reads 第12页

sql优化

Themostcommonresourcesare:Buffergets(V$SQLSTATS.BUFFER_GETS,forhighCPUusingstatements)Diskreads(V$SQLSTATS.DISK_READS

aoerqileng·2020-06-22 14:41

bwa bowtie2 salmon subread hisat2建索引和比对

bwa#建索引bwaindex-abwtsw~/hg38.fa#100bp长的双端测序reads的比对用bwa的mem算法bwamem-t5-R"@RG\tID:$sample\tSM:$sample\

Amy_Cui·2020-06-21 00:17

DNA甲基化分析②数据质控

原始下机测序数据(rawdata)中，有些reads包含有测序接头序列，这些序列不属于测序物种中的原有序列，因此质控过程中需要剪切去除。

守候在凌晨·2020-06-20 16:53

RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 计算对比

1.基因长度的影响在同一个样本中，基因越长，随机打断得到的片段就越多，该基因被测到的概率就越大，比对到该基因的reads就越多。2.测序深度的影响不同样本里，样本的测序深度越高，同一基

cHarden13·2020-05-23 16:58

HISAT2 Bowtie2 提取唯一比对 unique mapping reads

把read比对到基因组之后，需要提取唯一比对来进行下一步分析。bowtie2和HISAT2都没有只输出唯一比对的命令，所以需要对比对结果sam文件进行提取，可以通过sam文件最后一列的标签进行筛选。Bowtie2bowtie2的输出sam文件的标签：AS:i:：Alignmentscore.Canbenegative.Canbegreaterthan0in[--local]mode(butnoti

耶鹿·2020-05-20 14:19

从BAM文件提取unmapped reads并转换成fastq格式

用到的程序，samtools和bedtools，都用conda安装。目标是将第一次比对的bam中unmappedreads提取出来，并转换成fastq进行下次比对。第一步：提取unmappedreads（格式bam）用到samtoolsview选项：-b#表示生成bam格式-f#“The-foptionsflagstokeepthereads'Onlyoutputalignmentswithall

牛角箱鲀·2020-05-09 16:45

[MySQL]二.使用explain和profiling分析SQL语句

showstatuslike'innodb_data_w%'数据写的io次数showstatuslike'innodb_log_wrt%'日志写入操作showstatuslike'innodb_db%'既读既写IO计算公式:innodb_data_reads

猫与蝴蝶的秋i·2020-04-28 19:07

oracle运维个人常用检查语句整理

SQL_TEXT,SORTS,EXECUTIONSFROMV$SQLAREAORDERBYSORTSDESC;2、查找磁盘读写最多的SQLSQL>SELECT*FROM(SELECTsql_text,disk_reads"totaldisk

love8度幸福·2020-04-21 21:43

为什么 BAM 文件 sort 之后体积会变小

测序数据比对结果BAM文件用samtools进行sort之后发现体积变小了...当时怀疑是不是sort过程中有一部分reads被丢弃了？

wangpeng905·2020-04-14 15:25

NCBI中SRA文件的下载

的FTP下载界面，按照需要下载的SRA文件ID找到储存位置即可如需要下载SRR5483089文件，其下载地址如下：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads

coldlandkuma·2020-04-14 14:11

从远程库克隆 GIT clone

从远程库克隆Reads:753305上次我们讲了先有本地库，后有远程库的时候，如何关联远程库。现在，假设我们从零开发，那么最好的方式是先创建远程库，然后，从远程库克隆。

aoaocool·2020-04-11 01:33

khmer安装及使用

OverrepresentedKmers如果某k个bp的短序列在reads中大量

苏牧传媒·2020-04-07 12:00

translator·2020-04-06 23:42

使用生物信息学工具去撕下重复序列的面具(2)

不需要基因组装配的替代方法是使用原始reads

lakeseafly·2020-04-06 14:29

低表达量的基因为什么往往差异不显著

低丰度也意味着可靠性低，所以就算是差异大，也不会有太高的置信度1）低表达量的基因为什么往往差异不显著；在计算两个组样本间基因的表达量是否有差异的时候，对于RNA-seq实际上就是分析这个基因的reads

wangprince2017·2020-04-05 22:37

Ai-Reads：《算法图解》读书笔记

Ai-Reads:GrokkingAlgorithms.png书名：《算法图解》（原文书名：《GrokkingAlgorithms》，作者：AdityaY.Bhargava，译者：袁国忠）购买链接：中译版

