nifti 第2页

python，matlab 读取NIFTI(.nii)格式图像、FSL安装

1.NIFTI格式图像图像来源很有必要自己浏览这个网址，详细介绍了NIFTI的细节有助于代码理解的点做以下总结：NIFTI格式是“换装”后的ANALYZE7.5格式。

Emily卷得动·2022-11-27 22:24

读取和保存nifti图像之nibabel与SimpleITK的区别

nibabel读取.nii或.nii.gzimportnibabelasnibfile_path='/home/.../motion_102_0000.nii.gz'#filesuffixcanalsobe.niidata=nib.load(file_path)voxel_ndarray=data.get_fdata() #读取成numpyarrayprint(voxel_ndarray.shap

qq_41663215·2022-11-26 03:59

【笔记】医疗影像图像格式

扩展名：.dcm来源：ACR/NEMA协会Dicom属于最常见的格式之一，一个Dicom文件包含了基本的病人信息以及图像信息病人信息病人ID姓名检查日期......图像数据数据位数符号位宽高最大最小值2.NIfTI

客官可满意·2022-11-25 16:09

gis影像格式img转为ecw_医学影像图片格式

（2）NIFTI格式：标准NIFTI图像的扩展名是.nii，也包含了头文件及图像资料。

zfxsteven·2022-11-22 04:47

Python处理.nii文件

.nii文件是NIFTI格式的文件，用来储存医疗图像信息。在神经网络处理过程中，需要安装一个Nibabel的包，用来处理该格式的图像。

interesting233333·2022-11-22 04:59

ITK-SNAP + c3d 处理 3D 图像以及 DICOM 格式

强大到无以复加的3D图像处理工具，它尤其在深度学习医学图像研究和应用中能发挥出无与伦比的生产力——我我将以Pancreas-CT数据集及其标签为例，简要介绍c3d处理dicom格式3D图像（dicom转成nii）、Nifti

Skr.B·2022-11-21 06:38

从rookie到基佬~014：Python代码 DICOM(.dcm)数据转化为NIFTI（.nii）数据

一天一个变弯小技巧今日份洗脑：DICOM(.dcm)数据转化为NIFTI（.nii）数据结论：SimpleITK：他好，我也好，汇源肾宝医学图像的存储格式1、NIFTI(.nii)是Neuroimaging

清远隽永·2022-11-19 03:18

【Python】SimpleITK使用笔记

2.2SimpleITK图像数据和Numpy矩阵数据之间的转换3.功能1.概念1.1nii格式nii格式是保存医学图像非常重要一种格式，nii格式就是后缀名为.nii或.nii.gz的文件，该格式又叫NIfTI

望天边星宿·2022-11-13 10:10

如何用python读取医疗影像nii.gz格式的数据

因为放射学和神经学医生使用软件和使用习惯有一些不同，DataFormatWorkingGroup(DFWG)为了方便研究者的工作，提出NIFTI格式图像来统一格式。后面加.gz的实际上是其压缩的格式。

养乳猪啦·2022-09-01 08:46

全网最详细 Python如何读取NIFTI格式图像（.nii文件）和 .npy格式文件和pkl标签文件内容

在医学图像处理中，我们经常使用一种NIFTI格式图像（.nii文件），现在我们来看看什么是.nii文件？该如何读取.nii文件？

普通网友·2022-07-10 07:43

Python医学图像处理：理论学习和nii图像预处理

学习目录医疗图像像素深度光度学解释元数据像素数据医疗图像格式DICOM格式NIFTI格式NRRD格式MINC格式格式转换nii文件预处理SimpleITKMatplotlibPlt.imshow()与plt.show

小连吃柠檬·2022-05-10 08:07

医院医学MRI影像原始数据预处理详细流程

2.医生的要求是把每个病人的MRI影像特定的序列（T2、DWI、DCE增强序列）的影像数据的特定区域分割出来；并按照序列由原来的dicom格式存储成NIFTI(.nii)格式。

Nick是老外·2022-03-22 10:14

如何将Dicom系列转换为一个Nifti文件(Python)

简介在医学成像中，我们通常使用两种类型的图像，Dicom或Nifti。但这两种类型的图像（或者说文件）之间是有区别的，因为它们比普通图像有更多的信息。

求则得之，舍则失之·2022-03-05 07:58

基于MATLAB NIFTI工具包的医学影像MRI序列插值

一、实验背景实验使用的DCE序列（动态增强序列）数据层厚不一致，为了最后实验结果的准确性，需要把使用MRI数据的层厚统一成一样的；有两种层厚的数据分别是1.2mm和2.4mm，需要把2.4mm的影像数据插值成1.2mm。二、实验环境1.Windows64操作系统[email protected]内存16.0GB2.Linux64位操作系统CPUIntel(R)Xeon(R)CPUE5-2640v

