miRNA

小RNA ----计算miRNA 表达量

https://www.biostars.org/p/302465/https://www.biostars.org/p/297272/啊啊啊啊啊啊选取唯一比对的序列uniqereadnohupls*sam|whilereadid;dosamtoolsview-S-F4$id|grep-v"XS:">${id%%%_*}.sam;done&比对到miRNAbase上的reads数目的统计，没有好办
Weiyx·2023-10-09 15:09

#日常#-2022-09-18

用pct做个miRNA线性，再提个血清的外泌体RNA吧。平凡科研狗的日常，明天认真干活吧。嗐，今天没有扫地拖地。
Lilliandoing·2023-10-07 11:52

一文总结：双荧光素酶实验的原理、应用及详细步骤

想验证miRNA与靶基因的作用?——双萤光素酶报告基因检测想了解miRNA和lncRNA/circRNA的靶向互作?——双萤光素酶报告基因检测想知道转录因子对下游基因的作用?
生物女学霸·2023-10-06 13:20

2022-02-01新年愿景

年后将近期做的另外两个miRNA功能梳理完毕，做阶段性总结。8月份左右完成博士论文，并在之后如期完成博士预答辩，于12月份毕业。
谢俊飞·2023-10-06 08:13

python符合条件的行名

字典转DataFrame：virus=pd.DataFrame.from_dict(dic,orient='index')看一眼数据的样子病毒pre-miRNA的数据想要吧病毒按照物种分类，mir前的就是物种
张雅茹_blingbling·2023-10-05 00:00

miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测

前面给零星的给大家介绍过一些miRNA相关的数据库，包括1.miRBase数据库介绍及miRNA数据下载2.miRBase物种名缩写3.miRNA靶向预测软件targetscan4.RNA相互作用神器—
生信交流平台·2023-10-04 01:36

IGV-基因组浏览器-改造记录（六）

然而在近期的数据分析过程中，我们仍然发现了一个新的需求：在展示sRNAreads的时候，只看某个长度的reads，比如植物的miRNA大多是21nt，常见的phasiRNAs，或者全都是21nt，或者全都是
生信石头·2023-09-29 14:28

siRNA干扰实验流程

如果临时想要研究某基因的功能，例如某个miRNA的靶基因，想要敲低这个靶基因，通常会采用siRNA的方法，这种方法速度比较快，从下订单到实验结束，最快需要两周（公司合成通常是一到两周），但成
backup备份·2023-09-25 08:50

miRNA array笔记1

1.对gtf文件进行处理：catGSE52313_transcripts.gtf|grep"gene_name"|sed's/\(.*\)gene_id\(.*\);transcript_id\(.*\);gene_name\(.*\);oId\(.*\)/\2\4/g'|sed's/"//g'|awk'{print$1"="$2}'|sort-n|uniq-c>GSE52313_transcri
Dommy_feb9·2023-09-23 21:30

单基因gsea_单基因想要简单分析发4分+，你要这样补实验！

通过构建lncRNA-miRNA和PPI网络，推测UBASH3B可能与LCP2基因相互作用，共同参与肿瘤微环境的免疫应答。
weixin_39878989·2023-09-23 07:25

Paper 2：转录组+miRNA+降解组相关文章

Paper2：转录组+miRNA+降解组相关文章标题：Integratedtranscriptome,smallRNAanddegradomesequencingapproachesprovideinsightsintoAscochytablightresistanceinchickpeaPlantBiotechnologyJournaldoi
催催莎·2023-09-22 04:32

表观遗传学-siRNA与miRNA介导的调控

TraditionalRNAsimage.png二、非编码RNA（调控作用）1、InterferenceRNA(RNAi)2、ShortinterferingRNA(siRNA)3、MicroRNA(miRNA
Zhigang_Han·2023-09-18 08:20

零代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据

这一期小编就给大家带来一个零代码合并新版TCGA中的RNAseq表达谱数据的工具(miRNA-seq数据同样适用)。其实针对老版本的TCGA数据库，小编也曾编写过一个类似的工具。
生信交流平台·2023-09-13 18:48

