miRNA

2020-01-28 全转录组测序研究思路

全转录组测序研究思路1.确定研究对象对照组&处理组；健康组&疾病组；癌组织&癌旁组织……2.应用RNA-seq获得4种RNA数据3.筛选差异表达的mRNA，lncRNA，miRNA，circRNA4.构建
my_derek·2020-01-30 03:30

【每周文献】miRNA调节R基因-PNAS-2012

最近又看了一篇miRNA调控R基因的文章，2012年发表在PNAS上，挺有意思。起源于N基因的22ntmiRNA介导N基因的切割，并可产生次级siRNA，负调控植物的抗病性。
曹务强·2020-01-08 06:33

#TCGA系列#肝癌组织多样本miRNA差异表达分析(二)

上期我们做了肝癌组织399个miRNA样本的肿瘤VS正常的差异表达分析.但样本质量控制时我们发现样本差距过大,生物变异系数过高.部分正常组织和肿瘤组织聚在一起,本期我们对这399个样本进一步分析.先将样本信息从头梳理一遍
生信杂谈·2020-01-06 06:15

MirSNP:miRNA相关SNP位点数据库

有科学家发现，SNP位点可以通过影响miRNA,从而引起疾病的发生与发展，所以研究miRNA相关的SNP位点是非常有意义的。
生信修炼手册·2020-01-05 19:05

miRTarBase:实验验证的miRNA靶基因数据库

miRTarBase是一个手工收集的，经过实验验证过的miRNA靶基因数据库，网址如下http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php如下图所示，miRTarBase
生信修炼手册·2020-01-05 00:45

使用kmplot在线进行生存分析

kmplot是一个生存分析的在线工具，最初是设计用来对肝癌中的miRNA进行生存分析，对应的文章发表在scientificreports上，链接如下https://www.nature.com/articles
生信修炼手册·2020-01-02 10:13

使用不同R包获取TCGA的DEGs

/figures/'#加载上一步从RTCGA.miRNASeq包里面提取miRNA表达矩阵和对应的样
Forest_Lee·2020-01-01 03:31

生物信息学相关数据库

生物信息学数据库可以分为4大类:即基因组数据库、核酸和蛋白质一级结构数据库、生物大分子三维空间结构数据库，当前研究比较热点的集中于基因组、miRNA、LncRNA、circRNA等分子的查询，以及蛋白或蛋白修饰变化
Ray钱·2019-12-30 06:13

ceRNA network构建笔记

我是已经有mRNA，再反过来找miRNA和lncRNA。
Stone_Stan4d·2019-12-30 03:50

（免费视频课程转载）带你重复3分SCI(下)

Down-regulationofmicroRNA-144-3panditsclinicalvalueinnon-smallcelllungcancer:acomprehensiveanalysisbasedonmicroarray,miRNA-sequencing
柳叶刀与小鼠标·2019-12-28 21:01

TCGA-识别哪些是lncRNA，各种类型的RNA差异分析

本文内容本文为笔者个人的学习笔记，包括以下内容TCGAcount数据下载count数据预处理，标准化差异mRNA,miRNA,lncRNA绘制热图,火山图ceRNA网络分析，输出文件到cytoscape
白介素2·2019-12-26 11:24

LNCipedia:人类lncRNA数据库

不像起步很早的miRNA,lncRNA在最近十几年年才逐渐兴起，目前的现状是数据库很多，不同数据库对于lncRNA的命名方式不统一，这种混乱的命名模式，
生信修炼手册·2019-12-25 06:48

mir2disease:miRNA相关疾病数据库

mir2disease是由哈尔滨工业大学开发的miRNA相关疾病数据库，网址如下http://www.mir2disease.org/该数据库包含了349个miRNA,163种疾病，3273个miRNA
生信修炼手册·2019-12-24 11:24

miRNA、LncRNA、CircRNA靠谱小结

miRNA、LncRNA、CircRNA靠谱小结中心法则大家都不陌生，但是DNARNA—>蛋白质的传统的中心法则已经不能完整的概括基因遗传规律、解释所有的生命现象，随着非编码RNA的不断被发现,探测其功能已势在必行
生信技能树·2019-12-21 10:16

