miRNA 第3页

这本非OA期刊大量接收纯生信SCI，就怕你没有稿件

像简单GEO数据挖掘这样的文章（差异分析、功能分析、构建miRNA-mRNA网络、生

SCI狂人团队·2023-06-09 15:07

miRNA的简介

microRNAs的发现：1993年miRNA首次在线虫中被发现，当时普遍认为其是一种小分子RNA,2001年miRNAs被正式命名为一类具有调控功能的RNA。

上官万尘·2023-04-18 07:15

microRNA数据库之mirDIP

microRNA又称miRNA，长度约为21-25nt，主要功能是RNA沉默和基因表达的转录后调控。这里我给大家介绍一个microRNA的数据库，mirDIP。

生信family·2023-04-17 13:59

单个基因的生物信息学分析(1)-基因结构与功能分析

在生物学分析中，我们经常会针对某个基因进行生物学功能分析，比较常见的包括基因结构预测，功能注释，蛋白质结构域预测（跨膜域，信号肽），同源基因分析，多序列比对，亚细胞定位预测，启动子序列分析，调控靶基因的miRNA

blue_unique·2023-04-17 04:57

R爬虫实践—抓取国自然基金信息【中篇】

比如咱们需要获取lncRNA、miRNA、circRNA、肠道菌群、外泌体，细胞焦亡等多个关键词的国自然信息。首先，分析各个关键词下的首页网址特征，如下所示。

Clariom·2023-04-16 16:54

基于图卷积神经网络GCN的二部图链路预测方法实现思路和完整代码【可用于疾病-靶点、miRNA-疾病等相关预测】

本文解决的问题基本假设：二部图只有邻接矩阵，没有节点特征，并且进行链路预测，有部分链路未知。如果你有初始节点特征，直接换掉即可实现思路这段代码主要是用于构建一个基于图卷积神经网络（GCN）的二分类模型，实现对给定邻接矩阵的节点间关系进行分类。具体实现步骤如下：加载邻接矩阵数据，并将邻接矩阵转换为张量形式。根据邻接矩阵生成正负样本的边索引。自己创建节点特征x,和结果y。将数据随机分为训练、验证和测试

_刘文凯_·2023-04-15 16:14

lNCipedia数据库

不像起步很早的miRNA,lncRNA在最近十几年年才逐渐兴起，目前的现状是数据库很多，不同数据库对于lncRNA的命名方式不统一，这种混乱的命名模式，

victor卡西莫多·2023-04-14 23:24

如何从TCGA数据库下载体细胞突变数据（somatic mutation）

前面给大家介绍了新版的TCGA数据库，通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据和miRNAseq数据☞新版TCGA数据库RNAseq数据下载☞新版TCGA数据库miRNA数据下载以及如何合并成矩阵

生信交流平台·2023-04-13 12:52

LncACTdb 2.0：疾病相关的ceRNA网络数据库 | 数据库推荐

作为中心法则的关键分子，RNA家族一直是研究热点，microRNAs(miRNA)、长链非编码RNA（lncRNA）、环状RNA（circRNA）....以及竞争性内源性RNA(ceRNA)调控机制。

尐尐呅·2023-04-13 00:39

RECORD MY GRADUATION THESIS: 生态环境中的小可爱_枝角类_201905于狮子山-4

本研究对隆线溞的SF、PF和M个体进行了整合mRNA和miRNA的高通量测序分析，并探究隆线溞中的DEGs和DEMs并鉴定出涉及生殖转化的关键基因。3.4.1隆线溞生殖转化的转录组学研究对生

