python机器学习生物信息学

Python机器学习基础（一）---数据集加载的方法

几个数据集加载的方式鸢尾花练习资源(这个资源有瑕疵，index列和Species都是带”“的字符串导致一些加载现实问题，从而验证还是pandas最好用)"index","Sepal.Length","Sepal.Width","Petal.Length","Petal.Width","Species""1",5.1,3.5,1.4,0.2,"setosa""2",4.9,3,1.4,0.2,"se
落世繁华·2023-12-20 04:27

Python机器学习基础（二）---数据可视化

一.简单图形生成1.Pandas生成折线图importpandasaspdimportnumpyasnpfrommatplotlibimportpyplot#生成10行4列标准正态分布的数据df=pd.DataFrame(np.random.randn(10,4),index=pd.date_range('1/1/2000',periods=10),columns=list('ABCD'))df.
落世繁华·2023-12-20 04:27

Python机器学习基础（三）---数据预处理

一.数据预处理作用数据预处理会将选定的数据转换为我们可以使用的形式或可以提供给ML算法的形式，以使其符合机器学习算法的期望。二.数据处理的常用方法1.规范化数据规范化是使属性数据按比例缩放，这样就将原来的数值映射到一个新的特定区域中，包括归一化，标准化等。1.1.归一化1.1.1：概念把数据变成（0，1）或者（1，1）之间的小数。主要是为了数据处理方便提出来的，把数据映射到0～1范围之内处理，更加
落世繁华·2023-12-20 04:27

2021-01-26基因ID+TMP

基因ID总参考-医学生物信息学数据库常用：基因名称例如:TP53,RNF180。这样的名字，是这个基因功能+编号的简写。
小森的生统笔记·2023-12-20 00:15

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1

前言最近在阅读欧剑虹老师《生物信息学生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用，这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节：1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq
小潤澤·2023-12-19 19:08

支持向量机（SVM）：高效分类的强大工具

文章目录前言1.SVM的基本原理1.1核心思想1.2支持向量1.3最大化建模1.4松弛变量1.5核函数2.SVM与逻辑回归的区别和联系2.1区别2.2联系3.SVM的应用领域3.1图像分类3.2文本分类3.3生物信息学
_用户昵称_·2023-12-19 06:34

机器学习入门六（贝叶斯网络数据分类）

目前作者了解到了辛普森悖论，所以想找一个比较合适的方法做一下因果分析，于是找到了《Python机器学习算法与实战》这本书看了一眼里面的内容，偷学了一手贝叶斯网络书数据分类方法哈哈哈。
朱笨笨·2023-12-19 06:18

Python机器学习19——常用六种机器学习的异常值监测方法(孤立森林，数据支持描述，自编码器，高斯混合，DBSCAN，LOF)

案例背景异常值监测是机器学习的一个重要领域，博主以前做预测多，异常值监测涉及得少，但之后的工作可能需要做异常值方面的工作，所以大致总结了一下常用的机器学习来做异常值监测的方法以及代码。标题的这些机器学习方法基本都可以调包，使用sklearn库实现。不需要装很多包。(那些传统统计学的方法就不多介绍了，什么三西格玛(方差)准则，t检验，95%分位点啥的，那太简单了，本文主要介绍机器学习的方法。)方法思
阡之尘埃·2023-12-18 23:01

使用Yellowbrick绘制获取最佳聚类K值的示例

在本文中，我们将使用Yellowbrick这个强大的Python机器学习可视化工具来帮助我们选择最佳的聚类簇数。
后端工程架构·2023-12-18 07:16

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

转录组的组装能够提供丰富的组学信息，是生物信息学中重要的基础步骤。测序的下机数据经过过滤，比对，排序，组装，最终得到转录本的全部序列信息。
学术程稻属·2023-12-18 03:56

数据分析大作业：使用Python机器学习相关算法对某地区房地产数据分析预测报告 完整代码+报告

定义挖掘目标：**1、**房价和哪些因素有关，在之后的中介推销中重点关注**2、**开发商该如何建造房屋才能让更多的客户来选择购买居住**3、**预估房屋价值，给房产中介提供合理的房价信息完整数据加代码：https://download.csdn.net/download/qq_38735017/87418814数据初步处理：%%matplotlibinlineimportpandasaspdim
计算机毕设论文·2023-12-18 02:32

