reads

Fastq文件格式解析

Fastq是测序数据下机格式，其中包含测序序列(reads)的序列信息及其对应的测序质量信息。
井底蛙蛙呱呱呱·2020-02-28 08:07

转录组入门(3)：了解fastq测序数据

作业，理解测序reads，GC含量，质量值，接头，index，fastqc的全部报告，搜索中文教程，并发在论坛上面。
宇天_ngs·2020-02-28 02:29

原核生物基因组三代数据（pacbio/nanopore）组装

测试软件及数据类型持续更新~三代reads一般长度是几K到几十K，组装植物动物基因组，三代数据的优势是很明显的。二代短测序平台存在较三代
涤生生·2020-02-24 12:03

CMP分析流程

reads1和reads2去掉adapter，程序一样，且fromSJperlread1_2_filter_adapter.pl$s.1.clean.fq.gz$s.1.adapter.fq.gzreads2
koda·2020-02-22 11:25

Leetcode 158. Read N Characters Given Read4 II - Call multiple times

TheAPI:intread4(char*buf)reads4charactersatatimefromafile.Thereturnvalueistheactualnumberofcharactersread.Forexample
ShutLove·2020-02-22 08:42

转录组入门(5)： 序列比对

直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。
宇天_ngs·2020-02-21 09:24

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(五)

今天来介绍单细胞转录组，或者转录组里面，对我们计数所得的count值的标准化方式CPM它是直接对count进行标准化，其单位是counts/每百万条，即每个counts值除以总的reads数（主要单位是每百万条
小潤澤·2020-02-20 20:08

SQL语句执行慢情况

排查历史慢查询：SELECTTOP20[TotalIO]=(qs.total_logical_reads+qs.total_logical_writes),[AverageIO]=(qs.total_logical_reads
USEGEAR·2020-02-20 11:00

ORACLE识别低效执行的SQL 语句

SELECTEXECUTIONS,DISK_READS,BUFFER_GETS,ROUND((BUFFER_GETS-DISK_READS)/BUFFER_GETS,2)Hit_radio,ROUND(
刀客马文·2020-02-19 19:50

RNA-seq分析流程

概览Tophat回贴基因组Cufflinks拼接转录本Cuffmerge整合转录本Cuffdiff计算转录本表达量使用R绘制热图绘制维恩图Tophat回贴基因组首先，我们需要将reads回贴至基因组，Tophat
yangmqglobe·2020-02-18 01:27

158. Read N Characters Given Read4 II - Call multiple times

DescriptionTheAPI:intread4(char*buf)reads4charactersatatimefromafile.Thereturnvalueistheactualnumberofcharactersread.Forexample
Nancyberry·2020-02-17 23:02

使用MutMap快速定位突变基因：流程篇

1.对重测序数据进行质控，挑出高质量的reads（1）使用软件：FASTX-Toolkit①fastq_quality_filter：过滤掉低质量的reads使
曹务强·2020-02-17 08:15

158. Read N Characters Given Read4 II - Call multiple times

TheAPI:intread4(char*buf)reads4charactersatatimefromafile.Thereturnvalueistheactualnumberofcharactersread.Forexample
sherwin29·2020-02-16 20:20

转录组入门五（mac 版）：序列比对

直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。
thinkando·2020-02-16 12:53

sam和bam格式文件的shell小练习

题目来源：http://www.bio-info-trainee.com/3578.html正式开始做练习题：#1)统计共多少条reads(pair-endreads这里算一条)参与了比对参考基因组cattmp.sam
weixinsuoxian·2020-02-15 21:15

序列比对BWA(Burrows-Wheeler Aligner)

BWA(Burrows-WheelerAligner)BWA主要是将reads比对到大型基因组上，主要功能是：序列比对。
模拟书匠X·2020-02-15 10:48

sam和bam格式文件的shell小练习

1.统计共多少条reads(pair-endreads这里算一条)参与了比对参考基因组第一步先按照要求下载数据less-SNtmp.sam|grep-v'^@'|wc结果显示为20000，但由于是双端测序
鱼啸九天·2020-02-13 14:10

处理SAM、BAM你需要Samtools

一般把测序reads比对到参考基因组以后，通常得到的就是sam文件，全称是sequencealignment/mapformat，BAM就是SAM的二进制文件(B即：Binar
刘小泽·2020-02-11 13:20

生信小工具专题：BBTools/BBMap Suite 的使用 (1)