2到3分的文章不满足？5.5分的文章分析送给你~

昨天我们一起探讨了如何写关于miRNA的主题发2到3分的文章，那相同的套路是否可以发更高水平的文章呢？今天小编就举例对比一下，如何做类似的实验发更高影响因子的文章。
南博屹生物医学·2023-09-11 15:51

DESeq2差异分析和后续的KEGG、GO富集分析

-------------------------------------------BiocManager::install("DESeq2")library(DESeq2)##这里导入了mRNA或miRNA
张玮恩·2023-09-10 19:51

(27分)文献解读：胃癌中m6A调节器介导的甲基化修饰模式和肿瘤微环境浸润特征分析

背景知识和展望m6ARNA甲基化广泛存在于mRNA、lncRNA和miRNA中，且m6A修饰是哺乳动物细胞中一种动态可逆过程，受甲基转移酶、去甲基化酶和结合蛋白的调控。m6A调节因子的表
脱氧核糖核苷酸·2023-09-04 15:21

miRNA的下一个研究浪潮？A-to-I edited miRNA走起！

提到非编码RNA，大家最熟悉的就是miRNA,miRNA靶基因研究，miRNA-lncRNA研究等等。小编最近发现了一个miRNA的新研究：A-to-IeditedmiRNA。
唯问生物·2023-08-30 19:18

2019-01-29 课题设计总结关于circ及micro

上游分子的查找上游分子的思路，总体为以miRNA为桥梁，由mRNA向上寻找能特异性调控的miRNA,可以用targetscan预测。
青萍之末2333·2023-08-24 15:45

肿瘤生物信息学数据库

该数据库主要对样本进行外显子组和基因组测序分析，所提供的数据包括：基因组拷贝数变化、表观遗传、基因表达谱、miRNA等。
笺牒九州的怪咖·2023-08-19 22:53

第 32 策 四通八达

不同分子类型的高阶文章如何构思复杂逻辑DNA-mRNA-蛋白或DNA-ncRNA(miRNA/LncRNA)直接发挥调控作用miRNAmiRNA+靶基因之上再增加变量，在靶基因下游增加一个与表型关系已有报道的明星效应分子
貌似欣喜的猫·2023-08-17 19:07

机器学习帮助识别乳腺癌诊断和分子分型的生物标记物

这些尝试中的许多尝试都使用了miRNA在乳腺癌中的表达数据，并导致该癌症中大量差异表达的miRNA。因此，尚未确定用于分类乳腺癌的最小miRNA生物标记集。
RNA流浪者·2023-08-16 21:58

我对生命科学的理解

从前辈那里听来的入门方法就是用计算机数据库处理一些生物学问题，比如鉴定新的miRNA、lncRNA、circleRNA，miRNA、lncRNA靶基因预测，进化树，蛋白质组数据
凛然说笑·2023-08-15 03:58

miRNA-target序列比对结果展示

相信很多小伙伴在看miRNA相关的paper中都看到过如下图所示的miRNA成熟体序列和靶基因的序列比对结果。那么这样的比对结果是怎么来的呢？
生信交流平台·2023-08-12 20:47

RNAfold预测RNA的二级结构

在mirdeep软件的分析结果中，会提供miRNA前体的二级结构，这个结果实际上是通过调用RNAfold来实现的，该软件是一个经典的预测RNA二级结构的软件，网址如下http://rna.tbi.univie.ac.at
生信修炼手册·2023-08-11 17:25

2022年4月1日

写昨天的日记是3件事我尝试查找了miRNA的靶基因，但是花的时间太久了。查找靶基因有两种办法，一种是生物学信息预测，一种是测序。用TargetScan预测。卡在怎么更快地找到靶基因涉及方面的信号通路。
小吖的记录馆·2023-08-10 19:04

获取TCGA中miRNA成熟体表达

前言：这个帖子本应该在2018年就要写完的，有个网友甚至当时加了我微信给了50块钱我都没有给他一个代码版。在这里希望这个网友能看到，对得起你的50块。（内心充满愧疚，一工作后就被工作的各种事情占满了精力然后每天下班回家都只想在床上安静的躺着什么都不想干）以前还会使用TCGA官网工具gdc-client去下载数据，自从后来发现可以用TCGAbiolinks这个R包之后，尤其是与后续的分析可以在R中实
_十三·2023-08-10 13:23

