reads 第9页

flash软件合并双端reads

网页：http://ccb.jhu.edu/software/FLASH/merge的示意图用处：有时候测得双端但是后续分析只用单端的时候，可以merge上R2端下载安装：wgetFLASH-1.2.11-Linux-x86_64.tar.gztarzxvfFLASH-1.2.11-Linux-x86_64.tar.gzcdFLASH-1.2.11-Linux-x86_64pwd直接运行：../f

苏牧传媒·2020-08-20 07:35

Samtools安装与使用

由于二代测序中普遍采取短读长（50~150bp）的测序策略，在后续分析的流程中需要使用比对软件将reads片段匹配到参考基因组中从而产生比对/匹配文件，进而用于后续流程的分析。

wangchuang2017·2020-08-19 20:12

oracle排查异常sql的一些方法

SQLselectsubstr(to_char(s.pct,'99.00'),2)||'%'load,s.executionsexecutes,p.sql_textfrom(selectaddress,disk_reads

papa8384·2020-08-19 18:41

利用资源限制性能诊断resource limit

设置和取消profile的限制alterprofiledefaultlimitlogical_reads_per_call300000;（sql最大逻辑读

cl2516·2020-08-19 09:26

Read N Characters Given Read4 II - Call multiple times

TheAPI:intread4(char*buf)reads4charactersatatimefromafile.Thereturnvalueistheactualnumberofcharactersread.Forexample

flyatcmu·2020-08-18 03:51

Read N Characters Given Read4

Givenafileandassumethatyoucanonlyreadthefileusingagivenmethodread4,implementamethodtoreadncharacters.Methodread4:TheAPIread4reads4consecutivecharactersfromthefile

flyatcmu·2020-08-18 03:51

Trinity使用流程

原文地址：http://www.plob.org/2014/12/22/8826.html1:分析流程图如下2:首先就是将样本的reads合并在一起命令如下：1cat1M_READS_sample/*.

jiaxiaodong1018·2020-08-16 19:08

Trinity（3）

转自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102v7xu.html1:分析流程图如下2:首先就是将样本的reads合并在一起命令如下：cat1M_READS_sample

g863402758·2020-08-16 19:52

上传时预览图片，纯前端

prompt3").css("display","none");varreads=newFileReader();f=document.getElementById('file').files[0];reads.readAsDataURL

di80167·2020-08-16 12:26

logrotate运行时间指定

crontabthelinethatsays256***roottest-x/usr/sbin/anacron||(cd/&&run-parts--report/etc/cron.daily)sothatthe256reads00

weixin_33834137·2020-08-15 16:35

数据库事务中的脏读,虚读和不可重复读

数据库事务中的脏读,虚读和不可重复读1.脏读dirty-reads：当事务读取还未被提交的数据时，就会发生这种事件。

openBlog·2020-08-14 09:24

RNA-seq流程学习笔记（14）-在windows10平台上利用R包合并表达矩阵、设置实验分组信息、列名及数据的导入导出

参考文章：RNA-seq(6):reads计数，合并矩阵并进行注释进入R学习和相关操作后，各种折腾已经快2周了，看了几个网站的教程，借了几本教科书，发现都是零零碎碎的知识。

垚垚爸爱学习·2020-08-13 23:18

This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in its declaration and binary log

1、本地解决办法：在mysql中执行以下命令SETGLOBALlog_bin_trust_function_creators=TRUE;2、也可以通过修改配置文件的方式解决：在my.ini(linux下为my.conf)文件中[mysqld]标记后加一行内容为（修改后需重启MySQL服务）:log-bin-trust-function-creators=1原因解释来源于网络，出处作者不详：这是我们

MyXieZhiXin·2020-08-11 21:56

Linux生信练习3--sam/bam

作业原文:sam和bam格式文件的shell小练习|生信菜鸟团原始数据准备~/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.1-linux-x86_64/example/reads../..

