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预印 | 猪肠道>25000 MAGs分析揭示了断奶后微生物组组成和代谢的变化

Post-weaningshiftsinmicrobiomecompositionandmetabolismrevealedbyover25,000piggutmetagenomeassembledgenomes标题：超25000猪肠道宏基因组组装基因组分析揭示了断奶后微生物组组成和代谢的变化杂志：BioRxiv时间：2020摘要：利用先前描述的包含270亿reads

小白菜学生信·2021-02-26 13:27

BWA使用详解

它由三个不同的算法：BWA-backtrack:是用来比对Illumina的序列的，reads长度最长能到100bp。

生信师姐·2021-02-25 09:46

mysql爆内存_线上MySQL数据库机器内存爆掉原因分析与解决

排查发现，内存涨时，一般会有MySQL读非常大，主要是InnoDB_DATA_READS。结合此时的特性，业

心纳天下·2021-01-27 03:36

病原微生物笔记-Taxonomy 分类流程解决⽅方案

Taxonomy分类流程解决⽅方案1.使⽤用Kraken2对其中的微⽣生物进⾏行行物种注释.Kraken2是⼀一个基于k-mer算法的⾼高精度宏基因组序列列分类软件，能够快速的将测序reads进⾏行行物种分类

XuningFan·2021-01-19 00:56

全长转录本与参考基因组比对

近几年，已经开发出多款用于三代长读长reads的比对软件，如GMAP、minimap2、deSAL

生信阿拉丁·2021-01-02 16:08

2基因组间鉴定SV

其流程见https://github.com/GaoLei-bio/SV1SV-calling1.1基因组间比较简单思路：2个基因组比较--》调取unique比对--〉二代reads比对

斩毛毛·2020-12-23 14:52

德布鲁因图和OLC组装基因组

基本概念k-mer指的是bai将一条read，连du续切割，挨个碱基划动得到zhi的一序dao列长度为K的核苷酸序列contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列来确定一些Contig

小潤澤·2020-12-18 19:04

2020-12-16 解决一个基因矫正的问题

这个时候会怀疑直接从基因组fasta文件和gff3文件中提取的基因是有问题的，那么如果有转录组数据的话，可以辅助矫正看基因的结构，我把转录组的fastqreadsmap到基因组上，发现有问题的基因确实存在reads

小郑的学习笔记·2020-12-16 09:10

DESeq2分析转录组数据（一）：构建DESeq数据集

reads的count矩阵来源于featureCounts的结果，为原始mapping上的reads数，其格式如下

相鼠有皮·2020-11-15 11:48

RNA-Seq数据分析流程

高美玲·2020-11-03 13:43

二代测序组装

Step1:质控ReadQualityControl#了解数据，包括reads类型、reads数量、read质量、GC含量、可能的污染和其他问题#然后决定是否对数据进行去接头、去标签、过滤低质量序列操作

纵春水东流·2020-10-21 12:48

Meta组装小课题2:GapCloser

组装技术限制产生gap：如，将测序得到的reads比对回得到的contigs，利用reads之间的连接关系和插入片段大

周运来就是我·2020-10-09 23:37

转录组练习（3）

作业，理解测序reads，GC含量，质量值，接头，index，fastqc的全部报告，搜索中文教程，并发在论坛上面。来源于生信技能树：http://www.biotrainee.com/

