miRNA

R下载合并ENCORI数据库中miRNA靶基因数据

前面小编介绍过RNA相互作用神器——ENCORI，在文章中给大家举了个用R代码批量下载miRNA和mRNA之间相互调控关系的例子。
生信交流平台·2022-02-15 05:03

TransmiR:转录因子和miRNA调控关系数据库

miRNA可以与mRNA结合，发挥转录后调控功能,二者都是生物体内调控网络中的重要组成部分。对于生物体内的调控关系，研究的比较多的是TF-mRNA,miRNA-mRNA之间的调控。TF其
生信修炼手册·2022-02-13 18:47

「miRNA-seq」miRNA预测工具miRDeep-P2的简明教程

miRDeep-P2利用smallRNA二代测序结果识别植物中的miRNA基因，尤其是那些尚未得到较好注释的物种。
xuzhougeng·2022-02-07 02:04

piRNA调控m6A机制初探-20201126

miRNA/lncRNA/circRNA等常见分子研究的太多，缺乏新意？想做点与众不同的分子，不妨试试piRNA。
纪伟讲测序·2022-02-06 14:42

分析基因和miRNA与疾病表型的相关性（WGCNA）

流程图：流程图1.分别下载某个疾病基因和miRNA的芯片数据2.分别进行聚类分析（WCGNA）得到基因以及miRNA聚类模块与表型的关系参考：http://www.bio-info-trainee.com
Vikenn·2022-02-02 22:18

生信随笔-写于20211225

2.微RNA(miRNA)是一种靶向多种mRNA并通过触发翻译抑制和/或RNA降解来调节基因表达的非编码小RNA分子。
小白兔和小毛驴·2021-12-29 20:27

差异表达基因分析：差异倍数(fold change), 差异的显著性(P-value)

Differentialgeneexpressionanalysis：差异表达基因分析Differentiallyexpressedgene(DEG)：差异表达基因差异表达分析是目前比较常用的识别疾病相关miRNA
小白要变大神·2021-12-02 20:24

1.常用肿瘤相关数据库

该数据库主要对样本进行外显子组和基因组测序分析，所提供的数据包括：基因组拷贝数变化、表观遗传、基因表达谱、miRNA等。
安笙依萍·2021-09-29 10:44

如何只下载TCGA肿瘤或正常标本的count

但是我们知道TCGA的肿瘤样本中包括了肿瘤了正常样本，而且有些样本还是重复的，所以需要去重，还需要把肿瘤和正常过滤，现在推荐一下我自己摸索的一个办法使用的是GDCRNATools，这个包可以下载RNA、miRNA
欧阳松·2021-07-02 00:26

TCGA_miRNA

示例KIRC_miRNA1、具体下载教程见链接TCGA下载教程2、整理表达矩阵#整理表达矩阵options(stringsAsFactors=F)x=read.table("expdata/000c6bb3
养猪场小老板·2021-07-01 14:18

tRNAscan-SE安装使用教程

TIPs:最近帮一个老师用SPORTS软件分析miRNA（也可以分析其他小RNA）序列的结构特征，可能会用到以下数据库，Fewmaindatabasesource:mirbasedatabaserRNAdatabaseGtRNAdbdatabasemitotRNAdbdatabasepiRBasedatabasepiRNABankensemblncRNAdatabaserfamdatabase
MYS_bio_man·2021-06-30 20:51

R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇

研究miRNA，靶基因预测是一个绕不开的话题。一般如果我们手上只有少量miRNA或者靶基因，需要预测miRNA和靶基因之间的调控关系，我们可以直接使用网页工具。
生信交流平台·2021-06-27 13:13

R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-TargetScan篇

前面我们介绍过miRNA靶向预测软件targetscan的原理，以及如何使用targetscan本地版软件预测miRNA的靶基因。
生信交流平台·2021-06-27 11:51

如何合并TCGA表达谱数据

前面通过两期视频如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一)如何从TCGA数据库下载miRNA数据(二)给大家详细介绍了如何从TCGA数据库下载某一个肿瘤的RNAseq数据和miRNA-seq
生信交流平台·2021-06-25 14:53

2018-12-17

miRNA靶基因预测常用数据库96Newyee关注2018.07.2523:52字数1107阅读988评论0喜欢2miRNA自从被发现以来，一直备受关注，俨然已成为非编码RNA家庭中永不凋零的“玫瑰”。
汪汪2017·2021-06-25 13:43

生物信息数据库：miRNA相关数据库

数据库1.miRWalk、mirDIP：综合型miRNA靶基因数据库http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/http://ophid.utoronto.ca/mirDIP
挽山·2021-06-21 17:37

