reads

hisat2:比对基因组工具简介-转载

为了确定测序reads在基因组上的位置，需要将reads比对回参考基因组上，这个步骤叫做mapping。
酷睿_1991·2020-07-08 18:44

生信学习-二代测序知乎专栏总结[转]

是指Illumina测序时，测序反应发生的位置，1个flowcell含有8条lanelane每一个flowcell上都有8条泳道，用于测序反应，可以添加试剂，洗脱等等tile每一次测序荧光扫描的最小单位reads
weixin_33869377·2020-07-08 16:42

纯二代测序从头组装基因组

基因组组装基因组组装一般分为三个层次，contig,scaffold和chromosomes.contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。
weixin_33737774·2020-07-08 15:28

HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据

HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据本文总阅读量次2017-05-26HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据思路如下：数据质控将RNA-seq的测序reads
weixin_30885111·2020-07-08 15:56

scala 对象转Json和Json转对象的俩种方式

{JsPath,Json,Reads,Writes}/***Createdbyzmmon
学渣之路·2020-07-08 10:05

纯二代测序从头组装基因组

基因组组装基因组组装一般分为三个层次，contig,scaffold和chromosomes.contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。
徐洲更hoptop·2020-07-08 09:36

linux命令 For循环

比如要统计每个BAM文件里的reads数目，用for循环可以如下：foriinH3K4me1_{0,1,4,12}hour.bam;doecho$i;samtoolsview-c$i;done对从文件中提取
theomarker·2020-07-08 07:23

Biostar_handbook||charpter 14. SAM格式及SAMTOOLS操作

Alignment部分，包括reads比对的所有信息。sam是最常见的存放mapping数据的格式，各种组学分析只要存在mapping的步骤都会产生SAM格式文件用于后续进一步的下游分析。
Dawn_WangTP·2020-07-08 01:17

【RNA-seq自学08】数据分析之表达定量 featureCount 、表达矩阵

featureCounts需要两个输入文件：1）reads的比对情况，这种信息通常都用BAM/SAM文件来存储2）区间注释文件，支持两种格式安装condainstallsubread运行featureCounts-p-a0
Brickvstar·2020-07-07 10:50

【RNA-seq自学08】数据分析之表达定量 featureCount 、表达矩阵

featureCounts需要两个输入文件：1）reads的比对情况，这种信息通常都用BAM/SAM文件来存储2）区间注释文件，支持两种格式安装condainstallsubread运行featureCounts-p-a0
Brickvstar·2020-07-07 10:50

oracle 中查询超过10秒以上的sql语句（性能优化）

selectv.sql_id,v.sql_text,v.sql_fulltext,v.FIRST_LOAD_TIME,v.last_load_time,v.elapsed_time,v.cpu_time,v.disk_reads
小韩子·2020-07-06 18:14

fasta和fastq格式文件的shell小练习 2019-05-04

fasta和fastq格式文件的shell小练习1统计reads_1.fq文件中共有多少条序列信息grep-n"^@"reads_1.fq|wc-l10219awk'{if(NR%4==1)print}
盼玉·2020-07-06 15:13

NGS020 测序数据量估算

1.单端测序数据量=reads长度×reads个数2.双端测序数据量=单端reads长度×单端reads个数*2通常测序数据量的单位都是用“G"表示，例如1G表示10亿个碱基，换算关系为1Gb=10^3Mb
caoqiansheng·2020-07-06 09:31

如何在ubuntu服务器上开启图形化界面

我们做reads和基因组比对，有时候需要图形化界面来看比对结果（IGV）。整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具，用来交互式地探索大型综合基因组数据。
bioinfo2011·2020-07-05 23:01

Falcon：三代reads比对组装工具箱

主页：github:PacificBiosciences/FALCON简介Falcon是一组通过快速比对长reads，从而来consensus和组装的工具。
weixin_33690963·2020-07-05 22:01

Server message reads: A protocol error occurred. Change of username or service not allowed

个人公众号：使用SecureCRT登陆linux报以下错误：刚开始没有仔细看报错信息，浪费了一些时间。通过搜索引擎查了一下，有很多都是说：解决SecureCRT无法用非root账号登录ssh。答非所问。1.分析：后来仔细看了一下报错也没看太懂，但是大致可以明白上面的报错的意思，下面是对报错粗略的翻译：伴随一个错误，连接中断。服务消息：发生了一个协议错误。不允许更改用户名或者服务：（hadoop账号
国少侠·2020-07-05 11:13

《管理者必读12篇》：如何做好人员管理？

P.S.很多人问《管理者必读12篇》从哪买，这本书仅能从12Reads官网买，地址请自行百度。人员管理的定义管理的核心是管人？
code-is-poetry·2020-07-04 08:08

从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程

很简单的一个shell脚本，从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列，写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件，然后用bwa软件比对到X染色体，作为参考基因组。全部代码如下：mkdir-p ~/tmp/chrX_Y/hg19/cd ~/tmp/chrX_Y/hg19/#condainstall-cbiocondabwa#condainstall-cbiocondasamto
生信技能树·2020-07-02 07:41