苏慕晨枫·2020-10-09 18:07

基因数据处理57之BWA-MEM运行single-end(1千万条100bp的reads)

```hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$bwamemGRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fastag38L100c10000000Nhs20.fq>g38L100c10000000Nhs20.bwamem.sam[M::bwa_idx_load_from_disk]read0ALTcon

KeepLearningBigData·2020-09-17 02:37

RNA-seq 上游实战&排坑记录

conda02.安装软件03.数据下载04.sratofastq05.fastqc质控06.Trim(除去低质量碱基和接头)07.Hisat2Mapping08.samtobam（格式转换，排序，建立索引，查看reads

南柒北陆·2020-09-16 17:30

处理大文件---1

time.strftime('%Y-%m-%d%H:%M:%S',time.localtime(time.time())))defProcessLargeTextFile(filename):head=''reads

玉树林峯·2020-09-16 16:43

Windows系统下载SRA数据，使用sratoolkit工具

上次写了在linux环境下从ncbi下载sra文件，这次因为ncbi的这个网站找不到ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/

铭&婵旭·2020-09-16 15:55

如何去除测序数据中的接头和低质量的reads？软件fastx

http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-914439.html我是参考上面这个帖子做的fastx_clipper-aAGATCGGAAGAGCACACG-l25-d0-Q33-iSRR306394_1.fastq-oSRR306394_1_trimmed.fastq

biolxy·2020-09-16 15:02

转录组入门3：了解fastq测序数据

作业：理解测序reads，GC含量，质量值，接头，index，fastqc的全部报告，搜索中文教程一.SRAToolkit官方文档https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces

Duke_of_Connacht·2020-09-16 14:00

window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq

sratoolkit将sra文件转换成fastq并将fastq转换成fasta文件1.ncbi下载sra文件ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads

KeepLearningBigData·2020-09-16 13:09

Read N Characters Given Read4

TheAPI:intread4(char*buf)reads4charactersatatimefromafile.Thereturnvalueistheactualnumberofcharactersread.Forexample

jialuyyy·2020-09-15 19:28

LeetCode - Read N Characters Given Read4 II - Call multiple times

TheAPI:intread4(char*buf)reads4charactersatatimefromafile.Thereturnvalueistheactualnumberofcharactersread.Forexample

风小西·2020-09-15 19:22

Oracle数据库性能监控常用Sql

.*,(block_gets+consistent_gets)reads,((block_gets+consistent_gets-physical_reads)/(block_gets+consis

tomorrow_is_better·2020-09-15 15:52

识别低效的语句

SELECTEXECUTIONS,DISK_READS,BUFFER_GETS,ROUND((BUFFER_GETS-DISK_READS)/BUFFER_GETS,2)Hit_radio,ROUND(

junmail·2020-09-15 14:42

查找数据库中的topsql语句

1、查找使用资源最多的SQL语句：（较高的磁盘读取（disk_reads消耗I/O）和较高的逻辑读取（buffer_gets消耗CPU）被用作衡量标准）selectsql_textfrom(selectsql_text

congcu1462·2020-09-15 13:28

This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in its declaration and binary log

创建函数时遇到如下错误：ERROR1418(HY000):ThisfunctionhasnoneofDETERMINISTIC,NOSQL,orREADSSQLDATAinitsdeclarationandbinaryloggingisenabled(you*might*wanttousethelesssafelog_bin_trust_function_creatorsvariable)出现这个

遇星·2020-09-15 09:24

This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in its de 错误解决办法

这是我们开启了bin-log,我们就必须指定我们的函数是否是1DETERMINISTIC不确定的2NOSQL没有SQl语句，当然也不会修改数据3READSSQLDATA只是读取数据，当然也不会修改数据4MODIFIESSQLDATA要修改数据5CONTAINSSQL包含了SQL语句其中在function里面，只有DETERMINISTIC,NOSQL和READSSQLDATA被支持。如果我们开启了

RichardXu·2020-09-15 08:10

基于eXpress对转录组和基因组进行量化

GeneralworkfloweXpress是一个通用的丰度估计工具，它可以应用于任意靶序列和高通量测序reads。靶序列可以是任意基因组区域，例如RNA-seq中的转录本。

biocq·2020-09-15 02:09

Java实现图片上传预览（使用ajax提交）

html:图片上传：js:functionchangepic(){varreads=newFileReader();f=document.getElementById('file').files[0];reads.readAsDataURL

溪雪·2020-09-14 04:03

详解HDFS Short Circuit Local Reads