怡然i_好久不见·2023-04-12 06:58

三种方法提取miRNA成熟体序列

前面我们讲过☞miRNA靶基因预测☜，我们知道miRNA靶基因预测一般是通过seed（种子序列）与靶基因序列互补配对来实现的。

生信交流平台·2023-04-12 04:12

项目文章 | IF=10.183，单细胞与全转录组关联分析探究妊娠期PE发病机制

有证据表明miRNA的失调与滋养细胞功能障碍和PE发展相关。然而，胎盘miRNA在PE发病机制中的作用仍不清楚。

诺禾致源·2023-04-09 23:28

R代码合并TCGA体细胞突变数据

上次通过图文给大家讲解了如何从TCGA数据库下载体细胞突变的数据☞如何从TCGA数据库下载体细胞突变数据（somaticmutation）前面我们也讲过，如何从TCGA数据库下载RNAseq和miRNA-seq

生信交流平台·2023-04-06 10:05

RECORD MY GRADUATION THESIS: 生态环境中的小可爱_枝角类_201905于狮子山-3

第三章隆线溞不同生殖个体间RNA-seq与miRNA-seq分析3.1前言隆线溞（Daphniacarinata）隶属节肢动物门（Arthropoda）、甲壳纲（Crustacea）、鳃足亚纲（Branchiopoda

怡然i_好久不见·2023-04-05 23:02

Mask time

图片发自App原料商瑞士CRB的代表Mirna说：“瑞士出品，就是创新、精准、天然、可靠、科学、奢华的代名词。”

乃文Time·2023-04-05 18:18

2021-03-03 基于lncRNA的功能富集分析——lncSEA

因此，对于像miRNA，lncRNA和circRNA等非编码RNA的功能预测与分析时就需要采取迂回战略，即通过靶向关系（例如miRNA靶向调控蛋白编码基因），共表达关系（例如非编码RNA与蛋白质编码基因的共表达情况

NAome·2023-04-05 16:54

关于readsCount、RPKM/FPKM、RPM(CPM)、TPM的理解

背景feature定义：基因组上对具有不同性质区域的定义(例如：gene/exon/intron/miRNA等)。优点：利于分类整理结果。

模拟数据X·2023-04-04 17:52

circRNA/lncRNA ceRNA机制

ceRNA机制是纯粹RNA之间的互作关系，circRNA/lncRNA等分子吸附miRNA，使miRNA不能结合到靶基因3'UTR区域，从而保护靶基因的功能。

纪伟讲测序·2023-04-03 16:18

一种ceRNA关系网络的新颖画法，R语言绘制冲击图（桑基图）教程

纪伟讲测序·2023-04-01 08:04

.npy和.mat格式的数据相互转换

importnumpyasnp#numpy转matfromscipyimportiogene12396_miRNA550=np.load('.

HJ_Tan·2023-03-29 04:46

三十六策第 11 策见微知著

三十六策第11策见微知著三十六策第11策见微知著miRNA研究的优势第一，miRNA是非编码RNA，没有蛋白表达差异、验证基因过表达还是沉默的效率，只需要qPCR验证第二，miRNA是短片段，直接合成就行

Kururu1799·2023-03-27 00:15

文献解读|miRNA与多组学联合分析阐明花生花青素合成新机制

Multi-OmicsandmiRNAInteractionJointAnalysisHighlightNewInsightsIntoAnthocyaninBiosynthesisinPeanuts（ArachishypogaeaL.）译名：miRNA

维凡生物·2023-03-25 13:12

（日常记录）使用TBtools批量提取基因组中的CDS、UTR、exon等

在分析基因组数据时，我们有时候只需要基因组中某个部位的信息，比如涉及编码蛋白功能就只需要CDS序列，研究miRNA与mRNA互作时，只需要3‘UTR序列，那么如何简单快速的得到基因组中的目标序列呢？

重新开始_xy·2023-03-23 08:52

第 34 策环环相扣

一个成环的信号传递研究中依然有主变量和因变量的区别三元变量相当于主变量在最上游，然后研究下游的调控，再把下游的下游变成主变量的上游，研究下游的下游如何调控主变量的变化第三个特点：成环往往与分子修饰相嵌套第四个特点：miRNA

