reads 第15页

vcf文件与vcftools（一）

在用于存储reads比对结果的SAM/BAM格式提出之后（2009年），用于存储变异检测结果的格式VCF(variantcallformat)也被提出（2010年），与此同时作者还提供了配套的处理工具—

TOP生物信息·2019-04-29 16:58

MACS2的使用

https://github.com/taoliu/MACS/原理MACS2的主要功能是PeakCalling，就是reads富集的正确位置。其中难理解的就是双峰模型，如下图。

上校的猫·2019-04-26 11:14

聊聊hibernate的session-level repeatable reads

序本文主要研究一下hibernate的session-levelrepeatablereads实例doInTransaction(session->{Productproduct=newProduct();product.setId(1L);product.setQuantity(7L);session.persist(product);});doInTransaction(session->{f

codecraft·2019-04-24 00:00

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）

"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得-限时免费scRNA-seq原始数据加工FastQC得到单细胞RNA-seq测序数据后，首先检查测序reads

生信宝典·2019-04-22 17:27

Gene mutation analysis of cancer and targeted drug recommendation system

前期准备工作首先是搭建somaticSNP+indelcallingpipeline使用Trimmomatic进行reads过滤，BWA进行reads比对，Samtools进行b

a7c1cfdfca13·2019-04-18 15:18

sqlserver常用运维sql

total_elapsed_time/1000N'总花费时间ms',total_worker_time/1000N'所用的CPU总时间ms',total_physical_readsN'物理读取总次数',total_logical_reads

huangwuming002·2019-04-18 09:57

Linux Reads Serial Data

LinuxReadsSerialDataComputerserialportdatareadingisoftenusedwhenusingsensors.Next,IintroducethemethodofreadingLinuxserialportdatainaproject.Ihopeitwillbehelpfultoyou.DataFormatAsetofdatatransmittedbyt

dusign·2019-04-06 20:22

Python：合并文件

当前目录下的txt文件只有两列，第一列为高通量测序产生的reads过滤后的长度，第二列为频数，Tab键分隔，如下图，想将多个这样的文件合并为一个文件，并增加含有样本名称（文件名）信息的一列。

佳名·2019-04-04 17:02

NCBI NR文件下载和批量md5检验

AsperaConnect\etc\asperaweb_id_dsa.openssh"[email protected]:/sra/sra-instant/reads

nmkiby·2019-03-29 20:20

详解HDFS短路本地读取(Short Circuit Local Reads)

[原文链接](https://www.zybuluo.com/jewes/note/37713)详解HDFSShortCircuitLocalReadsHadoop的一大基本原则是移动计算的开销要比移动数据的开销小。因此，Hadoop通常是尽量移动计算到拥有数据的节点上。这就使得Hadoop中读取数据的客户端DFSClient和提供数据的Datanode经常是在一个节点上，也就造成了很多“Loca

Lynn_Yuan·2019-03-27 17:35

生物信息分析中的reads是什么

image测序得到的原始图像数据经basecalling转化为序列数据，我们称之为rawdata或rawreads，结果以fastq文件格式存储，fastq文件为用户得到的最原始文件，里面存储reads

潘高PG·2019-03-19 15:39

Prometheus Node_exporter 之 Disk Datail /proc/diskstats

Oops/sec(iops)Label:IOread(-)/write(+){{device}}-Readscompleted:每个磁盘分区每秒读完成次数metrics:irate(node_disk_reads_completed_total

浅雨凉·2019-03-16 15:00

测序后直接对fastq进行分析

-0-cutleft.fastq##从3’端开始切割###cutadapt-j15-aAGATCGGAAGA-O3Sg2-0-cutleft.fastq>Sg2-0-cut-R1.fastq###筛选reads

njmujjc·2019-03-15 09:06

我的ChIP-Seq(2): cutadapt/fastp/Trimmomatic 过滤软件选择

fastp/trimmomatic注：还没有完全搞明白，先总结一下特点和使用，之后再慢慢体会、总结经验本次只针对双端PE算法都没好好读，因为看不懂==首先，我们对数据进行过滤，是为了：去掉接头去掉低质量reads

NICE_AGIS·2019-03-14 17:03

This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in its de 错误解决办法

这是我们开启了bin-log,我们就必须指定我们的函数是否是1DETERMINISTIC不确定的2NOSQL没有SQl语句，当然也不会修改数据3READSSQLDATA只是读取数据，当然也不会修改数据4MODIFIESSQLDATA要修改数据5CONTAINSSQL包含了SQL语句其中在function里面，只有DETERMINISTIC,NOSQL和READSSQLDATA被支持。如果我们开启了

Angelasp·2019-03-07 13:00

【生信】cutadapt①基本使用方法

【生信】cutadapt①基本使用方法cutadapt能够查找并去除接头（adapter），测序引物（primer），poly-Atail，能多种方法裁剪reads中不想要的序列。

清昭_QCao·2019-03-06 09:13

【转载】PLSQL优化小窍门(下)

识别'低效执行'的SQL语句：虽然目前各种关于SQL优化的图形化工具层出不穷,但是写出自己的SQL工具来解决问题始终是一个最好的方法：SELECTEXECUTIONS,DISK_READS,BUFFER_GETS