简单介绍BBMap/BBTools是一种用于DNA和RNA测序reads的拼接感知全局的比对工具。
lakeseafly·2020-02-11 02:41

bwa 软件用法简介

适合比对长度不超过100bp的序列；BWA-SW和BWA-MEM适合于长度为70-1Mbp的序列；其中BWA-MEM是最新开发的算法，对于高质量的测序数据，其比对的速度更快，精确度更高，对于70-100bp的reads
生信修炼手册·2020-02-11 00:28

修改IGV基因组浏览器源码，做一个自己需要的浏览器

写在前面数日前，在生信札记微信群中，有一人问如何画一个略丑的图片从图片来看，即小RNA的reads展示在染色体上，并用长度做可视化。这个需求，其实拿起任何一门语言，手写一个.svg就可以搞定了。
生信札记·2020-02-10 23:47

10×单细胞测序分析练习（一）

目前单细胞测序获取细胞的方法主要有两种：（1）Smart-seq：测序细胞量少(因为一次通过一个细胞)，但是测序的reads数多；（2）Drop-seq(10X)：可以测许多细胞，但是测得深度不深。
生信start_site·2020-02-08 13:42

WGS,WES,RNA-Seq与ChIP-seq之间的异同

比如人类的基因组大小是3G(30亿个碱基)，我的全基因组测序共8.9亿条150bp的reads，那么全基因组范围的平均测序深度就是8.9亿150/30亿~45X，这个概念很重要！*覆盖度
oddxix·2020-02-07 18:31

mysql创建自定义函数报错：This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in its declarat...

这是我们开启了bin-log，我们就必须指定我们的函数是否是1.DETERMINISTIC不确定的2.NOSQL没有sql语句，当然也不会修改数据3.READSSQLDATA只是读取数据，当然也不会修改数据4.MODIFIESSQLDATA要修改数据5.CONTAINSSQL包含了SQL语句其中在function里，只有DETERMINISTIC，NOSQL和READSSQLDATA被支持。如果我
pigLily·2020-02-07 13:24

宏基因组组装：从what 到how

基因组测序时将测得的各短序列拼接成连续完整的序列简单地说就是从reads到Scaftig的过程。assembly.png2.为什么要组装？
周运来就是我·2020-02-05 02:06

分析记录|三代细菌基因组理论相关

Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs.将所有的Contig长度相加,能获得一个Contig总长度.然后将所有的Contigs按照从长到短进行排序,如获得Contig1
琼脂糖·2020-02-05 00:38

基因组De novo组装和 ALLPATHS-LG使用

由于仪器测序读长的限制等，在建库时会将DNA随机打断为小片段的序列，因此，基因组组装就是将小片段的序列连接起来，但是序列之间的联系十分复杂，常用构建Graph来进行表示，然后在对Graph进行简化、拼接，即reads
生信要进步·2020-02-02 16:48

Bi-level error correction for PacBio long reads 双级错误校正PacBio长read

最新的测序技术，如太平洋生物科学公司(PacBio)和牛津纳米孔机器可以产生数千个碱基长度的长读，这比Illumina机器产生的数百个碱基长度的长得多。然而，这些长时间的读取容易导致更高的错误率，例如15%，使得下游的分析和应用程序非常困难。误差校正是一个提高测序数据质量的过程。最近提出了混合校正策略，将低错误率的Illumina读序列结合起来，解决长读序列中噪声较大且性能较好的排序问题。为了进一
wangprince2017·2020-02-02 15:00

生信小白学习系列：如何进行基因组组装？(1)

随着测序的发展，越来越多的生物体被进行基因组进行测序，这些测序的reads，再被用于组装或者其它相关的研究。
lakeseafly·2020-02-02 15:00

《Modern Statistics for Modern Biology》Chapter 一： 离散数据模型的预测（1.1 - 1.3）

ModernStatisticsforModernBiology书籍目录在分子生物学中，许多情况涉及计数事件：有多少密码子使用某种拼写，有多少DNA的reads比对到参考序列上，DNA序列中CG的含量。
二货潜·2020-02-02 14:59

测序的一些基本小知识

Paried-endreads，一般是不会测通的（就是说不会有重合的部分），比如300bp的插入片段（insertsize），两端各测100bp，中间的100bp没有被测到，也就是说对于这个300bp的插入片段，测序得到的一对reads
井底蛙蛙呱呱呱·2020-02-01 02:04

纯二代测序从头组装基因组

基因组组装基因组组装一般分为三个层次，contig,scaffold和chromosomes.contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。
徐洲更hoptop·2020-01-06 23:03