Python数据科学视频讲解：Python集合

针对数据分析或机器学习推荐两本入门级的图书：《Python机器学习原理与算法实现》
数据科学作家·2023-12-17 15:34

Python数据科学视频讲解：Python字符串

针对数据分析或机器学习推荐两本入门级的图书：《Python机器学习原理与算法实现
数据科学作家·2023-12-17 15:34

Python数据科学视频讲解：Python字典

针对数据分析或机器学习推荐两本入门级的图书：《Python机器学习原理与算法实现》
数据科学作家·2023-12-17 15:04

Python数据科学视频讲解：Python数据清洗基础

针对数据分析或机器学习推荐两本入门级的图书：《Python机器学习原理与算法实
数据科学作家·2023-12-17 15:28

基因-疾病数据库/工具大集合

1909~2015年基因发现时间轴，展示基因组学领域的重大发现和发明人类疾病是广泛研究（包括基因组学、生物信息学、系统生物学和系统医学）的核心。
尐尐呅·2023-12-17 15:26

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 6

这次介绍的是10XGenomics的数据分析数据读取#构建Seurat对象library(Seurat)library(dplyr)#读取PeripheralBloodMononuclearCells(PBMC)数据pbmc.data0){buf0]2.cell筛选#Seurat会计算基因数以及UMI数(nGeneandnUMI).#Seurat会将原始数据保存在raw.dataslot中，#每一
小潤澤·2023-12-16 19:44

【生物信息学】scRNA-seq数据分析（一）：质控~细胞筛选~高表达基因筛选

文章目录一、实验介绍二、实验环境1.配置虚拟环境2.库版本介绍三、实验内容0.导入必要的库1.质控2.细胞筛选3.高表达基因筛选一、实验介绍  质控~细胞筛选~高表达基因筛选二、实验环境1.配置虚拟环境  可使用如下指令：condacreate-nbiopython==3.9condaactivatebiopipinstall-rrequirements.txt  其中，requirements.
QomolangmaH·2023-12-16 14:11

基于Python机器学习、深度学习技术提升气象、海洋、水文领域实践应用能力

Python是功能强大、免费、开源，实现面向对象的编程语言，能够在不同操作系统和平台使用，简洁的语法和解释性语言使其成为理想的脚本语言。除了标准库，还有丰富的第三方库，Python在数据处理、科学计算、数学建模、数据挖掘和数据可视化方面具备优异的性能。上述优势使得Python在气象、海洋、地理、气候、水文和生态等地学领域的科研和工程项目中得到广泛应用。可以预见未来Python将成为气象、海洋和水文
weixin_贾·2023-12-16 04:53

Python数据科学视频讲解：Python元组

针对数据分析或机器学习推荐两本入门级的图书：《Python机器学习原理与算法实现》
数据科学作家·2023-12-16 01:13

Python数据科学视频讲解：基本输入函数 input()函数

针对数据分析或机器学习推荐两本入门级的图书：《Python机器学习原理
数据科学作家·2023-12-16 01:12

Python数据科学视频讲解：Python序列的概念及通用操作

针对数据分析或机器学习推荐两本入门级的图书：《Python机器学习
数据科学作家·2023-12-16 01:12

Python数据科学视频讲解：Python列表

针对数据分析或机器学习推荐两本入门级的图书：《Python机器学习原理与算法实现》
数据科学作家·2023-12-16 01:12

Python数据科学视频讲解：数据挖掘与建模的注意事项

针对数据分析或机器学习推荐两本入门级的图书：《Python机器学习原理与算法实
数据科学作家·2023-12-16 01:59

生物信息学分析领域领先的特制语言环境NGLess（Next Generation Less）介绍、安装配置和详细使用方法

介绍NGLess（NextGenerationLess）是一种用于生物信息学分析的领先的领域特定语言（DSL）。
小果运维·2023-12-15 20:36

Chatgpt如何完成论文写作及python机器学习和深度学习领域的运用

2023年随着OpenAI开发者大会的召开，最重磅更新当属GPTs，多模态API，未来自定义专属的GPT。微软创始人比尔盖茨称ChatGPT的出现有着重大历史意义，不亚于互联网和个人电脑的问世。360创始人周鸿祎认为未来各行各业如果不能搭上这班车，就有可能被淘汰在这个数字化时代，如何能高效地处理文本、文献查阅、PPT编辑、编程、绘图和论文写作已经成为您成功的关键。而ChatGPT，作为一种强大的自
zmjia111·2023-12-15 12:05

PyTorch 模型训练性能大揭秘：从基础到高级技巧一网打尽！

PyTorch是一个开源的Python机器学习库，基于Torch，用于自然语言处理等应用程序。
Python算法实战·2023-12-15 02:58

【Java GUI 开发实践】基于ChannelSftp对Linux虚拟机进行远程指令操作

系列文章目录提示：这里可以添加系列文章的所有文章的目录，目录需要自己手动添加例如：第一章Python机器学习入门之pandas的使用提示：写完文章后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录系列文章目录前言一
Issac-Clarke·2023-12-06 09:49