小贝学生信·2020-08-11 20:32

oracle 查看某session的历史执行sql情况

1.查看性能最差的前100sqlSELECT*FROM(SELECTPARSING_USER_IDEXECUTIONS,SORTS,COMMAND_TYPE,DISK_READS,sql_textFROMv

weixin_33862514·2020-08-11 18:48

This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in its de 错误解决办法

这是我们开启了bin-log,我们就必须指定我们的函数是否是1DETERMINISTIC不确定的2NOSQL没有SQl语句，当然也不会修改数据3READSSQLDATA只是读取数据，当然也不会修改数据4MODIFIESSQLDATA要修改数据5CONTAINSSQL包含了SQL语句其中在function里面，只有DETERMINISTIC,NOSQL和READSSQLDATA被支持。如果我们开启了

zhangtxsir·2020-08-10 05:42

SAM/BAM文件解读

一般把测序reads比对到参考基因组以后，通常得到的就是sam文件。BAM就是SAM的二进制文件，具有更小的存储空间，并且许多下游分析工具使用的是BAM格式。

Sepine·2020-08-09 20:46

查看oracle数据库里哪些语句耗时最长或者效率最低

CPU：select*from(selectv.sql_id,v.child_number,v.sql_text,v.elapsed_time,v.cpu_time,v.disk_reads,rank(

weixin_30279315·2020-08-09 13:51

Oracle 常用性能监控SQL语句

--查看表锁SELECT*FROMSYS.V_$SQLAREAWHEREDISK_READS>100;2.

panhongbin100·2020-08-09 10:36

几个检查数据库性能的SQL语句

postedon2006-03-1501:42XuJianxiang几个常用的SQL语句：1、检查低效率的语句selectexecutions,disk_reads,buffer_gets,round(

海盗2019·2020-08-09 10:01

oracle性能检测语句

可以到v$sql中查询，比如以buffer_gets,executions,disk_reads等条件判断．

Snowballl·2020-08-09 09:30

oracle-几个检查数据库性能的SQL语句

转自：http://www.blogjava.net/anymobile/articles/35328.html几个常用的SQL语句：1、检查低效率的语句selectexecutions,disk_reads

刘起·2020-08-09 05:36

利用TrimGalore去除adapter以及过滤fastq文件

学校网课笔记~今天的网课主要介绍怎么把原始的fastq文件根据fastqc结果进行去接头、以及过滤掉低质量的reads。

生信start_site·2020-08-09 04:45

如何提高人际关系能力？

注意，这两本书都只从12Reads官网获得，避免广告，请自行百度书名。并且，关于这两本书我个人建议的阅读顺序为1、《情商必读12篇》2、《

经管时评·2020-08-08 01:00

宏基因组分析流程

IlluminaHiseqPE150/250测序fastx进行原始序列统计==平台==Seqprep和Sickle进行质控后数据统计，基于原始测序数据，使用相应软件对其进行数据质控，剪切掉数据中的低质量及含N的reads

猴头菇5518·2020-08-08 01:22

一个细菌基因组完整分析脚本

本文转自“基因学苑”，已获授权分析流程图一、数据质控利用fastqc软件对原始测序reads进行指控，生成网页帮统计报告，根据报告内容对数据机型过滤。

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:22

查询当前正在执行的语句

[text]AS'sql语句',[reads]AS'物理读

super king·2020-08-08 00:24

生物信息学练习题-亚磊

1）请统计本次测序的PEreads数是多少对reads？理论上能否使基因组99%以上的区域达到至少40X覆盖？请简要写出推理和计

ANNOROAD·2020-08-07 11:07

转录组1 分析简介学习

Fastq：是二代测序技术中常见格式，@开头，四行为一个reads，通过index来区分是哪个样品信息，第二行为序列，第三行为“+”，第四行为质量。

jiarf·2020-08-06 11:02

查看Oracle性能差的SQL

查看总消耗时间最多的前10条SQL语句select*from(selectv.sql_id,v.child_number,v.sql_text,v.elapsed_time,v.cpu_time,v.disk_reads

cranedingNO1·2020-08-04 13:28

MySQL - 共享锁和排它锁初探

共享锁演示官方文档锁定某一行可以用lockinsharemode(共享锁)和forupdate(排它锁)官方文档：https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/innodb-locking-reads.html

小小工匠·2020-08-03 12:20

RNA_seq(1)植物转录组实战（下）之DESeq2进行差异基因分析

四、DESeq2差异基因分析获得reads-counts之后，我们就可以开展差异基因分析了。

Yujia_compbio·2020-08-02 17:28

群体变异数据vcf文件过滤概念及使用方法

标记过滤指标概念miss缺失率，即标记缺失的比例一般过滤0.1或者0.2；对于简化基因组的也有进行0.5的过滤的，看具体需求了maf最小等位基因频率一般过滤0.05或者0.01DP深度，reads支持数这个要根据具体测序的情况最好过滤到

点滴生信·2020-08-02 14:10

生信小工具专题：BBTools/BBMap Suite 的使用 (2)