威玲旺卡·2020-04-03 12:28

Contig N50和Scaffold N50

对一条染色体进行测序，将测序得到的reads进行拼接，能够完全拼接起来，中间没有gap的序列称为contig。如果中间有gap,但是gap的长度我们知道，这样的序列就叫做scaffold。

tianzhanlan·2020-04-03 11:42

警惕！国外这所学校20人确诊！开学这件事：宁可事前听骂声不要事后听哭声！

来源|快微课（id：i2reads）央视新闻消息：新加坡卫生部25日晚上宣布，近两日确诊的病例中有18人与凤山Sparkletots幼儿园有关，其中14人是校长、教师，还有4人是校长家人。

悦读文摘·2020-04-02 00:00

mysql ERROR 1418 (HY000): This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in i...

在mysql中创建自定义函数时出现的错误ERROR1418(HY000):ThisfunctionhasnoneofDETERMINISTIC,NOSQL,orREADSSQLDATAinitsdeclarationandbinaryloggingisenabled(youmightwanttousethelesssafelog_bin_trust_function_creatorsvariabl

桓宇Harry·2020-03-30 22:29

FASTX-Toolkit

FASTX-Toolkit介绍背景介绍高通量测序数据下机后的原始fastq文件，包含4行，其中一行为质量值，另外一行则为对应序列，高通量的数据处理首先要进行质量控制，这些过程包括去接头、过滤低质量reads

oddxix·2020-03-29 20:28

转录组（5）：序列比对

直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。接着用samtools把它转为bam文件，

Richard_Zhou·2020-03-29 18:31

周六考试（一）

1）请统计本次测序的PEreads数是多少对reads？理论上能否使基因组99%以上的区域达到至少40X覆盖？请简要写出推理和计算的过程与结果，数值计算

杨亮_SAAS·2020-03-27 06:44

用Dart 搭建图书 REST Framework— 第一部分

1.设置和运行示例pubglobalactivateaqueductaqueductcreatefave_reads&&cdfave_reads在项目fave_re

林慕空·2020-03-27 02:02

Perl 数组

创建数组my@information=();添加或删除数组元素pop@ARRAY;##删除数组的最后一个值push(@information,$reads[0]);##将$reads[0]的值放到数组的末尾

husy_·2020-03-26 16:53

【转录组-4】数据质控

oddxix得到下机数据后，我们先要进行数据质控，看一下数据质量质量检测数据质量主要从两方面去分析：碱基含量分布和碱基质量分布碱基含量分布测序的GC含量应该与物种的GC含量相同纵坐标是碱基分布比，横坐标是reads

oddxix·2020-03-26 10:55

从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程

很简单的一个shell脚本，从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列，写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件，然后用bwa软件比对到X染色体，作为参考基因组。全部代码如下：mkdir-p ~/tmp/chrX_Y/hg19/cd ~/tmp/chrX_Y/hg19/#condainstall-cbiocondabwa#condainstall-cbiocondasamto

生信技能树·2020-03-26 00:53

GTRD:最全面的人和小鼠转录因子chip_seq数据库

peakcalling分析，并基于已有的转录因子motif数据，预测了转录因子结合位点TFBS,数据库网址如下http://gtrd.biouml.org/整个数据库构建的pipeline示意如下采用bowtie2将reads

生信修炼手册·2020-03-25 14:45

关于GATK分析RNA-seq数据的一点建议

——原创：雷万钧问题起因：首先，我在做RNA-seq数据分析Mutaion的时候发现一个问题：在查看某个样本的突变信息发现，没有被检出，但是查看bam却发现有很好的reads支持突变，说明GATK的检测参数用错了