详解HDFSShortCircuitLocalReadsHadoop的一大基本原则是移动计算的开销要比移动数据的开销小。因此，Hadoop通常是尽量移动计算到拥有数据的节点上。这就使得Hadoop中读取数据的客户端DFSClient和提供数据的Datanode经常是在一个节点上，也就造成了很多“LocalReads”。最初设计的时候，这种LocalReads和RemoteReads（DFSClie

jewes·2020-09-14 00:07

sql 逻辑读取次数

dbccfreeProcCachesetstatisticsioonSELECTcreation_timeN'语句编译时间',last_execution_timeN'上次执行时间',total_physical_readsN'物理读取总次数',total_logical_reads

weixin_30799995·2020-09-13 23:56

Samtools使用大全

SAM和BAM格式的比对文件主要由bwa、bowtie2、tophat和hisat2等序列比对工具产生，用于记录测序reads在参考基因组上的映射信息。

Davey1220·2020-09-13 21:55

SQLServer数据库优化与管理——硬件资源篇

查看数据库中的IO情况--当前数据库文件的I/O统计信息SELECTDB_NAME(DB_ID())AS[DatabaseName],[file_id],num_of_reads,num_of_writes

Sawyerswt·2020-09-13 16:44

Bowtie2的安装与使用

Bowtie2的安装与使用2017-06-1518:58:5234200Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组，与常规的比对软件不同的是（如blast），Bowtie在比对比较短的

weixin_30606461·2020-09-12 07:38

Bowtie2使用方法与参数详细介绍

现在举个例子来探讨bowtie的使用方法：现在有GENOME.fa、高通量测序数据Reads.fa，我们希望将Reads.fa比对到基因组G

高锦-生信·2020-09-12 06:22

bowtie和bowtie2用法详解

现在举个例子来探讨bowtie的使用方法：现在有GENOME.fa、高通量测序数据Reads.fa，我们希望将Reads.fa比对到基因组G

soyabean555999·2020-09-12 04:01

如何查看IO量大的SQL语句

查看IO量大的SQL语句selecttop50(total_logical_reads/execution_count)asavg_logical_reads,(to

whazhl·2020-09-11 18:54

RNA-seq基础知识

单端测序和双端测序单端测序只有一种测序引物，使得PCR只能沿着这个引物的方向进行，所有的reads都只能按照一个方向进行读取。但是测序的质量会随着测序的进行而下降，所以reads越往后面越不准确。

Sepine·2020-09-08 09:43

【原创】fastqc还是有必要做一下？2018-10-16-17

这个软件可以去掉reads

酷睿_1991·2020-08-26 16:08

生信小工具专题：BBTools/BBMap Suite 的使用 (3)

BBMapsuite-Simulationofdata（数据模拟）除了之前介绍的工具，BBMap还可以用来，从参考基因组产生随机合reads。reads的名称表示其基因组来源。

lakeseafly·2020-08-25 04:05

用泊松分布解释 NGS 测序数据的 duplication 问题

什么样的数据算是duplicateduplicate就是一段序列的多个拷贝，以PE测序为例，用比对软件在将测序reads比对到参

wangpeng905·2020-08-23 16:04

当我们在说RNA-seq reads count标准化时，其实在说什么？

FromRNA-seqreadstodifferentialexpression,Oshlacketal.GenomeBiology2010基因表达标准化Normalisation我们在比较不同样品不同基因的差异表达情况时，期望表达水平分布符合统计方法的基本假设，但由于测序深度和基因长度的不同，直接使用原始count分析会导致假阳性和假阴性过高，因此对原始数据进行标准化/均一化是十分必要的。根据样

rapunzel0103·2020-08-22 15:22

sf_Oracle

//物理读分析SELECTb.sql_id,a.hash_value,a.buffer_gets/1024buffer_gets_kb,a.disk_reads/1024disk_reads_kb,a.PHYSICAL_READ_BYTES

ollevere·2020-08-21 20:39

SQLServer找出执行慢的SQL语句

total_elapsed_time/1000N'总花费时间ms',total_worker_time/1000N'所用的CPU总时间ms',total_physical_readsN'物理读取总次数',total_logical_reads

silvanus·2020-08-21 16:13

IDL文件读写（七）

文章目录1.标准化输入输出1.print2.read3.reads2.读写文本/ASCII文件1.lun逻辑设备号2.文本文件读写3.简单例子3.图像文件等其他文件的读写1.文件读写工具参考2.影像存储格式间的转换

花花佳佳·2020-08-21 06:56

oracle运维--04.查询占用物理读、等待事件、查询慢等资源性能

1.查询占用物理读资源selectsql_text,sql_id,disk_reads,buffer_gets,parsing_schema_name,executionsfromv$sqlareawhereparsing_schema_name

MothurView·2020-08-21 02:01

edgeR的使用

该包需要输入每个基因关于每个样本的reads数的数据，每行对应一个基因，每一列对应一个样本。建议使用htseq-count进行统计，输出文件即可直接使用。如果需要算RPKM，需要自己统计基因长度信息。

hzau_yang·2020-08-21 00:09

BBNorm官方指导文档翻译

BBNormGuideWrittenbyBrianBushnellLastupdatedDecember16,2015BBNorm是用来对高覆盖率的reads进行抽样的工具，这个过程可以极大的==加速组装

热爱大自然的小和尚·2020-08-20 17:17

几个有用的oracle dba_hist_*查询语句

耗CPU最多的10条语句select*from(selects.SQL_ID,sum(s.CPU_TIME_DELTA),sum(s.DISK_READS_DELTA),count(*)fromDBA_HIST_SQLSTATsgroupbys.SQL_IDorderbysum

jackyrongvip·2020-08-20 10:53

从DBA_HIST_SQLSTAT视图中查找过去时段最占用资源的会话

点击(此处)折叠或打开selectsnap_id,disk_reads_deltareads_delta,executions_deltaexec_delta,disk_reads_delta/decode

cssg91583·2020-08-20 08:10

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