貌似欣喜的猫·2023-03-19 00:50

2020-01-06 TCGA数据下载相关

https://portal.gdc.cancer.gov/在Repository勾选自己需要的case和file类型（1）选casesimage.png（2）选files需要下载三个文件，分别存放了miRNA

程凉皮儿·2023-03-16 03:45

运用TCGAbiolinks下载癌症RNAseq数据

本人目前从事的科研工作是癌症转录组方向，主要是miRNA、LncRNA等非编码RNA。分析表达差异应该是科研工作的第一步，今天我通过自身的亲测，为大家浅显地叙述一下我的操作。

张玮恩·2023-03-15 12:04

基于多组学网络的生物信息学方法识别 KTR中miRNA 生物标志物（IF8+）

Multi-omicsnetworkcharacterizationrevealsnovelmicroRNAbiomarkersandmechanismsfordiagnosisandsubtypingofkidneytransplantrejection多组学网络特征揭示了新的microRNA生物标志物和肾移植排斥反应的诊断和亚型划分机制发表期刊：JTranslMed发表日期：2021Aug13

生信学霸·2023-03-14 22:03

ceRNA证据与争议

ceRNA（competitiveendogenousRNA，竞争性内源RNA）假说是哈佛医学院PierPaoloPandolfi研究小组在2011年提出的，它是一种基因表达调控模式，共享miRNA结合位点的转录本会竞争结合相同的

Seurat_Satija·2023-03-13 16:32

植物phasiRNA研究进展（三）

PhasiRNA初级转录本由PolII(RNApolymeraseII)转录，随后miRNA(microRNA)引导AGO蛋白对phasiRNA初级转录本上的

HHBA·2023-02-19 00:24

新版TCGA不同癌种数据合并

文章目录加载数据和R包合并数据提取信息合并miRNA合并CNV合并SNP加载数据和R包数据都是之前下载好的，可以参考之前的推文：我们直

医学和生信笔记·2023-02-03 20:58

如何快速的获得miRNA的northern-blot阳性结果

这里仍然要做的实验是RNA的northern-blot，只不过实验的对象不再是mRNA或者tRNA，而是长度20nt左右的miRNA。

本木大·2023-02-01 06:35

小RNA分析软件

小RNA分析软件新miRNA预测mireapmirdeep2miRDeep-P/miRDPmiRDP2miR-PREFeRShortStackmiRNA靶基因预测GSTArTargetFinderPsRobotmiRandaRNAhybridRNAplex

超人立志做国王·2023-01-30 17:40

生物化学单个基因生物信息学分析笔记

基因结构预测和功能注释选择基因文件及物种预测结果02蛋白结构域预测03同源基因分析04多序列比对05蛋白二级三级结构预测06蛋白特性分析07跨膜结构分析08信号肽分析09亚细胞定位预测10启动子分析11调控目的基因的miRNA

FakeOccupational·2023-01-04 08:16

【毕设学习之转录组技术一：基因组成+转录流程】

转录组学可在RNA水平研究特定细胞、组织或器官在不同生长发育阶段或不同生理状况下基因表达的情况，挖掘具有特定生物学功能的关键差异基因；预测具有调控功能的lncRNA和具有负调控功能的miRNA；揭示circRNA

一生平安喜乐·2022-12-31 16:45

LncFinder | 非编码RNA的识别与分析神器！！！~

其中包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA,lncRNA和miRNA等多种已知功能的RNA，还包括未知功能的RNA。

生信卷·2022-12-26 11:46

HGIMDA：用于miRNA-疾病关联预测的异构图推断

HeterogeneousgraphinferenceformiRNA-diseaseassociationprediction论文链接：https://www.researchgate.net/publication/305719244_HGIMDA_Heterogeneous_graph_inference_for_miRNA-disease_association_p