Khan可汗·2019-03-02 22:24

转录组分析实战第二节：无参考基因转录组拼接

Trinity是广泛应用的不依赖基因组的转录组分析工具我们在这一节中将采用Trinity在服务器端对第一节中获得的cleandata进行转录组拼接在此过程中我们会涉及软件安装、环境变量配置、转录组reads

Yeyuntian·2019-02-03 21:53

RNA-seq：转录组数据分析处理（上）（2019/05/07更新）

superqun原创一、流程概括RNA-seq的原始数据（rawdata）的质量评估linux环境和R语言环境rawdata的过滤和清除不可信数据（cleanreads）reads回帖基因组和转录组（alignment

superqun·2019-01-28 10:28

刷耳练英文 HariKunzruReads Robert Coover

https://www.ximalaya.com/waiyu/16131171/https://www.newyorker.com/podcast/fiction/hari-kunzru-reads-robert-cooverHariKunzruReadsRobertCoover287Dowhatyoulove286KindnessBringsJoy285Apologetical284I'vebe

tony2279·2019-01-28 00:55

mmtv插入位点的分析

##从R1里取出含有引物的reads##grepAAGGTTCTGATCTGAGCTCTGAGTGTTCTATTTTCCTATGTTCTTTTGGAATCTATCCAAGTCTTALTR3-2_L4_P704504

njmujjc·2019-01-17 16:16

扩增子分析

如果发现通过的reads数太少，可以调整maxEE错误率模型的比对方式这里表示每个碱基变化方向的错误率，一个黑点就是一个样本。黑线为错误率的收敛线，红线为期望中的错误率。

赵会成·2019-01-03 21:03

Perl单行实战笔记1：计算metagenome shotgun中每种菌的测序深度

移步github问题描述：对宏基因组（例如肠道微生物）进行全基因组shotgun测序，对其中已知的高丰度菌进行mapping，从而统计每种菌的测序深度现在你有的文件：mapping到各个菌的reads的

UnderStorm·2018-12-26 18:34

生信格式SAM、BAM

格式生信媛的高通量数据分析必须知道的山姆大叔(SAM)生信技能树系列视频数据格式,以及SAM、BAM练习题讲解生信菜鸟团的sam和bam格式文件的shell小练习sam和bam格式文件的shell小练习1)统计共多少条reads

泥人吴·2018-12-14 22:17

PacBio长reads比对与去冗余

PacBio测序表现出了非常强大的优势，比如测序read长、无GC偏好、直接检测变异、直接检测碱基修饰等。尤其在转录中的应用已经相对成熟，下面重点介绍如何去进行序列的比对和去冗余。关键词：PacBio、minimap2、GMAP、collapse、fulllengthisoforms因为我们知道Iso-seq测序后经过smrtlink和IsoSeq3软件的处理会得到高质量的全长转录本序列，针对有参

浩渺予怀·2018-12-13 17:02

RNA-seq

--逆转录cDNA--打断--加接头--上机测序因为95%+都是rRNA建库因此mRNA富集Y型接头(adapter)建库会评级，比如ABC级，如RNA质量的评估既然是mRNA测序，大多数测序的读长(reads

Nickier·2018-12-11 09:47

基因组的重头组装

1.denovoassemblyDeBruijn图是目前二代测序序列最常用的拼接算法，该算法将已经非常短的reads再分割成更多个kmer短序列(k小于reads序列的长度),相邻的kmers序列通过(

lizg·2018-11-26 22:09

Week25 — 人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-02

1.数据质控数据分析前的质控，TSS富集、片段长度分布特征、peaks的reads比例。其中常用于判断实验是否失败的片段长度分布特征原理如下（摘抄于ATAC-seq

六六_ryx·2018-11-18 21:10

四年级小学生的双11购物清单：莫名心疼她爸！

来源|快微课（ID：i2reads）今年的“双十一杯奥数暨阅读理解大赛”不知道你的快递都已经收完了吗？是不是直到现在，还觉得懵懵懂懂？对，学渣都是不配过双11的！

窈窕妈妈·2018-11-16 00:00

02-Hi-C辅助基因组安装

基因组组装的过程是将DNA小片段（reads）拼接成小重叠群（contigs），再将contigs组装成长的scaffolds,最后将s

六六_ryx·2018-10-27 10:46

转录组入门(6)： reads计数

要求实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考：生信编程直播第四题：多个同样的行列式文件合并起来对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索，求平均值，方差。看看一些生物学意义特殊的基因表现如何，比如GAPDH,β-ACTIN等等。理论基础在上篇的比对中，我们需要纠

随缘清风_ee55·2018-10-25 10:45

SOAPdenowo

SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法，能组装出类似人类基因组大小的denovo草图。

纤蹄马·2018-10-15 21:33

htseq-reads计数___转载

原文链接：HOPTOP转录组入门(6)：reads计数-转录组-生信技能树要求实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件