转录组入门(6)： reads计数

要求实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考：生信编程直播第四题：多个同样的行列式文件合并起来对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索，求平均值，方差。看看一些生物学意义特殊的基因表现如何，比如GAPDH,β-ACTIN等等。理论基础在上篇的比对中，我们需要纠
徐洲更hoptop·2020-01-05 19:01

临床生信实操（centos7）2

寻找trio家系新发突变位点http://wintervar.wglab.org/错义突变评估网站突变reads占总reads的比例，看父母结果，辅助判断。
Hocchan_7·2020-01-05 12:12

RNASEQ分析入门笔记7- HTSeq定量基因表达水平

HTseq统计基因reads数HTseq是用于分析基因表达量的软件，能够根据基因结构注释GTF文件对排序过的SAM/BAM文件进行基因reads数的统计。
括囊无誉·2020-01-03 15:50

基因组从头组装软件

该算法将已经非常短的reads再分割成更多个kmer短序列（k小于reads序列的长度
Lillian李李安·2020-01-02 13:18

使用Plink对CNV做GWAS分析（一）

以往CNV主要通过PCR或者CGH芯片等技术进行查找，现在由于二代测序的价格飞速下降，通过将二代测序产生的reads回帖（map）到参考基因组上来检测CNV的流程和软件逐渐建立并且流行了起来。
银色麦穗·2020-01-02 00:55

几种标准化方法的学习笔记

因为测序读出来的reads落在一个基因内的counts数目取决于基因长度和测序深度。如果一个基因越长，测序深度越高，那么落在其内部的readcounts数目就会相对越多。
生信start_site·2019-12-31 12:46

转录组学习三（数据质控）

转录组学习一（软件安装）转录组学习二（数据下载）转录组学习三（数据质控）转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化
Dawn_WangTP·2019-12-30 12:26

基于富集的5fC测序分析思路

过滤与质控测序获得一对fastq文件，命名为treatment和control，各含两个生物学重复，即：treatment_1、treatment_2；control_1、control_2首先，回贴测序reads
浩渺予怀·2019-12-30 00:38

Java 9 揭秘（9. 打破模块封装）

命令行选项导出模块的未导出包，并使用可执行JAR的MANIFEST.MF文件如何使用--add-opens命令行选项并使用可执行JAR的MANIFEST.MF文件打开模块的非开放包如何使用--add-reads
码匠安徒生·2019-12-29 08:26

转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）

转录组学习一（软件安装）转录组学习二（数据下载）转录组学习三（数据质控）转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化
Dawn_WangTP·2019-12-28 22:05

计算位点的覆盖度和深度

测序深度=reads长度×比对的reads数目/参考序列长度
六六_ryx·2019-12-25 06:05

用sickle软件来对双端测序数据过滤低质量reads

一般来讲，我们对测序数据进行QC，就三个大的方向：QualitytrimmingAdapterremovalContaminantfiltering当我们是双端测序数据的时候，去除低质量的reads就容易导致左右两端测序文件不平衡
生信技能树·2019-12-23 14:05

比对文件BAM/CAM深度检测好用工具：Mosdepth

做完比对后，最直接的一个问题就是想知道：你的reads比对上了哪些区域没比对上哪些区域，有多少reads比对上特定的区域(该区域比对深度)。
lakeseafly·2019-12-20 12:08

使用GATK合并比较多个vcf文件

这个时候的合并，要从bam文件开始，同一个坐标在某个样本既可能是野生型，杂合或者纯合突变，也有可能是该位点并没有任何reads覆盖。如果不想自己写脚本去探究，那么gatk的H
生信技能树·2019-12-20 07:10

python、R 等学习杂记

1、bowtie2比对时可以设置日志文件，命令行最后加上'>log'2、bowtie2参数'-u'只比对前个reads或者pairs，如'-u10000'则比对的是前10000行的序列3、需要安装一些HiCPro
夸克光子·2019-12-19 23:07

FLASH 合并双端测序reads

FLASHFLASH(FastLengthAdjustmentofSHortreads)是一个快速且精确的双端测序reads融合工具；FLASH被设计的目的是用来融合原始DNA片段长度小于两倍读长的双端测序数据
_eason_·2019-12-19 14:12

短序列比对软件参数和格式解读Bowtie2/SAM

目前用自己的8G笔记本，使用Bowtie比对二代测序reads到人类基因组上，的确是可以跑得开的。首先，先区别一下这些大名鼎鼎的比对软件。
大肥口水垫·2019-12-17 10:21

GO，KEGG，DO富集分析

当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略....市面上公司做RNA-Seq的一般流程是：tophat2--->Cufflinks--->Cuffdiff--->Rtophat2是把reads
黄晶_id·2019-12-16 08:13
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