生信雷·2020-03-25 08:57

Performance analysis of SQL server disk I / O

一.按照物理读的页面数排序前50名SELECTTOP50qs.total_physical_reads,qs.execution_count,qs.total_physical_reads/qs.ex

songlihuan·2020-03-23 19:45

生物信息学流程：mRNA Analysis Pipeline

Introduction介绍GDCmRNA定量分析管道测量HT-Seq原始reads统计中的基因表达水平，FragmentsperKilobaseoftranscriptperMillionmappedreads

文章收集器·2020-03-23 03:44

Leetcode 157. Read N Characters Given Read4

TheAPI:intread4(char*buf)reads4charactersatatimefromafile.Thereturnvalueistheactualnumberofcharactersread.Forexample

ShutLove·2020-03-23 00:39

这篇文章一定要写出来，实在不想每次调试arduino和processing串口通讯的时候都要测试半个小时了。。。

processing读取read()readChar()readBytes()readBytesUntil()readS

剑山·2020-03-22 19:44

宏基因组要不要混着拼呀？

分箱的基础知识分箱的定义分箱（binning）指从微生物群体序列中将不同个体的序列(reads或contigs等)分离开来的过程。其扩展定义为，从群体序列中重新构建群体成员个体基因组的过程。

沈梦圆1993·2020-03-22 09:42

【清单】2018年值得阅读的长文，有这一些(之二)

原文链接:https://medium.com/@nlw/the-most-essential-crypto-long-reads-2018-6ec08b08d868.moneycryptovstechcrypto

荆凯_EOS42·2020-03-21 07:57

2020-03-17

合并矩阵：输入：每个样本定量结果，输出：reads.count矩阵（gene_count.matrix）用于差异分析，标准化后的矩阵(tpm.matrix样本内标准化).再标准化形成TMM（tmm.matrix

马连洼小法师·2020-03-18 23:13

STEP8:鉴定全新的lncRNA

第一步：重构转录本--stringtieSTEP4:得到表达矩阵的流程用比对软件hisat2将reads比对到参

六六_ryx·2020-03-17 04:52

高通量测序中，read、contig和Scaffold分别是什么

1.什么是Reads?高通量测序平台产生的序列就称为reads。2.什么是Contig？拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。

白羊铁蛋·2020-03-15 04:04

NGSQC Toolkit(转录组分析之data cleaning）

NGSQCToolkit用于进行高通量测序数据的质量检查和数据过滤，具有去接头，去除非ATGC碱基，去除低质量碱基和reads等功能1安装下载NGSQCToolkithttp://www.nipgr.res.in

stanford_strive·2020-03-14 06:14

封面人物那个不爱读书的孩子，拿到了36个国际设计大奖！

林进昇Reads专业：台湾大叶大学/工业设计星座：天蝎座兴趣爱好：设计、骑自行车人生梦想：打造一个可以永久流传的品牌7岁拿着一把自制的玩具枪跟小伙伴battle，15岁厌学上高职，24岁大学毕业当兵，28

浦江发现·2020-03-12 02:29

测序数据类型整理（bam,sam,bw等）

主要是序列信息和对应的质量值fasta：用于序列存储sam：sequencealignment/mapformatfastq文件map到基因组之后的文件bam：sam的二进制压缩版本但我们并不需要具体某条reads

蜘蛛鱼·2020-03-11 23:50

H5 input file上传图片进行预览

话不多说，上代码//file为input的id$('#file').change(function(){varfil=this.files[0];reads(fil);})functionreads(fil

李佳明先生·2020-03-11 01:51

Read N Characters Given Read4

题目TheAPI:intread4(char*buf)reads4charactersatatimefromafile.Thereturnvalueistheactualnumberofcharactersread.Forexample

BLUE_fdf9·2020-03-07 04:42

157. Read N Characters Given Read4

EasyTheAPI:intread4(char*buf)reads4charactersatatimefromafile.Thereturnvalueistheactualnumberofcharactersread.Forexample

greatfulltime·2020-03-06 18:03

6、无重复差异基因分析（edgeR包的使用）

1）简介edgeR作用对象是count文件，rows代表基因，行代表文库，count代表的是比对到每个基因的reads数目。它主要关注的是差异表达分析，而不是定量基因表达水平。