纯生信分析套路 综述|癌症中m6A与非编码RNA之间相互作用新见解

说起国自然研究新宠儿“m6A甲基化修饰”，想必大家都不陌生，m6A甲基化是包括mRNA和ncRNA（即非编码RNA，包括miRNA，rRNA，circRNA和lncRNA等）在内的所有RNA最普遍的表观遗传修饰
呆呆聊生信·2021-06-14 22:37

使用ChIPpeakAnno进行peak注释

ChIPpeakAnno是一个bioconductor上的R包，针对peakcalling之后的下游分析，提供了以下多种功能查找与peak区域最相邻的基因,也支持自定义查找的特征，可以是exon,miRNA
生信修炼手册·2021-06-14 01:50

省心省事的植物miRNA分析软件miR-PREFeR,值得拥有

最近在做某个植物小物种的miRNA分析，看过几个公司的miRNA分析报告和文献后开始动手。
rapunzel0103·2021-06-10 22:47

从TCGA数据库下载并整合清洗高通量肿瘤表达谱-临床性状数据

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新
ZZZZZZ_XX·2021-06-07 15:35

一文重复一篇四分SCI------基于TCGA和geo的circRNA研究（3）

方法基于GEO和TCGA数据的5个miRNAs表达基于GEO和TCGA微阵列数据集的miRNA表达验证，提供了HCC中miRNA表达文件，这些数据来自GEO和癌基因组图谱（TCGA）。
柳叶刀与小鼠标·2021-05-15 20:26

miRNA-seq分析流程

参考0参考1miRNA预测工具miRDeep-P2简明教程植物miRNA靶基因预测下机数据整理汇总find-name./msj*.clean.fastq.gz|xargs-icp{}.
wo_monic·2021-04-19 15:01

TCGA数据整合后进行DESeq2差异表达分析和基于R的多种可视化

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新
ZZZZZZ_XX·2021-04-19 12:29

TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新
ZZZZZZ_XX·2021-04-19 11:34

GDCRNATools的安装与使用---TCGA数据下载与分析工具

GDCRNATools是一个R软件包，用于下载，组织和综合分析GDC中的lncRNA，mRNA和miRNA数据介绍TheGenomicDataCommons(GDC，基因组数据库)保存有美国国家癌症研究所
养猪场小老板·2021-04-18 23:43

卵巢癌ceRNA

(IF:5.515)杂志的一篇文章，这是卵巢癌中假基因/lncRNA-miRNA-mRNA调控轴的研究，类似于ceRNA研究套路。
呆呆聊生信·2021-04-18 15:19

6+miRNA纯生信也能这样做

文章中作者基于TCGA数据库根据RNA-seq和miRNA测序数据，发现七个miRNA是HNSCC患者的独立预后因素，这七个mi
科研风暴·2021-04-18 12:52

TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新
ZZZZZZ_XX·2021-04-18 06:57

文献解读 | MiRNA调控异常及其在精神分裂症治疗中的潜在应用

今天这篇文献主要是说MiRNA调控异常及其在精神分裂症治疗中的潜在应用论文：DysregulationofmiRNAanditspotentialtherapeuticapplicationinschizophrenia
一只资源喵·2021-04-15 00:25

点到就是赚到，一篇8.579的miRNA纯生信文章

文章中证明了使用8-miRNA可以准确预测TNBC患者的复发，对进一步的临床预测有用。ApanelofeightmicroRN
科研风暴·2021-04-13 18:04

Xena开启TCGA数据之旅

我跟着Jimmy的课程，所以下载的是LUAD的miRNA数据和临床信息。GDC-clien
张张只想发1_3分·2021-04-13 17:10

论文模板丨最基本的生信套路换了miRNA也能发6分+

文章利用了从TCGA数据库中搜集的头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）RNA测序数据和miRNA测序数据进行了综合分析，通过与临床数据结合，利用Cox回归分析，得到了7个与HNSCC相关的标志性miRNA，确定为用于头颈部鳞状细胞癌预后的新型
WOSCI沃斯编辑·2021-04-12 22:02

生信分析miRNA靶点预测 R语言韦恩图制作的代码

生信分析miRNA靶点预测R语言韦恩图制作的代码install.packages("VennDiagram")getwd()setwd("C:/Users/qupeng/Desktop")getwd()
小屈同学爱科研·2021-03-05 21:05

A graph auto-encoder model for miRNA-disease associations prediction 论文解析

Agraphauto-encodermodelformiRNA-diseaseassociationsprediction（用于miRNA-disease关联预测的图自动编码模型）该文章由中科院新疆理化所的尤老师组
Struggle~·2020-11-19 11:43