Nick是老外·2021-12-16 21:09

MRI脑影像分析——多种工具实现Nifti(*.nii)文件读取、处理与写入——把小舞写进脑海里、6mm半高全宽高斯核平滑脑影像、NIFTI文件合并、算fMRI平均图像

|图源 Nifti（NeuroimagingInformaticsTechnologyInitiative，神经影像信息学技术倡议）文件格式，是目前各大神经影像分析工具普遍兼容的体素水平的数据格式，也是在进行神经影像研究中最常见的一种数据格式

意疏·2021-08-25 19:56

cornerstone 基础概念篇（一）

cornerstone拥有多个组件，如:cornerstone-corecornerstoneToolscornerstone-nifti-image-loader等等，要想灵活的使用cornerston

rdgbrain·2021-04-30 17:31

医学图像数据集和处理工具

医学图像数据集和预处理工具1数据集1.1ADHD-20012LIDC/IDRI1.3LUNA161.4DDSM1.5BraTS20151.6ISIC20182预处理工具2.1FSL2.2SPM2.3NIfTI2.43DSlicer2.5ImageJ2.6ITK-SNAP1

Patrick_HL·2020-11-12 14:37

Paraview 软件学习

Paraview软件学习1.Paraview读NIFTI格式。Tools->ManagePlugins->ChooseAnalyzeNIfTIIO->loadselected

Life_XY·2020-09-17 08:46

nibabel和SimpleITK对NIFTI文件的读取和保存

ITKsnap的读取原始图片：KiTSdataLiTSdata读取和保存NIFTI文件importnibabelasnib#nib.save(img,os.path.join('output','test.nii.gz

HuiYu-Li·2020-09-11 20:11

使用SimpleITK读取和保存NIfTI文件

##usingsimpleITKtoloadandsavedata.importSimpleITKassitkitk_img=sitk.ReadImage('./***.nii.gz')img=sitk.GetArrayFromImage(itk_img)print("imgshape:",img.shape)##saveout=sitk.GetImageFromArray(img)##out.S

张筱竼·2020-09-11 19:35

[医学图像预处理1]使用nibabel和SimpleITK读取处理Nifiti文件(MRI图像)

1.NIFTI格式(.Nii)数据格式分析https://brainder.org/2012/09/23/the-nifti-file-format/https://blog.csdn.net/DoronLee

gefeng1209·2020-09-11 19:27

如何处理.nii文件

1.NIFTI出现原因.nii文件是NIFTI格式的文件，出现的原因是原来一种图像格式是ANALYZE7

alxe_made·2020-09-11 19:50

nibabel库 - 初步

我的目的主要是利用nibabel这个库来处理一些NIFTI格式的医学方面的数据。

Pierce_KK·2020-09-11 19:19

【CT值与灰度值的总结】

接下来，就要看你具体是要处理哪种格式的文件了，是DICOM还是NIFTI；文件格式不同，用来做解析的Python库也就不同，譬如，要处理DICOM类型的数据，一般会用simpleitk,pydicom库

Pierce_KK·2020-08-17 20:59

用Python进行深度学习时为何将DICOM(.dcm)数据转化为NIFTI（.nii）数据

1、预先知识（医疗数据的组成）医疗数据的组成={元数据：神秘的数据，可以是病人的ID和名字等光度解释：若是黑白照片则是0−255的灰度值，若是彩色照片则是RGB为0−255像素数据：不同类型的数据，即int或者float型像素深度：黑白照片深度就是一层，彩色照片深度就是三层医疗数据的组成=\begin{cases}元数据：神秘的数据，可以是病人的ID和名字等\\光度解释：若是黑白照片则是0-255

是志明呀·2020-08-15 04:50

如何读取并对nii三维数据进行切片处理、转换格式保存

1.首先，我们从https://ww2.mathworks.cn/matlabcentral/fileexchange/8797-tools-for-nifti-and-analyze-image?

蒲舟·2020-07-28 23:42

如何读取NIFTI格式图像（.nii文件）

在医学图像处理中，我们经常使用一种NIFTI格式图像（.nii文件），现在我们来看看什么是.nii文件？该如何读取.nii文件？

The_Thinker_QChen·2020-07-28 06:39

Matlab + mricron批量转换DICOM数据为NIFTI格式

将DICOM数据转换成NIFTI格式，是医学图像处理中的一个基本需求。多款软件可以实现，应用比较多的是mricron中的dcm2niix.exe工具。但是该工具不易于数据的批量转换。

小蜜蜂Stats·2020-07-22 14:35

MRI图像转格式

根据主流仪器西门子和GE产生的数据格式，因此DICOM格式比较多，本文只作此介绍：如图示，原始类型DICOM以及转格式后的3D，4D文件由头文件和影像组成，其中4D是指一条时间轴上的所有3D影像2.从DICOM格式转NifTI