【动态规划总结】动态规划算法掌握一种技巧-完美理解

动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP），是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。
未来星_狒狒·2023-12-06 04:08

【100天精通Python】Day75：Python机器学习-第一个机器学习小项目_鸾尾花分类项目（上）

目录1机器学习中的Helloworld_鸾尾花分类项目2导入项目所需类库和鸾尾花数据集2.1导入类库2.2scikit-learn库介绍（1）主要特点：（2）常见的子模块：3导入鸾尾花数据集3.1概述数据3.2数据维度3.3查看数据自身3.4统计描述数据3.5数据分类分布4数据可视化4.1单变量图表4.2多变量图表1机器学习中的Helloworld_鸾尾花分类项目鸢尾花分类是机器学习领域中的一个经
LeapMay·2023-12-06 00:36

【100天精通Python】Day74：python机器学习的生态圈（numpy,scipy,scikit-learn等），库安装环境搭建（conda virtualenv）， 以及入门代码示例

目录1python机器学习的生态圈1.1NumPy和SciPy：1.2Pandas：1.3Matplotlib和Seaborn：1.4Scikit-Learn：1.5TensorFlow和PyTorch
LeapMay·2023-12-06 00:36

一文讲透Python机器学习决策树算法的基本概念与原理

1.决策树算法的基本特点与优势决策树算法是一种有监督、非参数、简单、高效的机器学习算法。相对于非监督式学习方法，决策树算法由于充分利用了响应变量的信息，因此能够很好地克服噪声问题，在分类及预测方面效果更佳。决策树的决策边界为矩形，所以对于真实决策也为矩形的样本数据集有着很好的预测效果。此外，决策树算法以树形展示分类结果，在结果的展示方面比较直观，所以在实务中应用较为广泛。2.决策树示例及解读决策树
数据科学作家·2023-12-05 20:15

python机器学习

文章目录机器学习1.sklearn库1.1使用sklearn库提供的数据集1.2数据集的划分1.3特征工程1.3.1特征抽取1.3.1.1字典特征提取：类别->one-hot编码1.3.1.2文本特征抽取1.3.2特征预处理1.3.2.1归一化1.3.2.2标准化1.3.3特征降维1.3.3.1特征选择1.3.3.1.1低方差特征过滤1.3.3.1.2相关系数1.3.3.2主成分分析PCA2.分类
FF_y·2023-12-05 20:52

Python之路200个小例子网页版，真诚奉献，从一而终！

前言历史两个月，利用所有业余时间，与朋友一起搜集、创作Python小例子，截止目前已超过200个例子：Python之路1简洁之美2Python绘图3Python动画4Python数据分析5Python机器学习
程序员秃秃·2023-12-05 18:52

Python机器学习、深度学习入门丨气象常用科学计算库、气象海洋常用可视化库、爬虫和气象海洋数据、气象海洋常用插值方法、EOF统计分析、WRF模式后处理等

目录专题一Python软件的安装及入门专题二气象常用科学计算库专题三气象海洋常用可视化库专题四爬虫和气象海洋数据专题五气象海洋常用插值方法专题六机器学习基础理论和实操专题七机器学习的应用实例专题八深度学习基础理论和实操专题九深度学习的应用实例专题十EOF统计分析专题十一模式后处理更多应用Python是功能强大、免费、开源，实现面向对象的编程语言，能够在不同操作系统和平台使用，简洁的语法和解释性语言
WangYan2022·2023-12-05 11:14

大数据 - MapReduce：从原理到实战的全面指南

每天都有数以百万计的数据被生成、存储和处理，覆盖了从互联网搜索、电子商务，到生物信息学和气候研究等各个领域。
快乐非自愿·2023-12-04 19:03

Python、Stata、SPSS怎么学？推荐一波学习资料

1.Python学习推荐书目关于Python机器学习，推荐学习杨维忠、张甜所著的，清华大学出版社出版的《Python机器学习原理与算法实现》，以及张甜、杨维忠所编著的，清华大学出版社出版的《Python
数据科学作家·2023-12-04 15:56

一文讲透Python机器学习中的K折交叉验证法

1.K折交叉验证法的基本原理K折交叉验证是针对验证集法的另外一种改进方式，也广泛用于机器学习实践。具体的操作方式就是首先把样本全集采用分层抽样的方式随机划分为大致相等的K个子集，每个子集包含约1/K的样本，K的取值通常为5或者10，其中10最为常见。然后，每次都把K-1个子集的并集，也就是约（K-1）/K的样本作为训练集，把1/K的样本作为测试集，基于训练集训练获得模型，基于测试集进行评价，计算测
数据科学作家·2023-12-04 15:56

以下选项不是python文本处理方向第三方库_Python程序设计-超星尔雅-学习通-题库零氪...