掌握这个Python小技巧，轻松构建cytoscape导入文件

掌握这个Python小技巧，轻松构建cytoscape导入文件具体来说就是可以用于蛋白互作网络的展示，miRNA与蛋白质或者TF与RNA的相互作用等内容的可视化，是一个生信分析不可或缺的神器。
妄心xyx·2019-12-20 08:02

SomamiR:肿瘤体细胞突变影响miRNA结合的突变位点数据库

miRNA可以与多找RNA分子进行结合，从而在ceRNA调控网络中发挥重要作用。ceRNA作为一种细胞内源性的调控机制，当miRNA的结合发生异常时，其调控功能也随着收到影响，从而可能导致疾病的发生。
生信修炼手册·2019-12-19 23:43

miRBase的miRNA命名更新官方说明

正常来讲，看懂以下图片，就已经可以明了关于miRNA命名的大部分问题了。
初阳_l·2019-12-19 01:38

基于阻断免疫细胞浸润活化的炎症性肠病治疗策略研究

越来越多的证据表明,microRNA(miRNA)所介导的基因调控影响了诸多自身免疫疾病包括炎症性肠病(IBD)的发病过程,但是目前IBD发病过程中miRNA所发挥的生物学功能尚未完全研究清楚。
成时明月·2019-12-16 05:30

TCGA-mRNA的生存分析

工具：TCGA的数据通过library(TCGAbiolinks)下载：癌症的clinical数据、miRNA/mRNA的表达量数据生存分析由library(sirvival)完成分析过程中问题：参考脚本
Minka__·2019-12-15 22:57

#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱及临床数据下载

使用了一些第三方工具下载下来的并不能保证是最新的(比如使用官网推荐的GDCcBIOPortal下载的临床数据),自己摸索了一段时间后发现使用官网提供的API才能保证下载的数据是最新最准确的.本期使用TCGA的API下载肝癌的miRNA
生信杂谈·2019-12-13 15:13

#本月回顾#基因组分析方法教程汇总

TCGA数据分析:TCGA基因/miRNA表达谱及临床数据下载TCGA基因/miRNA表达谱数据整合TCGA基因/miRNA表达谱数据整合(二)TCGA临床数据处理TCGA样本中的注释文件处理肝癌组织多样本
生信杂谈·2019-12-07 18:07

汇总 | 欧易生物 3 月份项目文章汇总

2019年3月，欧易生物用户共有16篇文章发表，涉及多个研究方向，其中应用到的欧易生物技术服务产品包括：转录组测序、smallRNA测序、circRNA测序、微生物多样性测序、表达谱芯片、lncRNA芯片、miRNA
欧易生物·2019-12-07 13:49

#TCGA系列#肝癌组织多样本miRNA差异表达分析

本期使用R的edgeR包对去除了有注释样本的miRNA表达谱进行差异表达分析.之前已经做了以下几期:#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱及临床数据下载#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱数据整合
生信杂谈·2019-12-02 03:26

又有知名日企推出「滴血测癌」技术，这事儿靠谱吗？

据称，这一技术通过检查分泌在血液中的微小RNA（miRNA）的种类与浓度，有望从1滴血中检测出包括胃癌、大肠癌等13种癌症，而且在检测后2个小时内就能拿到结果，准确度高达99%，花费仅在2万日元以内（
丁香园·2019-11-26 00:00

【12.6-8 北京】 GEO/TCGA 数据挖掘案例实操培训班

第一步，自己要分析的疾病，然后下载数据，差异表达分析，筛选得到几个关键的分子（可以是lncRNA，mRNA，miRNA，circRNA）。
丁香园·2019-11-25 00:00