Brain_er·2020-07-07 16:30

使用SimpleITK读取和保存NIfTI/DICOM文件实例

/nifti.nii.gz')img=sitk.GetArrayFromImage(itk_img)print("imgshape:",img.shape)##saveout=sitk.GetImag

·2020-07-01 12:05

[Python] Python 旋转、flip Nifti三维数据 (Python Rotate and Flip Nifti volume)

__author__='xinyang'importosimportnibabelasnibimportnumpyasnpimportmathsrc_us_folder='G:/Temp/Data/src/us'src_seg_folder='G:/Temp/Data/src/seg'aug_us_folder='G:/Temp/Data/aug/us'aug_seg_folder='G:/Tem

Life_XY·2020-06-30 06:43

SimpleITK读取医学图像 .nii 数据（2D显示）

【环境】win10+python3.6+SimpleITKnii文件是NIFTI格式的文件，出现的原因是原来一种图像格式是ANALYZE7.5format，但是这个图像格式缺少一些信息，比如没有方向信息

猴毛与叫喊·2020-06-29 00:45

在matlab 2017b 中显示与保存nii图像

一、显示nii图像ToolsforNIfTI(ANALYZE)MRimage下载地址：http://www.rotman-baycrest.on.ca/~jimmy/NIFTI/下载后将文件解压后放到matlab

一位初学者·2020-06-26 01:06

使用SimpleITK读取和保存Nii.gz文件

/nifti.nii.gz')img=sitk.GetArrayFromImage(itk_img)print("imgshape:",img.shape)##saveout=sitk.GetImageFromArray

Wisley.Wang·2020-06-25 02:56

Spm12 入门教程

SPM12使用一种标准3D（有些情况下是4D）图像格式，称为NIfTI-1.1。每个NIfTI格式的图像是一个扩展名为“.nii”的文件。

小小脸庞·2020-06-21 22:34

使用bet2工具进行颅骨去除操作

./{2}/skull_brain.nii.gz-f0.15::::f.txt::::sub.txt其中f.txt表示要进行头骨去除操作的NIfTI文件sub.txt表示

reallocing·2020-04-13 19:23

Nifti文件分类及整理与如何从读取DICOM读取模态信息

Python——划分Nifti对应模态数据并整理问题：把DICOM的数据用MRIcron的dcm2niigui.exe转好格式以后每个被试的全部模态都在一个文件夹内，but，有人给了你一个名单，只要那些人的某几个模态的数据

Galory·2019-01-08 18:36

利用matlab将图像矩阵转换为Nifti(.nii)格式的文件并保存至本地

问题描述:已知图像矩阵,想要输出该矩阵为.nii(nifty)格式的图像并保存.解决办法:利用matlab进行编程,载入nii格式文件,然后更改头文件并写出,最后导出目标文件.注:需要在matlab下加载Nifti

云端浅蓝·2018-12-21 00:18

ADNI数据集阅读整理

点击download，选择imagecollections点击othersharedcollections选择NIFTI格式（得到.ni

Sungden·2018-01-08 21:48

NIFTI格式(.Nii)数据version 1格式分析

NIFTI格式(.Nii)数据格式分析NIFTI出现原因NIFTI出现的原因是原来一种图像格式是ANALYZE7.5format，但是这个图像格式缺少一些信息，比如没有方向信息，病人的左右方位等，如果需要包括额外的信息

DoronLee·2017-11-27 20:44

PANDA pipeline的安装与使用-使用（5）实验室操作流程规范

2.接下来因为我们得到的T1图像一般是dicom格式的，所以需要利用utilities中的Dicom->NIfTI，生成nii或者Nii.gz格式的T1图像。

u013576018·2016-05-10 14:00

PANDA pipeline的安装与使用-使用（3）输入及参数设置

2.如果输入的是NifTI文件，将放在一个成像的文件夹下B值，B向量，.nii或.nii.gz的文件。子文件夹书一定与扫描的次数相同（如果每个人有不同的扫描次数）。这三个东西可以用DICO

u013576018·2016-03-23 21:00

使用NIFTI指令画nii图像

❤关于几种显示工具mricro：显示出来的左右脑是反着的；mricroN，SPM，xjview，BrainNetViewer：显示出的左右脑是正确的，并且对于做过仿射变换的图像可以自动识别并且校正显示为正确的左右脑。 ❤NIFTImappingcommands①load_untouch_nii以及save_untouch_nii必须成对使用；②load_nii以及save_nii必须成对使用；③若

minks·2016-01-26 21:00

·2014-06-19 20:00

不成功的TCA代码

workspace\preprocessed\masks\within_brain_mask.nii'; M = load_untouch_nii( mask_name ); % load mask NIFTI