如何从TCGA数据库下载DNA甲基化数据

前面给大家介绍了新版的TCGA数据库，通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据，miRNAseq数据以及体细胞突变数据☞新版TCGA数据库RNAseq数据下载☞新版TCGA数据库miRNA
生信交流平台·2023-08-07 18:34

新技能get，手把手教你如何利用miRNA发2到3分的文章

近年来，miRNA引起了越来越多研究人员的注意，其在生物发育、细胞分化和疾病发生等各种生物学过程中起着非常重要的作用，今天，小编就来教大家如何利用miRNA发2到3分的文章，下面举一个例子来说明：我们来分析一下作者都做了什么首先作者提出观点
南博屹生物医学·2023-08-03 19:56

mirRNA与lncRNA研究策略

一、miRNA的一般研究策略miRNA也称微RNA、microRNA，是真核生物中广泛存在的一种长度为21-23nt的RNA分子，可通过与mRNA的结合，抑制mRNA的转录，因此在基因表达调控、细胞周期
Ray钱·2023-08-01 12:42

相关miRNA数据库

1.psRNATargethttp://plantgrn.noble.org/psRNATarget/一个在线的植物小RNA的靶基因预测工具，发表在核酸研究上。2.TAPIR一个在线的植物micRNA的靶基因预测工具。http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/tapir/3.miRBasehttp://www.mirbase.orgmiRBase序列数
上官万尘·2023-07-30 21:06

干货 | 一文读懂miRNA的生物合成、调控机制及研究热点

转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括mRNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA等，而在众多的RNA类型中，越来越多的研究者将目光聚焦到miRNA
中科新生命·2023-07-30 13:32

DOG1通过调控miRNA来调控种子萌发以及开花

PNASDOG1通过调控miRNA来调控种子萌发以及开花种子的萌发与开花是两个重要的发育阶段的转化期，这是两个被协同调控的生长发育过程。
可以公开的秘密Scarlett·2023-07-30 12:19

如何删掉R列表里面的空元素

前面我们讲过☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-TargetScan篇☞miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测思路就是将所有
生信交流平台·2023-07-28 05:24

已实现商业化却仍陷亏损泥潭，瑕瑜错陈的觅瑞集团求上市

据招股书介绍，成立于2014年的觅瑞集团是一家起源于新加坡的核糖核酸(RNA)技术公司，专注于在全球范围内普及疾病早期检测的诊断解决方案，开发了用于癌症及其他疾病早期检测的microRNA(miRNA
贝多财经·2023-07-28 01:04

一个月的文献

通过大规模鉴定木质素合成通路中具有调控作用的MicroRNA（miRNA）、长链非编码RNA（lncRNA）与转录因
龙小树·2023-07-26 23:12

探索miRNA与IncRNA的生物信息工具及数据库

miRNA的生物信息学资源：miRNA数据库1miRNA数据库2miRNA数据库3IncRNA的生物信息学资源：IncRNA数据库1IncRNA数据库2miRNA与IncRNA虽然都是非编码RNA,但是它们对于调控细胞的发育与探索疾病作用机制有着非常重要的作用
米妮爱分享·2023-07-25 08:22

circFNDC3B编码蛋白通过调控snail抑制结肠癌肿瘤进展和EMT

文前扫盲一波：什么是非编码RAN，什么EMT.非编码RNA主要的来讲分为三类：miRNA,lncRNA,circRNA，真是不是一家人不进一家门，miRNA活了很多年了，现在基本快到末期了，长度比较短约
一个没有感情的文献阅读机·2023-07-24 13:43

铜死亡换道超车，快速抢发铜死亡相关的免疫检查点基因

结果不到两个月的时间，出现了海量的铜死亡相关基因构建模型的稿件、铜死亡相关miRNA、lncRNA构建模型的稿件，而且数量还不断在增加，竞争也越来越大。现在有些铜死亡相关的稿件已经被接收了，有
SCI狂人团队·2023-07-19 21:08