万众期待！ GEO/TCGA 数据挖掘实战线下培训课来啦！

第一步，自己要分析的疾病，然后下载数据，差异表达分析，筛选得到几个关键的分子（可以是lncRNA，mRNA，miRNA，circRNA）。
丁香园·2019-11-21 00:00

#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱数据整合

上期(#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱及临床数据下载)介绍了使用TCGA的API下载肿瘤表达谱及临床数据,本期来处理上期下载的表达谱文件.还是以肝癌的miRNA表达谱为例.我们上次已经下载了
生信杂谈·2019-11-07 05:24

父母爱运动，后代更聪明

他们发现，相比一些行动受限的啮齿类动物，活跃的小白鼠后代表现出更强的学习能力，原因就在于精子中存在被称为miRNA212和miRNA132的两个DNA片段。经常性的运动使这些DNA片段在小白
健康在线·2019-11-01 03:22

脂肪组织巨噬细胞来源的外泌体miRNA可在体内和体外调节胰岛素灵敏度

原文链接：Yingetal.,2017,Cell171,372–384.AdiposeTissueMacrophage-DerivedExosomalmiRNAsCanModulateInVivoandInVitroInsulinSensitivity.这篇文章简单来讲讲的是：驻留在脂肪组织中的巨噬细胞利用外泌体调节全身胰岛素反应。文章亮点：脂肪组织巨噬细胞(AdiposeTissueMacrop
XIAO油菜花·2019-10-17 14:24

我国科学家构建综合植物miRNA数据库

科技日报讯（通讯员彭楠赵永欣）近日，北京市农林科学院杨效曾研究员课题组与北京大学生命科学院合作，通过对88种覆盖了从低等水生植物到高等被子植物中小分子RNA数据的深度挖掘，对这些植物中的miRNA进行系统鉴定
itwriter·2019-10-11 07:00

TCGA metadata.json中注释信息的提取

TCGA数据库中各类癌症的类型缩写，可参考这篇同学的文章：https://www.jianshu.com/p/3c0f74e85825当我们通过gdc-tools下载得到TCGA数据库中RNA，miRNA
dming1024·2019-09-19 22:41

批量读入TCGA的miRNA数据(注意细节)

我们已经下载到了数据，在rawdata文件夹，总共1207个1.文件合并每个文件夹里面都有一个文本文件，现在需要把他们批量读入R语言，先分解一下，新建文件夹data_in_one，先把所有文本放在一个文件夹里面。如果是用的命令行，就一行cprawdata/*/*.txtdata_in_one如果用R语言，这个for循环可以搞定。每一个R语言初学者都应该掌握for循环！###使用for循环来批量做，
果子学生信·2019-08-17 20:34

批量读入TCGA的miRNA数据(注意细节)

我们已经下载到了数据，在rawdata文件夹，总共1207个1.文件合并每个文件夹里面都有一个文本文件，现在需要把他们批量读入R语言，先分解一下，新建文件夹data_in_one，先把所有文本放在一个文件夹里面。如果是用的命令行，就一行cprawdata/*/*.txtdata_in_one如果用R语言，这个for循环可以搞定。每一个R语言初学者都应该掌握for循环！###使用for循环来批量做，
果子学生信·2019-08-17 20:34

TCGA数据库中miRNA数据如何平稳下载 ？

之前，我们讲过TCGA的miRNA数据如何区分5p和3p，然而我们手上并没有数据，所以，这次讲如何获取数据。TCGA数据的下载都差不多，有通用的方法。我们以前讲过转录组数据的下载。
果子学生信·2019-08-16 08:13

TCGA数据库中miRNA数据如何平稳下载 ？

之前，我们讲过TCGA的miRNA数据如何区分5p和3p，然而我们手上并没有数据，所以，这次讲如何获取数据。TCGA数据的下载都差不多，有通用的方法。我们以前讲过转录组数据的下载。
果子学生信·2019-08-16 08:13

获取TCGA中miRNA的ID转换文件(区分5p和)

TCGA中的micoRNA，他的ID是这个样子的，看起来很不和谐，但是，这种ID是可以区分出3p和5p的miRNA的。他的转换文件在这里。
果子学生信·2019-08-14 23:55