查询oracle所有执行sqlid中disk读取比重大的sql

通过查询V$sql来查询sql读写disk次数最多的sql排序SELECTSQL_ID,DISK_READS,CC.EXECUTIONS,DISK_READS/EXECUTIONS,cc.ELAPSED_TIME
iteye_16581·2020-07-02 04:53

HDFS Short-Circuit Local Reads

HDFSShortCircuitLocalReadsBackgroundHDFS中，读操作通常通过DataNode。因此，当一个客户端访问DataNode读一个文件的时候，DataNode从磁盘中读出该文件，然后通过TCKSocket发送到客户端。所谓的“short-circuit”是绕开DataNode，允许客户端直接读一个文件。明显地，当客户端与数据在同一地点时可能会出现这种情况。Short-
陈振阳·2020-07-01 19:27

Oracle数据库性能监控常用Sql

.*,(block_gets+consistent_gets)reads,((block_gets+consistent_gets-physical_reads)/(block_gets+consistent_gets
OkidoGreen·2020-06-30 11:46

SAM/BAM相关的进阶知识

目录samtools和picard的排序问题SAM文件中FLAG值的理解SAM文件中那些未比对的reads为什么一条read会有多条比对记录？
UnderStorm·2020-06-30 03:38

wig、bigWig和bedgraph文件详解

from生信菜鸟团（http://www.bio-info-trainee.com/1815.html）我们一般会熟悉sam/bam格式文件，就是把测序reads比对到参考基因组后的文件！
超级无敌大蜗牛·2020-06-30 00:53

最优秀的创意来自留白

引用：http://www.12reads.cn/24554.html在下面的图里，你可能觉得看到了一些白色的圈圈、之间以白色的斜线连结，但这些其实都不存在。然而，这正是这张图最有趣的部份。
wesay1·2020-06-29 17:34

转录组入门(6)： reads计数

前言实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考：生信编程直播第四题：多个同样的行列式文件合并起来对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索，求平均值，方差。看看一些生物学意义特殊的基因表现如何，比如GAPDH,β-ACTIN等等。生信技能树htseq-count使
宇天_ngs·2020-06-29 04:25

转录组分析实战第三节： RESM对Trinity得到的转录本进行定量

前面三节，我们得到了Trinity拼接的Fasta文件（Trinity.fasta)以及通过Bowtie2将Fastq中的Reads进行回贴到Trinity.fasta文件的sam文件。
Yeyuntian·2020-06-28 23:36

原生js实现图片上传预览

上传图片functionchangepic(){constreads=newFileReader();constf=document.querySelector('#file').files[0];reads.readAsDataURL
柳宁依·2020-06-28 19:49

转录组入门（5）： 序列比对

直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。
weixin_34372728·2020-06-28 18:49

vcf 文件小练习

/reference/lambda_virus-1reads_1.fq-2reads_2.fq|[email protected]..
Juan_NF·2020-06-28 17:11

ORACLE实际执行计划与预估执行计划不一致性能优化案例

使用下面SQL找出DISK_READ最高的TOPSQL分析时，分析过程中，有一条SQL语句的一些反常现象，让人觉得很奇怪：SELECTSQL_ID,      SQL_TEXT,      DISK_READS
weixin_33989780·2020-06-28 09:52

如何往ncbi上上传数据

这个id号下面可以存放很多个不同的reads、序列等等，例如在我的项目里面，既有基因组的
weixin_30438813·2020-06-27 19:43

[转载]针对IIS7以上的ASP.NET网站自定义错误页面与异常日志总结

针对IIS7以上的ASP.NET网站自定义错误页面与异常日志总结汪宇杰2014-1-11星期六02:31455Reads1Comments自定义错误页面和异常记录是个很古老的话题了，但依旧可以让人爆到现在
weixin_30415801·2020-06-27 19:02

Mysql ERROR 1418 (HY000): This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA

ERROR1418(HY000):ThisfunctionhasnoneofDETERMINISTIC,NOSQL,orREADSSQLDATAinitsdeclarationandbinaryloggingisenabled(you*might*wanttousethelesssafelog_bin_trust_function_creatorsvariable)错误的原因：Mysql配置了复制
weixin_30216561·2020-06-27 15:40

多少reads？如何换算？

关键词：lncRNA表达量低，所以要看lncRNA的表达量变化，就要比普通RNA-seq多测一些。要兼顾SNP和低表达量的lncRNA，要测得更深一些~到底需要测多少数据量呢？我们看看权威的ENCODE对RNA-seq的测序深度是如何评价的：Standards,GuidelinesandBestPracticesforRNA-SeqV1.0(June2011)TheENCODEConsortium
wangchuang2017·2020-06-26 22:38