鸭老板·2022-12-15 07:13

TargetNet: Functional microRNA Target Prediction with Deep Neural Networks

因此识别miRNA的功能靶点至关重要，但是这个预测是一个巨大的挑战。

泡面加蛋97·2022-12-03 03:13

二代测序技术之illumina测序技术原理简介

现今的生信领域几乎就是和无数的序列打交道，而这些序列的来源就是如今风靡的高通量测序技术，现今的测序不论是测RNA、DNA、miRNA还是ChIP-Seq等等，都是基于NGS(二代测序，next-generationsequencing

你大佬来啦·2022-11-24 09:37

输入序列就可以预测 - 在线版miRanda靶基因预测来了

miRNA靶基因预测是研究miRNA经常要进行的操作，经典的miRNA靶基因预测软件有miRanda，targetscan等。

余丁，微生信·2022-11-21 14:42

机器学习论文-实验效果评估部分常用代码大总结

鱼与钰遇雨·2022-11-04 11:26

php 生存分析,KM-plotter在线做生存分析

目前网站可以针对54,675个基因、18,674个癌症样本展开研究，涉及了乳腺癌、肺癌等等；数据类型有芯片数据、高通量测序数据，涉及mRNA和miRNA，并且在不断丰富之中。

繁心花少·2022-11-02 11:24

学做NAR图表：ggraph做网络图

image.png加载R包和节点数据，可以是STRING分析得到的网络文件，也可以是miRNA对应靶基因文件，再或者可以是转录因子对应的调控文件等！setwd("D:/KS项目/公

KS科研分享与服务·2022-10-31 11:04

#TCGA系列#利用R处理多个文件夹下的miRNA表达数据

-当我们TCGA官方下载数据miRNA表达数据时，这些数据大多都位于多个文件夹下，而且有类似文件容易混淆。

Talini·2022-09-13 17:49

TCGA数据下载和整理的三种方法

数据下载方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtoolsTCGA癌症类型需要下载的数据组学信息（样本）：（存储单个病人表达数据，需整理为表达矩阵）+（存储样本文件的详细信息，可以为RNA-seq，miRNA-seq

Hayley笔记·2022-06-30 09:18

BioVendor 细胞/外泌体 miRNA 分离试剂盒

BioVendor艾美捷细胞/外泌体miRNA分离试剂盒能够从多达1x100000000个细胞和外泌体中纯化19-24个核苷酸的miRNA、小RNA和少于1000个核苷酸的RNA。

Sylvia_sc·2022-04-26 09:59

使用kmplot在线进行生存分析

kmplot是一个生存分析的在线工具，最初是设计用来对肝癌中的miRNA进行生存分析，对应的文章发表在scientificreports上，链接如下https://www.nature.com/articles

生信修炼手册·2022-03-19 06:20

TCGA-3.GDC数据整理-后续（含情感体验）

思路1.表达矩阵的行名应该是TCGA的样本id（id是行名还是列名无所谓啦，t()一个函数搞定）2.要找到下载的mirna矩阵单个文件名和TCGA的样本id的对应关系（难难难哭了）内心挣扎思考记录：很坚定

小洁忘了怎么分身·2022-02-20 03:20

纯生信分析套路支持向量机（SVM)精准的探索miRNA中暗物质

支持向量机发掘miRNA-靶基因互作中癌症相关的miRNAs【导读】解读生物遗传密码的工作逐渐精细化，当下MicroRNAs(miRNAs)研究异常火爆。

概普生信·2022-02-18 16:02

反思录2020-07-20

今日idea：miRNA/DNApolymerase./CRISPR\今日反思：慎言今日反思：Retrogen的电话漏接，结果没送成样品，都是被惯的，以后等他电话送下去吧，也没有多么麻烦，耐心。

考拉王的桉树·2022-02-16 10:39

R下载合并ENCORI数据库中miRNA靶基因数据

前面小编介绍过RNA相互作用神器——ENCORI，在文章中给大家举了个用R代码批量下载miRNA和mRNA之间相互调控关系的例子。

生信交流平台·2022-02-16 01:14

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