TCGA数据挖掘四：coxh生存模型做森林图

list=ls())options(stringsAsFactors=F)load("D:/R/RTCGA/survival_input.Rdata")load("D:/R/RTCGA/TCGA-KIRC-miRNA-example.Rdata
mayoneday·2020-10-09 13:03

TCGAbiolinks数据下载miRNA失败

TCGAbiolinks数据下载miRNA失败image.pngimage.pngimage.png新建一个文件夹00_data_read_in_one_file用于存放所有的文件image.pngimage.png
一路向前_莫问前程_前程似锦·2020-08-26 13:04

GEO TCGA公共数据挖掘培训

TCGA数据库包含11,000个病人的33种肿瘤的7个不同层面的基因数据(包括基因表达、CNV，SNP，DNA甲基化，miRNA，外显子组等)和临床数据，意在解析癌症发生的分子机制、肿瘤的亚型和治疗靶点等
生信宝典·2020-08-21 01:38

miRNA数据库篇——miRDB:软件预测的哺乳动物miRNA靶基因数据库（假阳性较高）

miRDB:软件预测的哺乳动物miRNA靶基因数据库miRDB通过MirTarget这个软件预测了人，小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息，并将其整理成了数据库，网址如下http://www.mirdb.org
Eccentric_t·2020-08-08 21:41

miRNA数据库篇——TargetScan:哺乳动物miRNA靶基因数据库

TargetScan:哺乳动物miRNA靶基因数据库哺乳动物中的miRNA通过结合转录本序列的3’UTR区，从而发挥转录后调控作用。
Eccentric_t·2020-08-08 21:41

miRNA数据库篇——TransmiR:转录因子和miRNA调控关系数据库

TransmiR:转录因子和miRNA调控关系数据库mRNA可以翻译成各种功能的蛋白，其中有一类研究调控蛋白研究的非常火热，即转录因子transcriptionfactor,简称TF,TF参与调控转录起始过程
Eccentric_t·2020-08-08 21:41

miRNA数据库篇——HMDD:miRNA相关疾病数据库

HMDD:miRNA相关疾病数据库HMDD是一个手工收集整理的miRNA与疾病相关联的数据库，最新版本为V3.2，网址如下http://www.cuilab.cn/hmdd共包含1206个miRNA基因
Eccentric_t·2020-08-08 21:41

miRNA数据库篇——MISIM:mircoRNA功能相似性数据库

MISIM:mircoRNA功能相似性查询数据库MISIM是一个可以用来预测miRNA之间功能相似性的数据库。
Eccentric_t·2020-08-08 21:41

基因组注释2. 非编码基因和编码基因预测tRNAScan-SE、rRNAmmer和Prodigal

非编码RNA的预测非编码RNA是指一类本身不携带可以翻译为蛋白质的遗传信息的，可以执行多种生物学功能的RNA分子，主要有tRNA、rRNA、lncRNA、miRNA、siRNA、cirRNA、piRNA
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:48

TargetScan 数据库简介

TargetScan是一个miRNA靶基因预测的网站,包括了人，小鼠，果蝇，线虫，斑马鱼共5个物种的miRNA靶基因结果，人:TargetScanHuman小鼠：TargetScanMouse果蝇：TargetScanFly
weixin_33774883·2020-08-03 06:23

TCGA数据挖掘二：基因差异分析

加载之前下载并保存的文件#加载上一步从RTCGA.miRNASeq包里面提取miRNA表达矩阵和对应的样本临床信息。
mayoneday·2020-07-31 19:45

Coding 与 non-coding (wet-2)

完成中...小分子核糖核酸microRNA，缩写为miRNA，记住是non-codingRNA。
Ternq8·2020-07-30 05:01

生物信息学分析常用网站

1.BLAST（核酸蛋白序列比对）：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi2.miRBase（miRNA数据库网站）：http://www.mirbase.org
ZJayHan·2020-07-29 22:36

TCGA数据挖掘三：针对不同因素和不同方法的生存分析

/figures/'#加载上一步从RTCGA.miRNASeq包里面提取miRNA表达矩阵和对应的样本临床信息。
mayoneday·2020-07-29 13:23

#TCGA系列#利用perl处理肺癌多样本miRNA表达谱

我们利用第三方工具下载TCGA数据时，可能下载到的是单个样本的miRNA表达谱，如图：前面的序号是样本id每个文本文档里的数据如图所示：现在我们想把它的RPM取出来并为矩阵，如图：这里我们利用perl处理
Talini·2020-07-27 15:54

Small RNAs, emerging regulators critical for the development of horticultural traits

在植物中，主要的调节性sRNA分别分类为microRNA（miRNA）和小干扰RNA（siRNA），前者主要参与转录后调控，而后者则参与转录。
Yancey_Yan·2020-07-26 15:36
上一页 1 2 3 4 5 6 7 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他