA–mRNA表达相关性

生信技能树·2020-02-14 01:36

TCGA和GEO套路文章解说

但是如果你所处的实验室或者科室经费少，样本也不多，而无法开展研究，而又想发SCI文章，此时我们最经济有效的方法就是：分析一下别人的数据，筛选出一些有价值的分子（mRNA，miRNA，

组学大讲堂·2020-02-11 09:32

安利——lncRNA的亚细胞定位数据库

的作用机制非常复杂，例如细胞核中的LncRNA可以通过直接与靶基因结合来激活或抑制靶基因的表达，还能通过参与组蛋白修饰或募集转录因子而参与基因的表达调控；而细胞质中的LncRNA也可以作为一种竞争性内源性RNA与miRNA

Ray钱·2020-02-11 07:05

ceRNA在线工具LncmiRSRN

ceRNA在线工具LncmiRSRNPUpILn.pngAbstractMotivation:目前一些计算方法都是基于2011年的那个ceRNAs假设，研究lncRNAs和miRNA靶mRNAs之间的竞争关系

生信技能树·2020-02-10 18:24

miRNA-seq分析流程-----转载

miRNA-seq分析流程转载2016-11-2816:29:44miRNA是生物中非常重要的一类非编码小RNA，其在生物体的调控中具有非常重要的作用，在人中大约三分之一的基因受到miRNA的调控。

酷睿_1991·2020-02-09 03:10

lncRNA的一些基础知识

以前我在：miRNA、LncRNA、CircRNA靠谱小结也提到过一些基础知识，但还不够丰满！其实读一篇综述是最好的学习方式，不过英文的毕竟难啃。假如你还是需要深入学习

生信技能树·2020-02-07 00:59

你更关心基因还是miRNA呢

在全网最系统的表达芯片数据处理教程我没有做过多芯片注释的讲解，不过后期推文倒是很多。实际上，很多时候，策略是没有标准的，比如最近处理大名鼎鼎的hgu133plus2芯片：library(GEOquery)#DownloadGPLfile,putitinthecurrentdirectory,andloadit:gpl<-getGEO('GPL570',destdir=".")colnames(Ta

生信技能树·2020-02-05 01:04

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