酷睿_1991·2018-10-08 10:03

二年级语文课本惊现错误拼音？真相让人更加崩溃……

文|田妈来源|快微课（ID：i2reads）中秋小长假，孩子在家做语文练习题。我闲来无事翻了一下，发现一处“错误”。我给孩子指出来的时候，她却坚持说自己是对的！

窈窕妈妈·2018-09-27 00:00

计算测序深度和覆盖度

#概念：深度（depth）与覆盖度（coverage）假想实验对长100bp的目标区域进行捕获测序：采用单端测序，每个read长5bp；总共得到了200个reads；把所有的reads比对到目标区域后，

苏牧传媒·2018-08-18 13:54

MySQL创建函数 ERROR 1418 (HY000): This function has none of ETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA

在MySQL中创建函数时发生如下错误：ERROR1418(HY000):ThisfunctionhasnoneofETERMINISTIC,NOSQL,orREADSSQLDATAinitsdeclarationandbinaryloggingisenabled(youmightwanttousethelesssafelog_bin_trust_function_creatorsvariable)

antrychme·2018-08-18 11:36

fasta/fastq格式解读

phred软件在对reads进行basecalling的时候会给出每一个碱基的质量值，这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimatedprobabilityoferror)：PhredQua

djx571·2018-08-17 16:00

HBase查询优化之Short-Circuit Local Reads

1.概述在《HBase查询优化》一文中，介绍了基于HBase层面的读取优化。由于HBase的实际数据是以HFile的形式，存储在HDFS上。那么，HDFS层面也有它自己的优化点，即：Short-CircuitLocalReads。本篇博客笔者将从HDFS层面来进行优化，从而间接的提升HBase的查询性能。2.内容Hadoop系统在设计之初，遵循一个原则，那就是移动计算的代价比移动数据要小。故Had

哥不是小萝莉·2018-08-12 13:00

CockroachDB分布式事务解析

CRDB事务分为两个阶段：write&reads，即事务执行阶段，当进行写操作时，CRDB并不会直接对硬盘的数据进行修改，而是使用另外两个东西来进行辅助，这两个东西也避免了锁的使用：Transactionrecord

piriineos·2018-08-11 21:27

RNA-seq(6): reads计数，合并矩阵并进行注释

任务1.实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。2.需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考：生信编程直播第四题：多个同样的行列式文件合并起来。3.对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索，求平均值，方差。看看一些生物学意义特殊的基因表现如何，比如GAPDH,β-ACTIN等等。来源于生信技能树下面

Y大宽·2018-08-02 16:38

基因组从头组装

基因组组装基因组组装一般分为三个层次，contig,scaffold和chromosomes.contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。

爱笑的小牙·2018-07-18 21:07

sickle

对测序数据进行质控时，通常考虑三点：1.qualitytrimming2.adapterremoval3.contaminantfiltering除杂时我们用到了sickle，它能去除低质量的reads

Doris_xixi·2018-07-17 10:30

This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in its declarat

创建函数时出现：ErrorCode:1418.ThisfunctionhasnoneofDETERMINISTIC,NOSQL,orREADSSQLDATAinitsdeclarationandbinaryloggingisenabled(you*might*wanttousethelesssafelog_bin_trust_function_creatorsvariable)办法showvari

上进的菜鸟·2018-07-13 21:33

SQLSERVER查看IO消耗最多的50条语句

wo13145219·2018-07-02 16:00

SQLSERVER查看IO消耗最多的50条语句

wo13145219·2018-07-02 16:00

全基因组重测序技术路线

将不同梯度插入片段（Insert-Size）的测序文库结合短序列（Short-Reads）、双末端（Paired-End）进行测序，帮助客户在全基因组水平上扫描并检测与重要性状相关的基因序列差异和结构变异

wangchuang2017·2018-06-28 11:02

知道高通量测序也应该知道这些

1.什么是reads高通量测序平台产生的序列成为reads2.什么是contig拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为contig（重叠群）。

Ternq8·2018-06-26 22:26

Error 'This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in its declaration and bin

mysql创建函数是报错！Last_IO_Error:Last_SQL_Errno:1418Last_SQL_Error:Error'ThisfunctionhasnoneofDETERMINISTIC,NOSQL,orREADSSQLDATAinitsdeclarationandbinaryloggingisenabled(you*might*wanttousethelesssafelog_bi

柔于似水·2018-05-31 21:41

038_go语言中的状态协程

keyintrespchanint}typewrite0pstruct{keyintvalintrespchanbool}funcmain(){varread0psuint64=0varwrite0psuint64=0reads

Joestar·2018-04-18 17:00

InnoDB一致性非锁定读(Consistent Nonlocking Reads)

一致性读(consistendread)一致性读(consistendread)指的是InnoDB使用多版本查询数据库在某个时间点的快照。此查询可以看到该时间点之前提交的事务所做的更改并且不会被之后的修改或者未提交事务所影响。但是对于同一事务中的较早语句的修改则不适用此规则,这种情况会产生以下异常：如果你更新表中的某些行，一次SELECT可能看到更新行的最新版本也可能看到任一行的旧版本；如果其它会

孙成酱子说·2018-04-13 13:53

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