2.1python安装1、【单选题】以下属于Python机器学习第三方库的是:A、JiebaB、SnowNLPC、LosoD、sklearn2、【单选题】以下属于PythonWeb开发框架第三方库的是:
weixin_39552317·2023-12-04 07:37

Python机器学习入门 -- 支持向量机学习笔记

文章目录前言一、支持向量机简介二、支持向量机的数学原理1.距离解算2.目标函数3.约束下的优化求解4.软间隔优化5.核函数变换三、Python实现支持向量机1.惩罚力度对比2.高斯核函数3.非线性SVM总结前言大部分传统的机器学习算法都可以实现分类任务，但这些模型关注的是将不同类别的数据分得开就行，也就是说它们的核心思想是让整个模型分类出错的损失越小越好。刚刚好有一种机器学习模型，它不仅关注分类能
szu_ljm·2023-12-03 19:48

ApacheCN 数据科学译文集 20210313 更新

基础知识二、数据清理和高级机器学习三、Web爬取和交互式可视化Python数据科学和机器学习实践指南零、前言一、入门二、统计和概率回顾和Python实践三、Matplotlib和高级概率概念四、预测模型五、Python
布客飞龙·2023-12-03 14:48

【100天精通Python】Day73：python机器学习入门算法详解与代码示例

目录1.监督学习算法：1.1线性回归（LinearRegression）：1.2逻辑回归（LogisticRegression）：1.3决策树（DecisionTree）：1.4支持向量机（SupportVectorMachine）：1.5随机森林（RandomForest）：2.无监督学习算法：2.1聚类算法（Clustering）：2.2主成分分析（PCA）：2.3K均值聚类（K-meansC
LeapMay·2023-12-03 08:19

Docker封装生物信息学宏基因组流程

宏基因组学（metagenomics）是一种以环境样品中的微生物群体所有基因组作为研究对象，利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能的新的研究微生物多样性的方法。宏基因组不依赖于微生物的分离培养，克服了传统的纯培养方法的技术限制，为研究和开发利用占微生物种类99%以上的未可培养的微生物提供了一种新的途径和良好的策略；可以得到环境中丰度较低的，甚至是痕量微生物的信
儒雅随和王小板·2023-12-03 05:50

R语言中如何改变表格数据的填充顺序

#搬运过来的，看不懂请看原出处原作者：熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室[email protected]://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz通常在R语言中矩阵
一声沧海笑·2023-12-02 12:53

【EI会议征稿】第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC 2024）

第四届生物信息学与智能计算国际学术研讨会（BIC2024）20244thInternationalConferenceonBioinformaticsandIntelligentComputing2024
艾思科蓝-何老师【H8053】·2023-12-02 06:39

一文讲透Python机器学习特征工程中的特征标准化

在Python中，可通过scikit-learn模块中的StandardScaler()函数实现对特征的标准化处理。StandardScaler()函数处理的数据对象同样是每一列，也就是每一维特征。StandardScaler()函数通过去除平均值和缩放到单位方差来标准化特征，将样本特征值转换为标准正态分布，因此该方法也被称为Z-score方法，也是默认的数据标准化处理方法。该方法和整体样本的分布
数据科学作家·2023-12-02 02:43

dbCAN碳水化合物酶基因数据库及run_dbCAN4工具安装配置及使用

dbCAN是一个非常有用的生物信息学工具，对于研究纤维素生物转化、生物能源、生产生物基化学品等领域的研究具有重要意义。Run_dbCAN是一个用于预
小果运维·2023-12-01 14:46

聚类算法Sklearn实践

在实践中，为了方便快捷地应用聚类算法，可以使用Scikit-learn（简称Sklearn）这个强大的Python机器学习库。
非著名程序员阿强·2023-12-01 08:29

机器学习（一）：简介

编程语言：Python参考书籍：《Python机器学习实践指南》《机器学习实战》为什么使用PythonPython具有清晰的语法结构,简单易上手。
打不死的小黑·2023-12-01 01:08

2021-11-11 不仅仅是科学原理，还有独特的视角！—《诠释人性：如何用自然科学理解生命、爱与关系》

作者卡米拉·庞，伦敦大学学院生物化学博士，从事转化生物信息学研究的博士后科学家。8岁时，卡米拉被诊断患有自闭症谱系障碍（ASD），26岁时被诊断患有多动症（ADHD），而焦虑也一直伴随着她。
树毛竹·2023-11-30 22:45
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