R语言学习——绘制热图

.txt',header=T,sep='\t',row.names=1)expr=read.table('/Users/zhangzhishuai/Downloads/32R热图/32_eatmap/miRNA_expr.tx
帅锅不识字·2023-07-19 14:07

ceRNA介绍及分析研究策略

ceRNA介绍及分析研究策略原文地址来源：查看手机网址浏览：7686发布日期：2017-03-0615:12:27【大中小】前言现在生物学研究中对RNA的研究与日俱增，siRNA，piRNA，miRNA
ZZM2020·2023-07-18 22:40

第 35 策 一箭双雕

平行开展项高效运⽤套路协同性实现多课题平行交叉开展miRNA核心机制找靶基因luciferaseassay验证,然后反正正、反反反回复实验⼀套,再加上突变位点荧光素酶报告基因验证作用于不同的靶基因明星分子
貌似欣喜的猫·2023-07-16 22:16

Cancers|结直肠癌血浆、组织特异性miRNA

今天跟大家分享的是今年3月发表在Cancers杂志（IF：6.162）上的一篇文章，文章主要研究的是结直肠癌中血浆及组织特异性miRNA的表达模式及功能。
概普生信·2023-07-15 04:36

11-IF5+:miRNA表达模式结合TMB挖掘肺腺癌中的关键分子并建立分类器

一.研究背景肿瘤突变负荷（肿瘤突变负担，TMB）已成为预测肺腺癌（LUAD）患者对免疫检查点抑制剂（免疫检查点抑制剂，ICI）的治疗反应的独立生物标志物。非小细胞肺癌（NSCLC）占所有肺癌的85％，其中约40％-50％为肺腺癌（LUAD）。超过60％的肺癌患者在诊断时出现局部晚期或转移性疾病，在这个阶段手术切除可能不是好一个的选择。而在过去的几十年里，传统的化疗和放疗一直是晚期NSCLC的主要治
AAA肿瘤信息学王协·2023-07-14 15:55

一文读懂基因富集分析：从小白到SCI

最终，在分子水平的出口都是在生物学中心法则的核酸水平，确切的说是在基因水平，但是基因的种类有很多，包括蛋白编码基因（mRNA）、非编码基因（miRNA、lncRNA、snRNA等），理解这些基因所代表的
概普生信·2023-07-13 17:15

数据整理|miRNA-mRNA互作网络的输入数据

需求下表是从miRNA预测工具Funrich软件中导出的数据。
小洁忘了怎么分身·2023-06-24 09:19

基于miRNA分类器鉴定新的结直肠癌分子亚型进一步阐明肿瘤间的异质性(IF7+)

DevelopmentofamiRNA-basedclassifierfordetectionofcolorectalcancermolecularsubtypes开发基于miRNA的分类器用于检测结直肠癌分子亚型发表期刊
生信学霸·2023-06-22 16:46

如何下载TCGA拷贝数变异（CNV）数据

前面小编给大家详细介绍RNAseq数据，miRNA-seq数据的下载以及合并☞新版TCGA数据库RNAseq数据下载☞新版TCGA数据库miRNA数据下载☞R代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据
生信交流平台·2023-06-22 12:58

奇奇怪怪的gene symbol

系列基因，MIR系列基因，LINC系列基因它们往往一个系列，就有好几百个基因，C12orf44;Chromosome12OpenReadingFrame44;这个是Corf系列基因的意思MIR系列基因应该是miRNA
笺牒九州的怪咖·2023-06-17 10:35

U17 snoRNA调节细胞胆固醇的转运

还有证据表明，snoRNAs可能像miRNA一样抑制靶mRNA的表达。摘要：胆固醇是哺乳动物细胞生长和存活所
Ray钱·2023-06-12 22:59

【4】肿瘤转录组测序分析流程及相关软件

DNA层面的癌症研究：一本字典基于RNA的癌症研究：从字典种挑取写一篇日记RNA特点：时空特异性：需要控制变量对照组协同作用，形式多样：表达量高低/可变剪接/单碱基突变/融合基因，mRNA/lncRNA/miRNA
米源MY·2023-06-11 00:16
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