获取TCGA中miRNA的ID转换文件(区分5p和)

TCGA中的micoRNA，他的ID是这个样子的，看起来很不和谐，但是，这种ID是可以区分出3p和5p的miRNA的。他的转换文件在这里。
果子学生信·2019-08-14 23:55

批量对文件进行操作

从miRNA网站ftp网址批量下载数据，整站抓取：wget-r-p-np-khttp://www.pmiren.com/ftp-download/对下载的数据进行批量操作数据的格式每个物种为一个文件夹，
徐沫沫·2019-07-22 15:46

TCGA数据挖掘九：lasso回归

list=ls())options(stringsAsFactors=F)Rdata_dir='Rdata/'Figure_dir='figures/'#加载上一步从RTCGA.miRNASeq包里面提取miRNA
mayoneday·2019-07-15 20:14

面对妖艳的配置文件，python小技巧来帮你！

具体来说就是可以用于蛋白互作网络的展示，miRNA与蛋白质或者TF与RNA的相互作用等内容的可视化，是一个生信分析不可或缺的神器。
Python热爱者·2019-05-18 21:22

GEO数据库：GEO2R的简单使用

赶紧搜索了解下，GEO（GeneExpressionOmnibusdatabase）是由NCBI负责维护的一个数据库，设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据，但是后来也加入了甲基化芯片，lncRNA，miRNA
Ashu·2019-05-18 14:32

【每周文献】miRNA调节NBS-LRR-2012 Plant Cell

miRNA482target到NBS-LRR基因上，导致NBS-LRRmRNA被切割，并形成secondarysiRNA。
曹务强·2019-05-06 23:13

第6周：利用小RNA测序和降解组测序鉴定玉米雌穗发育过程中的miRNA及其靶基因

1.Abstract1.1Background在玉米中，低氮，低盐，干旱胁迫下的miRNA及其靶基因研究较多，但在玉米穗子中相关研究较少。
TOP生物信息·2019-03-13 11:39

第5周：拟南芥的miRNA表达图谱

对测序数据进行分析之后发现大多数的miRNA普遍存在，然而有少数的miRNA是特异表达的。相同miRNA家族的不同成员有特异的时空表达模式。
TOP生物信息·2019-03-08 01:46

「miRNA系列」植物如何进行miRNA靶基因预测

本科时便接触过miRNA，那个时候还查过一些关于miRNA相关的内容，准备在一个学习小组中讲讲，可惜的是，当时的自己也没有搞懂。而最近一次的miRNA-seq数据分析，终于让自己对它有一些理解。
xuzhougeng·2019-01-16 23:39

TCGA_甲基化

全面的覆盖了96%的CpG岛，并根据需求加入了CpG岛以外的CpG位点信息，人类干细胞非CpG甲基化位点，正常组织与肿瘤（多种癌症）组织差异甲基化位点，编码区以外的CpG岛，miRNA启动子区域和GWAS
一路向前_莫问前程_前程似锦·2018-11-19 16:05

miRNA的起源

miRNA的起源动物和植物中都存在miRNA，但动植物中的miRNA从形成到作用方式都有着明显的区别。
little^raccoon·2018-11-15 10:40

miRNA-seq分析流程

miRNA是生物中非常重要的一类非编码小RNA，其在生物体的调控中具有非常重要的作用，在人中大约三分之一的基因受到miRNA的调控。对于miRNA转录后调控的分析也越来越多。
高锦-生信·2017-10-11 14:31

miRNA的特征、功能及识别方法等详解

第一个被确认的miRNA是在线虫中首次发现的lin-4和le
高锦-生信·2017-09-06 10:45

RNA-seq与miRNA-seq联合分析

数据来源数据来源于2017年5月24日清华大学更新的miRNA-seq,DNAmethylation,CNV,RNA-seq项目标题：Themolecularl
wangyunpeng_bio·2017-07-02 16:54
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