莫讠·2020-03-04 20:53

157. Read N Characters Given Read4

TheAPI:intread4(char*buf)reads4charactersatatimefromafile.Thereturnvalueistheactualnumberofcharactersread.Forexample

Jeanz·2020-03-04 16:12

5、RNAseq(5)--reads count(htseq-count)与基因注释（bioMart）

理论基础在上篇的比对中，我们需要纠结是否真的需要比对，如果你只需要知道已知基因的表达情况，那么可以选择alignment-free工具（例如salmon,sailfish)，如果你需要找到novalisoforms，那么就需要alignment-based工具（如HISAT2,STAR）。到了这一篇的基因（转录本）定量，需要考虑的因素就更加多了，以至于我不知道如何说清才能理清逻辑。定量分为三个水平

莫讠·2020-03-04 15:22

转录组入门（5）：序列比对

直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。

lxmic·2020-03-04 02:33

157. Read N Characters Given Read4

TheAPI:intread4(char*buf)reads4charactersatatimefromafile.Thereturnvalueistheactualnumberofcharactersread.Forexample

sherwin29·2020-03-04 00:27

BS-Methylation

甲基化测序分析流程对参考基因组和reads进行预处理-将C全部替换为T-将序列反向互补，G替换为A将预处理后的reads比对到参考基因组，比对结果中序列信息为原始reads（即未进行C转T的reads）

WooWoods·2020-03-01 10:08

158. Read N Characters Given Read4 II - Call multiple times

TheAPI:intread4(char*buf)reads4charactersatatimefromafile.Thereturnvalueistheactualnumberofcharactersread.Forexample

Jeanz·2020-02-29 18:34

推荐频道

reads

sql优化

bwa bowtie2 salmon subread hisat2建索引和比对

DNA甲基化分析②数据质控

RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 计算对比

HISAT2 Bowtie2 提取唯一比对 unique mapping reads

从BAM文件提取unmapped reads并转换成fastq格式

[MySQL]二.使用explain和profiling分析SQL语句

oracle运维个人常用检查语句整理

为什么 BAM 文件 sort 之后体积会变小

NCBI中SRA文件的下载

从远程库 克隆 GIT clone

khmer安装及使用

十大经典管理类书籍推荐

使用生物信息学工具去撕下重复序列的面具(2)

低表达量的基因为什么往往差异不显著

Ai-Reads：《算法图解》读书笔记

Contig N50和Scaffold N50

警惕！国外这所学校20人确诊！开学这件事：宁可事前听骂声不要事后听哭声！

mysql ERROR 1418 (HY000): This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in i...

FASTX-Toolkit

转录组（5）：序列比对

周六考试（一）

用Dart 搭建图书 REST Framework— 第一部分

Perl 数组

【转录组-4】数据质控

从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程

GTRD:最全面的人和小鼠转录因子chip_seq数据库

关于GATK分析RNA-seq数据的一点建议

Performance analysis of SQL server disk I / O

生物信息学流程：mRNA Analysis Pipeline

Leetcode 157. Read N Characters Given Read4

这篇文章一定要写出来，实在不想每次调试arduino和processing串口通讯的时候都要测试半个小时了。。。

宏基因组要不要混着拼呀？

【清单】2018年值得阅读的长文，有这一些(之二)

2020-03-17

STEP8:鉴定全新的lncRNA

高通量测序中，read、contig和Scaffold分别是什么

NGSQC Toolkit(转录组分析之data cleaning）

封面人物 那个不爱读书的孩子，拿到了36个国际设计大奖！

测序数据类型整理（bam,sam,bw等）

H5 input file上传图片进行预览

Read N Characters Given Read4

157. Read N Characters Given Read4

6、无重复差异基因分析（edgeR包的使用）

157. Read N Characters Given Read4

5、RNAseq(5)--reads count(htseq-count)与基因注释（bioMart）

转录组入门（5）：序列比对

157. Read N Characters Given Read4

BS-Methylation

158. Read N Characters Given Read4 II - Call multiple times

从远程库克隆 GIT clone

封面人物那个不爱读书的孩子，拿到了36个国际设计大奖！