BBMapReadMerger合并双末端（PE）reads,在预期中这些reads有重叠的位置（例如16S扩增子测序）。通过重叠检测将配对的reads合并为单个read。

lakeseafly·2020-07-31 21:21

QIIME 的 OTU分类

优点：可以对所有reads聚类；缺点：不支持并行，数据集比较大时运算速度比较慢。以下情况必须使用DenovoOTU

ylluX·2020-07-31 19:47

基因数据处理54之bwa-mem运行paird-end（1千万条100bp的reads）

指令：```hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$bwamemGRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fastag38L100c10000000Nhs20Paired1.fqg38L100c10000000Nhs20Paired2.fq>g38L100c10000000Nhs20Paired12

KeepLearningBigData·2020-07-30 19:23

NGS数据的质量评估和reads的处理

p=14561.基因组测序和转录测序的NGS数据处理策略从测序公司拿到数据后，首先需要对数据进行预处理，主要分两步走：1.1QC(reads的质量控制)QualityControl,即过滤低质量reads

SHMILYRINGPULL·2020-07-30 19:37

转录组数据饱和度评估方法

www.biodiscover.com/group/topic/655.html基因表达分析里面，RNA-seq是现在转录组研究常用的技术了，但是通过二代测序获得数据后，在正式分析前我们通常需要做两件事情：其一是reads

SHMILYRINGPULL·2020-07-30 19:37

HDFS Short-Circuit Local Reads

在HDFS中数据读取是要通过datanode的，所以当客户端要求datanode读取时，datanode读取该文件并通过tcp传输到客户端，“short-circuit”可以绕过datanode而使得客户端直接读取文件。使用的时unix套接字/var/runor/var/lib，通过共享内存/dev/shm来交互信息。dfs.client.read.shortcircuittruedfs.doma

xncode·2020-07-30 17:09

oracle通过物理读、逻辑读、CPU时间确定最耗费资源的SQL语句

--查看最耗费物理读的SQL：select'altersystemkillsession'''||s.SID||','||s.SERIAL#||''';',v.DISK_READS,v.BUFFER_GETS

北国风光li19236·2020-07-30 15:47

fastQC

分析的内容包括：测序数据的基本信息每个碱基的质量值每条reads序列的质量值每条序列的ATCG组成每条序列N的含量每条序列的长度分布序列中duplication程度K-mer信息当二代测序的原始数据拿到

晓佥·2020-07-30 13:27

bufferpool 监控的SQL

SELECTBPNAME,NPAGES,PAGESIZEFROMSYSCAT.BUFFERPOOLS;SELECTDATA_PHYSICAL_READS,INDEX_PHYSICAL_READS,TOTAL_PHYSICAL_READS

shlei5580·2020-07-30 00:10

计算mysql buffer的命中率及使用率

MyISAMKeybuffer命中率：100-((Key_reads*100)/Key_read_requests)MyISAMKeybuffer的使用率：100-((Key_blocks_unused

coudu2171·2020-07-29 17:55

【MySQL】监控项——innodb_buffer_pool命中率计算

InnodbbufferHitRatios的计算：innodb_buffer_read_hits=(1-Innodb_buffer_pool_reads/Innodb_buffer_pool_read_requests

cizhangzhi0196·2020-07-29 17:24

BBQ(生物信息基础22)：samtools 操作 bam&sam

SAM文件不但记录了reads详细的mapping信息，还记录了reads的原始信息，内容很是全面。

liu_ll·2020-07-29 14:16

InnoDB缓冲池命中率（书摘备查）

Innodb_buffer_pool_read_requests)/(Innodb_buffer_pool_read_requests+Innodb_buffer_pool_read_ahead+Innodb_buffer_pool_reads

wzy0623·2020-07-29 13:13

oracle 查询当前占用cpu及时间最长的sql语句

A.STATUS,A.PROGRAM,A.MACHINE,A.CLIENT_IDENTIFIER,B.SQL_TEXT,B.CPU_TIME,B.SHARABLE_MEM,ROUND((B.DISK_READS

OkidoGreen·2020-07-29 13:23

2019-12-20 学习记录3

质控trimmomatic去接头Trimmomatic工具是用于illumina二代测序数据的reads处理，主要对接头(adapter)序列和低质量序列进行过滤。

o迷幻天使o·2020-07-29 10:36

Oracle11g 中的Direct path reads 特性详解

RedeLego·2020-07-28 13:07

RNA-Seq HISAT+ HTSeq + DESeq2流程及测序深度和质控问题讨论

理由：1，测序饱和度（随reads数增加，检测到的基因数随之上升。但当测序量达到一定区间后，基因数变化不明显）。

theomarker·2020-07-28 12:12

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