执行SQL语句的时候唯一约束字段异常Duplicate entry '33382-1-0' for key xxx

正文：代码片段是这样的：session.createSQLQuery("insertignorestudent_task_trace(student_id,task_plan_id,task_plan_reads_opti
zhuzhihongNO1·2020-06-26 20:07

【一起学生信】根据目标区域提取bam信息

测序完成得到的reads我们会比对到参考基因组得到bam文件，bam文件一般很大，很多时候我们只需要提取部分内容。根据参考基因组位置提取根据指定基因组区域的提取bam，可以使用以下命令。
探索者v·2020-06-26 18:58

【一起学生信】根据reads名称提取bam

article/details/88975801）提到了根据参考基因组的位置来提取bam信息，根据基因组区域来提取其实是比较容易的，即便没有现成的软件我们将bam排序后，用awk也可以快速提取，但是如果是根据reads
探索者v·2020-06-26 18:26

【一起学生信】认识MAPQ

假设一条read的MAPQ的值为$mQ,$P表示reads比
探索者v·2020-06-26 18:26

生物信息数据格式：fastq格式

文章目录格式说明实例演练判断fastq序列编码是Phred33(Illumina1.8+)orPhred64(Illumina1.3+)fastq转换fasta格式Linux操作fastq获取数据统计reads
sunchengquan·2020-06-26 15:55

基因表达量计算与差异表达分析常见问题

问2：Deseq是怎么控制reads多重比对的？答：Deseq只是一个差异分析的软件，多重比对的分配是在Deseq之前的。Deseq是输入的数据是已经分配好的readscount，然后用于分析，
宁生信·2020-06-26 12:20

如何划窗统计测序数据的reads数（depth）

对于公司送回来的测序数据，我们通常需要进行质检，检查数据是否符合我们要求的测序深度，在质检中，统计各个位点的depth就显得尤为重要。最常见的统计depth的方法就是使用samtoolsdepth，但是这个方法仅仅局限于对单个位点进行depth进行统计，那么有时候我么你需要使用滑动窗口来对区间进行统计，这样可以观察在整条染色体上测序深度的变化趋势，从而发现已经问题，比如CNV等，这个时候我推荐另一
wu伸伸·2020-06-26 09:45

关于 db block gets,consistent gets,physical reads的概念

在Oracle的文档中有这样的解释：RecursiveCalls:Numberofrecursivecallsgeneratedatboththeuserandsystemlevel.OracleDatabasemaintainstablesusedforinternalprocessing.Whenitneedstochangethesetables,OracleDatabasegenerate
rabbitbug·2020-06-26 05:13

BBQ(生信基础问题21)：SAM和Bam专题(三)---附加TAG

第11列之前学习过了是reads的质量值，那么后面的若干标记比如M
liu_ll·2020-06-25 06:14

DESeq2差异基因分析和批次效应移除

差异基因鉴定基因表达标准化不同样品的测序量会有差异，最简单的标准化方式是计算countspermillion(CPM)，即原始readscount除以总reads数乘以1,000,000。
生信宝典·2020-06-24 21:53

ChIP-seq数据分析（一）：从raw reads到peaks

开篇致谢：下面内容的整个框架是跟着生信技能树发布在bilibili上的ChIP-seq视频学习的，链接：https://www.bilibili.com/video/av29255401，如果有基础的话，应该可以很快学下来。另外，用到的测试数据来自我之前介绍的一篇文献，拟南芥的，跑起来快。链接：https://www.jianshu.com/p/24dbcbcd26e5，后面关于ChIP-seq在
presentlife·2020-06-24 07:44

转录组数据分析——从前期质量控制到mapping

又如AdapterContent，现在是这样需要去接头2，clearreads，处理reads不是一步完成，正对FastQC的结果，我们需要切掉reads左端15bp，使用软件
biolxy·2020-06-24 07:35

RNA-Seq数据分析

转自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101jl08.html从原始的数据开始，进行reads回帖，到拼接转录本，计算表达量，分析差异表达，最后可视化分析结果
huangliangbo0805·2020-06-23 15:08

统计一条染色体上可能的酶切位点片段大小及数量

想统计一下某个酶在染色体上作用后产生的酶切片段大小以及各个片段的数量，因为这个酶比较特殊，在实际切割时会有很多种不同的情况，但是我们不考虑那些，只需要分别读两条reads并记录切割位点，最后算出片段大小
elaine0622·2020-06-23 06:42

查看当前正在运行SQL语句的统计信息

查看当前数据库中消耗CPU资源排名前五位使用SQL:SELECT*FROM(SELECTsid,buffer_gets,disk_reads,round(cpu_time/1000000,1)cpu_secondsFROMv
cmflcasl32415·2020-06-22 23:33

无参（De novo）转录组分析流程

1.先进行R包的安装：source("http://bioconductor.org/biocLite.R")reads.ALL.left.fq$cat1M_READS_sample/*.right.fq
Luster_Li·2020-06-22 20:12
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